Nontuberculous分枝杆菌在瓜德罗普、马提尼克和法属圭亚那从1994年到2012年

文摘

Nontuberculous分枝杆菌(特种加工)是无处不在的环境生物能够引起人类严重的机会性感染。他们的分布受地理变异模式。本研究描述了他们的隔离频率从临床标本在美洲的三个法国的海外部门,即瓜德罗普、马提尼克和法属圭亚那期间1994 - 2012。总共651株从许多病人(每个物种每一个隔离病人)进行分析对区域隔离模式和潜在的模式会随着时间而改变。的鸟型分支杆菌复杂的是最常见的瓜德罗普和法属圭亚那特种加工。在马提尼克岛后的第二个最常见的快速增长的分枝杆菌。m . fortuitum是最常见的孤立的物种在所有三个部门。一些物种(m . kansasii,m . xenopi,m .土复杂)表现出明显的地区优先。此外隔离观察频率的变化m . intracellulare(增加),m . kansasii(减少)在瓜德罗普岛。总之,在特种加工物种隔离频率显著地区差异研究中观察到的区域。结果讨论了上下文的变量如研究人群,风险因素,方法论,从肺隔离和消毒隔离网站(血液、尿液、脑脊液)和体外药敏模式。

1。介绍

除了专性病原体结核分枝杆菌和麻风杆菌,属分枝杆菌包括大量的环境微生物复合菌群通常被称为非结核(特种加工)或非典型分枝杆菌(原核的列表名称与站在命名(1列出了164种分枝杆菌和13亚种)。环境分枝杆菌中可以找到各种各样的水生和陆生的栖息地。他们被隔绝灰尘、气溶胶和生物膜(2),经常从国内或医院配水系统中恢复过来3]。许多这些环境分枝杆菌作为机会致病菌引起的各种疾病。这样的感染往往与诱发因素如免疫缺陷或潜在肺部疾病(4]。除了肺感染、特种加工可以与皮肤疾病、软组织感染,骨骼感染、淋巴腺炎,外国身体有关感染(例如,导管相关性感染),和菌血症艾滋病患者在别人4,5]。大量增加特种加工感染已观察到在1980年代和1990年代早期(6,7]。而提高抗逆转录病毒治疗导致的发病率减少传播鸟型分支杆菌复杂的艾滋病患者感染,肺部感染特种加工的速度增加(4]。在一定程度上,这无疑是增加归因于更好的诊断工具和特种加工疾病增加的意识。然而,特种加工是重要的病原体尤其是因为他们高水平的天然抗生素耐药性使他们难以治疗4,8]。已经观察到有明显的地区差异对于一个给定的速度特种加工物种隔离从临床样本6,9]。这些地理差异最近调查首次在全球层面的Hoefsloot et al。9]。

在这项研究中我们报告特种加工的分布在美洲的三个法国的海外部门,也就是说,瓜德罗普、马提尼克和法属圭亚那的结果基于651年临床特种加工分离获得19年期间从1994年到2012年。液体和固体的影响文化隔离特种加工的频率,以及其他变量如研究人群,风险因素,方法论,从肺隔离与无菌隔离网站,药敏模式,等等,做了检查。

2。方法

2.1。病人和标本

特种加工株临床标本中分离的从患者获得在瓜德罗普岛,马提尼克岛,或者法属圭亚那的时期1994 - 2012和代表一个完整的收集临床分枝杆菌分离株的这三个设置。为了确保结果的可解释性,每个病人每个物种只有一个隔离是保留进行分析。隔离在固体培养专门媒体(7 h10 LJ, 7 h11介质),除了在瓜德罗普BACTEC MGIT960液体培养系统(becton dickinson,富兰克林湖,新泽西,美国)2007年1月推出。从1994年到1995年,特种加工隔离被确定增长和文化特征和常规生化检查。从1996年开始AccuProbe试验(Gen-Probe Inc .)、圣地亚哥、钙、美国),允许之间的分化m . avium和m . intracellulare和便于识别m . kansasii和m . gordonae,尽管生化测试仍在使用的其他物种的识别。此外,PCR-restriction片段长度多态性分析(PRA)hsp65基因(11)是用作补充并行识别技术为研究目的。在2006年末,所有三种方法取而代之的是基因型分枝杆菌厘米/化验(海Lifescience GmbH, Nehren,德国)。

2.2。药敏检测

药敏测试执行(如前所述10]。短暂,分离株进行药物敏感性检测7日h11琼脂培养基的浓度:异烟肼(异烟肼、0.2和1μg / mL)、利福(RBT 1μg / mL)、利福平(RIF, 1和图15所示μg / mL)、乙胺丁醇(EMB, 7.5μg / mL), D-cycloserine(直流,30岁μg / mL)、乙硫异烟胺(乙10μg / mL)、氯法齐明(CLOFA 1μg / mL)、链霉素(SM, 2μg / mL)、阿米卡星(AMIK 4和20μg / mL),卡那霉素(假名,6μg / mL)、氧氟沙星(OFLO, 1.5和5所示μg / mL)、环丙沙星(环丙沙星,1.5和5所示μg / mL), sparfloxacin (SPARFLO, 1.5μg / mL)和克拉霉素(CLARIT 32μg / mL)。

2.3。统计分析。

占据12.1版本是用于统计分析。百分比比较采用卡方检验;≤0.05的值被认为是具有统计学意义。趋势分析是使用nptrend命令执行的非参数检验的占据Cuzick开发的趋势在命令组(12]。促进长期变化的识别,数据被进一步分成三组五年(1994 - 1998、1999 - 2003和2004 - 2008年)和一组四年(2009 - 2012),分析了使用变量的平均值为每一组感兴趣的。这种方法允许甚至每年隔离频率的变化。注意,使用一个特定的分类评估实现MGIT文化系统的影响在2007年分裂的数据组:2007 - 2012 1994 - 2006 (pre-MGIT)与(MGIT)。

3所示。结果

共有651名非典型分枝杆菌的分离获得病人在瓜德罗普岛,马提尼克岛,法属圭亚那(结果总结在表1- - - - - -3)。总的来说,595/651(91.3%)的隔离是物种识别水平。基于信息记录在实验室注册天数到积极的分枝杆菌生长,剩下的56个不明身份的分离是暂时分为快速增长(RGM;;2.15%)和缓慢增长(;3.22%)以外的物种或标记为分枝杆菌结核分枝杆菌(莫特;;3.22%)时,这些信息并不是可用的。

在19年的数据收集,一个重要的趋势观察更高的患者平均年龄(特别是在马提尼克岛;),患者的平均年龄53年(范围48年法属圭亚那58年马提尼克岛)。性别和艾滋病毒血清学信息被用于615和225例,分别男女性别比例为1.63和积极的艾滋病毒血清学在129/225(57.3%)例。

大多数的临床标本(75%)肺样本。比例的病人只有肺外样已获得三个部门之间的差距显著,从法属圭亚那的16%到30%在马提尼克岛(瓜德罗普岛:20%;)。临床标本通过咳痰是最常见的(),其次是胃插管()和血液样本()。注意,绝大多数的血液样本产生隔离标识m . avium(/ 86)或MAC (/ 86)。其他物种从血样分离m . intracellulare(),m . simiae(),m . kansasii()。

关于各种特种加工物种的分布,观察(表20个物种1- - - - - -3,图1(一))。物种属于鸟型分支杆菌复杂(MAC)占230/651或35.3%的隔离,使它们最常见的隔离群非典型分枝杆菌在这项研究中。他们在瓜德罗普岛同样普遍,马提尼克岛,法属圭亚那,构成37%,31%,和36%的菌株,分别(表1;图1 (b))。230 MAC隔离,138(60%)被发现的物种水平;一般来说,m . avium经常遇到比吗m . intracellulare(63%比37%那些发现在物种水平;m . avium ,m . intracellulare )。然而,的比例m . avium马提尼克岛价格高,法属圭亚那(76和81%,分别地。)比在瓜德罗普岛(42%)。相比之下,m . intracellulare是孤立的更频繁的比例总隔离在瓜德罗普岛(13%比5.1%在马提尼克岛和法属圭亚那的3.7%;)比m . avium(瓜德罗普岛的9.3%与16%和16%,分别地。在马提尼克岛和法属圭亚那;)。请注意,m . intracellulare下半年在瓜德罗普岛越来越孤立的这项研究中,12%的菌株在2004 - 2008年和2009年的34% - 2012 (;表1,数据1 (b)和1 (c))。

快速增长的分枝杆菌(RGM)由34%的隔离观察和显著差异的百分比RGM隔离三个部门(图1 (b);法属圭亚那30%,瓜德罗普岛33%,马提尼克岛45%;)。在这其中,m . fortuitum是最常见的孤立的物种在全球样例(153/651,23.5%),和三个部门(马提尼克岛29%,瓜德罗普岛22%,法属圭亚那20%)。这是紧随其后的是m .脓肿(),m . chelonae(),是最常见的孤立的RGM。

显著差异的观察m . gordonae,m . chelonae(RGM),m . simiae在三个部门(表1- - - - - -3,图1 (b))。前两个更流行在马提尼克岛(11%和5.2%,分别地;和0.005)比在瓜德罗普岛(5.6%;1.5%)或法属圭亚那(2.7%;0.5%),m . simiae在瓜德罗普岛更广泛(9.3%)比其他两个部门(马提尼克岛和法属圭亚那的3.1%和2.1%;)。有趣的是,m . kansasii只是孤立的两个岛设置隔离的绝大多数(29/33)来自瓜德罗普岛,但不是在法属圭亚那(表吗2)。尽管如此,其隔离频率稍微降低了2008年之后,稳定在一个隔离每年除了2010年m . kansasii菌株被孤立在任何部门。在同一行,m . xenopi只有瓜德罗普(3/8)的患者中分离出和马提尼克岛(5/8)但是没有从法属圭亚那的病人。相比之下,m .土复杂的菌株主要是孤立的从法属圭亚那(22/25)的患者和没有在瓜德罗普岛;有趣的是大多数()获得了在3年期间从2000年到2002年在2001年的峰值10隔离(从法属圭亚那所有;图1 (c))。

我们也调查了如果采用液体培养系统BACTEC MGIT 960在2007年1月在瓜德罗普岛的比例影响积极的文化,基于可用数据病理样本收到了1994年和2006年之间()与样品收到了从2007年到2012年()。这是观察到的引入MGIT系统显著增加分枝杆菌阳性标本的比例(1648/31307,5.3%,1994 - 2006年的778/10499,7.4%,2007 - 2012年;)。然而,液体培养MGIT系统本质上隔离的特种加工中受益。事实上总诊断病例的比例结核分枝杆菌每个标本总数是新文化的影响方法(407/31307,1.3%,在1994 - 2006和133/10499,1.3%,2007 - 2012年;)而不是一个显著增加特种加工隔离(201/31307,0.6%,在1994 - 2006和122/10499,1.2%,2007 - 2012年;)。最后,瓜德罗普MGIT文化的引入大大降低了显微镜+ /文化−病例的比例在所有积极的样品(556/1648,33.7%,在1994 - 2006和122/778,15.7%,2007 - 2012年;)的显微镜−/文化+例(398/1648,24.2%,1994 - 2006年与301/778,38.7%,2007 - 2012年;),清楚地显示分枝杆菌的液体在固体的文化隔离,除了短的周转时间文化的积极性。

最后但并非最不重要,药敏模式(定义为≤10%的隔离显示体外抗)基本上证实了以前的观测高度可变自然特种加工的耐药性(表1- - - - - -3;(10])。m .脓肿是最耐药生物体而m . xenopi和m . kansasii是最药物敏感的生物,而其他隔离不同药敏显示模式。体外药物之间的家庭,最大的频谱活动显示了大环内酯物药物克拉霉素,氟喹诺酮类原料药,D-cycloserine,和氯法齐明;中间活性药理所示,乙胺丁醇、乙硫异烟胺和氨基糖甙类,异烟肼是最活跃的。看到他们的药代动力学特性和较小的副作用,克拉霉素(活动对MAC包括m . avium和m . intracellulare,m . chelonae,m . gordonae m . kansasii m . simiae土复杂的,m . xenopi m .近年来,m . interjectum m . malmoense和m . scrofulaceum对身份不明的rgm)和喹诺酮类(与活动,m . fortuitum,m . gordonae,m . xenopi m .刺蛾和m . malmoense)是潜在活性药物来治疗感染特种加工。

4所示。讨论

我们所知,这是第一次报告的复合菌群分布的非结核分枝杆菌在法国海外部门的美洲。其他研究已经讨论了特种加工的物种分布在一个多国(7)或全球水平(9]。在世界的大部分地区,鸟型分支杆菌复杂导致传播感染艾滋病患者(4)是最常能观察到病人隔离(特种加工6,7,9]。它被发现在所有三个部门非常普遍,占31 - 37%的隔离,这对应于欧洲和南美的利率报道Hoefsloot et al。9]。鉴于几乎一半的m . avium隔离(/ 87)和大约三分之一的MAC隔离(/ 92)从血液样本中得到,很明显,这些特种加工经常涉及实际疾病与隔离肺样本可能表明瞬态接触后殖民环境特种加工品种。

尽管艾滋病毒血清学没有系统地报道对于多数患者,艾滋病协会和MAC /m . avium合并感染证实了我们的数据(表1;43/4和40/8分离,分别地。,从HIV + /艾滋病毒−病人)。但是,没有这样的协会观察m . intracellulare(5/5隔离从HIV + /艾滋病毒−病人,职责)。我们之前的结果表明,没有特权的生态位m . avium感染艾滋病患者在研究区13),这一发现将值得进一步调查。相反,没有明显的隔离观察频率和艾滋病毒状况协会m . simiae在目前的研究()尽管m . simiae与感染有关的绝症艾滋病患者过去(瓜德罗普岛14,15]。最后,m . intracellulare更频繁地孤立在瓜德罗普岛吗m . avium全球,这是相当少见的(9]。此外,隔离的频率明显增加m . intracellulare瓜德罗普岛的观察研究下半年期间。考虑到更高的致病性m . intracellulare相比m . avium在HIV阴性的人16),这将是重要的调查是否比较丰富的m . intracellulare在瓜德罗普岛的存在是由于特定的生态位或感染来源为这个岛或如果它是一个纯粹的当地医疗实践的产物。

快速种植者更频繁地与艾滋病毒−患者隔离;例如,没有一个10m .脓肿隔离来自已知的艾滋病患者血清学研究涉及一个HIV阳性患者。为m . chelonae和m . fortuitum比例是1/5 ()和15/32 (),分别。m . gordonae也更常见的隔绝−艾滋病患者()。瓜德罗普岛和法属圭亚那相反,快速种植者更频繁地孤立于MAC菌株在马提尼克岛(隔离)的45%,这一比例接近50%的全局最大值在台湾9]。(值得注意的是,高患病率的RGM亚洲特种加工中遇到的一个主要特征是流行病学(17])。尽管RGM在其他两个部门的比例(约30%)明显低于观察马提尼克岛,这些值仍然相当高10 - 20%的全球平均水平相比RGM隔离报告Hoefsloot et al。9]。在所有的三个部门m . fortuitum是最常见的RGM孤立的物种。作为这个物种通常是容易受到几位口服抗生素8和不容易快速疾病进展18),病人的预后一般良好。的临床意义m . fortuitum隔离需要仔细评估,特别是如果他们已经从呼吸道标本中获得18]。从1993年到1999年一项研究发现没有证据表明院内m . fortuitum爆发在美国和法国部门质疑其隔离从呼吸道标本的临床意义(19]。在韩国医院进行的另一项研究发现,26日两个或两个以上的患者呼吸道标本阳性这个物种(156名患者只有一个积极的结果)只有一个需要特定的抗生素治疗m . fortuitum肺部感染(20.]。

为在全球范围内观察到的9),关于其他特种加工的患病率明显的地理差异物种观察;例如,m .土复杂在法属圭亚那几乎完全被观测到m . xenopi和m . kansasii完全是在瓜德罗普、马提尼克岛。缺席的情况下m . xenopi与之前报道的数据在法属圭亚那协议从南美洲7,9]。缺乏m . kansasii隔离在法属圭亚那,然而,不同意早期的发现报告发病率升高20%,南美(9在巴西)和12% (7这个物种)。

在法国,大陆m . xenopi在MAC和第三个最常见的物种m . gordonae2008年占8%的隔离(9]。它已经被孤立在英吉利海峡地区尤其是经常(9]。另一项研究在特种加工分离从1991年到1996年在几个国家报道m . xenopi在法国是第二个最常见的MAC隔离(隔离总数的21.3%7])。Hoefsloot et al。9)指出,尽管m . xenopi是第三个最常见的物种在他们的调查中,其隔离限制在不同的地理区域,即欧洲和加拿大东部,表明存在一个特定的生态位的物种。这样的流行m . xenopi在瓜德罗普岛和马提尼克岛(1.1%和2.6%,分别地)远低于利率观察到在欧洲(14%)和北美(12%)2008年(9从1991年到1996年]或在法国7]。

m . kansasii占5% (9)到11.4% (7特种加工的隔离在法国的大都市,特别频繁,在巴黎9]。其患病率在瓜德罗普岛(11%)和在较小的程度上在马提尼克岛(2.1%)与这些观察是一致的。然而,重要的隔离频率的变化m . kansasii在研究期间被观察到在瓜德罗普岛();年组织其比例从1994 - 1998年的8.6%,飙升至1999年的21% - 2003和稳步下降。m . kansasii仍占15%的隔离来自瓜德罗普岛在2004 - 2008年,在2009 - 2012年暴跌至2.7%(图1 (c))。在表露时代(尽管它是相当罕见21),m . kansasii成为第二个最常见的原因肺疾病特种加工在HIV阳性患者在早期年代在美国(8]。这个物种的减少隔离频率是否反映了进步的高效抗逆转录病毒疗法的HIV阳性患者在法国部门仍然是一个有争议的问题。

随着AccuProbe化验没有区别m .脓肿从m . chelonae这两个物种之间的差别直到2007年才出现在我们的官方鉴定结果。然而,PRA的互补hsp65基因显示大部分的隔离(/ 28)确定为m . chelonae1994年和2007年之间的复杂m .脓肿。考虑到m .脓肿是最耐药和难治性生物之一,这是一个重要的区别(8,22,23]。最近的调查结果显示,例如,m .脓肿但不是m . chelonae处理的嗯授予基因诱导阻力大环内酯物(24]。m .脓肿最出名的造成皮肤和软组织感染创伤或手术后(23]。它也涉及肺疾病(8特别是在囊性纤维化患者[23]。不幸的是,没有药物治疗的证明或可预测的治疗效果m .脓肿肺部疾病(8]。

最后,56(8.6%)的隔离无法确定在物种水平。因此更精确描述这些由16 s rDNA隔离hsp65测序(提出合适的费迪南德et al。25])似乎是值得的。

总之,这项研究描述了特种加工的物种的分布格局与病人在瓜德罗普岛,马提尼克岛,法属圭亚那说明显著的地区差异。这项工作的一个重要的限制是支持信息的稀缺性的病人(如艾滋病毒状况,潜在的医疗条件,等等),这也就排除了一个潜在的风险因素的深入分析特种加工研究区感染。不过我们可以确认的m . avium感染和艾滋病毒而显示RGM是次要的患者群。我们还观察到一个有趣的丰富m . intracellulare瓜德罗普岛的优点进一步调查。最后,除了m . intracellulare和m . kansasii隔离频率的,没有具体的趋势观察对于一个给定的物种。而不是短暂的流行峰出现一些物种,最著名的例子m .土复杂的,在2000年和2002年之间在法属圭亚那达到顶峰。值得注意的是,这个物种还没有分离出病人的2004年之后,三个部门。根据美国胸科学会,m .土通常是复杂的低致病性和孤立作为污染物(8]。因此,可能的突然激增m .土复杂的隔离在2001年至少部分是由于污染样品。已经说了m . fortuitum特种加工分离株的临床相关性,需要仔细评估。必须采取谨慎以免混淆殖民化的特种加工和特种加工感染,特别是如果分离培养一次从单个肺标本。

确认

进行了回顾性分析伊丽莎白Streit作为博士论文的一部分,资助下Calmette奖学金由巴斯德研究所国际网络。作者衷心感谢所有帮助的人在这项研究中,尤其是同事来自不同的医院服务和药房在瓜德罗普岛,马提尼克岛,法属圭亚那,特别是大学医院Pointe-a-Pitre(瓜德罗普岛),法兰西堡(马提尼克岛),和辣椒(法属圭亚那)。作者也承认巴斯德研究所的同事们的帮助下,卡宴(法属圭亚那)请提供分枝杆菌文化转诊目的和f . Prudente k . s .吴作栋m . Berchel和m . Pioche(巴斯德研究所de la瓜德罗普岛)技术的帮助。

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