自适应进化加上逆转录转座子这种允许Human-Protein-Specific编码基因的生成,促进肿瘤细胞增殖和转移在血液学的恶性肿瘤和固体肿瘤:在一个特殊的案例MYEOV基因

文摘

癌症的发病率在人类与黑猩猩相比。但是先前的分析证明,许多人类癌症相关基因是高度保守的黑猩猩。至今为止人类基因组中是否包含特有的癌症相关基因可能导致更高的癌症易感性仍然是模糊的。本研究着重于MYEOV两个蛋白亚型的致癌基因编码,报道,会参与促进癌症细胞增殖和转移在血液学的恶性肿瘤和固体肿瘤。首先我们文档,通过严格的在网上分析,MYEOV出现新创在狭鼻类。我们表明,MYEOV short-isoform起始密码子是进化后获得狭鼻类/阔鼻类散度。在狭鼻类进化的进程MYEOV逐渐获得了细长的可翻译的开放阅读框(ORF),逐渐缩短translation-regulatory上游羊痘疮,或者拼接mRNA变体。点突变在人类允许收购MYEOV long-isoform启动密码子。第二,我们证明了宝贵的转位因子exonized的创作的影响MYEOV基因结构。第三,我们强调的初始部分MYEOV long-isoform编码DNA序列在狭鼻类演化受到正选择压力。MYEOV代表一个灵长类动物孤儿基因获得通过并扩张,human-protein-specific编码潜力。

Spyros i Papamichos投入托马斯。Karkalis撰写本文。

1。介绍

以前有人建议至少有一部分人智人)重大疾病可能部分可能与遗传不适应在最近的进化过程(1]。癌症的发病率在人类比黑猩猩相当高(黑猩猩)[2]。但是,先前的分析(3)表明,无数人类癌症相关基因是高度保守的黑猩猩,包含完整的开放阅读框(orf)。物种之间只有细微的差别报告(3]。因此人类基因组中是否包含特有的癌症相关的基因或基因亚型,可能会导致更高的癌症易感性依然模糊。

值得注意的是,MYEOV(也称为OCIM,国家生物技术信息中心(NCBI)基因ID: 26579)是不包括在人类癌症基因的分析中使用的数据集朋地et al。3]。MYEOVnoncensus癌症基因,据报道,在过去的15年里会参与促进癌症细胞增殖和转移在血液学的恶性肿瘤和固体肿瘤(4- - - - - -11]。

通过可变剪接基因有可能生成六mRNA变体编码两个蛋白亚型(6,9,12),即313 -氨基酸(aa)肽(myeov - 313)以及更短的255 - aa肽(myeov - 255)。固体免疫印迹分析支持生产的蛋白质(9,12]虽然myeov - 313的表达与患者的不良预后有关多发性骨髓瘤(9]。myeov - 313和myeov - 255似乎指向膜(6但是,然而,未知的生物功能。

MYEOV已被证明是epigenetically通过dna甲基化调控机制(5)在蛋白质合成水平的基因似乎被严格控制上游orf (uORFs) [12]。重要的是,MYEOV科扎克第二pseudosignal生成一个长,弱信号,uORF能够显著影响转化效率(13- - - - - -15]。

在2012年,MYEOV被描述为“课上我“hominoid-specific新创蛋白质编码基因(16),那就是,推导出编码蛋白质只在人类。谢et al。16确定一个ORF破坏出现在突变MYEOVsyntenic轨迹在多个高等灵长类动物,从黑猩猩到恒河猴(解剖)。有趣的是,“共享功能失效”(17)位于myeov - 313起始密码子(16]。因此,作者(16)被排除在外MYEOV发放通过其他已知分子机制生成新的基因(18)和注释MYEOV作为一个人类新创蛋白质编码基因,最终得出结论,它是可能的新创发放而不是ORF扩张导致hominoid-specific基因的起源(16),如MYEOV。

转位因子(te)施加影响广泛的进化,最终促进基因组可塑性和生物多样性(19,20.]。Exonized测试工程师有可能引起重大变化在功能基因的非编码区域,在特别情况下,甚至可以获得一些小说作为蛋白质编码模块(21- - - - - -24),在一个生物过程称为“这种”(25]。有趣的是,这是最近证明,测试工程师可以仔细地贡献新创gene-origination [26- - - - - -29日]。

在本文中,我们讨论MYEOV代表人类新创蛋白质编码基因。我们显示,通过在网上分析,MYEOV出现新创在狭鼻类和适应性进化加上TE这种最终允许生成人类主要羊痘疮。

2。材料和方法

2.1。探讨MYEOV起源和验证MYEOV同源序列

MYEOV轨迹syntenic比对许多脊椎动物提取的“100种脊椎动物的Multiz对齐”跟踪UCSC基因组浏览器的数据库(30.- - - - - -33]。

BLASTN [34对基因库的人类基因组数据库搜索和BLASTP [34]搜索对基因库nonredundant蛋白质数据库被用来排除MYEOV通过基因重复和验证明确的发放MYEOV直接同源;严格的过滤器前面描述的应用(16,35]。

MYEOV直接同源NCBI注释在各自的数据库,运用,OrthoDB [36)被确定通过搜索与基因的名字。全基因组鸟枪(WGS)序列重叠群,包括在DNA片段用于选取的参考基因组序列MYEOV直接同源,从NCBI下载基因数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)。WGS序列重叠群被用来构建MYEOV人类和物种之间的轨迹定位块注释直接同源,通过Clustalω(37]。每个校准块是手动检查以验证的主要ORF (pORF)注释直接同源。

估计进化限制的程度MYEOV在狭鼻类基因组中编码DNA序列在进化过程中,平均human-rhesus比例计算(38];MEGA6软件是用于分析(39]。比率为MYEOV第二和第三外显子编码DNA序列分别进行了计算。

研究中提供Finstermeier et al。40)是一个美丽的系统发育树,澄清了哺乳动物的分类和命名法和支持在文本中使用的年龄估计发散。

2.2。扫描MYEOV和MYEOV进化祖先为集成测试工程师的存在

MYEOV和MYEOV直系同源基因序列被RepeatMasker[扫描测试的存在41]。程序运行在默认和敏感的模式,使用矩阵最优MYEOVGC水平以避免错误掩蔽。各自的搜索使用PLOTREP [42),TranspoGene数据库(43],BLASTN [34,44也执行。

MYEOV轨迹自动比对从UCSC基因组浏览器下载数据库(30.- - - - - -33)被用来提取syntenic DNA片段在许多哺乳动物旁边,500个核苷酸(nt) 5′和3′,myeov - 313密码子。BLASTN被用来使这些DNA片段与相应的WGS序列重叠群中提取原始的DNA序列在每个物种。这是因为“100种脊椎动物的Multiz对齐”跟踪UCSC基因组浏览器的数据库不包括多个插入位于同线性对齐块之间的。每个WGS序列重叠群然后重新MYEOV。提取的DNA片段最终被RepeatMasker扫描(41为集成测试工程师的存在。

2.3。MYEOV上游ORF和拼接站点计算分析

搜索MYEOVuORFs ORF仪程序(执行http://www.bioinformatics.org/sms2/orf_find.html)。搜索参数被设置为之前建议(45]。

MYEOV核心剪接信号强度值与人类拼接仪版本2.4.1程序访问(46,如前所述47]。

2.4。寻找mRNA表达在非人灵长类动物的证据

BLASTN搜索与人类MYEOV信使rna序列对基因库表达序列标签(EST)数据库被用来识别匹配的mRNA表达序列在非人类灵长类动物。

2.5。MYEOV常见的单核苷酸多态性分析和确认的体细胞突变

常见的单核苷酸多态性(snp),位于MYEOV基因组序列,提取的“共同snp”跟踪UCSC基因组浏览器的数据库(30.- - - - - -33]。

MYEOV确认目录的体细胞突变带注释的体细胞突变在癌症(宇宙)[48)被确定通过搜索与基因的名字。

3所示。结果与讨论

3.1。从Eutherian-Mammal Human-Protein-Specific编码基因非编码序列

MYEOVBLASTN对基因库的人类基因组数据库搜索收益率没有显著的相似性与本身以外的任何编码基因序列。

Syntenic比对,从“100种脊椎动物的Multiz对齐”中提取跟踪UCSC基因组浏览器的数据库(30.- - - - - -33),表明DNA片段MYEOV定位出现的真兽类哺乳动物。DNA片段缺席在所有外围集团从七鳃鳗的有袋动物。值得注意的许多物种,例如,鼠形亚目,松鼠亚目,兔类,缺乏的很大一部分syntenic地区(补充图在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2015/984706)。这一发现可以解释无法发现一只老鼠myeov记录通过动物园污点分析low-stringency杂交条件下,先前报道(6]。

MYEOV报道基因从NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)有十六个同源基因,只存在于更高的灵长类动物(物种)。15个蛋白编码基因以及pseudo-ortholog恒河猴的注释。

myeov - 313 BLASTP搜索对基因库nonredundant蛋白质数据库(34)收益率不过一个有趣的发现。编码的肽预测从玻利维亚松鼠猴(Saimiri boliviensis)MYEOV直接同源呈现高氨基酸覆盖myeov - 313蛋白相比,各自从黑猩猩肽编码MYEOV直接同源,尽管玻利维亚松鼠猴是灵长类动物的人类比黑猩猩更远亲。

值得注意的是,OrthoDB [36]报告另一个MYEOV蛋白质编码直接同源海豚(语truncatus),提高轨迹的问题在祖先基因组功能随后失去了在多个血统,后来恢复高等灵长类动物(17,49,50]。

的似是而非的解释这些有趣的发现是,一些自动化的注释MYEOV同源orf NCBI真核基因组注释提供的管道和运用Genebuild [51)包含不准确(49]。阐明导致下面是进化的路径MYEOV。

有趣的是,第一个出现在功能基因模块MYEOV在哺乳动物基因组进化uORF,报道之前参与调控基因的转化效率(12)(图1)。上游ATG三核苷酸界定这漫长uORF似乎固定在狭鼻类但深度的系统发育分析表明,它可能是祖先的状态(图2)。三核苷酸的改变出现在阔鼻类可能出现的ACG三核苷酸在这些物种中常见的阔鼻类祖先或平行突变。关于矫正性大动脉转位三核苷酸长uORF最初定界,似乎固定在高等灵长类动物进化。最终这两个基因组的三核苷酸序列的存在允许发生在219年的狭鼻类原始nt长uORF(图2)。

大约在(ca。)46 Ma(狭鼻类/阔鼻类分歧时间)(40),一个重要的事件发生在狭鼻类导致突变新创获得一个潜在的功能基因组非编码区域的开放框架中其他灵长类动物;这是收购myeov - 255密码子(图开始2)。

Ca。15.2 Ma (Homininae / Ponginae分歧时间)(40]另一个宝贵的点突变在人类的允许缩短MYEOV长uORF(图2),一个事件,而上下文中有意义的基因转化的规定(45]。值得注意的是,一个相同的矫正性大动脉转位三核苷酸发生在玻利维亚松鼠猴syntenic地区很可能由于平行突变(图2)。

最后,ca。5.9 Ma (人类/锅分离时间)(40]介绍了一个重要的点突变在人类导致收购myeov - 313密码子(图开始2)。一个完全相同的三核苷酸出现在white-tufted-ear狨猴(Callithrix jacchus)syntenic地区由于平行突变和非功能。

值得注意的是,相对较短的pORFs的终止密码子限定旧世界猴(Cercopithecoidea)代表不是一个祖先帧中断功能,相应的人科的直接同源逃离因为这三核苷酸发生只在旧世界猴(补充数据集1)。此外,它是off-frame有关MYEOV编码序列(图2,补充数据集1)。由于14-bp删除,也固定只在旧世界猴,从终止密码子(图定位短上游2)。在同样的意义上,终止密码子界定pORF吉本(Nomascus leucogenys)只发生在吉本和猩猩(彭哥abelii)。感觉更合理的推测,平行突变事件发生在两个物种,而不是假设发生点突变的一种常见的似人类的祖先,痛苦驳斥和进化”再设立“在接下来的血统(图到先前的状态2)。值得注意的一个orangutan-specific插入,由于早期转移要求明显其他验证各自的猩猩MYEOVpORF,把在图片矫正性大动脉转位三核苷酸(图2,补充数据集1)。

以上所有可以表明MYEOV第三外显子编码DNA序列(图2)不低于强选择性约束在狭鼻类基因组进化中(38,52]。加强上面,这个序列收益率平均human-rhesus比率为1.14。因此,它可能是中性的drift-directed进化(53],开车的3′扩张MYEOVpORF(图2)。

另一方面,MYEOV第二个外显子编码DNA序列human-rhesus平均收益率比率为3.12。因此,5′的扩张MYEOVpORF在狭鼻类基因组基因的进化,包括收购人类开始密码子,可能是驱动的积极的选择压力下(54)(图2)。

3.2。珍贵的Exapted te中出现MYEOV基因组序列

MYEOV扫描RepeatMasker揭示了存在的七个测试工程师在基因组序列(补充数据集2)。重要的是,nonredundantMYEOV模块内似乎本地化三种基因元素。

在细节,持续使用捐赠的MYEOV第一拼接结位于一个地区报告RepeatMasker匹配一个反义方向L2长点缀的核元素的重复(线)类(图1)。值得注意的是,这个TE提供终止密码子限定MYEOV原始的219nt长uORF上面讨论(图2)。

常见的终止密码子myeov - 313和myeov - 255蛋白亚型位于一个地区报告RepeatMasker匹配一个反义方向mammalian-wide点缀短点缀的核元素的重复(MIR) (sin)类(图1)。

最重要的是三个替代的受体MYEOV第一拼接结和myeov - 313编码序列的初始区域,包括起始密码子,都位于一个地区报告匹配定位线L2a重复(图1)。这一发现是一种罕见的这种事件(22,55),但有些模棱两可的上下文中RepeatMasker匹配出现高度退化,产生一个分数相对接近均被切断;180年的古老的米尔,L2, MER5序列(41]。然而此时应该注意的准确的注释L2 family-repeat内容和原来的程度的有效估计问题很难满足这些古老的因为它并不罕见,不活动元素退化得面目全非(56,57]。

随后MYEOV扫描使用PLOTREP [42)进一步强化,一段myeov - 313初始编码序列很可能提供的TE L2家族(补充数据集3)。由PLOTREP相对较短的序列中提取,而对应于一个小段RepeatMasker匹配,匹配相同的从TranspoGene数据库中提取和各自的数据MYEOVBLASTN蒙面的DNA片段,当由尘埃产生的(44)为人类重复应用过滤器。值得注意的是,RepeatMasker结果不是相应的与各自的数据提取PLOTREP [42),TranspoGene数据库(43),和BLASTN代表不是一个非典型的发现;这种不一致是由于其他程序使用小得多比RepeatMasker数据库。RepeatMasker的哺乳动物图书馆代表严重操纵和各自的扩展版本Repbase库(58]。

上面的数据让我们随后探讨L2a重复的状态MYEOV进化的先例。结果验证了相应的L2 family-repeat-relics syntenic地区的存在,至少七真兽类哺乳动物(图3补充数据集4)。重要的是,众所周知,比起L2s和大鹏接受活跃后移胎盘哺乳动物的辐射(前22,57]。也知道例颅插入在附近syntenic独立物种基因组地区identical-by-descent表示与极低概率极其罕见事件发生(59]。符合这些数据,很可能,RepeatMasker不仅定义发散思维完全重复的规模和边界在每个物种还提供不同的亚科名称重复的退化是由于高度重复在其进化在哺乳动物基因组中。总的来说,分子L2 repeat-fossils特别合理,出现在附近的syntenic地区的七个哺乳动物(图3),来自同一个L2转座因子,介绍了常见的真兽亚纲动物的祖先。

另一个证据支持上面,可能最确凿,将概率重建MYEOV轨迹祖先序列(60]。的确,有人建议使用RepeatMasker扫描推断boreoeutherian祖先给定基因位点的序列将会提供更准确的信息的原始程度TEs包括在古代比运行软件在相应的人类序列(61年],因为古代的重复会出现更少的祖先序列退化。值得注意的是,一系列先决条件应满足精确重建一个祖先序列(61年]。最重要的是,有问题的抽样的主要血统和外围集团似乎显著减少祖先序列重建的准确性(61年,62年]。因此,鼠形亚目、松鼠亚目和兔类缺乏的很大部分MYEOVsyntenic地区可能是一个严重的缺点最优执行抽样程序。

3.3。MYEOV完整拼接潜在收购相对较晚在狭鼻类基因组的基因的进化

如图4,只有一个MYEOV规范剪接信号,那就是标准U2类型,允许RNA加工的剪接体(63年),先于Haplorhini的辐射。三个典型剪接信号出现在更高的灵长类动物,两个宝贵的标准受体出现后。

重要的是规范化的受体MYEOV第二个拼接结,即拼接接头允许的MYEOVlong-ORF发生(图1),是hominoid-specific(图4)。

3.4。转录的MYEOV在人类和非人类灵长类动物轨迹

在人类,转录的MYEOV基因位点是由强活性的启动子序列定位MYEOV(5′UTR)[5′端非翻译区12),第二个和第三个pseudosignal之间的基因(图1)。这神秘的启动子可翻译的出现之前或之后狭鼻类开放框架中,活跃在其他更高的灵长类动物通过后来的研究仍有待澄清,特别是因为表达序列标签(EST)的覆盖率非人灵长类动物基因组序列的低。

事实上,与人类BLASTN搜索MYEOV信使rna序列对基因库EST数据库收益率只有一个,然而宝贵的,明确的冲击(NCBI加入:DC527428)。这是验证转录基因位点的黑猩猩。

3.5。myeov - 313密码子开始包括人类不常见的多态

根据单核苷酸多态性从NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/),位于人类MYEOV17个常见基因多态的网站。没有一个位于myeov - 313密码子开始。

在相同的情况下,7种常见的多态站点位于MYEOVlong-ORF,所有代表单核苷酸替换,没有引发无义密码子。的6中常见的多态性MYEOV5′UTR或MYEOV基因内的地区,没有一个定位在核心剪接信号。

在这种情况下,它是非常合理的,所有个人能够编码313 - aa肽。

3.6。MYEOV肽(s)可能参与其中本身在促进恶性状态

符合数据从宇宙中提取(48),只有60MYEOV证实体细胞突变被确定在72年从23780个不同的样品进行测试。

上述情况可能意味着肽(s)产生的MYEOV可能涉及到本身,而不是突变,在促进恶性状态。

4所示。结论

(我)MYEOV灵长类动物孤儿基因的获得是通过ORF扩张,human-protein-specific编码潜力。因此它代表第一个癌症相关基因识别存在显著不同的蛋白质编码潜在的人类和黑猩猩之间。

(2)应MYEOV作用促进肿瘤细胞增殖和转移是由于myeov - 313是一个诱人的问题,有必要进一步研究,尤其是在上下文中,所有个人能够编码的肽也因为myeov - 313可能是相关的本身在促进肿瘤传播,因此可以专门针对。毕竟,针对人类肽理论上会导致更少的副作用比目标组件的进化保守的信号级联。

(3)是适应性进化加上TE这种允许的扩张MYEOVpORF。它很容易推测,可能一切都始于相对强劲核心拼接信号提供的线L2a重复(图4),创建一个进化的“热点”MYEOV序列,随后积极选择狭鼻类进化的整个课程(64年]。

数据访问

这项研究的序列数据存档的基因从NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/),运用基因组浏览器的数据库(http://www.ensembl.org/index.html),UCSC基因组浏览器数据库(http://genome.ucsc.edu/)。

利益冲突

作者宣称没有利益冲突有关的出版。

承认

Spyros i Papamichos欣然承认博士Vassiliki Kotoula提供卓有成效的指导。

补充材料

引用

1. a . Varki和t . k . Altheide比较人类和黑猩猩的基因组:寻找海里捞针,”基因组研究,15卷,不。12日,第1758 - 1746页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. A . Varki“黑猩猩基因组项目是一个生物医学必要的。”基因组研究,10卷,不。8,1065 - 1070年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. x朋地,g . Velasco a . Gutierrez-Fernandez j . Bertranpetit M.-C。王,c . Lopez-Otin”比较分析癌症的基因在人类和黑猩猩的基因组,”BMC基因组学第十五条,卷。7日,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. j·w·g·詹森·m·城市大学b Orsetti et al .,“MYEOV:候选基因DNA扩增事件发生着丝粒CCND1乳腺癌,”国际癌症杂志》上,卷102,不。6,608 - 614年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. 井上j·w·g·詹森,并且绕着圆圈圈打转,j . et al .,“基因MYEOV, 11个问题,与CCND1 coamplified,但epigenetically灭活在食管鳞状细胞癌的一个子集,”人类遗传学杂志》上卷,47号9日,第464 - 460页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. j·w·g·詹森J.-W。Vaandrager, t·休斯等。“并发小说假定的转化基因激活,myeov,细胞周期蛋白D1在多发性骨髓瘤细胞系和t的一个子集(11、14)(问题;问),“血,卷95,不。8,2691 - 2698年,2000页。视图:谷歌学术搜索
7. g . Lawlor p·p·多兰,p . MacMathuna d·w·默里,“MYEOV(骨髓瘤过表达基因)驱动器结肠癌细胞迁移和受PGE2,”实验和临床癌症研究杂志》上第81条,卷。29日,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. j .莱顿·d·默里,a .苔藓et al .,“Net1 Myeov:计算确定介质的胃癌,”英国癌症杂志》,卷94,不。8,1204 - 1212年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. j . Moreaux d .软管a Bonnefond et al .,“MYEOV多发性骨髓瘤预后因子,”实验血液学,38卷,不。12日,第1189 - 1198页。2010年e3。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. a·c·莫斯,g . Lawlor d·默里et al。”ETV4 Myeov击倒损害结肠癌细胞株增殖和侵略,”生物化学和生物物理研究通信,卷345,不。1,第221 - 216页,2006。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
11. j·j·一举y Chen Okubo et al .,“奔跑的1日NEGR1畸变和MYEOV问题在神经母细胞瘤,11日”癌症科学,卷102,不。9日,第1650 - 1645页,2011年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. r . a . De Almeida t·休斯r . Blaschke c·r·巴特拉姆和j·w·g·詹森”控制上游MYEOV蛋白质合成的开放阅读框架,“《生物化学》杂志上,卷281,不。2、695 - 704年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. m·科扎克“下游二级结构便于识别启动程序密码子的真核核糖体,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷87,不。21日,第8305 - 8301页,1990年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. m·科扎克”推动的扫描机制的局限性开始翻译,“基因,卷299,不。1 - 2,猴,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. m·科扎克》规定的翻译通过信使rna结构在原核生物和真核生物,“基因,卷361,不。1 - 2,13-37,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
16. c·谢·张,J.-Y。Chen等人“Hominoid-specific新创蛋白编码基因来自长非编码rna,”公共科学图书馆遗传学,8卷,不。9篇文章ID e1002942 2012。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
17. d·g·诺尔斯,a . McLysaght最近新创人类蛋白质编码基因的起源,“基因组研究,19卷,不。10日,1752 - 1759年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
18. m长,大肠Betran、k·桑顿和w·王,“新基因的起源:年轻和年老的一瞥,“自然遗传学评论,4卷,不。11日,第875 - 865页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. r . Cordaux和m . a . Batzer反转位子活动在人类基因组进化的影响。”自然遗传学评论,10卷,不。10日,691 - 703年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
20. h . h .室外Jr .)“基因组进化的移动元素:司机,”科学,卷303,不。5664年,第1632 - 1626页,2004年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. r·j·布里顿“移动元素插入在遥远的过去已经在重要功能,“基因,卷205,不。1 - 2、177 - 182年,1997页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
22. m . Krull m . Petrusma w . Makalowski j . Brosius和j .施密茨”功能持久性exonized mammalian-wide点缀的重复元素(大鹏)”基因组研究,17卷,不。8,1139 - 1145年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
23. m, l·李,z的太阳,“转座因子碎片在蛋白质编码区域和功能蛋白质,他们对人类的贡献”基因,卷401,不。1 - 2、165 - 171年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. a . f . Smit”点缀的重复和其他哺乳动物基因组的转位因子的纪念品,”当前在遗传学和发展意见,9卷,不。6,657 - 663年,1999页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. j . Brosius和s·j·古尔德,”“genomenclature”:一个全面的(尊重)分类为假基因和其他“垃圾DNA”,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷89,不。22日,第10710 - 10706页,1992年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. S.-T。陈,H.-C。程,d . a . Barbash H.-P。阳,“进化的九头蛇,最近进化testis-expressed基因第一外显子9选择黑腹果蝇”,公共科学图书馆遗传学,3卷,不。7篇文章e107 2007。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. h . Kaessmann”起源、进化和新基因表型的影响,“基因组研究,20卷,不。10日,1313 - 1326年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. 问:周和w·王”,在新基因的起源和进化基因组和实验角度来看,“遗传学和基因组学杂志》上,35卷,不。11日,第648 - 639页,2008年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. c . y, y, z王et al .,“人类新创蛋白质编码基因与人类大脑功能有关,”PLoS计算生物学》第六卷,没有。第三条ID e1000734, 2010。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. c·m·布兰切特w·j·肯特Riemer et al .,“协调多个线程的基因组序列blockset对准器,”基因组研究,14卷,不。4、708 - 715年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
31. j . d . Karolchik g·p·巴伯卡斯珀et al .,“UCSC基因组浏览器数据库:2014更新。”核酸的研究,42卷,不。1,D764-D770, 2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. k·s·波拉德,m . j . Hubisz k·r·罗和a . Siepel”nonneutral替换率检测哺乳动物的发展史,”基因组研究,20卷,不。1,第121 - 110页,2010。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
33. a . s . Schwartz w·j·肯特Smit et al .,“与BLASTZ Human-mouse比对”,基因组研究,13卷,不。1,第107 - 103页,2003。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
34. s . f . Altschul w·吉斯•米勒(george w . bush), e·w·迈尔斯和d . j . Lipman“基本的局部比对搜索工具,”分子生物学杂志,卷215,不。3、403 - 410年,1990页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
35. D.-D。吴、d·m·欧文和Y.-P。张“新创人类蛋白质编码基因的起源,”公共科学图书馆遗传学,7卷,不。11日文章ID e1002379, 2011。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
36. r·m·沃特豪斯f . Tegenfeldt j .李·e·m·Zdobnov和e . v . Kriventseva”OrthoDB:分层目录的动物,真菌和细菌直接同源,”核酸的研究第41卷。。1,D358-D365, 2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
37. w·李,a·考利·m·Uludag et al .,“EMBL-EBI生物信息学网络和编程工具框架。”核酸的研究,43卷,不。1,W580-W584, 2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
38. l·d·赫斯特,”K一个/K比:诊断序列进化的形式。”遗传学趋势,18卷,不。9日,第487 - 486页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
39. k . (g . Stecher d·彼得森a . Filipski和s . Kumar“MEGA6:分子进化遗传学分析6.0版”,分子生物学与进化,30卷,不。12日,第2729 - 2725页,2013年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
40. k . Finstermeier d .寻m . Brameier et al .,“mitogenomic发展史的灵长类动物,”《公共科学图书馆•综合》,8卷,不。7篇文章ID e69504 2013。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
41. Smit, r . Hubley, p .绿色“RepeatMasker开放- 3.0,1996 - 2010,http://www.repeatmasker.org/。视图:谷歌学术搜索
42. g·托斯·g·迪克、大肠Barta和g . b .吻,“PLOTREP: web工具分散的碎片整理和视觉分析基因组重复说:“核酸的研究,34卷,补充2,W708-W713, 2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
43. a·利维:塞拉,g . Ast”TranspoGene microTranspoGene:转置元素影响转录组7脊椎动物和无脊椎动物,”核酸的研究,36卷,不。1,D47-D52, 2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
44. A . Morgulis e·m·格茨A·A·谢弗和r .《“一个快速和对称的尘埃实现掩模低的DNA序列,”计算生物学杂志》上,13卷,不。5,1028 - 1040年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
45. s e·卡尔沃d . j . Pagliarini v . k .研究者考虑,“上游开放阅读框架造成广泛的减少蛋白表达和多态在人类中,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷106,不。18日,第7512 - 7507页,2009年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
46. F.-O。Desmet, d . Hamroun m·拉兰得g . Collod-Beroud m . Claustres和c . Beroud“人类拼接仪:一个在线生物信息学工具来预测剪接信号,”核酸的研究,37卷,不。9篇文章e67 2009。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
47. s . i Papamichos“Alu基因exonization事件允许的一代小说OCT4同种型,”基因,卷512,不。1,第177 - 175页,2013。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
48. 美国福布斯,g .唐:Bindal et al .,“宇宙(体细胞突变在癌症的目录):资源调查获得的突变在人类癌症,”核酸的研究,38卷,补充1,D652-D657, 2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
49. m .夹b·弗莱·m·卡马尔et al .,“区分蛋白质编码和非编码基因在人类基因组中,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷104,不。49岁,19428 - 19433年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
50. a . Siepel“达尔文的炼金术:人类基因非编码DNA,”基因组研究,19卷,不。10日,1693 - 1695年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
51. 诉Curwen大肠小野猫,t·d·安德鲁斯et al .,“运用自动基因注释系统,”基因组研究,14卷,不。5,942 - 950年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
52. m . Nei”Selectionism在分子进化和中立,”分子生物学与进化,22卷,不。12日,第2342 - 2318页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
53. m . Nei y铃木,m . Nozawa“分子进化中性理论在基因组时代,“基因组学和人类遗传学的年度审查11卷,第289 - 265页,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
54. j·m·阿奇,“构建人类基因组地图的积极的选择:我们要从这里去哪里?”基因组研究,19卷,不。5,711 - 722年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
55. g . Bejerano c·b·劳:Ahituv et al .,“远端增强剂和ultraconserved外显子是来自一本小说逆转录子,“自然,卷441,不。7089年,第90 - 87页,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
56. n . Lovšin f . Gubenšek, d . Kordiš”演化动力学的小说L2进化枝non-LTR反转位子活动后口动物,”分子生物学与进化,18卷,不。12日,第2224 - 2213页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
57. e . s .着陆器l·m·林惇b Birren et al .,“人类基因组的测序和分析”,自然,卷409,不。6822年,第921 - 860页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
58. j . Jurka诉诉Kapitonov, a .他p . Klonowski o . Kohany和j . Walichiewicz”Repbase更新数据库的真核重复元素,”细胞遗传学和基因组研究,卷110,不。1 - 4、462 - 467年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
59. 局和m . a p l . Deininger Batzer”,哺乳动物retroelements。”基因组研究,12卷,不。10日,1455 - 1465年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
60. c·w·坎宁安,k . e . Omland, t·h·奥克利”重建祖先的角色:一个关键的重新评价。”生态学与进化的趋势,13卷,不。9日,第366 - 361页,1998年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
61. m·布兰切特e . d .绿色,w•米勒和d . Haussler”重建一个祖先的哺乳动物基因组的大部分地区,在硅片,”基因组研究,14卷,不。12日,第2423 - 2412页,2004年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
62. j·g . Li马,l .张“贪婪选择的物种对祖先的国家重建的发展史:消除比插入更好,”《公共科学图书馆•综合》,5卷,不。2篇文章ID e8985 2010。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
63. 王z和c·b·伯吉斯”拼接监管:监管的零件清单元素集成拼接代码,”核糖核酸,14卷,不。5,802 - 813年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
64. y邢和c·李”的证据功能可变剪接事件的选择压力,加速进化序列的蛋白质,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷102,不。38岁,13526 - 13531年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

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