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Protocols.io:食谱在开放科学创新

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Protocols.io:食谱在开放科学创新

开放获取平台protocols.io Hindawi出版合作伙伴很容易让作者可以发布和适应他们开发的方法和通过专用的引文得到他们的信用。在这篇博客文章,卡特里奥娜麦卡勒姆,开放科学的Hindawi出版总监,解释它是如何工作的。


有时候研究最具影响力的结果是一个方法。在CRISPR基因编辑的地标文件1-3提供的影响的方法一个显着的例子可以在科学的领域。但大多数文章没有方法庆祝前沿和中心舞台,许多期刊会拒绝的文章,“我们只是一个方法论文”和没有足够的影响。

然而,几乎在科学每一篇文章都有某种方法 - 配方 - 它讲述的研究人员如何做他们做了什么故事。大多数去幕后最,如开创性论文CRISPR或其他具有里程碑意义的方法也引发了争议,聚合酶链反应(PCR),是自己多年的工作的高潮在不同位置的许多研究人员合作上非常不同的主题4-6。每当一个方法是有用的或有趣的,别人会创新。他们会使用它,挑战它(最近Kosicki等。7有关CRISPR),完善它,适应它 - 这就是科学是如何工作的。

即使当一个方法不喧腾8,它仍然是研究的一个重要的输出需要设置出足够的细节来使结果和结论可信,使他人再使用或如果需要适应它。Hindawi出版刊物对方法没有空间限制,但研究的方法在大多数期刊传达今天往往需要方法部分被转移到一个补充文件或作出如此简洁,这是他人无法按照食谱。而更多的,往往不是该进入开发或改进的方法的细致的工作从未明确奖励。在许多情况下,这是职业生涯的早期研究者谁做大量的工作9。这就是为什么我们鼓励我们所有的作家,不仅勾勒出他们的方法在自己的手稿,而是作为研究的独立可信的独立输出发布的文件,然后在他们的论文引用它。有各种各样的平台和资源库,使这一点。我们正在与一个开放接入平台的合作,protocols.io,以方便为作者发布和适应他们开发的方法和通过专用的引文得到他们的信用。发布您的方法不仅有助于直接信贷这样的输出,它有助于知识的开放基础,是开放科学的一部分。

创建您的protocols.io方法,并从您提交的文章链接到它是简单(见相关刊物的指导方针和“它是如何工作”以下),有几个好处。您可以创建,开发,编辑和时间的方法,以结构化方式。你可以在它的在线一起与同事,版本吧,选择在任何时候发布(使用CC BY许可)工作,或使其私用的编辑和审稿人。它可以让你把所有的细节和步骤,包括提示和技巧,你不能把在最后一篇文章中这样做,这让其他人跟随你的食谱。其他研究人员也可以以一种蜜饯礼券原作者复制和修改你公开的任何协议,并且可以共享这方面的知识。

协议在临床和实验室研究,但“协议”是常用的包括任何结构化方法,可以适用于任何领域。在protocols.io目前有发布不只是从方法临床科学而且从生态计算科学,甚至一个的组件自主礁监测机构

公开的方案提高了价值,透明度和您的期刊文章的可信度。因为它是有自己独立的引证出版,你不仅可以在第一篇论文引用的方法使用,但在其他有关文件和其他地方,节省您的时间(见protocols.ioFAQ页面)。与大多数期刊的补充材料,对protoocols.io的方法也完全可搜索的,而一旦公布,他们可以更新。

有大约值得信赖和一些刊物和出版社有多少科学的是鼓励或要求作者,使他们的协议,提供给读者旁边的文章越来越多的公众关注。发布您的方法,并使其免费提供给别人使用给别人在你的工作更有信心,以及让您享有专属它的信用。

方法是在自己建立科学的块和 - 创新的源泉。他们在那里的记录,如果别人想采取同样的方法或检查结果的有效性。如果你想用它鼓捣或完善它能够再现的方法准确也至关重要。由于CRISPR故事告诉,方法也可以是真正的创新的源泉,甚至是有争议的时候,或者如果早期步骤没有表现出同样的承诺。

这个怎么运作

  1. 在注册protocols.io创建协议
  2. 选择“获取DOI”在protocols.io菜单选项卡上
  3. 包括如下您的稿件的方法部分的DOI(用于在Hindawi出版刊物的任何物品):http://dx.doi.org/10.1155/protocols.io.[PROTOCOL NUMBER]

编辑和审阅者可以使用DOI链接以查看协议(说明也可在protocols.io)。如果您的文章发表,这个引用链接会自动让你的协议公布,使读者可以查看你的详细方法。该协议也将被链接到您的文章protocols.io。

你也可以让你的公开协议你的文章发表前,如果你选择,这不会伤害你的稿件的同行评审过程中,你可以随后将其链接到出版物。你提交你的文章到日记之前,这可以让你得到你的方法来调整或改进提出了意见。

参考

  1. Jinek,马丁,克日什托夫·Chylinski,伊内斯Fonfara,迈克尔·豪尔,珍妮弗A. Doudna和艾曼纽夏邦杰。“A可编程双路-RNA-DNA指导核酸内切酶在Adaptive细菌免疫”。科学337,没有。6096(2012年8月17日):816-21。https://doi.org/10.1126/science.1225829
  2. 丛乐,F.安然,戴维·考克斯,Shuailiang林,罗伯特·巴雷托,娜奥米·哈比卜,帕特里克D.许,等。“多重基因组工程使用CRISPR / CAS系统。”科学(纽约,纽约)339,没有。6121(2013年2月15日):819-23。https://doi.org/10.1126/science.1231143
  3. 马里,PRASHANT,卢汉杨,凯文M. Esvelt,约翰·阿赫,马克·奎尔,詹姆斯·E·迪卡洛,朱莉E.诺维尔,和George M.教堂。“通过Cas9 RNA制导人类基因组工程”。科学(纽约,纽约)339,没有。6121(2013年2月15日):823-26。https://doi.org/10.1126/science.1232033
  4. 张,莎拉。“上空的战斗基因组编辑获取科学都错了。”有线,2015年10月4日。https://www.wired.com/2015/10/battle-genome-editing-gets-science-wrong/
  5. 巴特利特,约翰·M·S。,和大卫·斯特林。“小史聚合酶链反应的。”在PCR协议,3-6。方法分子BiologyTM。Humana公司出版社,2003年。https://doi.org/10.1385/1-59259-384-4:3
  6. “聚合酶链式反应的历史。”维基百科,2018年4月24日。https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=History_of_polymerase_chain_reaction&oldid=838056328
  7. Kosicki,迈克尔,卡丁车Tomberg和艾伦·布拉德利。“通过CRISPR-Cas9导致大的缺失和重排的复杂诱导双链断裂的修复。”自然生物技术36,没有。8(八月2018):765-71。https://doi.org/10.1038/nbt.4192
  8. Corbyn,佐伊。“CRISPR:这是一个好主意,‘升级’我们的DNA?”观察员5月10日,2015年,秒。科学。https://www.theguardian.com/science/2015/may/10/crispr-genome-editing-dna-upgrade-technology-genetic-disease
  9. 莱德福德,海蒂。“CRISPR的无名英雄。”自然新闻535,没有。7612(2016年7月21日):342。https://doi.org/10.1038/535342a

在这篇博客的文字是由卡特里奥娜麦卡勒姆。它是根据分布式知识共享署名许可(CC-BY)。的例证是通过Hindawi出版,也是CC-BY

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