广古菌双组分蛋白“细菌”基因的分布、结构和多样性

摘要

利用基因分类列表和BLASTP对公开的古生菌基因组序列(23个完整注释和3个部分注释，2005年10月)进行了搜索，以寻找潜在的双组分开放阅读框(ORFs)。从基因分类表和BLASTP中共鉴定出489个潜在双组分基因。在21个广古菌序列中有14个发现了双组分基因(2005年10月)，而无论是克雷纳古菌还是纳米古菌都没有发现双组分基因。在假定的双组分orf中，除了组氨酸激酶和受体结构域外，还包括传感器和信号传导结构域，共鉴定了20个预测蛋白结构域。这些假定的蛋白质的详细结构被显示出来，以及每一类双组分基因在每个物种中的分布。已经确定了同源群的潜在成员，以及包含两个或多个双组分基因的任何潜在操纵子。在那些广古菌物种中，拥有双组分基因的数量似乎更多地与生活方式和栖息地有关，而不是与基因组的复杂性有关，大多数例子都是在Methanospirillum hungatei，Haloarcula marismortui，Methanococcoides burtonii和中亲甲氧基肉瘤。这些物种中大量的双组分基因可能反映了对内部调控的更大需求。对5个不同蛋白类的同源组(其中3个可能参与调控趋近性)的系统发育分析表明，这些orf大多是从一个祖先的广古菌种垂直继承的，并指出了有限数量的关键水平基因转移事件。

古生菌

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