文摘
子宫平滑肌肉瘤(LMS)是妇科癌症中最严重的恶性肿瘤。子宫平滑肌瘤(LM)的良性肿瘤,子宫肌层的起源,是育龄妇女中最常见的。因为他们的类似症状,术前很难区分这两个条件只有超声波和盆腔MRI。目前组织病理学诊断的主要方法用来区分他们术后,不同寻常的LM组织学变异往往误诊为LMS。因此,开发的分子诊断作为替代或确认手段将有助于更准确地诊断LMS。我们采用omics-based技术识别基因组特征区分LMS和LM透露,拷贝数,基因表达和DNA甲基化配置文件成功区分这些肿瘤。LMS被发现拥有的特性通常观察到恶性实体肿瘤,如广泛的染色体异常,细胞cycle-related基因的过度表达,hypomethylation蔓延大型基因组区域,和频繁的polycomb集团目标基因和protocadherin甲基化的基因。我们还确定候选人表达和DNA甲基化标记,这将促进建立术后分子诊断测试基于传统的定量分析。我们的结果表明建立的可行性测试和开发的可能性等术前和非侵入性方法。
1。介绍
子宫肉瘤是一种恶性间质肿瘤细胞来源于子宫子宫肌层组成的,代表了最糟糕的预后疾病妇科恶性肿瘤。子宫肉瘤的发病率据估计占原发性子宫恶性肿瘤的8% (1]。三个主要亚型的子宫肉瘤癌肉瘤、子宫内膜间质肉瘤、横纹肌肉瘤(LMS),所有这些都对手术、化疗和放疗。尽管患者的预后是依赖于组织病理学亚型和阶段,5年生存率的子宫肉瘤63 - 73%,24 - 43%,32 - 38%,和6%的阶段我,第二,第三,第四,分别的分期系统由国际妇产科联合会(FIGO) [2,3]。LMS代表最常见的亚型,主要发生在更年期妇女在40岁的时候,他通常出现异常阴道出血等症状,明显的骨盆质量,和骨盆疼痛。这些症状类似于那些更常见的子宫平滑肌瘤(LM),尤其是退化LM,很难由超声波和盆腔MRI术前区分LMS和LM (1]。133研究的荟萃分析显示,神秘的LMS的患病率在手术假定LM估计大约2000年(4]。神秘LMS病例往往在晚期被发现,因为他们经常观察(假定平滑肌瘤)在门诊。术后组织病理学诊断是目前唯一区分两个条件。然而,一些LM变体,如mitotically活动类型和LM与大量的淋巴浸润,组织病理学检查期间可能被误诊为LMS。事实上,在之前的子宫肉瘤以人群为基础的研究,最初的356例病例中LMS分类研究中,97例(27%)被重新归类为LM或LM变异后(5]。引入分子诊断除了组织病理学诊断证实是一种选择要考虑减少的风险做出准确诊断。识别的新型分子标记高度特定于LMS将有助于进一步提高LMS的诊断准确性。
“癌症基因组学”是指肿瘤基因组的分析使用各种策略如DNA拷贝数,DNA甲基化,转录组和全基因组测序6]。这样的组学数据已经成功地用来识别基因和通路在癌症和摄动发现新颖的诊断,预后和治疗癌症标记在几个类型(7- - - - - -9]。这样的先例和成功案例的癌症组学方法在不同阶段建议收集组学数据集的必要性和重要性对妇科癌症为基础对确定诊断和预后标志物和治疗靶点。然而,由于100000年罕见的发病率LMS (0.4 (10]),可用的组学概要LMS迄今已非常有限。在目前的研究中,我们旨在全面理解之间的差异LM和LMS在分子水平上通过分析基因组,外遗传性,这些子宫良、恶性肿瘤和转录组配置文件并在提取候选人表达和DNA甲基化标记,建立潜在有用的分子诊断测试使用常规化验。
2。材料和方法
2.1。样品
我们获得三个样品每个正常子宫的子宫肌层组织(NM1、NM2和NM3),平滑肌瘤组织(LM1、LM2和LM3)和平滑肌肉瘤组织(LMS1、LMS2 LMS3)从九个病人,临床特征的总结表1。虽然纳米样本收集的宫颈癌患者,癌变组织没有混合。LM和LMS从病灶中心获得的样本。观察LMS三个案件中,LMS面积不与任何有关LM-like地区通过眼睛检查手术。本研究经伦理委员会批准的国家儿童健康与发展中心(# 234)和九州大学的伦理委员会(# 231)。所有参与患者签署知情同意表格。所有标本都是孤立的主要手术期间的九州大学医院妇产科,立即在液态氮冷冻,储存在−80°C。本研究的细胞系检查SKN (RBRC-RCB0513)从日本获得BRC和SK-UT1 (htb - 114)和SK-UT1B (htb - 115)从美国获得文化集合类型。
2.2。细胞培养
所有标准培养条件下细胞培养(在37°C, 5%的公司2在空气中)中补充15%胎牛血清和Penicillin-Streptomycin-Glutamine液体(最后1 x, GIBCO 10378 - 016)。HamF12介质用于SKN细胞和鹰介质用于SK-UT1和SK-UT1B细胞。
2.3。总RNA基因组DNA和准备
总RNA基因组DNA和组织中分离的细胞使用AllPrep迷你包(试剂盒)根据制造商的协议。
2.4。单核苷酸多态性(SNP)阵列分析染色体异常的检测
DNA扩增、标记、杂交进行根据制造商的协议HumanCytoSNP-12 BeadChip (Illumina公司)。二百ng的基因组DNA受到DNA扩增为每个样本。杂交和洗涤后,数组iScan系统上的幻灯片进行扫描(Illumina公司)。日志比率(远程雷达)和B等位基因频率(BAF)计算使用GenomeStudio 2010.1版本和使用KaryoStudio数据可视化分析软件1.0版(Illumina公司)。远程雷达和BAF标准化的信号强度和标准化的B等位基因的数量比总数量的A和B等位基因,分别。复制检测中性的杂合性丢失(CNLOH)和拷贝数改变(得失)进行使用CNVpartition V3.0.7.0 (Illumina公司)和R-GADA (R-genome变更检测分析)(11),分别用默认参数。
2.5。阵列基因表达分析
总RNA样本受到使用整个人类基因组微阵列基因表达微阵列分析设备,K(安捷伦),按照制造商的说明。这个数组包含41093探针覆盖19596个基因。总rna (200 ng)放大,并贴上Cy3使用低输入QuickAmp标签工具包(安捷伦)。结果cRNAs分散在60°C在黑暗中30分钟,600 ng的杂化微阵列在65°C 17小时。洗后,幻灯片使用安捷伦芯片扫描仪G2505B被扫描。从扫描图像信号强度测定使用软件(版本10.7.3.1)特征提取。原始强度数据被转移到GeneSpring软件12.6版本(安捷伦),归一化(分位数正常化),并分析了进一步使用主成分分析(PCA)和大量的差异表达基因。层次聚类分析对1036个差异表达基因进行使用Heatmap2 R包,gplots (https://cran.r-project.org/web/packages/gplots/gplots.pdf),默认参数(与欧几里得距离完整的链接)。上述1036个差异表达基因选择如下:40093年的调查,1680年调查中差异表达的四组的至少一个纳米,LM, LMS, LMS细胞系被单向方差分析分析(选中多个测试修正,Benjamini-Hochberg;阈值,修正)将归一化信号强度值;1324年这些探针2叠化值>或< 0.5组对比LMS和LM和NM进一步选择;这个数字,1036探针基因符号进一步选择(没有冗余的基因符号)。基因本体论(去)分析为注释,使用数据库可视化、发现和集成(大卫)6.7版(https://david.ncifcrf.gov/)。探针在叠化的列表值,排名前1500的基因符号被选中,为每个LM表达下调的基因和LMS样本进行分析。
2.6。全基因组DNA甲基化分析
基因组DNA (1.5μ使用EpiTect + g)是亚硫酸氢转换DNA亚硫酸氢工具包(试剂盒)。确定bisulfite-treated DNA的浓度后,300 ng亚硫酸氢从每个样本DNA受到Illumina公司英飞纳姆HumanMethylation450 BeadChip分析根据制造商的标准协议(Illumina公司)。数组iScan系统上的幻灯片进行扫描(Illumina公司)。扫描的图像数据处理使用GenomeStudio甲基化分析模块版本1.9.0与背景减法和控制标准化的选择。每个超过480000 CpG甲基化水平计算使用的网站β值(=甲基化等位基因/强度(强度+强度unmethylated等位基因的甲基化等位基因+ 100]),从0(完全unmethylated)到1(完全甲基化)。
485577年的探测器,探测器检测值> 0.05或空白β值被排除在进一步的分析。GenomeStudio被用来绘制箱线图和散点图进行分层聚类分析(完成连杆与欧氏距离)。层次聚类分析的β值的子集hypermethylated探针进行使用Heatmap2使用默认参数。的差异β两个样本之间的值被定义为δβ(Δβ),Δβ> 0.2和Δβ<−0.2被认为是超级hypomethylated,分别在这项研究中。两组之间的差异甲基化区域样本提取使用Illumina公司甲基化分析仪(IMA), R包分析两组之间的位置和区域层次上甲基化变化(12]。BED-formatted过度列表和hypomethylated区域为每个6基因功能组(TSS1500 TSS200 5′UTR,第一外显子基因的身体,和3′UTR)通过面元两个或两个以上的调查中发现相同的基因功能群相同的基因作为一个地区使用的注释和分析一个接一个的网站(http://bejerano.stanford.edu/great/public/html/)[13使用默认参数”单一的基因”模式。
2.7。亚硫酸氢结合LINE1限制(眼镜蛇)分析
亚硫酸氢进行了PCR LINE1元素如前所述[14]。使用的PCR引物5′-TTGAGTTGTGGTGGGTTTATTTAG-3′, 5′-TCATCTCACTAAAAAATACCAAACA-3′。热循环条件是25 95°C的周期为30秒(s), 50°C 30年代,30年代和72°C, 95°C的初始步骤5分钟(分钟)和72°C的最后一步2分钟。(413个基点)纯化PCR产品使用illustra GFX 96 PCR净化设备(通用电气医疗集团)和消化Hinf即消化DNA分析了产品使用生物分析仪2100(安捷伦)。
2.8。数据沉积
DNA甲基化和基因表达阵列数据用于出版已经存入NCBI的基因表达Omnibu (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),可通过地理系列加入GSE68312数量。
3所示。结果与讨论
3.1。特定于平滑肌肉瘤广泛的染色体异常
我们评估了染色体拷贝数改变的程度在海里,LM, LMS样品和LMS-derived细胞系使用SNP BeadChip阵列探测器大约300000个SNP。这个数组平台使用比(远程雷达)和B等位基因频率(BAF)作为指标来检测拷贝数变化。尽管芯片比较基因组杂交(全息阵列)已经被用来评估子宫LMS的染色体异常15,16),这是第一个研究snp阵列平台应用于分析基因组LMS和LM的结构性改变。snp阵列平台优势在全息阵列方法,平台可以检测复制中立的杂合性丢失和马赛克除了拷贝数变化。LMS样本显示高度干扰远程雷达和BAF分布相比,纳米和LM样本,表明广泛的数值和结构变化以及高度马赛克宪法的染色体(图1)。
估计为每个样本染色体畸变的程度,我们使用两个拷贝数变异(CNV)调用工具,CNV分区插件V3.0.7.0 (Illumina公司)和R-GADA包(11]。我们最初CNV分区使用,发现复制中立的杂合性丢失(CN-LOH)准确但未能叫马赛克染色体宪法下的收益与损失。因此,我们随后使用R-GADA,发现更好的收益和损失染色体马赛克区域。我们认为的和拷贝数改变的比例变化(得失)检测到R-GADA和复制的中性的变化(CN-LOH)检测到CNV分区的近似比染色体异常在这项研究中。符合他们的远程雷达和BAF的外观图(图1),LMS样本高度染色体异常(66.7 -89.5%)(补充材料,表S1,在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2015/412068)。LMS的远程雷达模式样本相比,那些LMS-derived细胞系(SKN、SK-UT1 SK-UT1B)不太复杂,表明这些细胞系细胞组成的一个类型或有限类型的染色体宪法(s),这可能是因为选择细胞能够快速和无限的细胞分裂。LM样本被发现包含没有或有限的染色体异常率(8.7%至0.7)。数值和结构异常在几乎所有的染色体基因组功能针对LMS,至少在样品检查在这项研究中,表明CNV的可能使用配置文件作为LMS的诊断信息。
我们发现CDKN2A轨迹在LMS2纯合子地删除,SKN(图2)。p16蛋白,编码的CDKN2A基因扮演了一个关键的角色在细胞周期G1期的规定通过抑制细胞周期素D和RB已知蛋白质和灭活在许多类型的癌和肉瘤(17]。77年的一项研究LMS病例子宫以外的软组织显示减少p16表达的启动子甲基化相关CDKN2A患者的基因和糟糕的预测(18]。符合的一项研究报告的纯合缺失CDKN2A轨迹在子宫LMS (19),我们的数据进一步证实了参与的功能损失p16在子宫LMS的发展。
(一)
(b)
体细胞突变跳频延胡索酸酯酶基因(编码)20.),在MED12基因基因(编码中介复杂单元12)(21已确定在零星的1.3%和70%的没有子宫LMs,分别。据报道,大约有40%到50%的LMs包含细胞遗传学重组,如涉及12个最喜欢p21或6和7问删除(22]。此外,复杂的染色体重组,涉及7问,COL4A5-COL4A6,HMGA2,和RAD51B位点已报告中观察到的一个子集LMs (23]。因此,不仅在特定基因突变,而且染色体异常可能参与基因LM的原因和应进一步探讨。CNV的积累资料的不寻常的变异LM(比如mitotically活跃情况下)是急需的。
3.2。基因表达标记区分LMS和LM签名和候选人表达
我们获得纳米基因表达谱,LM, LMS样品一起与LMS细胞系,发现分层聚类的一个子集(1036个基因的差异表达基因选择节中描述2)和主成分分析对整个数据集可靠区分LMS从海里(LMS细胞株)的样本和LM样本(数据3(一个)和3 (b)之前),如图所示(24]。搜索候选人表达标记区分纳米,LM, LMS,我们选择探测的信号强度高在一个(或两个)的三种类型和较低(低于背景水平)的其他类型。使用国旗(现在/没有调用)和规范化强度“> 6”过滤器(补充材料,表S2),四个NM / LM-specific四NM-specific LM-specific, 45 LMS-specific基因选择(图3 (c)和补充材料,表S3)。所选LMS-specific基因被发现包含许多已知的基因编码的关键细胞cycle-related蛋白质(如TICRR(25),KIF4A(26])和参与癌细胞的细胞周期进展(如CDCA2(27),MELK(28])。45 LMS-specific基因包含许多重要的细胞周期调控和转录因子不认定为基因过表达在LMS先前表达阵列研究[24]。因此,表达式数组数据集在这个研究提供了额外的信息,促进了LMS的癌症生物学的理解。虽然这些候选标记需要大量的样品验证的特异性,可能可能建立定量RT-PCR-based诊断方法区分LMS和LM使用高度的结合特定的标记,例如,PGR孕激素受体基因(编码)沉默在LMS和LMS-specific细胞cycle-related基因之一。
(一)
(b)
(c)
(d)
我们清点的数量差异表达基因,调节(> 2.0倍)或表达下调(< 0.5倍),在三个每个LM和LMS样本的平均值相比三海里样品(补充材料,图S1)。虽然调节和表达下调基因的数量在6个样本相似,从5999年到8932年,从3473年到6155年,分别为(补充材料,图S1),调查一般的数字,或者表达下调三份样品中明显不同。三LMS样本,20.4%和22.1%的调查通常表达下调,分别只有2.9%和4.7%的人一般,表达下调三LM样本(补充材料,图S1),表明LMS中差异表达基因的内容相似的样本但LM样本之间的不同。
我们进行分析(见部分2)来阐明功能特性的差异表达基因在LM和LMS样本相比,纳米组织。结果GOTERM_BP_FAT类别(英国石油、生物过程)总结在图3 (d)(全部结果提供了补充材料,表S4)。通常在所有三个LMS样本,相关基因“细胞周期阶段”和“细胞粘附在统计学上显著富集起来,表达下调的基因,分别。相比之下,浓缩的条款在三个不同LM样本。统计学意义(Benjamini的纠正值< 0.05)浓缩的条款在观察调节基因只有在LM2(“染色体隔离”)。虽然GO术语丰富中表达下调的基因非常相似LM1和LM2之间(“调控的细胞运动”),这些在LM3完全不同(“翻译”)。与翻译相关的基因差别观察到对这些包括许多核糖体蛋白基因和翻译起始/延长因子基因被认为是与政府相关的促激素类似物的病人LM3(表1)。
综上所述,我们的注释的基因表达谱LM和LMS证实,这些可以区分良性和恶性肿瘤转录组的功能以及具体表达式标记。然而,随着三LM样品检查显示相当大的变化差异表达基因的内容数据进行解释时应特别谨慎。这也凸显了需要一个数据集用大量的LM情况下,可用于定义和分类之间的基因表达变化的光谱LM的病例。
3.3。描述的全基因组DNA甲基化LMS的概要文件
我们获得全基因组DNA甲基化的纳米,LM, LMS样品和LMS-derived细胞系和使用β值(DNA甲基化水平)471511年的调查,通过质量控制程序(图4(一)为后续分析。应该注意的是,这是第一个研究描述了全基因组DNA甲基化的LMS和LMS-derived细胞系。在层次聚类分析,四组(三个组织学类型和细胞系)扩展到不同的集群(图4 (b)),清楚地表明全基因组DNA甲基化数据集可以区分纳米,LM, LMS。箱线图表示(图4 (c))β所有471511年调查显示,中位数的值β值LMS样本相比明显降低纳米和LM。散点图(图4 (d))的平均β值相同的探针集全球也表明LMS hypomethylated LM和纳米相比,这是符合全球hypomethylation知道发生在大多数恶性肿瘤(29日]。我们证实了hypomethylation LINE1元素分析(图亚硫酸氢结合LMS的限制4 (e)和补充材料,图S2)。这些结果说明LM和LMS可以通过其全球杰出的DNA甲基化水平。
(一)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
(g)
(h)
(我)
(j)
(k)
(左)
(m)
(n)
LM的全基因组DNA甲基化模式以来前面描述的(30.),我们专注于LMS在这项研究。探索基因组功能的过度和hypomethylation LMS中观察到,我们比较了平均水平β值LMS和纳米样品6个基因功能分类,即基因间,TSS1500(200基点,至1500基点上游的转录起始站点(TSS)), TSS200 TSS)(在200年英国石油公司上游,5′UTR(翻译区)和第一外显子基因的身体,和3′UTR(数字4 (f)- - - - - -4 (k)和表2)。基因间hypomethylation的程度是惊人的,TSS1500,基因的身体,和3′UTR类别(29.0%、14.4%、15.8%和14.4%,分别地。)(数据4 (f),4 (g),4 (j),4 (k)少),但在TSS200和5′UTR / first-exon类别(7.2%和10.0%)(数据4 (h)和4(我))。甲基化的程度一直低于hypomethylation在所有六个类别和往往是低TSS和燕国(2.1%到3.2%),而其他类别(3.9%对4.5%)。CpG网站内CpG岛(cgi),大多数unmethylated,被发现是更频繁地hypermethylated cgi之外(4.5%)比在大海(2.5%)和较少hypomethylated(4.6%)比外面cgi(16.7%的海岸以及架子,28.1%在公海)(数据4(左)- - - - - -4 (n)和表2)。这些结果说明TSS和/或CGI地区往往是对全基因组脱甲基部分甲基化新创,在肿瘤发生。
当平均的β值LMS和纳米组之间比较,17037年(3.6%)和80549年(17.1%)探针上()和hypomethylated (),分别。我们受到相同的数据集的IMA (12):1151和6095个基因被发现主机上和hypomethylated地区至少有一组TSS1500 6个基因的功能,TSS200, 5′UTR,第一外显子基因的身体,和3′UTR(图4(一)和补充材料,表S5)。在同一个分析进行LM与纳米相比,14053年(3.0%)和9510年(2.0%)探测器是过度和hypomethylated(表2),869年和770年基因被发现主机上和hypomethylated地区至少有一个6个基因的功能组(数据没有显示)。
我们评估了LMS的差异甲基化区域的功能特性去分析使用的注释网站(13节中描述)2。我们观察到hypermethylated地区高度大大丰富和同源框PCDH(protocadherin)基因(补充材料,表S5和图S3)。Polycomb集团(PcG)目标基因包括许多同源框基因是已知异常hypermethylated在各种癌症31日]。PcG子集的甲基化基因编码发展监管机构被认为是可能导致癌症的干细胞状态(32]。Protocadherin蛋白质包含细胞外钙粘着蛋白领域参与肿瘤抑制细胞粘附和提出候选人因为他们调节监管途径(如规范Wnt信号)是至关重要的发展和疾病(33,34]。在1893 PcG目标(SUZ12-positive)基因识别之前(表S8 [35]),197个基因(10.4%)被发现是在LMS hypermethylated。值得注意的是,37岁的197个基因hypermethylated TSS200地区,被发现是最耐甲基化(图4 (h))。同样,我们确定了29日在LMS hypermethylated protocadherin基因,其中15 hypermethylated TSS200。层次聚类的DNA甲基化的上述值37 PcG目标基因和15 protocadherin基因杰出NM, LM, LMS(图5(一个))。
(一)
(b)
(c)
(d)
亚硫酸氢全基因组测序的研究显示,大量(几Mb) hypomethylation观察一半以上的基因组在结肠癌,这个特性是常见的在其他实体肿瘤(36]。去分析,我们发现LMS hypomethylated地区经常被富含基因集群如嗅觉受体基因,kallikrein-related肽酶(KLK)基因,keratin-associated蛋白基因,丝氨酸蛋白酶基因(补充材料,表S6和图S4)。这些基因簇被发现位于基因组区域被确定为hypomethylation块在结肠癌36]。综上所述,差异甲基化区域的注释LMS相比,纳米表明LMS展品外遗传性特征,如在PcG目标基因和protocadherin基因位点甲基化和内hypomethylation大量已知常见恶性实体肿瘤(补充材料,图S4)。
我们也评估了基因表达的变化之间的关系和DNA甲基化在基因启动子区域(TSS1500和TSS200)观察到LMS相比,纳米(补充材料,图S5)和观察它们之间没有相关性。
3.4。选择甲基化标记区分LMS和LM的候选人
是为了识别候选DNA甲基化标记位点可靠区分LMS和LM,我们选择69探针的甲基化水平LMS和LM使用之间的截然不同β值> 0.6在所有三个样品在一组β值< 0.1在所有三个样品,另一组作为过滤条件(数据没有显示;69探针由13个探针和56探针hypermethylated LMS和LM的职责)。38在69探针,探针被映射到31个基因位点(其余31探针位于对此)。这些38调查进一步选择使用下列条件:两个或两个以上的探头中映射TSS1500 / TSS200类别的一个基因。因此,启动子区域NPAS4和PITX1基因被选为候选甲基化标记位点(数据的例子5 (b)- - - - - -5 (d))。应该注意的是,不同的候选人可以通过改变选择过滤条件。的启动子区域NPAS4基因(编码的神经不是域蛋白4)几乎是unmethylated在正常组织和LM样品但高度甲基化只有在LMS样品(图5 (c))。的启动子区域PITX1基因(编码paired-like homeodomain 1蛋白质)高度甲基化只有在LM样本而不是在正常组织和LMS样本(图5 (d))。
3.5。的可行性发展分子诊断测试区分LMS和LM
我们成功地确定组学特征以及生物标志物可以区分LMS和LM候选人。本研究中使用的基于数组的方法只需要几百毫微克的基因组DNA或RNA。因此,组学概要文件可以获得数量有限的标本收集的此类transcervical针吸活组织检查。也有选择介绍下一代sequencing-based方法,需要更小数量的起始原料。最近,一个方法来捕获肿瘤细胞在外周血循环了(37]。这种方法结合LMS-specific标记或组学签名确认在本研究将开放的可能性制定术前和无创性诊断测试区分LM和LMS。
4所示。结论
我们已经表明,组学概要文件明确区分典型子宫LMS和LM和代表水库LMS分子标记非常具体。而样品评估的数量限制在这项研究中,数组平台和数据分析方法建立在这项研究中采用直接适用于更多的样品。在临床的设置,有迫切需要妇科肿瘤学家建立可靠的方法区分中间等级的肿瘤,如子宫平滑肌肿瘤恶性潜力和不确定的典型LM, LMS。通过获得组学概要等中间等级的肿瘤,它可能是合理的屏幕好这些肿瘤分子标记在这项研究中使用的数据集作为参考。组学分析方法,本研究中描述的数据集可以帮助制定LMS的术前和非侵入性诊断测试。
利益冲突
作者宣称没有利益冲突。
确认
本研究支持的资助来自卫生部、劳动和福利的日本(h26 - nambyo ippan - 082) Kenichiro哈塔和资助国家儿童健康与发展中心(NCCHD)日本Kazuhiko Nakabayashi (24-3)。作者感谢Hiromi Kamura她的技术援助。纸被艾玛校对和编辑理发师临床研究的教育部NCCHD。
补充材料
图S1:维恩图的基因差异表达探针检测LM和LMS样本相比,纳米样品的平均值。
图S2:眼镜蛇的标准曲线测定LINE1重复序列。
图S3:本体术语InterPro类别差异甲基化区域中检测到是丰富LMS(相比海里)的注释。
图S4: DNA甲基化的海里,LM, LMS样本可视化使用综合基因组浏览器(https://www.broadinstitute.org/igv/)。
图S5:甲基化的表达比纳米块LMS。
表S1:基因组大小和比例的染色体异常检测SNP阵列分析。
表S2:过滤条件用于表达标记的选择候选人。
表S3:候选人表达的完整列表标记使用过滤条件来选择表S3所示。
表S4:全部结果大卫的基因本体分析差异表达基因的LM和LMS样本相比,纳米样品的平均值。
表S5: 7110个基因列表在LMS举办差异甲基化区域相比,纳米检测到IMA。
表S6:全部结果的差异甲基化区域的注释比纳米LMS。
表S7:β值和z分数133 CpG TSS200地区调查的37 PcG目标基因位点和47 CpG探针TSS200地区的15 protocadherin基因位点hypermethylated(Δβ> 0.2)相比,LMS NM。