分解衰老作物对农业生态系统的土壤表面残留。叶子是支离破碎的生物,通过土壤内消旋的作用,大型生物,通过耕作机械和农业机械,通过土壤表面。物理碎片继续殖民叶表面的微生物粒子,这些粒子是由土壤动物摄入。随着次生细胞壁的渗透和细胞膜破裂,复杂的有机分子,如纤维素、木质素和蛋白质释放到土壤孔隙水。微生物和植物产生的胞外酶水解复杂化合物成简单的单体的单位如糖,酚类化合物和氨基酸。单体的基质吸收然后通过原核生物的细胞膜(如图所示)和真核生物(没有显示),进行胞内酶水解,导致二氧化碳的生产(CO₂)和其他代谢副产品。