氨氧化剂吸收从土壤孔隙水,把它转换成羟胺和亚硝酸盐。氨氧化剂硝酸释放到土壤孔隙水,然后被硝化细菌吸收,转化成硝酸盐。一旦释放到土壤孔隙水、硝酸盐可以接受其他转换(如固定,植物吸收、浸出、脱氮)。上图:透射电子显微照片亚硝化球菌属oceani写明ATCC 19707(克洛茨et al。18),美国微生物学会版权)。底部图片:透射电子显微照片硝化菌属winogradskyinb - 255 (Starkenburg et al。19),图像由w·j·希基,威斯康星大学麦迪逊分校)。