文摘
的在网上方法提供了一个通用的过程发展中铅化合物在短时间内大型数据库。因此,当务之急是寻找疫苗和药物可以阻止SARS-CoV-2造成的破坏。所需的SARS-CoV-2突起蛋白是病毒进入宿主细胞,从而抑制病毒融合和感染宿主。本研究确定的绑定交互36类黄酮以及两种fda批准的药物的峰值蛋白质受体结合域SARS-CoV-2通过分子对接和分子动力学(MD)模拟。此外,分子力学广义出生的表面积(毫米/ GBSA)方法被用来计算的自由能源(BFE)描绘洪涝频发。类黄酮是根据他们的选择在体外冠和SARS-CoV-2化验。我们的药物动力学研究表明花青色素显示drug-likeness好,满足利平斯基的5,并赋予良好的毒性参数。此外,MD模拟表明,花青色素与蛋白质和改变构象飙升和适合的自由能量。最后,一个在体外试验表明,约50%降低绑定的hACE2 S1-RBD cyanidin-containing红葡萄粗提物的存在是实现在大约1.25毫克/毫升。因此,花青色素可能是一个有前途的SARS-CoV-2突起蛋白基于辅助药物治疗在网上和在体外研究。
1。背景
COVID-19大流行是最后的第三年,公共卫生官员必须评估我们以及我们如何可能打破世界上SARS-CoV-2毁灭性的控制。许多安全有效的快速发现COVID-19大流行疫苗一直是最大的科学成就。然而,单独将不足以阻止流感大流行疫苗由于更多的传播新变种,和疫苗是为了防止严重的痛苦和死亡(1]。新变异的突变SARS-CoV-2关心的话题,因为新兴突变体有可能增强的传染性,竞争健身,和传输(2]。发生突变的积累,使病毒进化和基因组变异,这使耐药性病毒逃避宿主免疫和发展(3]。重要突变出现SARS-CoV-2突起蛋白与宿主的免疫系统(4]。报告的变体,ο(B.1.1.529) [5),有30突变的蛋白质以及K417N以前被减少的有效性是一个鸡尾酒治疗性单克隆抗体(6]。
SARS-CoV-2突起蛋白是高度糖homotrimeric跨膜蛋白;S1亚基包含一个RBD,促进了病毒对宿主受体血管紧张素转换酶2 (ACE2)和S2亚基介导病毒进入调解host-viral膜融合(7]。蛋白质的生物力学强度ACE2-spike病毒依从性管理和访问宿主细胞(8]。因此,SARS-CoV-2突起蛋白,在病毒附件和融合起着至关重要的作用,可能是一个潜在的治疗目标。
几个策略被用来为SARS-CoV-2开发抗病毒药物;到目前为止,一些药物是有效对抗这种病毒,但只有一些中和抗体和remdesivir已通过美国食品及药物管理局(9]。药物开发与SARS-CoV-2主要集中在中断通过阻断病毒的生命周期与宿主的相互作用[10,11]。越来越多的最近的研究计算方法用于确定新的药物靶点或药物再利用候选人。如今,重新改造的各种天然化合物/测试使用计算机辅助药物发现项目(12,13]。在网上方法是有效的和可操作的方法,可用于屏幕几个化合物,使药物组合和小说药物的发现。
黄酮类化合物是天然的植物化学物质具有抗病毒特性已被发现抑制不同目标的冠(14),如干扰蛋白质和阻止病毒蛋白酶的酶的活动,3-chymotrypsin-like蛋白酶(3 cl箴),papain-like蛋白酶(PL箴)。先前的研究表明,甲基化黄酮,如retusin,可以作为抗病毒药物或辅助药物治疗COVID-19 [15]。黄酮类化合物是有前途的植物的化学治疗SARS-CoV-2感染,通过直接抗病毒作用或通过控制病毒感染的宿主免疫反应16]。以前,一些研究已经调查了对SARS-CoV-2使用类黄酮(16]。一个在网上技术被用来检查和比较几类黄酮有消炎和抗病毒特性,试图抑制尖峰SARS-CoV-2糖蛋白,揭示柚皮苷作为一个潜在的治疗候选人COVID-19 [17]。基于分子对接和ADMET分析、类黄酮等cyanidin-3——(p-coumaroyl) -rutinoside-5-glucoside delphinidin-3-O-beta-D-glucoside 5点——(6-coumaroyl-beta-D-glucoside)、天鹅座β戴尔芬,芹黄素7 - (6“-malonylglucoside)和(-)maackiain-3-O-glucosyl-6 -O-malonate被证明为有效的抑制剂对蛋白,3 clpro,和RdRP SARS-CoV-2 [18]。此外,分子对接和仿真研究flavonoid-protein复合物,包括luteolin-spike蛋白质和mundulinol-spike蛋白质,发现展示强大的交互和最近使用fda批准的药物,如favipiravir相比,羟氯喹,lopinavir [19]。黄酮类化合物,如dorsilurin E, euchrenone a11,和sanggenol O,发现抑制SARS-CoV-2主要蛋白酶(M箴)[20.]。同样,花青色素和槲皮素被发现抑制RNA聚合酶功能和块突起蛋白相互作用的场所21,22]。3 cl-protease抑制试验、细胞毒性研究、总类黄酮测定,和分子对接研究都是用于检查11黄酮醇苷的混合物准备美国persica。他们发现这些化合物抑制M箴,突起蛋白融合到它的别构部位(23]。在体外从圆叶葡萄葡萄提取准备的化验显示抑制活动对M箴SARS-CoV-2 [24]。基础为未来的研究已由早期的研究对冠和SARS-CoV-2抑制类黄酮的影响。
天然产物的重要类,黄酮类化合物可以影响浸在初始阶段的入口,复制和病毒粒子释放从宿主细胞(25]。稳定上升之间的复杂蛋白质和类黄酮预期的形成是由于邻位的di-OH B环的羟基黄酮醇(26]。许多黄酮类化合物被发现阻止多个浸目标的生命周期(峰值蛋白质、蛋白酶、TMPRSS2等等)通过各种机制(27,28]。类黄酮,因此,可以作为预防,治疗,或间接抑制剂(29日]。类黄酮在本研究选择基于之前报道在体外试验数据(表S1)组装花青色素等黄酮类化合物有前途的药物对SARS-CoV-2候选人。此外,在体外测定红葡萄的粗提物进行了验证计算的预测。
2。材料和方法
2.1。准备和靶蛋白的分子模型
SARS-CoV-2 RBD的晶体结构的峰值糖蛋白(PDB ID: 7 nx8)的决议是1.95从蛋白质数据库(PDB)(检索表S2)。获得的蛋白质被取代苏氨酸突变(T)和天冬酰胺(N)在417位置通过利用蛋白质序列编辑builder分子操作环境(MOE)软件(版本2020.0901)。结构优化使用教育部蛋白质制备模块水分子通过删除,添加氢原子和分配所有蛋白质原子电荷原子。此外,能量最小化是通过使用不同的力场参数的教育部准备模块。
2.2。配体的制备
综合文献综述后,类黄酮选择基于他们的抗病毒特性对冠和SARS-CoV-2和结构从PubChem数据库访问(30.和化学的蜘蛛31日]。最后,所选的类黄酮是加工成mol2文件格式使用开放的巴别塔,和分子对接的能量最小化是通过使用教育部软件(32]。选择36天然抗病毒类黄酮的结构及其集成电路50值对几个病毒,包括冠、SARS-CoV-2和登革热,如图1。
2.3。活性位点预测
MOE网站查找器,基于α领域的概念,是用来确定所涉及的氨基酸残基的活性口袋里的蛋白质,原子的相对位置和可访问性受体被认为是(33]。此外,使用网站查询的数量和名称的残留活性位点进行了预测。表1显示了峰值蛋白质地区发现蛀牙。图2显示的绑定腔突起蛋白,结合位点和约束力的残留物。
2.4。Drug-likeness和ADMET研究
识别药物类的特点选择使用利平斯基的规则执行5类黄酮(34)和SwissADME web工具(35]。ADMET(吸附、解吸、代谢、排泄和毒性)研究和毒性预测评估通过pkCSM web服务器(36]和ProTox-II [37),分别。
2.5。分子对接和验证
莫和黄金(遗传优化配体对接)(版本4.0.1)软件包[38)被用来预测protein-ligand交互。MOE对接套件使用虚拟筛选协议MOE结合三角形的匹配器对接算法和伦敦dG得分函数,基于遗传算法和黄金。对接分析在Microsoft Windows工作站上执行(英特尔酷睿i5 - 9400 CPU处理器和系统内存4 GB RAM)。在选定的类黄酮分子对接研究SARS-CoV-2突起蛋白K417N突变。对接结果验证通过提取出商业药物和霍姆代谢物从原来的结合位点和redocking成相同的位置使用黄金默认对接协议(39]。MOE提供S-score得分函数。最好的姿势从MOE获得进一步加工成黄金软件,最后,黄金获得分数。验证对接结果,获得的最低能量构成redocking和前面的对接位置的代谢物被叠加,和它的根是平方偏差(RMSD)计算。
2.6。分子动力学模拟
GROMACS工具是用于生产蛋白质拓扑文件和参数化天然黄酮类化合物的配位体拓扑。MD模拟100 ns进行GROMACS 5.1.1使用GROMOS 43 a1力场protein-ligand系统和HSA-ligand澄清事实背后的效率的配体蛋白抑制(40]。PRODRG服务器用于获得所需文件的配体(41]。在模拟的初始步骤,生成一个立方框在protein-ligand复杂和溶剂化简单点电荷(SPC) 1.0 nm的组件之间的蛋白质复合体(42]。钠离子(Na+)和氯离子(Cl−)的离子强度0.1添加到中和溶剂化系统。系统的能量最小化通过50000步的最速下降方法,其次是一个平衡的过程使用Berendsen恒温器(NVT)的集合体。积分时间阶段是两个飞秒(fs),和你的邻居列表更新每二十步,截止12范围使用网格选项。周期性边界条件(/)是使用一个常数系统中的粒子数,恒压、恒温不扩散核武器条约》(NPT)模拟标准。压力平衡系统的1条1 ns连接使用Parrinello−拉赫曼恒压器在这个仿真(42,43]。使用轨迹从MD模拟,获得均方根偏差(RMSD)、均方根波动(RMSF)和回转半径(Rg)进行了分析。的平均结构复杂的估计在过去10 ns轨迹RMSF前的MD模拟计算,然后每个残留在配体的平均结构保持一致。在仿真过程中,氨基酸C-alpha原子的稳定性被认为是。MD轨迹的稳定性研究使用原子的骨干RMSD值对蛋白质复合体,和时间演化的Rg估计protein-ligand的构象稳定性计算。所有周围的氨基酸配体的RMSF 1 nm决心使用VMD软件调查构象的灵活性主要活性部位在仿真过程中。MD运行上执行一个AMD处理器(32芯/ 64个线程)和128 GB RAM。的视觉分析RMSD, RMSF, Rg使用VMD完成。
2.7。结合自由能计算(BFE)描绘洪涝频发
总理MM-GBSA [44]OPLS力场的薛定谔套件是一个流行的方法计算BFE绑定配体蛋白的描绘洪涝频发。这种方法是基于配体和蛋白质对接和使用以下公式计算结合能45]: 在∆G绑定BFE protein-ligand系统和∆描绘洪涝频发吗E之间的差异最小化能量protein-ligand复杂和自由的能量的总和蛋白质和配体。∆G溶剂的区别是在GBSA溶解protein-ligand复杂的能量和溶剂化作用的能量之和自由蛋白质和配体自由了。∆GSA表面积的不同能量的复杂和表面积之和能量自由蛋白质和配体。优先的抑制剂,MM-GBSA技术应用作为一个改功能。优化分子和选择最好的化合物,BFE获得'描绘洪涝频发MM / GBSA计算被认为,随着对接的分数。
2.8。在体外S1-RBD飙升和ACE2 SARS-CoV-2抑制活性的酶联免疫吸附剂测定(ELISA)
红葡萄的原油methanolic提取(葡萄)是由其他地方描述浸渍方法[32.5%的收益率46]。96孔板涂有重组2019 - ncov S1-RBD [47(目录没有。PR-ncov-2-PL NOVATEINBIO)增加了粗提取液浓度增加,以确定它能抑制hACE2之间的交互和SARS-CoV-2 S1-RBD。对于每个浓度,测定进行了一式三份,和%抑制被表示为一个平均值±标准平均误差的一式三份。孵化后2小时37°C,然后洗3×PBS (pH值7.2),盘子被封锁在PBS 1% BSA和0.05% Tween-20。在100年洗3次μL hACE2受体蛋白质(目录号:PR-nCoV-4) (0.1 - -0.2μg / mL)添加和1小时的孵化绑定缓冲(0.1% BSA在PBS, pH值7.2)。然后,100年μL山羊反IgG-Fc合共轭1:500年后绑定缓冲了三次洗盘子。三洗,洗后缓冲,3、3′,5、5′-tetramethylbenzidine(三甲)增加了对信号的反应是通过添加酸性溶液停止。吸光度的板块在450 nm读,并使用GraphPad %抑制进行了计算。
3所示。结果
3.1。类黄酮的药代动力学资料
36个黄酮类化合物都是选择具有较高的吸收速率。此外,他们的皮肤渗透性,体积分布的稳态(vds),中枢神经系统渗透率,血脑屏障(BBB)通透性调查,因为他们扮演着重要的角色在决定药物分布。在不同的细胞色素P450 (cyp)酶,我们研究的重点是人细胞色素P450 3 a4 (CYP3A4),发现抑制的黄酮类化合物1,2,4,6,10,11日,16日,19日,23日,26日,28日,32、33、34、35表明他们可能在肝脏代谢表所示S3。选中的类黄酮的毒性是使用ProTox-II还预测,计算半数致死量(LD50)值和毒性类。表S4显示LD50价值观和毒性类通过使用ProTox-II 37类黄酮的预测。在急性口服毒性,黄酮类化合物编号1 - 9,11日,12日,14日,25日,26日,28日,31日32、34、35、36发现毒性类V (2000 < LD50≤5000),17日在VI (LD50> 5000)。类黄酮毒性类下降10到13 III (50 < LD50≤300),其余属于第四类毒性(300 < LD50≤2000)。在这次调查中,大多数的类黄酮通过利平斯基的标准,表明他们是安全的使用药物。表S5显示选中的类黄酮的分子描述符ADME旨在抑制SARS-CoV-2 SwissADME服务器。表2显示选中的6类黄酮的五个关键生化的参数用于测试5评估drug-likeness关颖杉的规则,和表3显示选中的6类黄酮的ADMET概要文件。
3.2。分子对接分析
正如前面指出的,我们使用了K417N SARS-CoV-2峰值蛋白质分子对接分析突变体的突变在417位置由天冬酰胺(N)的治疗效果降低的结合单克隆抗体(6]。的集成电路50值,黄金健身得分、键长和峰值蛋白质相互作用霍姆类黄酮以及fda批准的药物残留,lopinavir remdesivir,展示在表4。之前的在体外调查SARS-CoV-2花青色素是一种有前途的治疗方法的候选人,和当前的研究表明,它有一个适当的黄金健身得分为51.91分,表明其效力的蛋白质抑制剂。此外,4′-O-methyldiplacol、mimulone neobavaisoflavone、二甲花翠素和tomentin E也适当地互动与突起蛋白的结合位点与黄金健身得分为63.83,61.60,53.90,52.01,和50.91,分别。如图3,花青色素与蛋白质通过Asn 343,爵士371年,Asn 437、440年Asn, Ser 372通过氢键和疏水相互作用。同样,4′-O-methyldiplacol mimulone,二甲花翠素、tomentin E和neobavaisoflavone与蛋白质通过不同残留表所示4。黄金健身得分,残留的蛋白质交互,交互的距离所有剩余类黄酮研究显示在表中S6。同样,图S1描述了剩下的2 d和3 d结构4潜在停靠protein-ligand复合物。
3.3。分子动力学仿真分析
MD模拟运行在停靠复杂更多地了解ligand-protein交互。spike-cyanidin RMSD值的复杂和人血清白蛋白(HSA)花青色素复杂图所示4(一))。的平均RMSD波动spike-cyanidin复杂蛋白质和配体是0.39 nm,后与平衡80 ns。RMSD花青色素被发现稳定的第一次从36到60 ns,后来从80 ns 100纳秒。同样,大偏差RMSD HSA-cyanidin复杂的观察,表明一个不稳定的性质复杂。这些观察结果支持花青色素结合的蛋白质而不是奇闻奇事。RMSF测量进一步计算残余弹性超过100 ns图所示4 (b)。RMSF小于0.36 nm为每个残留周围的配体蛋白复合物,而对于HSA,∼0.5海里。的Rg spike-cyanidin达到均衡的轨迹̴35 ns和稳定在35 - 100 ns,表明配体有效地安装在峰值蛋白质的活性部位(图4 (c)]。相比之下,Rg轨迹HSA-cyanidin∼60 - 80 ns期间优化平衡。根据Rg情节,飙升的结构密实度protein-ligand保持稳定,平均R1.6 nm的g值;相比之下,HSA-cyanidin复杂显示不稳定,平均R3.5 nm的g值。最终,越低Rprotein-ligand g值,密实度越高,导致它们之间的强相互作用(53,54]。
(一)
(b)
(c)
3.4。结合自由能(BFE)描绘洪涝频发的分析
量化的反应活性与配体残留,我们完成了' MM / GBSA方法,该方法计算的绝对BFE确定强度描绘洪涝频发与蛋白质配体之间的相互作用。mimulone花青色素类黄酮,和4′-O-methyldiplacol显示显著降低(ΔG结合能绑定−25.09−21.23,−18.40千卡/摩尔,分别),表明他们强烈结合蛋白质。BFE计算揭示了稳定描绘洪涝频发绑定花青色素的飙升,确凿的分子对接和构象的动力学分析。
3.5。在体外化验
红葡萄含有花青色素粗提物(55,56)是在体外使用酶联免疫吸附试验,以应对承诺进行了测试在网上结果显示,花青色素可以抑制hACE2之间的交互和SARS-CoV-2 S1-RBD。一系列浓度的提取与hACE2孵化96 -孔板涂上S1-RBD,并使用一个信号生成HRP-linked二级抗体。值得注意的是,我们确定红葡萄提取有可能抑制hACE2与S1-RBD蛋白质之间的相互作用。吸光度测量的细节和抑制百分比人类ACE2 S1-RBD蛋白质绑定表所示S7。减少约50%的绑定与S1-RBD hACE2红葡萄的粗提取液达到大约1.25毫克/毫升(图S2)。,这种方法提供了重要的中介证据表明花青色素,红葡萄的主要黄酮(葡萄),可能抑制hACE2的绑定和SARS-CoV-2 S1-RBD。
4所示。讨论
尽管从不同的研究小组继续努力,还没有有效的药物对COVID-19发达。在寻找一种安全有效的药物,计算方法提供了一个良好的平台,选择潜在的药物的代谢物的虚拟筛选候选人(57]。因此,再利用自然次生代谢物可能是最有效的方法来发现治疗COVID-19感染(58]。预测潜在药物的药代动力学性质,ADMET被认为是一个重要的参数。对于有效的代谢和活动,好的药物候选者应该专注于一个特定的时间框架和正确地分布在整个系统。细胞色素p450 (cyp)扮演一个关键的角色在第一阶段的药物生物转化。五个cyp (1 a2, 2 c9、2 c19 2 d6,和3 a4)调解大约95%的CYP-mediated体内药物代谢(59]。ADMET性质的代谢物进行分析和缩减代谢物是通过使用利平斯基五,这决定了他们drug-likeliness财产。根据利平斯基规则,与药物如财产应该有一个分子量代谢物(摩尔·wt)≤500,氢键受体(HBA)≤10,和氢键的供体(HBD)应≤5 (60]。由于黄酮类化合物的结构多样性,他们表现出多功能生物好处,如抗炎、神经保护、抗氧化,以及抗病毒性质(17]。已报告不同的特定的类黄酮有效抗病毒药物对某些病毒如登革热、丙型肝炎病毒和流感病毒蛋白的改性,抑制病毒条目,并抑制病毒神经氨酸酶(61年]。最调查目标的类黄酮抑制蛋白酶(3 cl箴和PL箴)的冠和MERS-CoV [62年]。据报道,类黄酮等山柰酚抑制cation-selective通道形成的ORF 3冠的通道。结果,最终抑制病毒的释放,是进化的根源的新药物抗病毒药物(63年]。
通过RBD SARS-CoV-2 S-RBD与宿主受体ACE-2,受体细胞的病毒入口(奠定了基础64年]。新兴的变种SARS-CoV-2连接到突变的蛋白质,这是重要的病毒进入宿主细胞的入口(65年]。因此,我们的研究认为突起蛋白的靶蛋白分子对接的黄酮类化合物具有抗病毒活性代谢物的分析黄金得分和绑定交互作用。4′-的黄金得分O-methyldiplacol、mimulone花青色素被发现是63.83,61.60,和51.91,分别。黄金的分数越大,越大其protein-ligand互动(66年]。选择的配体的强相互作用的蛋白质会导致病毒蛋白质的构象变化,因此,抑制其复制或增长。然而,我们认为花青色素作为一个有前途的候选人在前三,它遵循利平斯基的5和规则被发现抑制SARS-CoV-2蛋白在其导数形式集成电路50值为65.1±14.6μ米(48]。此外,花青色素显示最低结合能与目标蛋白质。也称花青色素抑制约92%在150年μ米的米箴酶测定(67年]。在我们的研究中,花青色素与峰值蛋白相互作用形成四个氢键(残留Asn 343,爵士371年,Asn 437和Asn 440)和一个pi-alkyl债券(372年阿拉巴马州与残渣);4′-O-methyldiplacol形式三个氢键(残留Ser 399爵士349年,450年和Asn)和三个pi-alkyl债券(Arg残留阿拉巴马州348,346和344年阿拉巴马州);mimulone形式三个氢键(Arg残留346爵士349年,450年和Asn)和两个pi-alkyl债券(344年与残留阿拉巴马州和阿拉巴马州348)可能会导致其构象变化。对接算法用于这项研究提供一些绑定的姿势。选择最好的对接构成进行基于H-bond礼物的数量,疏水相互作用[68年),与积极的交互网站,并结合能值。此外,分子的灵活性,结合评分,计算时间可以一个障碍在任何分子对接方法(69年]。因此,进一步的MD模拟和结合能的计算进行缓解对接结果的局限性。
评估MD轨迹,计算RMSD是至关重要的。使用protein-ligand复杂系统的表示时,位错产生的平均距离给定原子的随着时间的推移计算(70年]。RMSD花青色素决心是稳定的第一个从36到60 ns,后来从80 ns 100纳秒。RMSF是用来计算氨基酸残基之间的灵活性。监控本地蛋白质是很重要的改变,因为它允许计算平均变化检测大量的原子来确定给定原子的位移相对于参考结构(71年]。绑定的口袋里发现了相对稳定的在每个残留的MD模拟显示通过获得RMSF周围配体蛋白复合物。Rg反映了ligand-protein复杂紧密,小回转半径表示一个更紧凑的结构(72年]。的计算Rg,花青色素有效结合的蛋白质,发现复杂系统适当的稳定范围从1.675到1.70 nm。此外,飙升的MD模拟分析protein-cyanidin复杂与HSA-cyanidin复杂,揭示了花青色素稳定性的包裹与目标蛋白。它的结论是,花青色素与峰值蛋白质绑定而不是奇闻奇事。
5。结论
我们使用一个计算化学的协议识别最有前途的类黄酮在体外集成电路50值,抑制冠状和SARS-CoV-2活动。这个协议包括ADMET分析、分子对接、分子动力学模拟,BFE计算来预测这些黄酮类化合物是否适合描绘洪涝频发anti-COVID-19疗法。本研究进一步提高,花青色素与SARS-CoV-2蛋白质,展示最好的绑定的姿势和形成稳定protein-ligand复合物和较低的自由能量。此外,4′-O-methyldiplacol和mimulone还显示有前途的数据,基于分子对接分析,但是因为它属于第四类毒性,本研究排斥采取强有力的代理。此外,在体外研究红葡萄确保候选人的粗提取液对SARS-CoV-2花青色素作为抗病毒药物。基于证据的提供碎片,进一步的临床研究花青色素及其大规模临床试验和小鼠模型测试建议。
缩写
| SARS-CoV-2: | 严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2 |
| RBD: | 受体结合域 |
| MD: | 分子动力学 |
| 毫米/ GBSA: | 分子力学广义出生的表面积 |
| BFE:描绘洪涝频发 | 自由能源 |
| COVID-19: | 冠状病毒疾病19 |
| ACE-2: | 血管紧张素转换酶2 |
| ADMET: | 吸收、分布、代谢、排泄和毒性 |
| PDB: | 蛋白质数据银行 |
| 说明: | 分子操作环境 |
| 黄金: | 遗传优化配体对接 |
| 表示: | 均方根偏差 |
| RMSF: | 均方根波动 |
| R旅客: | 回转半径 |
| 保险公司: | 人血清白蛋白 |
| ELISA: | 酶联免疫吸附试验 |
| 三甲: | 3、3′,5、5′-Tetramethylbenzidine。 |
数据可用性
分子对接和MD模拟生成的数据在这个研究将根据要求提供相应的作者。
信息披露
这篇文章也可以在预印本[73年]。
的利益冲突
作者宣称他们没有利益冲突有关的出版。
作者的贡献
Asmita Shrestha和Rishab Marahatha执行计算化学工作和写的手稿。学者Saroj Basnet, P Regmi Saurav Katuwal, Salik Ram达,Khaga Raj Sharma, Achyut Adhikari回顾了文献和编辑手稿。Ram钱德拉Basnyat和Niranjan Parajuli监管草案的研究项目和编辑。
确认
作者感谢大学拨款委员会,尼泊尔,为金融支持。萨利亚内巴特拉伊博士是感激他的贡献在体外化验。本研究工作是由大学拨款委员会(批准号钱德拉Basnyat CoV-76/77-02),尼泊尔,Ram。
补充材料
表S1:植物次生代谢物(黄酮)的抗病毒活性。表S2:靶蛋白与PDB ID,分辨率,和描述蛋白质的选择与多元抑制剂对接。表S3: ADMET性质选定的类黄酮使用pkCSM网络服务器。表S4:预测使用ProTox-II黄酮类化合物抑制代谢酶的毒性。表S5: ADMET分子描述符的选择设计类黄酮抑制SARS-CoV-2 swissADME网络服务器。表S6:黄金健身得分、结合能和protein-ligand交互与峰值蛋白质RBD地区的天然代谢物。表S7:在450纳米测量吸光度,计算hACE2绑定到S1-RBD %,检测了反合抗体和三甲(n= 3)。图S1:二甲花翠素的2 d和3 d结构,tomentin E, neobavaisoflavone包裹着SARS-CoV-2峰值蛋白质。图S2:绑定曲线hACE2 S1-RBD蛋白的受体SARS-CoV-2的粗提取物的浓度范围宽红葡萄由ELISA。(补充材料)