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火腿Ching Lam Srinand Sreevatsan丹尼尔·博伊尔, ”分析流感病毒序列使用二进制编码方法”,科学的规划, 卷。20., 文章的ID958482年, 11 页面, 2012年。 https://doi.org/10.3233/spr - 2012 - 334
分析流感病毒序列使用二进制编码方法
文摘
捕捉每个流感病毒序列的突变模式通常是具有挑战性的;在本文中,我们表明,使用二进制编码方案加上降维技术,我们能够捕获病毒的内在突变模式。我们的方法观察之间的方差序列而不是常用p-distance或汉明距离。我们第一次流感基因序列转换为一个二进制字符串和形成一个二进制序列比对矩阵,然后应用主成分分析(PCA)这个矩阵。PCA还提供了识别能力确定重组病毒通过使用数据投影技术。由于稀疏二进制字符串,我们能够分析大量的流感在很短的时间序列数据。蛋白质序列,我们计划还允许每个氨基酸的生物物理属性的结合。在这里,我们提供了各种令人鼓舞的结果从分析流感核苷酸,蛋白质和基因组序列使用该方法。
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