贫血
研究文章

Fanconi贫血的诊断:多路复用的突变分析Ligation-Dependent探测器放大和pcr Sanger测序

表4

引物PCR和条件的基因组DNA编码序列+内含子/外显子的边界FANCA、FANCC FANCE、FANCF FANCG,和FANCB。
(一)
FANCA
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCA_ex1F gtaaaacgacggccag GCGCCTCCCCCAGGACCAACA 362年
FANCA_ex1R caggaaacagctatga AGGCTCTGGCGGGAAGGGATCGG
FANCA_ex2F gtaaaacgacggccag CTCTTCGGGAGGGTGTCGCTGGT 328年
FANCA_ex2R caggaaacagctatga CTCTTCGGGAGGGTGTCGCTGGT
FANCA_ex3F gtaaaacgacggccag GCCTGGCCTGGAGCTTGAAT 392年
FANCA_ex3R caggaaacagctatga CGCAGGTTGAATCAGACGCTGTT
FANCA_ex4F gtaaaacgacggccag TAAGGCATTTTAAACAGCAAGTC 430年
FANCA_ex4R caggaaacagctatga TGCCAATAAATACTGAGCAAACT
FANCA_ex5F gtaaaacgacggccag AGTATTGTTTCAGGTAATTTGTT 356年
FANCA_ex5R caggaaacagctatga TGAAGGTACTTCTTTCCAATCCA
FANCA_ex6F gtaaaacgacggccag AGATGTGTTTCAGGCTCTAAGTT 402年
FANCA_ex6R caggaaacagctatga GCAATGCAATCTAGTCTAGTACA
FANCA_ex7F gtaaaacgacggccag TGGGATTTAGTTGAGCCTTACGTCTGC 421年
FANCA_ex7R caggaaacagctatgaAAGGTGAATGGAAACACTTAAACTCATGTCA
FANCA_ex8F gtaaaacgacggccag GTGGTCAGGTGAGCAGTAACTTC 401年
FANCA_ex8R caggaaacagctatga TAAATAGGTACAAACAGCACGTT
FANCA_ex9F gtaaaacgacggccag TTCTCTTGTGTGATGCAGGTATC 332年
FANCA_ex9R caggaaacagctatga TGACCCACAGATTCATGAGGTAT
FANCA_ex10F gtaaaacgacggccag TTTTGATTAAGGCCTACAGATTG 406年
FANCA_ex10R caggaaacagctatga CCTCCTCCTCACGCACGTTATCG
FANCA_ex11F gtaaaacgacggccag TTTCAAGTCTGTGGTTATAGTGG 410年
FANCA_ex11R caggaaacagctatga AGACGTAAAAGAGGTCCTAGAAT
FANCA_ex12F gtaaaacgacggccag CTGTGGGGCTGGTCCTTAACAAA 236年
FANCA_ex12R caggaaacagctatga AGGCAGCATGACAAGTACTAGGC
FANCA_ex13F gtaaaacgacggccag ACATTGGTTTGCTTGGATATTGA 377年
FANCA_ex13R caggaaacagctatga CTGACAAAGAATGTTCCATCGAC
FANCA_ex14F gtaaaacgacggccag TGCTGTAATTGCTGTGTAGTCTT 411年
FANCA_ex14R caggaaacagctatga ACTCACATGACAGAGAATCAGGT
FANCA_ex15F gtaaaacgacggccag ACTACAGCAGCCGCCCGGACACT 430年
FANCA_ex15R caggaaacagctatga GCAGATCTGCAGGAGGCTCTTGG
FANCA_ex16F gtaaaacgacggccag TCCCAGGCAGTTCCCAGACTAAC 312年
FANCA_ex16R caggaaacagctatga AGCTGATGACAAATCCTCGTAGA
FANCA_ex17F gtaaaacgacggccag ACCGCTCCCTCCTCACAGACTAC 334年
FANCA_ex17R caggaaacagctatga AAGGCTGAAAAACTCAACTCAAG
FANCA_ex18F gtaaaacgacggccag GCGCACAGCATGTGGGCCTTTAC 397年
FANCA_ex18R caggaaacagctatga GCAGCTGCTAGAGGCCTTTTCGG
FANCA_ex19F gtaaaacgacggccag GTGCACAAGAAGACTTCATAATG 284年
FANCA_ex19R caggaaacagctatga AGTCCTTGCTTTCTACACAACTG
FANCA_ex20F gtaaaacgacggccag CTTCTCTGTGTTGCAGCATATTC 298年
FANCA_ex20R caggaaacagctatga AGAAGAAACCTGGAAGTAGTCAT
FANCA_ex21F gtaaaacgacggccag ATAATAGATTTGGGGATTGTAAT 255年
FANCA_ex21R caggaaacagctatga CAACAGACACTCAAGGTTAGGAA
FANCA_ex22F gtaaaacgacggccag TGCAGTGAAGAGTCCTGTTGAGT 305年
FANCA_ex22R caggaaacagctatga ACACACCAGCCTGATGTCACTAT
FANCA_ex23F gtaaaacgacggccag CAGTCAGCAGGATCCGTGGAATC 416年
FANCA_ex23R caggaaacagctatga GGCCCTGGAACATCTGATACGAC
FANCA_ex24F gtaaaacgacggccag CCTTCCTGCTGCTCCCGTCC 229年
FANCA_ex24R caggaaacagctatga CAGACTTGGCCCAGCAAGAG
FANCA_ex25F gtaaaacgacggccag CCGCTGGTGGTTGGATTAGCTGT 296年
FANCA_ex25R caggaaacagctatga TTTCCAGGGCACTGAAGACGAAT
FANCA_ex26F gtaaaacgacggccag AGCTTGGAAGAGGGCAGTCTGCT 347年
FANCA_ex26R caggaaacagctatga CTCTTCTAATTTTATCAAACGAG
FANCA_ex27F gtaaaacgacggccag AGACTGTCTCACAACAAACGAAC 356年
FANCA_ex27R caggaaacagctatga CGGTCCGAAAGCTGCGTAAAC
FANCA_ex28F gtaaaacgacggccag GTTGATGGTCTGTTTCCACCTGA 401年
FANCA_ex28R caggaaacagctatga GAAGGAACGGTCACCTACGTGCT
FANCA_ex29F gtaaaacgacggccag GACATGGAGGACTGCGTATGAGA 411年
FANCA_ex29R caggaaacagctatga GTGGCTGTGATGACTGGAACGTG
FANCA_ex30F gtaaaacgacggccag CCCGAGCCGCCAGTCTCAACCCA 411年
FANCA_ex30R caggaaacagctatga AAAGGCAGACCCACCCTAAGCTA
FANCA_ex31F gtaaaacgacggccag GATAAGCCTCCTTGGTCATGGTA 406年
FANCA_ex31R caggaaacagctatga TGGCAATAAATATCTTAATAGCA
FANCA_ex32F gtaaaacgacggccag TTCCTGTGCCAGCATACTGCTCT 359年
FANCA_ex32R caggaaacagctatga GGGTGGGGACACACAGACAAGTA
FANCA_ex33F gtaaaacgacggccag TGGGTTTCAGGGTGGTGGTTGCT 356年
FANCA_ex33R caggaaacagctatga GAACCCTTTCCTCAGTAATTCAC
FANCA_ex34F gtaaaacgacggccag CGCCCAGGGAAGCCGTTAAGTTT 333年
FANCA_ex34R caggaaacagctatga GCGTTCTGAGAAGGCCACGAGAG
FANCA_ex35F gtaaaacgacggccag TTCCTTCACTCTACTAGTTGTGG 311年
FANCA_ex35R caggaaacagctatga TGAGATGGTAACACCCGTGATGG
FANCA_ex36F gtaaaacgacggccag CCATCTCAGCCACCCTCATCTGT 350年
FANCA_ex36R caggaaacagctatga AGGCGCCCACCACCACGAGAACT
FANCA_ex37F gtaaaacgacggccag GACTTGGTTTCTATGGCGTGGTT 310年
FANCA_ex37R caggaaacagctatga CCCAGAGAAATAGCACTGATTGA
FANCA_ex38F gtaaaacgacggccag GTTTTCTAAGATCCACTTAAAGG 362年
FANCA_ex38R caggaaacagctatga CTCACTCACACTTCCGCAAACAC
FANCA_ex39F gtaaaacgacggccag CTGTCCAGAGGCCCAGTATTACC 387年
FANCA_ex39R caggaaacagctatga AGGAGGGCTCGTTCTTAACCATT
FANCA_ex40F gtaaaacgacggccag GGTGTCCCCAGCACTGATAATAG 353年
FANCA_ex40R caggaaacagctatga AGACATAGTGACAAATGGCTACA
FANCA_ex41F gtaaaacgacggccag CCCTTGGCATCACCTGCTACCTT 403年
FANCA_ex41R caggaaacagctatga AACAGGCAAACTCACAGGTTAGA
FANCA_ex42F gtaaaacgacggccag ACCAGCCCTGTTTCTGTATGTCT 248年
FANCA_ex42R caggaaacagctatga ACATGGCCCAGGCAGCTGTCAAT
FANCA_ex43F gtaaaacgacggccag TGTGGGGGACATGAGAATTGACA 378年
FANCA_ex43R caggaaacagctatga GTAATCCACTTTTTAGTGCAACA
FANCAIVS10F gtaaaacgacggccag TTTACATGTGCATCAGTTAGCTT 184年
FANCAIVS10R caggaaacagctatga CATGAAGACACAGAAAAAGTAGGT
(b)
FANCC
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCC_ex1F
FANCC_ex1R		 gtaaaacgacggccag ACCATTTCCTTCAGTGCTGGACA
caggaaacagctatga CCATCGGCACTTCAGTCAATACC		 378年
FANCC_ex2F
FANCC_ex2R		 gtaaaacgacggccag CTAAACAAGAAGCATTCACGTTC
caggaaacagctatga GGAGAAAGGTTCATAATGTAAGC		 303年
FANCC_ex3F
FANCC_ex3R		 gtaaaacgacggccag TCAGCAGAAAGAGAATGTGCAAA
caggaaacagctatga AACATCATAGAACTGGATTCCAC		 405年
FANCC_ex4F
FANCC_ex4R		 gtaaaacgacggccag TGTACATAAAAGGCACTTGCATT
caggaaacagctatga TCCCATCTCACATTTCTTCCGTA		 380年
FANCC_ex5F
FANCC_ex5R		 gtaaaacgacggccag AGAACTGATGTAATCCTGTTTGC
caggaaacagctatga TTACTGCTCTGTGAGAGTTGAGA		 367年
FANCC_ex6F
FANCC_ex6R		 gtaaaacgacggccag GTCTTTGACCTTTTTAGCATGAA
caggaaacagctatga AACGTTTGGACACTGCTGTCGTA		 387年
FANCC_ex7F
FANCC_ex7R		 gtaaaacgacggccag ATTAGTGATTGCATTTTGAACTT
caggaaacagctatga CAAAAATAAAATGTAAATACACG		 422年
FANCC_ex8F
FANCC_ex8R		 gtaaaacgacggccag CTCCTTTGGCTGATAATAGCAAG
caggaaacagctatga CTGATTTTTGAGTTTTTACCTCT		 336年
FANCC_ex9F
FANCC_ex9R		 gtaaaacgacggccag ATACTGCTGAAGCTTATGGCACA
caggaaacagctatga TAACCTTTGTTGGGGCACTCATT		 400年
FANCC_ex10F
FANCC_ex10R		 gtaaaacgacggccag TATGAGGTTATTGGGAGCTTATT
caggaaacagctatga CTGTCTCCCTCATGCTGTAGATA		 382年
FANCC_ex11F
FANCC_ex11R		 gtaaaacgacggccag GAACCAGAAGTAAAGGGCGTCTC
caggaaacagctatga CTGACCTGCTCCAAGCCATCCGT		 416年
FANCC_ex12F
FANCC_ex12R		 gtaaaacgacggccag AAGTACAATTTAAGCCAACCGTT
caggaaacagctatga AGGTTGCCATGACATATGCCATC		 451年
FANCC_ex13F
FANCC_ex13R		 gtaaaacgacggccag CCTCTCTCAGGGGCCAGTGCTTA
caggaaacagctatga AGACCCTCGGACAGGTAACCCAC		 435年
FANCC_ex14F
FANCC_ex14R		 gtaaaacgacggccag ACTTGCTATGCTAATCACCTTGC
caggaaacagctatga AATGCGTGGCCACAGGTCATCAC		 437年
(c)
FANCE
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCE_ex1F
FANCE_ex1R		 gtaaaacgacggccag CGCCTCCCTCCTTCCCTTTC
caggaaacagctatga CCCGCCTCCCATACCTGCTAA		 540年
FANCE_ex2aF
FANCE_ex2aR		 gtaaaacgacggccag GCTCTGCCCAGTCTGCCTTGTGC
caggaaacagctatga CTCTGAGTCCTTTCTGCGTTTCC		 469年
FANCE_ex2bF
FANCE_ex2bR		 gtaaaacgacggccag GCCAGAGACAGCTCCAAAGTCTA
caggaaacagctatga CAGCCTTCCCCATGGATAAAGCC		 479年
FANCE_ex3F
FANCE_ex3R		 gtaaaacgacggccag GCCTCTTGACTTTCTTGAATCAT
caggaaacagctatga ACTGTCCTCAGACCTTTACTCCA		 352年
FANCE_ex4F
FANCE_ex4R		 gtaaaacgacggccag TTGAACCAAGTGTAGACTTACCA
caggaaacagctatga GGGAAGGAACCAAGGGCTAAAAG		 436年
FANCE_ex5F
FANCE_ex5R		 gtaaaacgacggccag GTATCTTTTAGCCCTTGGTTCCT
caggaaacagctatga GAATCCCCTCTCTCAAGTACCAC		 431年
FANCE_ex6F
FANCE_ex6R		 gtaaaacgacggccag TTTCCTTTGTAACATGTATCATC
caggaaacagctatga AGCAGAAAGCAGGGAGGCGGTAA		 433年
FANCE_ex7F
FANCE_ex7R		 gtaaaacgacggccag ACAGGCTGGGCATTCTGTTACCG
caggaaacagctatga AGTGAGACACAAGGATCCCCTAA		 425年
FANCE_ex8F
FANCE_ex8R		 gtaaaacgacggccag TTGGAGCAGCAGATAGATACTCA
caggaaacagctatga AGAGGTGGAGCTGAAGTGACCAT		 380年
FANCE_ex9F
FANCE_ex9R		 gtaaaacgacggccag GTTACCTGCCCAGGGTCACCTAG
caggaaacagctatga CTGGCCAGCACTCAGGGTTTTAT		 388年
FANCE_ex10F
FANCE_ex10R		 gtaaaacgacggccag TGGCCTCCTCTCTCCTCAATAGA
caggaaacagctatga AACAGGGAGGCAGTTGCAATCTG		 369年
(d)
FANCF
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCF_ex1aF
FANCF_ex1aR		 gtaaaacgacggccag TTTCGCGGATGTTCCAATCAGTA
caggaaacagctatga CTGCACCAGGTGGTAACGAGCTG		 449年
FANCF_ex1bF
FANCF_ex1bR		 gtaaaacgacggccag AGTGGAGGCAAGAGGGCGGCTTT
caggaaacagctatga GCTATCACCTTCAGGAAGTTGTT		 456年
FANCF_ex1cF
FANCF_ex1cR		 gtaaaacgacggccag CCCAAATCTCCAGGAGGACTCTC
caggaaacagctatga TTTCTGAAGGTCATAGTGCAAAC		 444年
FANCF_ex1dF
FANCF_ex1dR		 gtaaaacgacggccag GCTTTTGACTTTAGTGACTAGCC
caggaaacagctatga ATTTGGTGAGAACATTGTAATTT		 456年
(e)
FANCG
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCG_ex1F
FANCG_ex1R		 gtaaaacgacggccag AGCCTGGGCGGGTGGATTGGGAC
caggaaacagctatga TCATTTCTGGCTCTTTGGTCAAG		 389年
FANCG_ex2F
FANCG_ex2R		 gtaaaacgacggccag CAGGCCAAGGTAACACGGTTGCT
caggaaacagctatga CCAGTCTCCTCTGTGCCTTAAAC		 460年
FANCG_ex3F
FANCG_ex3R		 gtaaaacgacggccag TATTGTAGCTGTTTTGGTTGGAG
caggaaacagctatga GGTGACAGATGTTGTTTATCCTC		 362年
FANCG_ex4F
FANCG_ex4R		 gtaaaacgacggccag GGAGATGGAGGATGAGGTGCTAC
caggaaacagctatga CGACCACCAACCCAGCCGCCTGT		 411年
FANCG_ex5F
FANCG_ex5R		 gtaaaacgacggccag AGATGGAGATAGGAGAAGACGAG
caggaaacagctatga GCTTCATGAAGGCTGCTTAGTGC		 454年
FANCG_ex6F
FANCG_ex6R		 gtaaaacgacggccag CAGTTCCATGGGCTTCTTAGACC
caggaaacagctatga TCAGGGCTGCAACCAAGTACAAC		 393年
FANCG_ex7F
FANCG_ex7R		 gtaaaacgacggccag GCACTGGGGTCCTGTCACCGTAA
caggaaacagctatga ATAATCTTTGGGAGCCATACTTC		 418年
FANCG_ex8F
FANCG_ex8R		 gtaaaacgacggccag GCTTGTGATGGGGTGACTTGACT
caggaaacagctatga AGTTCAGGTCTAGAAGCAAGGTA		 438年
FANCG_ex9F
FANCG_ex9R		 gtaaaacgacggccag CCTCCTCAGGGCCCATGAACATC
caggaaacagctatga GCAGTGTCTTGAAAGGCATGAGC		 400年
FANCG_ex10F
FANCG_ex10R		 gtaaaacgacggccag CAGGACTCTGCATGGTACCAG
caggaaacagctatga CCAATCAGAAAATCATCCCTC		 460年
FANCG_ex11F
FANCG_ex11R		 gtaaaacgacggccag AGCTCCATGTTCACCTACTTACC
caggaaacagctatga CAGTGCCGCATCTGACTTACATC		 397年
FANCG_ex12F
FANCG_ex12R		 gtaaaacgacggccag AGGATTTGGGGTTTTGGTGACTG
caggaaacagctatga AACTCTTGGGAGCCCTGCATACA		 445年
FANCG_ex13F
FANCG_ex13R		 gtaaaacgacggccag CCGCTTCCATATGTGAGTGTAGG
caggaaacagctatgaC CACAATAGGTCCAAGGACTCTA		 340年
FANCG_ex14F
FANCG_ex14R		 gtaaaacgacggccag CCAAACTAAGGGGTCACATGAAG
caggaaacagctatga GATGGTGAAGCAGAAAGCCCTCC		 405年
(f)
FANCB
引物名称 序列(5′> 3′) 产品长度(bp)
FANCB_ex3AF
FANCB_ex3AR		 gtaaaacgacggccag GATATGGTTATTTGAATTCTTAGCAcaggaaacagctatga GCCATCCTTCATCTCATAGCCTAGT 721年
FANCB_ex3BF
FANCB_ex3BR		 gtaaaacgacggccag ATTAACCTCCCTTACATTGTGATAGcaggaaacagctatga CAATAAGACTCCAGAATGAACTCTA 811年
FANCB_ex4F
FANCB_ex4R		 gtaaaacgacggccag TTTACAAATGACAACTACATGAcaggaaacagctatga TTAAGTATAAAACCACCAATAT 391年
FANCB_ex5F
FANCB_ex5R		 gtaaaacgacggccag ACTGCATCTGGCCTATAGTTcaggaaacagctatga AATACCATTTTTACCCAAGC 411年
FANCB_ex6F
FANCB_ex6R		 gtaaaacgacggccag GTATTTCCTGAATTATTGGTATGTC
caggaaacagctatga CATAAAAGTCCACCATTATAACCTC		 395年
FANCB_ex7F
FANCB_ex7R		 gtaaaacgacggccag TGTTTGGGCCATAAGCCCTA
caggaaacagctatga TTCTGGAGCATCAAGACAGT		 355年
FANCB_ex8F
FANCB_ex8R		 gtaaaacgacggccag GTTGTTTGTATGACATTTAATCATC
caggaaacagctatga ATCATTAAACTCTGCCCATTATCAG		 636年
FANCB_ex9F
FANCB_ex9R		 gtaaaacgacggccag AGGTAATTTTGTTGGCACTT
caggaaacagctatga ATGCGTTCATTCATGCTAGG		 531年
FANCB_ex10F
FANCB_ex10R		 gtaaaacgacggccag AATTGGTTCTGTTTATCATTATGGT
caggaaacagctatga CTACTACAGTAAGCCTCGGTGTTTA		 686年
PCR条件:
PCR是在应用生物系统公司执行PE9700系统使用96孔板。PCR反应(最后一卷25 l)包含0.5个单位铂Taq(表达载体),1、5毫米MgCl2、0.2毫米国家结核控制规划(表达载体)和10 pmol底漆。
绝大多数的扩增子,标准使用PCR条件:预热95°C, 5分钟,变性95°C, 30秒,退火60°C, 30秒。,伸长72°C, 1分钟,周期数量:33。
不同的退火温度是碎片FANCA21外显子5、7、13日,26日,31日,38岁,FANCC外显子7,FANCF片段1 d和FANCE外显子1:55°C;FANCA外显子1:64°C。为FANCE外显子1 PCR补充10% DMSO溶液混合。
为FANCB使用不同的PCR条件:预热95°C, 5分钟,变性95°C, 1分钟,退火50°C, 1分钟。,伸长72°C, 1分钟。,30的周期数。为FANCB外显子7和9的退火温度55°C。外显子测序的7,使用一个特殊的测序引物:5′-TTTTTAGAAGGAATGTCTTG-3′。
足总基因特定的引物是在首都的一部分。引物与M13扩展序列(正常的信中表示类型),用于测序反应。