广泛的临床分离株之间的遗传多样性结核分枝杆菌在伊朗中部省份

文摘

人类肺结核引起的结核分枝杆菌(快艇在许多国家)仍然是一个重要的疾病。根据伊朗与阿富汗和巴基斯坦的边境,这是在世界各地的22个高负担国家中,本研究进行分析当前结核病分子流行病学和遗传多样性的调查快艇菌株在往来省中心的伊朗。在本实验研究中,75痰标本和一个洗胃痰检阳性结核病患者承认的公立医院往来省在特定的分枝杆菌培养基培养。基因组DNA被消化Pvu二世和转移到带正电的尼龙膜由南方印迹方法和杂交pgr博士和调查。的pcr分离PGRS-RFLP和DR-RFLP显示广泛的遗传多样性25和26个基因型,分别。一般来说,尽管数量相对有限的隔离在这项研究中,高年龄的病人也大异质性中设置都是反对活跃流通快艇菌株之间的病人在研究伊朗或阿富汗公民。因此,似乎重新激活潜伏感染的主要角色有肺结核的传播。

1。介绍

全球结核病仍是最普遍和流行病学的重要疾病之一。三十年来首次引入以来,分子基因分型为医学界提供了一个巨大的负载对结核病流行病学信息。这是物化通过帮助识别指数在结核病疫情(源)情况下,检测结核病传播,区分复发和再感染的情况下,最后在抗生素治疗有效的评估。根据世界卫生组织报告,在伊朗2012年结核病患病率约为33例每100000人(1]。地域分布、种族多样性与收入之间存在较大的差异和社会经济地位的人已经改变了这个索引在地理区域和省在伊朗。在往来省,2006年,结核病患病率约为每100000人10.3例,低于全国平均水平(2]。等因素与德黑兰邻居省,位于主干道进入西部地区的国家,大量的传统制造业和服务单位,是好非伊朗劳动力的目的包括劳工移民和阿富汗寻求庇护者,导致这一事实省可以容纳大量的非伊朗公民。另一方面,政治困境,中央政府薄弱、内战、恐怖主义、贫困以及薄弱的卫生系统在很长一段时间内影响到周边国家的伊朗和来自这些国家的近400万名外国侨民的存在(大约6%的当前人口伊朗)的结构施加额外压力伊朗医疗保健。因此,从这些国家结核病等传染病的传播改变了这些疾病的流行病学特征在伊朗3]。尽管许多研究不同地区的结核病分子流行病学的伊朗,在这方面很少有信息往来省中心的伊朗。因此,本研究目的是为了分析当前结核病的流行病学。

2。材料和方法

2.1。抽样

75年收集痰标本和一个洗胃在2010年2月到2011年9月期间从痰检阳性结核病患者(例如,72伊朗和4名阿富汗人)承认的公立医院的往来,伊朗的中心。

本研究经伦理委员会批准的阿拉克大学医学科学,阿拉克,伊朗。研究受试者招募后提供书面知情同意。

2.2。含有甘油优惠在LJ培养基上的细菌生长与丙酮酸LJ培养基

收集的标本处理和培养用甘油处理以及丙酮酸传统Lowenstein-Jensen (LJ)斜坡根据可用的标准协议的初步鉴定牛分枝杆菌隔离(4,5]。

2.3。基因实验

2.3.1。基因组DNA的准备工作

的是6110年RD pcr, PCR-RFLP分析,简单的细菌生长铂环量被转移到一个包含400 microfuge管μL结核病溶解缓冲区(Cinnagen,德黑兰,伊朗),热处理(95°C, 30分钟)、涡,离心机(4500克,15分钟)紧随其后的上层清液转移到新管,另一轮的热处理(80°C, 30分钟)。管内容被存储在前20°C−用于pcr。PGRS-RFLP和DR-RFLP测试的高质量基因组DNA提取如前所述[6]。

2.3.2。PCR-16SrRNA

Huard的方法是用来放大16 srrna 543 bp长片段。引物的序列如表所示1(7]。

2.3.3。PCR-IS6110

麦克休的方法是用来放大长245 bp的IS6110片段标记使用INS1和isn2引物(表1)[8]。

2.3.4。RD-Typing

RD实验,沃伦·法简单修改,4个人pcr包括RD1 RD4, RD9,最后RD12由前所述引物区分的成员结核分枝杆菌复杂的(表1)[9]。

2.3.5。PGRS-RFLP和DR-RFLP

国际标准化的协议来进行这些RFLP实验(6]。总之,6微克的基因组DNA被消化Pvu二世和孵化一夜之间在37°C。DNA片段分离通过凝胶电泳和转移到一个带正电的尼龙膜(印迹)。的digoxigenin tail-labelled pgr (5′CGG 20 TTG 20 20 TTG 20 20 TTG 20 20 3′)或博士(5′20 AGA GGG广汽GGA AAC 3′)探针用于杂交是在使用滚瓶法(表65°C2)。杂化膜被暴露在碱性phosphatase-conjugated anti-DIG抗体溶液和杂交信号检测使用衬底BCIP /电视台。摄影是用扫描仪(MF3110激光炮基地,日本)和获得的图像被保存在JEPG格式。实现了RFLP模式是经过仔细观察研究小组由两名有经验的成员和分析使用Gel-Pro(媒体控制论,意大利米兰)6,10]。

3所示。结果

3.1。研究人群

76年的标本(如,76名患者)纳入研究中,细菌培养成功导致了62年分枝杆菌分离株的集合。信息的病人包括年龄,性别,国籍提取。病人(培养阳性)包括32名男性和30名女性,其中4人是阿富汗人(2男2女)。患者的年龄不同从27到93年,平均年龄是62岁。

3.2。微生物文化用甘油处理和丙酮酸LJ

61隔离最好增长用甘油处理LJ与丙酮酸LJ的标志结核分枝杆菌。只有一个隔离是生长在丙酮酸LJ比用甘油处理LJ显示牛结核分枝杆菌。

3.3。PCR-16SrRNA

所有这些隔离了543 bp典型片段特定于分枝杆菌物种的成员。

3.4。PCR-IS6110测试

在是6110年pcr这些隔离了245 bp典型片段的特定成员结核分枝杆菌复杂。

3.5。RD-Typing测试

RD输入结果观察时,除了一个隔离的研究显示模式匹配结核分枝杆菌而非- m。肺结核隔离被理解牛分枝杆菌。

3.6。pgr和RFLP博士

PGRS-RFLP使用Pvu二世于62年成功进行隔离,我们分类成25个基因型组(P1 P25)(图1)。这诱导八个集群和17个孤儿模式。六十二年的隔离也受到RFLP打字用探针博士Pvu二世和生产26 RFLP-DR类型(D1 D26)(图2)。这诱导八个集群和18个孤儿模式。阿富汗与伊朗的病人,没有一个病人隔离的遗传相似性。八个隔离属于4基因型(每组2隔离)在这两种方法都被放置在一个集团(P5-D1;P4-D6;P1-D11;P8-D20)。的遗传模式牛分枝杆菌隔离(P20-D15)是完全不同的结核分枝杆菌隔离和没有任何相似性从伊朗之前报道的基因型。

4所示。讨论

城市化和工业化的伊朗中部省份造成许多人在这个省的移民。客户端访问外国廉价劳动力,消除保险成本,进一步掌握阿富汗工人的可能性,因为他们需要工作超过伊朗求职者造成雇主使用它们。它会导致这个省可以容纳大量的非伊朗公民。因此,从这些移民改变了结核病的传播这种疾病的流行病学特征在伊朗往来省中心。

在最近的几十年里,结核病分子流行病学在不同地区的伊朗(11,12)如德黑兰(13,14],东Azarbaijan [15],Khorasan [16)研究,但很少有信息往来。因此,本研究目的是为了分析当前结核病的流行病学。一个相当大的遗传多样性的人口结核分枝杆菌在伊朗证实双方通过几乎所有的最近使用DNA输入系统(15,17]。虽然复活感染引起的疾病在过去几年里,似乎说明这些流行病学调查结果17),这种情况下的确凿证据仍然是未知的。有趣的是不同的流行病学特征牛结核分枝杆菌人口在伊朗已报告显示该病原体的遗传多样性(很少18]。本研究的结果从四个方面是很重要的。首先,查看25和26个不同遗传类型pgr和DR-RFLP相对较小的一组结核分枝杆菌隔离(62株)显示相当大的变化的病原体的往来。至关重要的是要注意可能增加隔离在进一步调查显示多态性比当前值。尽管差异进化的机制和pgr的变化和遗传标记博士协议打字方法获得的结果证实了目前的结果显示的准确性显著的应变水平多样性的往来。发现两个遗传标记合并时,四个组合基因型,即P5-D1, P1-D11, P4-D6, P8-D20,确定每种类型显示了两个隔离的地方,他们可能流行病学关联的象征。另一方面,这些小集群模式表明,有复活例结核病而不是流行病传播。其次,基因之间的不同结核分枝杆菌菌株与伊朗(58人)和阿富汗(4人)患者显示与流行的看法相反,non-Persian少数民族没有一个广泛感染伊朗公民。它已经被一些作者认为3,17]。然而,一个明确的相似性阿富汗隔离(从60岁的女性)和伊朗孤立(从一个75岁的老人)显示了一个单一的基因型(这里和P1)因此可能表明疾病传播和流行的分离。自一次彻底的审查之间的社会关系两个病人已经完成,发现阿富汗妇女担任管家的伊朗人。第三,在研究中考虑到病人的平均年龄是62岁以上的年我们认为这更有可能是一个活化的结核病接触者追踪策略而不是流行病传播事件在伊朗也证实了其他作者的解释。第四,唯一的隔离牛结核分枝杆菌这是来自伊朗的病人表现出完全不同的基因(P20-D15)相比其他模式牛分枝杆菌隔离之前在伊朗Mosavari和他的同事(组10]。考虑到年龄(75岁女性)和国籍(伊朗)的病人举办这个特定的隔离和引起的人畜共患肺结核的本质牛分枝杆菌在人类中,感染的可能性在早些时候由于接触应变,对于一些未知的原因不再频繁或在牛农场似乎被解释为最常见的牛牛分枝杆菌菌株已经详尽研究了近年来伊朗。因此,这更有可能是一个活化的人畜共患结核病而不是流行病传播事件。

5。结论

最后,在这一地区的作用牛分枝杆菌在人类肺结核和遗传的多样性结核分枝杆菌高,所以看起来像MIRU-VNTR和更多的研究是什么6110年都需要提供一个可靠的生物地理学结核病在这个省的地图和伊朗。

伦理批准

本研究回顾和批准的机构伦理审查委员会Razi疫苗和血清研究所、卡拉杰,伊朗。

利益冲突

作者同意,没有利益冲突有关的出版。

作者的贡献

萨曼Soleimanpour,煦Hamedi美国手语,Keyvan Tadayon, Ali Asghar Farazi, Rouhollah Keshavarz, Kioomars Soleymani,哈里萨达特Sedighinia,和纳德Mosavari参与设计研究中,数据收集、实验室工作,统计分析,论文的审查。所有作者阅读和批准了期末论文。

确认

Razi疫苗和血清研究所(RVSRI)和医学科学大学感谢阿拉克的研究资金和行政支持。医生和实验室工作人员的卡拉季和阿拉克分支RVSRI往来省医院也参与这一块的工作得到承认。Mehdi艾哈迈迪,Shojaat Dashti, Samrand Reshadi特别感谢他们的贡献在处理临床标本。萨曼Soleimanpour RVSRI是一个研究生。

引用

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