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研究文章|开放获取
迈克尔·博斯，大卫·斯利克，米奇·j·萨托，帕特里克·墨菲，大卫·罗伯茨，杰奎琳·罗伯茨，罗伯特·d·巴伯， ＂SmtB / ArsR的识别独联体原核生物基因间探索数据库(PIGED)对古细菌元素和蛋白质的研究"，古生菌， 卷。2， 文章的ID837139， 11 页面， 2006． https://doi.org/10.1155/2006/837139
SmtB / ArsR的识别独联体原核生物基因间探索数据库(PIGED)对古细菌元素和蛋白质的研究
摘要
微生物基因组测序项目揭示了SmtB/ArsR金属应答转录调控因子在原核生物中的广泛分布。利用位置依赖权重矩阵方法，利用编码SmtB/ArsR DNA结合位点的同源基因上游的基因间序列数据，筛选原核基因组序列。在230个注释和草拟的原核基因组序列中，预测了60个与金属解毒基因相关的SmtB/ArsR操作符，其中包括9个不同的古菌种。独立的多重序列比对假定的操作位点和相应的翼螺旋-旋-螺旋基序定义了该SmtB/ArsR亚家族的DNA结合活性的序列签名。利用纯化的特征序列，确定了基于这些特征序列的古细菌SmtB/ArsR预测甲烷八叠球菌属acetivoransC2A蛋白和电泳迁移试验。本研究中使用的工具已被整合到一个web应用程序中，即原核生物基因间探索数据库(PIGED;http://bioinformatics.uwp.edu/~PIGED/home.htm)，便于进行可比研究。利用这一工具和建立基于DNA结合签名的同源性有望破译各种古菌翼螺旋-旋-螺旋转录调节因子的潜在细胞作用。
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