比较基因组杂交、层次聚类分析和自组织特征图研究前列腺癌的染色体区域

摘要

比较基因组杂交(CGH)是一种成熟的遗传学方法，可以对染色体不平衡进行全基因组调查。对于每一个染色体区域，一个人获得了遗传物质是否有损失或获得，或在那个地方是否没有变化的信息。因此，大量的数据快速积累，必须将其按逻辑顺序排列。聚类分析可用于将个别病例(样本)分配到不同的病例群中，这些病例群是相似的，每个聚类可能与不同的肿瘤生物学有关。另一种方法是将染色体区域聚类，重写原始数据矩阵，将病例写成行，染色体区域写成列。在本文中，我们应用层次聚类分析以及自组织特征图的两种实现作为经典和神经元工具，对前列腺癌CGH数据到此类转置数据集进行聚类分析。自组织地图是一种人工神经网络，具有在无监督学习规则的基础上形成集群的能力。我们研究了一组48例偶发癌，这是一种肿瘤类别，以前没有评估CGH。此外，我们研究了50例pT2N0 -肿瘤和20例pT3N0 -癌。结果显示，在所有病例组中有三组染色体区域，它们是(i)正常或受损失和收益影响最小的区域，(ii)损失多而收益少的区域和(iii)收获多而损失少的区域。 Moreover, for the pT2N0‐ and pT3N0‐groups, it could be shown that the regions 6q, 8p and 13q lay all on the same cluster (associated with losses), and that the regions 9q and 20q belonged to the same cluster (associated with gains). For the incidental cancers such clear correlations could not be demonstrated.

分析细胞病理学

比较基因组杂交、层次聚类分析和自组织特征图研究前列腺癌的染色体区域

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