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彼得亚雷Bała,特里•克拉克l . Ridgway斯科特, ”应用Pfortran和Co-Array Fortran GROMOS96分子动力学并行化的模块”,科学的规划, 卷。9, 文章的ID829792年, 8 页面, 2001年。 https://doi.org/10.1155/2001/829792
应用Pfortran和Co-Array Fortran GROMOS96分子动力学并行化的模块
文摘
至少十年后平行工具开发,并行化的科学应用仍是一项重大的任务。典型的并行化是一个专门的活动只支持部分的编程工具集,与程序员参与并行除了顺序的问题。细节的关注范围从算法设计到底层数据移动的细节。并行编程工具的目的是自动化后者不牺牲性能和可移植性,允许程序员关注算法规范和发展。我们现在使用两个相似的并行化的工具,Pfortran克雷Co-Array Fortran, GROMOS96分子动力学并行化的模块。我们的并行化开始GROMOS96分布的共享内存复制算法的实现,但很少使用现有的平行结构。因此,我们的并行化接近从连续的版本。我们发现Pfortran直观的扩展和Co-Array Fortran有助于项目的快速并行化。我们当前性能数据Pfortran和Co-Array Fortran并行显示这些预期的范围内线性加速并行化方法。
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