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Adrianto Wirawan、Bertil Schmidt、张惠良、郭志强, "基于细胞宽带引擎的高性能蛋白质序列数据库扫描",科学规划, 卷。17, 物品ID615038, 15 页, 2009. https://doi.org/10.3233/SPR-2009-0274
基于细胞宽带引擎的高性能蛋白质序列数据库扫描
摘要
生物序列数据库的巨大增长导致生物信息学迅速向数据密集型计算科学发展。因此，生物信息学应用所需的计算能力也在迅速增长。最近出现的低成本并行多核加速器技术使得减少许多生物信息学应用程序的执行时间成为可能。在本文中，我们演示了如何使用细胞宽带引擎作为计算平台来加速蛋白质序列数据库扫描的两种方法：穷举和启发式。我们为两个有代表性的算法提出了有效的并行化技术：基于动态规划的Smith-Waterman算法和流行的BLASTP启发式算法。与相应的顺序实现相比，它们在Playstation®3上的实现大大节省了运行时。
版权
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