古转录中的谱系特异性分区

摘要

通过15个完整的古细菌基因组序列的转录补体全基因组谱分析，系统地分析了古细菌甲壳古细菌和广源古细菌谱系中转录机制组成成分的系统发育分布。最初，一组转录相关蛋白(TAPs)被用来查询基因组，这些蛋白包括在转录过程的所有方面发挥作用的序列，起源于生命的三个域。通过对tap及其古同源物的序列聚类，对tap家族进行了检测，并通过广泛的数据库检索，确定了这些家族的功能。与与转录相关的蛋白质结构域的隐藏马尔科夫模型相匹配的古细菌基因的系统发育起源，以及那些编码tap同源物的古细菌基因，显示了作为转录调控因子的蛋白质具有广泛的谱系特异性:这些序列大部分仅存在于广原菌纲中，几乎全部与细菌dna结合蛋白同源。令人惊讶的是，隐藏的Markov模型剖面搜索显示，古染色质和组蛋白修饰酶也显示广泛的分类限制，在两个门之间和内部。

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