文摘

软组织肉瘤(STS)是一个异构的罕见的间质肿瘤,组织病理学和分子多样性的特征。组织微阵列(TMA)是一个工具,它允许执行研究孤儿疾病更有效和具有成本效益的方式。蓝玉是石蜡块组成的多个小代表组织核心从生物样品,例如,从多个捐赠者,不同网站的疾病,或多个不同的疾病。在2015年,我们开始构建蓝玉从STS病人使用肿瘤档案材料。标本好注释的组织病理学诊断,治疗和临床随访的组织捐助者。每个TMA块包含重复或一式三份的1.0 - -1.5毫米的组织核心代表肿瘤区域选择肉瘤病理学家。蓝玉的建设与执行TMA大师(3 dhistech)。到目前为止,我们已经建立了针对疾病的蓝玉从7 STS亚型:胃肠道间质瘤(包括72例数组中),部分肺泡软肉瘤(n= 12 + 47),透明细胞肉瘤(n= 22 + 32)、平滑肌肉瘤(n= 55)、脂肪肉瘤(n= 42),炎症肿瘤染色法(n= 12 + 21)和肺泡横纹肌肉瘤(n= 24)。我们还构建了一个multisarcoma TMA覆盖代表许多重要的组织病理学亚型对数组筛选目的,即血管肉瘤,肉瘤脂肪肉瘤,多形性脂肪肉瘤,黏液样脂肪肉瘤、平滑肌肉瘤、恶性周边神经鞘肿瘤,myxofibrosarcoma,横纹肌肉瘤,滑膜肉瘤,和未分化的多形性肉瘤,7 - 11个案/亚型。我们正在扩大与其他肉瘤的蓝玉的列表实体,考虑到这个家庭的肿瘤的异质性。我们广泛的STS TMA平台适用于快速和具有成本效益的形态学、免疫组织化学和分子特征的肿瘤以及潜在的新型诊断标记和药物靶点的识别。是现成的与研究合作伙伴合作项目。

1。介绍

软组织肉瘤(STS)是一种罕见的恶性肿瘤的异质群体来源于间叶细胞祖细胞,它是由各种形态、组织病理学、遗传特性(1,2]。组织分析、组织学和免疫组织化学等(包含IHC),对肉瘤的临床分类至关重要,治疗计划和预后评估。在过去的几年中,科学进步在STS的复杂的领域主要是由小说预后和预测标记的识别和实现,说明了成功的激酶抑制剂治疗胃肠道间质瘤(GIST) (3表观遗传修饰符的使用,上皮样肉瘤1整合酶关联损失(4),或不可知论者使用神经营养受体酪氨酸激酶(NTRK)抑制剂在肉瘤与特定的基因融合(5]。批准这些药物表明新型生物标记的识别与诊断,预后,或预测价值,更好地理解个体的生物学肉瘤亚型可迅速转化为治疗相关性和改善病人的临床结果。STS代表一个家庭至少100个人亚型(1,6,一起肉瘤只占1%的成人实体肿瘤(6]。组织集合是重要的实现进一步的科学进步和获得更深入洞察某些肉瘤的生物实体和生物标志物的潜在相关性。使用档案肉瘤材料组织病理学、免疫组织化学、遗传学研究是耗时的,昂贵的,和劳动密集型,尤其是大量的情况下需要探测的研究。

组织微阵列(TMA)能克服一些限制使用传统档案肉瘤组织进行研究。TMA石蜡块组成的许多小代表组织核心定位患者样本的一个数组。这项技术在1998年首次被Kononen等人[7),但这个概念可以追溯到1986年,当时Battifora设计了一个“香肠块”包装1毫米厚棒不同的标本和嵌入他们后来在石蜡块(8]。TMA从多个相同的捐助者可以结合组织肉瘤亚型,多种类型的肉瘤各捐赠者,或纵向样本相同的捐献者。随着现代蓝玉,大量的档案可以并行分析样品使用组织的应用程序包含IHC等荧光原位杂交(鱼)或(多路)免疫荧光。蓝玉等潜在优势传统的单一纸浆包组织分析的效率和成本效益的工作,特别是当组织分析为研究目的。2015年,实验室实验肿瘤学,KU鲁汶鲁汶(比利时)开始建立STS蓝玉使用剩饭档案肉瘤组织在鲁汶大学医院的病人。我们的主要目标是创建一个现成的TMA肉瘤的研究平台。本文概述可用载和描述了他们是如何构建的,申请转化研究的例子,我们看到该方法的潜在优势和局限性。

2。材料和方法

2.1。档案肿瘤组织块和临床数据的集合

建设的蓝玉,formalin-fixed(10%中性缓冲福尔马林24小时),石蜡包埋(FFPE)肿瘤块收集从STS病人诊断医院鲁汶大学(是乌斯鲁汶),剩饭组织病理学部门存档,乌斯鲁汶。我们识别和检索有关肿瘤块通过我们的sarcoma-specific临床回顾性研究和研究数据库(讲师),建立和维护的综合医学肿瘤学部门,是乌斯鲁汶。最初专注于某些肉瘤亚型主要是完成了目标匹配和支持持续的平移和我们组的临床研究项目;在第二个步骤中,我们开始建立蓝玉从各种肉瘤促进未来转化研究疾病的更广泛的STS的家庭。丰富的收集一些ultrarare STS亚型的足够数量的情况下,有限数量的额外的肿瘤块收集从选定的合作机构:苏黎世大学医院(USZ),苏黎世(瑞士)和莱顿大学医学中心(LUMC),莱顿(荷兰)。此外,我们利用收集的组织块的帧的欧洲组织研究和治疗癌症(EORTC)第二阶段试验90101“创造”(9- - - - - -11],剩饭FFPE街区透明细胞肉瘤(CCSA)患者肺泡软部分肉瘤(asp)、肿瘤和炎症染色法(IMFT)集中存储在一个商业biorepository BioRep,米兰(意大利),用于研究目的。

除了专注于特定的肉瘤亚型,我们应用以下标准选择合适的供体组织:可用与足够多的肿瘤组织块,没有脱水(避免脆性块)和深度块至少3毫米(确保足够数量的部分可以减少)。所有诊断建立了或者看过的肉瘤病理学家是乌斯鲁汶(RS)或LUMC (JVMGB)和确认的存在特点,immunohistological,或分子标记如果适用,根据肿瘤类型。相应的临床资料包括病理诊断、治疗和临床随访提取从讲师(是乌斯鲁汶)和创建相关试验数据库EORTC,布鲁塞尔(比利时)。pseudonymized临床数据的收集、分析和使用档案FFPE肿瘤样本是医学伦理委员会批准,是乌斯鲁汶(参考数字S51495 S59181)。asp和IMFT病例的收集归档的病理学,莱顿大学医学中心,批准豁免LUMC医学伦理委员会的同意(B17.030)。

2.2。建设TMA

从检索档案FFPE块幻灯片被削减,苏木精和伊红染色()),和评估显微镜下评估肿瘤材料的质量。选择高质量块被送到转化研究单位(TRU),伯尔尼大学病理学研究所伯尔尼(瑞士)或LUMC。中央设备做进一步H&E-stained无偏注释部分是数字扫描感兴趣的领域。核心的预选的直径是由这些地区使用CaseViewer 2.3 (3 dhistech,布达佩斯,匈牙利)(CJL)和审查通过引用肉瘤病理学家(RS和JVMGB)。蓝玉的建设进行的完全自动化的机器从3 dhistech TMA大师,布达佩斯(匈牙利)。TMA控制软件(TMA大师包)被用来使图像与相应的捐赠块和定位注释区域。两到三个核心1.0或1.5毫米直径的自动穿孔从捐赠者块由载机根据数字标注。核心被安置在一个收件人块精确对齐。核心的注释信息和相应的位置自动归档和存储在一个特定的文件。随后,4μ米部分被剪切了TMA块、构造H&E-stained,扫描质量控制目的。

2.3。免疫组织化学

对于一个典型的免疫组织化学研究中,TMA的部分被使用超清晰(VWR,宾夕法尼亚州,美国)和100%乙醇deparaffinization和脱水,并孵化在甲醇溶液(记述有机物,新泽西,美国)与氢过氧化物酶(默克,新泽西,美国)阻断内源性过氧化物酶。抗原检索是通过部分孵化在10毫米柠檬酸缓冲(pH值6.0)在95°C的预热水浴30分钟,其次是蛋白质的孵化块无血清(DAKO a / S X0909、斯特鲁普、丹麦)。为了对比整个肿瘤组织切片和TMA,疣状与执行phospho-p44/42增殖蛋白激酶抗体(pMAPK细胞信号技术# 4370年,马萨诸塞州,美国)和phospho-AKT抗体(pAKT、细胞信号技术# 9271)一夜之间在4°C。在多个目标筛选STS亚型,疣状进行了与人类血小板源生长因子受体β(PDGFR-B)抗体(研发AF385,明尼阿波利斯,美国)在室温下一小时。可视化是由3 3′-Diaminobenzidine衬底色原系统(DAKO / S K34681),制造商的指示。与苏木精复染色后(VWR),幻灯片是在一系列的100%乙醇溶液脱水和安装。彩色幻灯片的自动扫描和评估盲目和由两个独立调查人员使用奥林巴斯BX43显微镜和cellSens软件(奥林巴斯、东京、日本)。得分是根据强度得分:0(负面),1(弱阳性),2(适度积极的),3(强烈积极的)。的情况下可以使用不止一个核心TMA,数学意味着被记录作为最终结果。

2.4。通过抗体Neodeposition多个迭代标签

我们还探讨了蓝玉的使用多路复用免疫测定和应用的多个迭代标签抗体Neodeposition(米兰)技术,间接免疫荧光试验涉及重复周期,图像采集,除抗体(12,13]。我们优化的过程TMA部分和荧光显微镜。Deparaffinization和脱水进行如上所述,紧随其后的是抗原与Tris-EDTA检索(pH = 9)。多色immunofluorescent染色是通过使用一种抗体鸡尾酒由1:50稀释的主要抗体,选择从不同的宿主物种或不同的免疫球蛋白G的子类(免疫球蛋白)(补充表S1)。TMA部分与鸡尾酒孵化抗体在一夜之间解决方案在4°C。相应fluorophore-conjugated二级抗体(1:200稀释)顺序管理在室温下蓝玉一小时,紧随其后的是荧光对比染色和4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI热费希尔科学,麻萨诸塞州,美国)和安装可溶解的介质。图像采集后,盖玻片被孵化的清洗解决方案,和抗体被预热剥离缓冲区(2-mercaptoethanol和钠十二烷基硫酸盐,Sigma-Aldrich,密苏里州,美国)在56°C 30分钟水平晃动。在这之后,下一个周期可以应用不同组合的主要和fluorophore-conjugated抗体。的数量和序列周期的潜在表达水平测定感兴趣的目标,并最大限度地减少可能造成的影响在实验(补充表组织损失S1)。在目前的手稿,我们提出的联合使用tma和米兰作为插图的潜在使用这种技术特征的肿瘤微环境在asp,为数不多的肉瘤亚型倾向于应对免疫调制在诊所检查站。在这个实验中,我们进行了多路复用为免疫染色检查点,标记肿瘤浸润淋巴细胞,肿瘤特异性分子(补充表S1)。免疫荧光染色得分盲目地在前面定义的顺序由调查员(CJL)和被评估为分类变量基于细胞表达目标分子的比例。目标分子和相应的评估标准如下:细胞膜表情多重免疫荧光标记的细胞程序性死亡蛋白1,程序性细胞死亡蛋白配体1,细胞毒性T lymphocyte-associated蛋白质4,CD3, CD4, CD8, CD14、CD56、CD68、主要组织相容性复合体I / II类被认为是积极的。转录因子E3 (TFE3 asp特定分子),核表达被认为是积极的(14]。细胞质和核的表达forkhead盒蛋白质P3被定义为积极的(15]。细胞的比例得分为0(无细胞染色),1(1 - 10%的彩色细胞),2(染色细胞的10 - 30%),或3染色细胞(> 30%)。

3所示。结果

3.1。组织捐赠的特点和肿瘤块

2015年4月至2020年3月,459年选择STS FFPE块,来自患者接受手术或活检过程,从档案检索的是乌斯鲁汶和合作机构(USZ提供4例CCSA;asp LUMC捐赠4例和5例IMFT)。这些样本来自共有328个患者中,男女比例为0.97,平均年龄58年的肉瘤患者的诊断(范围0 - 95)。大多数捐赠样本收集从原发肿瘤(41%)或转移病灶(40%),其次是局部复发(16%)。所选样本来自主要来自腹部或胸部网站(58%),四肢(22%)、躯干(7%),或头部和颈部(6%)。最常见的亚型的STS包括平滑肌肉瘤(LMS, 31%),要点(17%)、CCSA(8%)、肺泡横纹肌肉瘤(武器,7%),肉瘤脂肪肉瘤(DDLPS, 6%)、黏液样/圆细胞脂肪肉瘤(mlp、6%)、多形性脂肪肉瘤(PLPS, 4%),高分化脂肪肉瘤(WDLPS, 4%), asp (3%)、IMFT(3%)、血管肉瘤(2%),恶性周围神经鞘瘤(对于,2%),myxofibrosarcoma(2%)、横纹肌肉瘤(RMS, 2%),滑膜肉瘤(SynSa, 2%)和未分化的多形性肉瘤(UPS, 2%)。每个肿瘤的特征类型补充表中进行了总结S2。

此外,102档案组织样本从100个人捐助者与asp、CCSA,或IMFT参与EORTC审判90101年,被用于TMA建设,男女比例为1.29,平均年龄在这些罕见的肉瘤患者的诊断33年(范围1 - 77)。大多数的这些样本收集从原发肿瘤(71%)或转移病灶(27%)。这些孤儿肉瘤可能由特定的分子变化,因此根据遗传标志的存在由鱼和/或包含IHC作为原始研究的一部分协议(16- - - - - -18]。特定的易位经重排的存在TFE3在asp(89%的病例)和重排的尤因肉瘤断点区域1 (EWSR1)CCSA (88%)。间变性淋巴瘤激酶(碱性)分析了重排和/或immunopositivity IMFT(62%)(补充表S3)。

3.2。目前蓝玉的概述

在持续不断的努力,我们已经创建了一个当前共有10 STS subtype-specific蓝玉,包括两个蓝玉从asp(12和47例/数组),CCSA(22和32)和IMFT(12 - 21),以及一个TMA每个要点(72),LMS(55),有限合伙人(43),和武器(21)。筛查的目的,我们还构建了一个multisarcoma TMA覆盖10特点,STS的临床相关的子类型,结合7 - 11个人血管肉瘤的病例,DDLPS, PLPS, mlp、LMS,对于,myxofibrosarcoma, RMS, SynSa, UPS在一个数组中。详细的概述我们TMA平台的现状和基本描述个人的特性提出了表数组1。额外的蓝玉从孤独的纤维性肿瘤(SFT),血管肉瘤,和SynSa目前在建或准备,以匹配我们集团持续的转化研究。一些载(如UZL_TMA_CCSA)建造的方式将组织来自同一疾病的不同阶段,也就是说,从原发肿瘤收集的材料,局部复发,转移病灶,使重要的纵向生物研究。其他蓝玉结合不同的组织学亚型,例如,四个著名的变体adipocytic肉瘤在一个数组的比较研究(例如,UZL_PT_TMA_LPS)或一种疾病病例结合不同分子司机在一个TMA(例如,UZL_PT_TMA_GIST)(表2)。蓝玉的创建面板与广泛,结构良好的临床信息从捐赠者。

3.3。蓝玉的验证

TMA街区建成后,我们削减至少15即食TMA部分和储存在密封容器中。为长期保存和未来实验中,一些包装好的载被涂上一层石蜡(19]。部分变量蓝玉已经成功地用于一系列持续的转化研究项目,重点是新型生物标志物和筛查药物目标的识别。与STS数量较大的情况下可以很容易地检测在单个批处理使用疣状,和图片可以自动为数据分析和数据共享数字化。

确定组织检索准确性和组织学一致性TMA建设过程中,我们比较捐赠块和TMA之间的组织形态。示例图像从一个IMFT捐赠者块及其H&E-stained部分展示了伟大的供体组织之间的对齐和注释的感兴趣的领域用于建设IMFT-related TMA (CREATE_TMA_IMFT)(数据1(一)和1 (b))。一式三份)图像注释显示(myo)成纤维细胞的梭形细胞的组织学炎症浸润,CREATE_TMA_IMFT反映在相应的核心,他们也代表着一种形态异质性之间的核心(数字1 (c)和1 (d))。为了确保抗原性和分子异质性的代表性,我们也比较的性能在整个组织的部分包含IHC(原始肿瘤)和蓝玉由STSs(补充图S1)。高一致性的结果因此决定(补充表S4)。我们的结论是,捐赠组织的形态学和免疫组织化学特点和TMA组织匹配。

3.4。蓝玉的勘探目标表达式

测试平台的实用性、免疫组织化学和免疫荧光检测进行TMA部分。作为一个例子,一个TMA包含各种STS亚型(UZL_PT_TMA_multiple亚型STS)被用来屏幕PDGFR-B表达式,药物的潜在目标,后来我们在实验室测试在STS的小鼠模型20.]。TMA成功沾)以及一个anti-PDGFR-B抗体(数字2(一个)和2 (b)),每个核心由两个独立的研究人员得分盲目。在202个分析核心,16.3%是得分为强阳性,适度积极的(24.3%)、弱阳性(30.2%),负(18.8%)和10.4%不是可评价的。每个肿瘤类型染色的结果总结表3。高分辨率扫描图像显示负面的例子,弱阳性,适度积极和强烈积极PDGFR-B表达SynSa, myxofibrosarcoma,对于和PLPS(图2 (c))。

在下一步中,我们评估的适用性蓝玉的多重免疫荧光(米兰)。为此,我们选择了一个TMA由asp样本(CREATE_TMA_ASPS);asp在诊所被称为为数不多的STS亚型与一致的响应与免疫治疗检查点修饰符(21,22]。我们应用米兰TMA调查复杂的肿瘤免疫微环境在这个ultrarare实体。米兰被成功执行,存在免疫检查点的蛋白质,asp特定分子(TFE3)和免疫标记与平均可评价的评价率为93%(范围90 - 95%的目标)在七个周期的免疫荧光染色在单一TMA部分(补充表S5)。核表达的例子TFE3和膜细胞程序性死亡配体- 1的表达和主要组织相容性复合体I / II是显示在图3。我们的结论是,蓝玉综合多重免疫荧光分析非常有用,尽管组织损失在实验过程(热处理、孵化、清洗,去除覆盖玻璃和剥离,等等)。

4所示。讨论

罕见的STS很难收集足够的病例数和组织块研究这些疾病,特别是在ultrarare亚型的情况下,例如,CCSA, asp, IMFT或其他占不到1%的间叶细胞恶性肿瘤。重要的是有一个足够的组织收集能够探索肉瘤的生物实体和识别潜在的生物标记物,以推进研究,最终病人护理。TMA有潜在优势相比传统档案肉瘤组织在组织病理学、免疫组织化学和遗传学研究。由于这些原因,我们决定建立蓝玉为我们探究的研究也使其可用于研究合作。我们收集主要是由剩下的材料从本地病人诊断,但也补充患者的组织参加未来的临床试验中执行多个欧洲机构(9- - - - - -11]。为了确定代表组织构建这样一个平台,肉瘤组织样本从档案检索,综述了感兴趣的领域的注释引用肉瘤病理学家。讲师数据库,建立在综合医学肿瘤学系是乌斯鲁汶,提供了重要的临床信息,帮助选择合适的情况下创建蓝玉。在过去的五年里,我们能够收集561 FFPE肿瘤块从428年STS病人,导致11 STS蓝玉的创建(STS TMA平台)。

我们TMA平台包含数组不同的STS亚型包括一些ultrarare实体,和组织的形态学和免疫组织化学特征对TMA反映原供体肿瘤的组织学和分子特征块。在过去,其他科学团体创建不同类型的肉瘤研究载。与complex-karyotype Lahat等人描述蓝玉从STS (n= 205)用于相关研究23]。一个LMS-specific TMA (n= 47)中所描述的文献评估内部和intertumor异质性(24]。蓝玉从两个潜在肉瘤试验探索了术前治疗相关生物标志物的表达与患者的结果(25]。尼尔森等人进行了组织学分析区分从其他亚型SynSa使用tma由SynSa (n= 46),尤因肉瘤(n= 5)、SFT (n= 5),对于(n= 5)、LMS (n= 5)、黏液纤维肉瘤(n= 5)、血管外皮细胞瘤(n= 4),和不确定的亚型(n= 7)[26]。这些和其他载被用于相关和分子分析显示其公用事业在肉瘤的研究(27- - - - - -30.]。据我们所知,TMA的平台,我们在过去5年可能代表的最大和最多样化的收集好的注释蓝玉从肉瘤患者。实体的光谱范围从常见的子类型,如LMS和有限合伙人ultrarare变异如CCSA, asp或IMFT。虽然这已经是一个广泛的和非常独特的收集,我们仍在扩大平台包括STS的其他相关亚型。TMA从我们的SFT目前构造与埃尔兰根大学医院合作,埃朗根(德国),而创建蓝玉从血管肉瘤和SynSa病人是一个先进的预备阶段。

STS TMA平台的一个关键优势是组织的适用性技术(例如,包含IHC、鱼、和免疫荧光)在多个肉瘤样同时,应用统一的实验条件。这使我们能够迅速评估分子的兴趣大量STS的情况下,节约宝贵的组织标本。包含IHC是最简单和最常用的方法来评估蛋白表达,以我们PDGFR-B染色。所有肿瘤样本被放置在一个TMA,染色的标本可以同时执行相同的条件下,实现最高试验标准和储蓄测定体积。此外,最近的进步在米兰等多重免疫染色技术使我们能够测试多个分子一个TMA幻灯片(12),揭示了细胞组成、本地化和细胞之间的相互作用,以及增加的效用非常珍贵的生物材料。

好的注释TMA可以是一个伟大的价值研究预测和预后的生物标志物和评估潜在的治疗目标。例如,TMA组成(patient-paired)样本的进步阶段疾病被用来演示PD-L1表达在一个小比例的增加转移性或复发性样本在不同STS亚型,指示的潜在使用免疫抑制剂在转移性设置检查站31日]。complex-karyotype STS研究显示基质金属蛋白酶2和p53作为潜在的预后的生物标记,证明了蓝玉的效用与临床资料进行相关分析(23]。我们好的注释TMA收集可用于确定一个给定的流行变化在不同的肉瘤亚型可用于筛选潜在可行的药物靶点。在我们的收藏,一些subtype-specific蓝玉包含原发肿瘤,局部复发和/或转移病灶来自同一个病人,因此可用于研究这些疾病的分子进化。更多,在绝大多数情况下,我们理论获得原始块验证性研究。

蓝玉的优点之外,有限制或可能发生的问题会影响的性能分析。最常引起争议的是肿瘤异质性的代表性组织TMA的体积小。这个问题可以通过多核解决每标本(2 - 3)从不同的肿瘤区域和一个更大的拳大小(1.0或1.5毫米直径)32),这是我们如何构建蓝玉。因此,多样化的表达分析分子可以观察到在不同核心从一个单一的情况下,代表异质性肿瘤组织切片观察,说明了我们pMAPK PDGFR-B染色。另一个问题是失去组织核心的风险在TMA切片或实验。方法部分TMA可能导致无法解释的核心横跨整个块,可以避免的切片沿整个数组的宽度(33]。切片沿着可能施加过度的剪切力蜡和增加骨折的风险。另一方面,例如,包含IHC过程组织核心可能导致分离洗涤、加热,预处理步骤。

为了确保质量的蓝玉,TMA街区的建设支持建立程序选择生产,这是被别人称为“下一代TMA协议”34]。有很多因素可以影响蓝玉的质量。首先,捐赠者块的质量取决于它的可用性和耐久性。可用性可以通过测量身高至少3到4毫米的块,确保组织体积足够TMA建设。捐赠者块的耐久性取决于时间和环境(温度和湿度)的块存储条件。老块可能会失去抗原性和随着时间的推移变得脆弱,应排除如果脱水(35]。其次,选择捐赠组织冲孔应该反映相应的STS亚型的形态学特征。因此,对于我们的蓝玉,综述了所有核心注释引用肉瘤病理学家。接下来,变化可能发生在本地化针打孔组织基于圆)的幻灯片上的注解,和捐赠组织的形状可能稍微变形期间部分或加热/冷却FFPE块(36]。改善组织检索的精度、数字注释和全自动组织微阵列是申请一个更好的带注释的图像之间的对齐和捐助。至于组织转移,各种空心圆柱体直径不同,可以应用(0.6 - -2.0毫米)。尽管核心尺寸越大,越好intratumor intratumors异质性,2.0毫米气瓶的使用会增加供体的风险模块损坏,特别是在案件的活检样本。限制这种风险,同时保持了标本异质性,有更好的组织和简化切割附件,我们1.0或1.5毫米气缸用于TMA建设。最后,样本交叉污染的风险,在建设的过程中,可能会使用相同的冲压设备,造成了严重的限制了TMA建设。Vassella等人评估污染之间传输使用焦磷酸测序样品和显示不同组织之间没有交叉污染样本穿孔用同样的设备(37]。

除了TMA建设外,我们还探讨了利用数字病理图像采集和分析的蓝玉。到目前为止,我们已经建立了一个实验管道涉及TMA染色、自动图像采集、数据存储、共享,基于奥林巴斯BX43微观系统。然而,深度学习的先进技术或人工智能、自动定量包含IHC,免疫荧光变得可用,被广泛用于研究实验室。有很多商业可用的算法和适用,比如cellSens成像软件(38和许多其他39- - - - - -41]。开源软件如ImageJ(美国国立卫生研究院的贝塞斯达,我们)(42)也可以用来开发评价的方法。最近的进步计算和图像分析算法,我们的目标是将计算机辅助图像分析集成到现有的管道,进一步扩大我们的平台的适用性和灵活性。

我们计划使用sarcoma-oriented TMA平台来研究各种常见的生物学或ultrarare肉瘤亚型,筛选潜在可行的目标,并准备进一步转化或选择病例的临床研究。我们的一些建立蓝玉已经用于目标识别和通知后续项目关注的发展创新疗法,包括细胞毒性高活性化合物和酪氨酸激酶抑制剂。例如,TMA从多个亚型的STS被用来屏幕小说受体酪氨酸激酶作为一个潜在的可操作的目标。我们执行包含IHC确定这种受体的过度表达在某些亚型的STS和选择相关案例进一步在活的有机体内小说酪氨酸激酶抑制剂的药物测试肉瘤patient-derived异种移植小鼠模型,比较高和低表达基于TMA发现异种移植。我们的平台是现成的协作研究与研究合作伙伴谁有兴趣使用TMA sarcoma-related研究目的。

5。结论

5年来,我们已经能够创建一个非常全面和好的注释TMA的肉瘤的研究平台,包括相当数量的最常见的和一些ultrarare STS实体。第一个探索性研究已经证明,这些数组导致类似的结果和常规分析利用单块,蓝玉非常适合广泛的形态,免疫组织化学和免疫分析技术。我们打算使用这些肿瘤生物学研究和未来的蓝玉,筛选潜在的可操作的分子或基因目标肉瘤,和为例选择进一步的实验工作。我们正在这个独特的资源可供科学项目与研究合作伙伴。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果都包含在这个aritcle和补充信息文件(s)。相关的临床数据和额外的图像可在合理的请求从相应的作者。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

确认

作者要感谢实验室的所有成员实验肿瘤学,KU鲁汶,参与和推动这个平台的创建。作者还要感谢欧洲癌症研究和治疗组织,布鲁塞尔(比利时),病理学系,鲁汶大学医院,鲁汶(比利时),行政工作和肿瘤块的检索。建设的蓝玉,作者感谢Sandrine Ruppen,伯尔尼大学伯尔尼(瑞士),因为她的技术支持和指导。这个项目财务支持的卡尔玛op特根Kanker(比利时)、佛兰德癌症协会(比利时),巴特Verbeeck肉瘤研究基金(比利时鲁汶KU)。托马斯·范·卡恩收到“Startersbeurs阿Vanderschueren”研究拨款“卡尔玛op特根Kanker VZW”。Che-Jui李收到KU Leuven-Taiwan奖学金,KU鲁汶的协作,鲁汶(比利时),台湾教育部,台北(台湾)。

补充材料

补充表S1:多元免疫染色测定抗体的详细信息面板(米兰)用来描述免疫组件部分肺泡软肉瘤组织微阵列。补充表S2:病人的特点(n= 328)和捐赠组织样本(n= 459)包括在组织微阵列由鲁汶大学医院的标本,莱顿大学医学中心,苏黎世大学医院。补充表S3:病人的特点(n= 100)和捐赠组织样本(n= 102)从欧洲癌症研究和治疗组织90101二期试验”创建。“补充表S4:比较之间的免疫组织化学染色组织切片和核心软组织肉瘤的组织微阵列。补充表S5:可评价的组织核心的速度在肺泡软肉瘤组织微阵列在每个周期的多路复用疣状(米兰)。补充图S1:免疫组织化学染色的例子pMAPK (a)和(b) pAKT整个组织部分(原发肿瘤)和相应的组织核心软组织肉瘤的组织微阵列。(补充材料)