文摘
骨肉瘤是最常见的恶性骨肿瘤,识别有用的肿瘤生物标志物和目标蛋白质需要预测患者的临床结果和治疗反应以及发展新的治疗策略。全球蛋白表达的研究,即蛋白质组学研究,可以提供重要线索的理解肿瘤生物学,不能通过其他方法获得。这些研究,如二维凝胶电泳和质谱分析,已经提供了骨肉瘤的蛋白质表达谱,可用于开发新颖的诊断和治疗性生物标志物,以及理解肿瘤进展和恶性肿瘤的生物学。本文提供的方法将简要描述了最近的一些例子关于骨肉瘤蛋白质组学研究产生新的信息。
1。介绍
nonhematopoietic,骨肉瘤是最常见的原发性恶性骨肿瘤,最常发生在第二个十年,有60%的患者25岁以下的年1]。最初的诊断后,患者通常收到可替换主体术前化疗和手术切除肿瘤,术后化疗紧随其后。化疗改善了患者的治愈率本地化操作系统从仅仅通过手术达到大约70% (15% - -20%1,2]。对患者术前化疗的反应是关键信息和敏感的患者分为两组根据病理特点:良好的应答肿瘤坏死(> 90%)和穷人应答肿瘤坏死(< 90%)(1,2]。然而,患者对化疗的反应差通常有一个贫穷的结果和高的风险转移与患者对化疗的反应好(1,2]。因此,它是至关重要的识别与药物抗性相关的蛋白质在骨肉瘤预测生物标志物和小说理论的目标。此外,尽管重大进展关于化疗和改善局部骨肉瘤患者的结果,病人在诊断转移并不少见,和转移患者仍有不良预后1,2]。因此,小说的发展集中在识别预后指标,和新的治疗靶点,抑制生物通路为骨肉瘤生长,是至关重要的。
使用高通量筛选方法,比如基于阵列比较基因组杂交分析和互补脱氧核糖核酸微阵列技术,允许数千DNA和信使rna序列的筛选和可以识别基因相关肿瘤的诊断和临床特征3- - - - - -13]。这些综合的研究已经确定了几个基因可能参与骨肉瘤的发展或进展,并代表候选人生物标记和/或药物靶点[3- - - - - -13]。然而,在临床应用中,目前没有特定的标记用于预测骨肉瘤的预后和化学敏感性。确定这些因素为患者不仅可以提供一种新的方法和选择治疗策略,但也可以提供小说为骨肉瘤的治疗目标。全球蛋白表达的研究中,这种方法被称为“蛋白质组学”,也可能是更多的临床相关的基因组研究,因为蛋白质直接调节异常的肿瘤表型。此外,DNA测序或测量的mRNA表达不能检测的蛋白质转译后的修改影响他们的活动,如磷酸化、糖基化、乙酰化作用,或蛋白质稳定性的差异,这些因素发挥着重要作用在肿瘤细胞的恶性行为14- - - - - -17]。此外,许多证据表明mRNA和蛋白表达之间有冲突14- - - - - -17]。因此,蛋白质组学研究成为理解肿瘤的生物学的关键工具,以及各种癌症生物标记物的鉴定。此外,蛋白质组学研究的结果更容易应用于临床领域,因为潜在的使用特定的抗体。
最近的蛋白质组学技术的进步使人们有可能识别疾病相关蛋白在临床样本,和广泛的正在努力确定特定癌症的生物标记物,可用于诊断或治疗的目的15,16,18- - - - - -25]。标准的蛋白质组学技术,如二维凝胶电泳(2 de)和质谱(MS),在过去的三十年里发展。从1990年代末,通过高通量平台的发展,蛋白质组学已成为能够允许同时测量多个蛋白质产品和修改。这些newlydeveloped技术提供方法来检测至关重要的蛋白质表达模式对应于疾病进展或反应治疗,现在被认为是至关重要的研究工具15,16,18- - - - - -34]。因此,蛋白质组学研究可以识别小说尤其有用生物标志物和治疗肉瘤的目标。我们的研究发现了一些候选人与鉴别诊断(相关的蛋白质15,16,20.,21],预后[18,19,25),并在预测响应化疗(16,23在骨与软组织肉瘤。以下部分描述了蛋白质组学的方法已经被应用于骨肉瘤和评论的很多文章关于蛋白质组研究骨肉瘤。
我们确定了大约30论文对蛋白质组学研究在骨肉瘤的搜索PubMed(表1)。本文以讨论蛋白质组学的贡献识别有用的人类骨肉瘤临床生物标志物和目标,我们选择使用实际的患者样本的文章,如手术材料和等离子体,而不是来自人类细胞株和动物研究的信息(表1)。在本文中,我们简要地讨论了蛋白质组学技术,特别是electrophoresis-based技术以及生物标记物的鉴定和新靶点为骨肉瘤被蛋白质组学方法。
2。蛋白质组学技术和分析在肉瘤
蛋白质组学是蛋白质的大规模的研究,尤其是他们的结构和功能35]。技术用于蛋白质组学研究包括电泳、质谱技术、蛋白质标记蛋白质阵列,基于抗体的方法,成像和生物信息学技术。由于这些技术的最新发展,蛋白质组学可以提供强大的信息来提高生物标志物和小说在恶性肿瘤治疗目标的发现。特别是,质谱技术现在高吞吐量,允许成千上万的蛋白质的快速、准确识别目前在一个复杂的肿瘤标本。此外,蛋白质差异表达分析可以用来比较肿瘤与正常组织,并能够识别一系列的蛋白质标记可能与肿瘤的恶性特征(35- - - - - -37]。骨与软组织肉瘤与其他恶性肿瘤相比相对少见。诊断和预后形式的发展,新型治疗靶点的识别和理解的机制sarcomagenesis目前主要的研究重点。因此,各种策略现在被用来识别肿瘤特异性蛋白质利用蛋白质组学技术在肉瘤。
基于搜索PubMed数据库,电泳,特别是2 d差异凝胶电泳(2 d-dige) (15,16,19- - - - - -21,25,32,34,38)和质谱分析,特别是matrix-assisted激光解吸电离质谱(MALDI女士)[39)和表面增强激光解吸/电离(SELDI) [26,33,40),主要被用于获得蛋白质表达谱的骨骼和软组织肉瘤。我们简要地总结了主要平台的优点和缺点进行蛋白质组学分析(表2)。在本文中,我们主要讨论2 d-dige,因为这项技术是最常用的方法获取蛋白质表达谱在蛋白质组学研究的骨与软组织肿瘤15,16,18- - - - - -21,25,26,32- - - - - -34,38- - - - - -40]。
2.1。2 d-dige
我们经常使用2 d-dige生物标志物识别(15,16,18- - - - - -21,25,41,42]。2 d-dige是一种先进的变化2 d-page(二维聚丙烯酰胺凝胶电泳)和有潜力解决经典2 d-page(图的许多缺点1)[41,42]。标准的2 d-page技术采用根据蛋白质的等电点分离电荷作为第一个维度,加上MW决议通过聚丙烯酰胺凝胶电泳。我们2 d-dige方法使用消化染料与半胱氨酸残基反应。只有少数半胱氨酸/蛋白质和cysteine-reactive染料是高度可溶既。因此,这些染料适用于饱和标签的半胱氨酸残基。因此,蛋白质检测的灵敏度提高,使一个成功的2 d-page分析甚至低蛋白浓度(41- - - - - -43),和各种研究已经证明了的成功应用饱和标记来检测蛋白质的差异稀缺的样本来自1000年到5000年的蛋白质斑点。这两种消化标签选项提供快速的方法制备不同标记样本荧光技术蛋白质组的比较(41- - - - - -43]。
使用我们的2 d-dige方法,对手术标本提取蛋白质,蛋白质样本贴上不同的荧光染料在凝胶电泳(图1)[15,16,18- - - - - -21,25,41,42]。我们首先创建了一个通用的内部控制示例,这是一个混合的一小部分所有单个样品,用荧光染料标记,不同的个体样本用于标签。这些不同标签内部控制和个人样本混合在一起,然后分开他们的pH值和分子量范围2 d-page(图1)。激光扫描可以用来获得凝胶图像,因为所有蛋白质凝胶电泳前用荧光染料标记(图1)。每个样本的2 d图像正常化与常见的内部控制样品在相同的凝胶,有赔偿gel-to-gel变化,可以获得多个凝胶和可重复的结果图像。这些凝胶图像提供了关于蛋白质斑点蛋白质表达谱数据。数据分析,蛋白质点的强度明显不同团体之间的检查确定使用Wilcoxon测试,层次聚类,主成分分析,相关矩阵的研究,支持向量分析使用数据挖掘软件程序(图1)。蛋白质对应于感兴趣的景点由质谱识别。蛋白质鉴定和微分表达式证实了免疫印迹分析和/或使用特定的抗体免疫组织化学。最后,为了识别有用的生物标志物和开发临床应用程序,我们通常试图验证生物标志物的价值或目标使用大规模验证组由临床样本的免疫组织化学分析(图1)。
3所示。在骨肉瘤肿瘤特异性生物标志物和治疗目标的识别
在骨肉瘤、恶性进展的生物学和肿瘤发生在很大程度上仍是未知的。因此,蛋白质和基因表达研究主要被用来提供一个表达谱的来源和获取线索骨肉瘤的原因。识别肿瘤特异性生物标志物和治疗目标是最重要的全球蛋白质和基因表达研究的目标。当前的基因表达分析技术被用来确定调节或表达下调与肿瘤进展相关的基因,或可以用来预测在骨肉瘤恶性潜力(3- - - - - -6]。在本节中,我们主要描述相关的蛋白质组学研究发现肿瘤特异性蛋白相应肿瘤恶化,可作为预后的生物标志物和治疗目标骨肉瘤病人使用的材料。两篇论文报道使用组织样本比较蛋白质组学研究;(我)正常骨肉瘤和骨32)和(2)骨肉瘤样本与良性肿瘤(34]。此外,一篇论文描述了一种血浆蛋白质组学研究比较骨肉瘤患者的血浆和血浆从良性骨肿瘤患者(表1)[33]。
Folio等人进行的比较蛋白质组学研究正常使用5配对样本的骨肉瘤和骨来识别肿瘤特异性的蛋白质参与恶性转化和(表1)[32]。此外,作者描述,他们可以识别与转移相关的蛋白质和药物抗性研究。5双样品(肿瘤与正常骨)分离形成外科组织样本的细胞系。研究发现56个差异表达蛋白质点()和16个蛋白被发现他们的相对丰度的差异在骨肉瘤和配对正常骨骼nanoliquid色谱/电喷雾串联质谱(Nano-LC-ESI-MS / MS)。alpha-crystallin B链(CRYAB)和ezrin (EZR)被证实使用免疫组织化学分析和实时PCR差异表达。确认研究显示,肿瘤组织有更高的蛋白表达水平CRYAB和EZR比正常组织。这项研究还表明,有显著差异之间的转移和复发率方面的积极和消极的样本CRYAB和EZR。
李等人进行了蛋白质组学的研究骨肉瘤鉴别疾病的特定的蛋白质标记,提高骨肉瘤的肿瘤发生和进展的理解(表1)[34]。蛋白质样本提取五个骨肉瘤组织样本和五个良性骨肿瘤样本(两个成骨细胞瘤,两个成软骨细胞瘤,骨巨细胞瘤)。蛋白质表达谱的获得是通过比较与良性肿瘤的骨肉瘤的概要文件使用2 de分析。共有30个蛋白质斑点()发现差异表达在这项研究中,蛋白质和18终于被质谱。这些蛋白质包括12调节蛋白(VIM, TUBA1C ZNF133, EZR, ACTG1, TF,等等)和6个表达下调的蛋白质(ADCY1 ATP5B,塔布。RCN3, ACTB,和YWHAZ)。他们证实TUBA1C的蛋白表达水平的差异和ZNF133免疫印迹和免疫组织化学分析。确定的研究得出的结论是,这些蛋白质可能会潜在生物标志物osteosarcomagenesis和可能代表小说疾病治疗靶点。
这两项研究(Folis等人,李et al。)确定osteosarcoma-specific蛋白质,以及与骨肿瘤的恶性进展和肿瘤发生相关的蛋白质,尤其是骨肉瘤(32,33]。EZR是一个常见的蛋白质被这两项研究(表3(一)和3(b))。互补脱氧核糖核酸微阵列研究骨肉瘤,EZR也被确定为一个高度表达基因在骨肉瘤,并且研究表明EZR在转移(可能有重要的作用5]。
EZR, ezrin / radixin moesin (ERM)家庭成员,是进化保存在结构上和功能上44,45]。通过调节membrane-cytoskeleton复合物,EZR关键作用在正常的细胞过程,如维护膜动力学、生存、附着力、能动性、胞质分裂,吞噬作用和集成膜运输和信号通路(45,46]。EZR的激活是由接触PIP2和磷酸化的c端苏氨酸(T567) [44,47]。失活EZR也很重要的生理功能,包括actin-rich膜的动态预测。EZR已经涉及转移过程的各个步骤,例如,作为一个渠道之间的信号转移相关细胞表面分子和信号转导成分(48]。
在骨肉瘤的研究中,EZR转移是必要的,和高ezrin表达与转移的早期发展(49]。高表达水平之间的关系也表明EZR 19小儿骨肉瘤患者和一个贫穷的结果(49]。此外,两篇文章,而高,低档EZR表达人类骨肉瘤肿瘤样本表现出明显的相关性ezrin表达和生存50,51]。此外,一些研究表明,EZR磷酸化不仅出现在转移的早期阶段,而且在肿瘤进展,大型metastatsic前缘的病变。更重要的是,使用显性负突变体,反义RNA或RNA干扰,这些实验证明EZR超表达不仅是转移性发展的充分条件,但它也有必要在这些实验系统49,52]。最后,抑制EZR蛋白表达显著降低转移性行为在两个小鼠模型和也与Akt下降和增殖相关的蛋白激酶(MAPK)活性[49,52,53]。这些发现表明,针对EZR可能提高骨肉瘤的治疗,特别是在转移病例。
李等人进行了蛋白质组学研究来识别肿瘤特异性的血浆蛋白签名或使用SELDI-MS与骨肉瘤的恶性肿瘤(表1)[33]。研究比较了血浆标本与骨软骨瘤骨肉瘤患者29日至20。他们发现了19个离子峰曾在统计上有显著差异的蛋白质表达水平之间的骨肉瘤组和良性骨肿瘤组(错误发现率,10%)。统计分析发现,有显著差异表达的蛋白质之一(m / z11 704)蛋白质组签名,发现血清淀粉样蛋白及一个。血清淀粉样蛋白A是骨肉瘤患者的血浆样品中高度表达。免疫印迹分析也证实有高表达水平的血清淀粉样蛋白在骨肉瘤患者的血浆骨软骨瘤患者和正常人相比。这项研究得出结论,基于此血浆蛋白质组学研究结果签名可能有用区分恶性骨肿瘤从良性骨肿瘤,也可能有助于早期发现骨肉瘤高危人群。
总之,我们相信,这些蛋白质,与骨肉瘤的恶性肿瘤,肿瘤特异性和相关可能有助于了解肿瘤的生物学和生物标记物可能是有用的。分析这些蛋白质的功能及其与骨肉瘤的相关性将提供洞察的生物学骨肉瘤,提高骨肉瘤患者的治疗管理。
4所示。生物标志物的鉴定化学敏感性在骨肉瘤
局部骨肉瘤患者预后的主要因素是术前化疗抵抗的发展。因此,鉴定生物标记物的化学敏感性骨肉瘤是至关重要的。一些基因表达研究进行识别与化学敏感性相关的基因在骨肉瘤3- - - - - -6]。在本节中,我们主要介绍相关的蛋白质组学研究发现对骨肉瘤化疗反应的标记。我们只找到两篇论文,这是我们自己的研究,进行了蛋白质表达的潜在生物标志物的研究化学敏感性在骨肉瘤组织样本(表1)[16,23]。另一篇论文描述了一种化学敏感性研究骨肉瘤使用病人血浆样品(表1)[26]。
在我们的研究中,我们采用蛋白质组学方法来识别小说化学敏感性的生物标志物骨肉瘤(表1)[23]。我们用12个活检样本,包括六个骨肉瘤患者样本反应好的和六个骨肉瘤患者不良反应者,根据Huvos评分系统。2获得的蛋白质表达谱d-dige由2250个蛋白质斑点。我们确定了55个蛋白质斑点()的强度明显不同的两组之间。质谱蛋白质鉴定表明,这些55点对应于38个不同的基因产物,包括酶类2 (PRDX2)。PRDX2点可怜的应答器组有更高的强度,我们也证实存在的蛋白表达增加PRDX2可怜的应答器组的免疫印迹分析。为了验证化学敏感性的预测使用我们识别的标记,我们进行了验证研究使用一个额外的四个骨肉瘤样本,包括两个样本来自良好的反应和免疫印迹分析不良反应者。验证研究表明,穷人反应有更高PRDX2表达水平比良好的反应。我们的结论是,PRDX2可能的候选标记骨肉瘤患者的化学敏感性。在我们其他的论文中,由卡瓦依et al .,我们确定了10个蛋白质斑点被发现被2 d-dige与药物抗性相关,但研究不确定蛋白质名称与位置相关,所以我们不会讨论这些结果的细节。
李等人进行了血浆蛋白质组研究识别蛋白质反应,可以用来区分好的和糟糕的骨肉瘤患者的治疗开始之前(表1)[26]。他们的研究使用了两组54血浆样本,收集来自27个prechemotherapy骨肉瘤患者和27 postchemotherapy病人。前样品包括14好反应者和13个不良反应者,和postchemotherapy样本包括12好反应者和15不良反应者。分析研究对象分为两类(包括好的和糟糕的反应)对两组血浆样品。65年治疗后血浆,蛋白质峰被确认为化疗反应的签名。29岁的水平蛋白质36峰高和峰较低的等离子体反应差。等离子体预处理组,56个蛋白峰,预处理签名证明32和24个蛋白峰在穷人的等离子体反应者表示在更高和更低的水平,分别,而良好的反应。这些研究确定了两个血浆蛋白、血清淀粉样蛋白A和转体基因,似乎特别敏感标记。血清淀粉样蛋白的表达明显高于等离子体的反应好,而转体基因高表达的可怜的反应。这些蛋白表达差异经免疫印迹分析。 Both of these proteins are involved in innate immunity based on a protein database search. The authors concluded that the study might lead to the development of a simple blood test that can predict the response to chemotherapy in osteosarcoma patients and suggested that their findings might be corroborated by the notion that boosting the innate immunity in conjunction with chemotherapy leads to better anti-tumor activity, thus improving the overall survival of osteosarcoma patients.
一些报道称,组织学反应术前化疗提供了最稳定的和可靠的预后指标1,2,5,54]。局部疾病患者的肿瘤坏死已经经历了超过90%的5年存活率约70%,而对于那些在他们的响应不足90%,生存很少超过40 - 50% (5,54]。此外,骨肉瘤的研究相比,样本集化学敏感性(可怜的应答与反应良好)有紧密的关联集的预后(良好的患者与患者的不良预后结果)。因此,我们认为,识别与恶性肿瘤相关的蛋白质也与肿瘤的化学敏感性有关。
此外,在以前的研究中,我们已经讨论了蛋白质的比较列表报告页数和李的研究(见上图),与Folio研究肿瘤特异性和/或malignancy-related蛋白质(骨肉瘤与正常组织样本)和李研究肿瘤恶性肿瘤(骨肉瘤与良性骨肿瘤)(表3(a))。如上所述,我们认为,EZR是常见的蛋白质鉴定这两项研究(表3(b))。在本节中,我们也从三篇论文审查和组织蛋白质列表:(i)对开本等人报道肿瘤特异性和/或肿瘤malignancy-associated蛋白质(骨肉瘤与正常组织),(2)李等人报道肿瘤malignancy-associated蛋白质(骨肉瘤与良性骨肿瘤)和(3)Kikuta等人报道化学敏感性,和/或肿瘤malignancy-related蛋白质(可怜的应答与反应良好)(表3(a))。在这些研究进一步审查,我们发现不仅EZR,而且PRDX家族蛋白质列表(表中是很常见的3Kikuta (b)),研究确定了PRDX2和Folio研究确定了PRDX6(表3(b))。
PRDX家族的蛋白质显示降低过氧化氢过氧化物酶活动(),以及作为烷基氢过氧化物。在人体组织,六个家族成员(PRDX1-6)已确定到目前为止55]。数篇论文报道,PRDX蛋白质作为cytoprotective抗氧化酶,虽然PRDX表达了加强一些细胞和组织的氧化损伤(55- - - - - -60]。最近,PRDX蛋白质在癌症生物学领域受到越来越多的关注。癌症的分析获得患者的样本显示,有增加表达PRDX在各种器官和组织的恶性肿瘤61年- - - - - -66年]。此外,upregulation PRDX蛋白质(具体地说,1、2、4、5、6)可能导致肿瘤的抗化疗和放疗(67年- - - - - -73年]。此外,一些论文在PRDX蛋白质的功能研究,他们似乎影响癌症治疗的疗效不仅通过支持癌症细胞的耐药性,而且还通过促进他们的侵袭性和转移62年,74年]。因此,PRDX的机制(s)潜在的这些功能和信息表达模式可能是必不可少的获取更好的理解肿瘤生物学和新的骨肉瘤治疗策略的发展。
总之,基于前面的蛋白质组学研究中,有几种常见的蛋白质已经被确认为相应的药物抗性和/或恶性肿瘤。此外,这些蛋白参与恶性肿瘤已报告和/或药物抗性在其他癌症62年,67年- - - - - -74年]。因此,这些蛋白质应该主要发展目标诊断或预后的生物标记物,并为靶向治疗也可能是有用的。
5。我们的经历与蛋白质组学的研究骨肉瘤
Kikuta的出版的论文之前,我们进行了2 d-dige分析使用16 OS相应组织样本识别蛋白质药物抗性(表4)。我们比较骨肉瘤9个样本与不良反应者的七骨肉瘤样本反应良好。然而,样本集包括骨肉瘤样本收集从老年患者和一个箱子起源(骨盆),而典型的骨肉瘤发生在年轻患者(< 30年)和四肢(表4)。更重要的是,样本集是复杂的,因为几个化疗协议,如HD-MTX HD-IFM,被使用(表4)。虽然本研究确定了41(1465)差异表达的蛋白质点(),两组之间没有显著差异的病人(好/不良反应者)(图2)。另一方面,Kikuta的研究成功地确定了55 2250蛋白质斑点()有显著差异时,好的反应和不良反应者比较。后者的一个关键的成功研究,Kituta分析使用典型的骨肉瘤样,只得到从肿瘤的起源一个肢体,只有来自年轻的学科。此外,本研究采用病人样本只有受试者接受HD-IFM-based协议。我们认为修改后的研究设计可能导致成功的候选人蛋白质化学敏感性相应的识别。
Oteosarcoma是一个异构的肿瘤,其病因是仍然不太为人所知。三个全球使用互补脱氧核糖核酸微阵列基因表达研究进行了确定基因差异表达对化疗使用骨肉瘤组织样本的响应。Ochi等人发现了一个60-gene签名预测治疗反应的基础上,23000年互补脱氧核糖核酸微阵列分析和13骨肉瘤患者的活检样本。明茨等人报道104 -基因签名与组织学上明显的反应在骨肉瘤化疗使用Affymetrix芯片分析30预处理的活检标本。人等人描述45-gene签名使用9000芯片技术分析和明确的手术切除骨肉瘤的样本。然而,这些基因表达谱缺乏重叠基因。一些评论认为,骨肉瘤的异质性的原因之一可能是non-overlap [75年]。
我们进行了一些蛋白质组研究使用几种手术组织样本,能够识别候选蛋白质与骨骼和软组织肉瘤的预后相关,特别是胃肠,尤因肉瘤和滑膜肉瘤(18,19,25]。因此,在我们的研究中没有发表,我们进行了蛋白质组学方法使用2 d-dige开发骨肉瘤预后的生物标志物。在这个试验中,我们使用17手术样本,根据他们的预后患者分为两组((我)预后良好组;五个骨肉瘤患者3年内没有发达国家转移和(2)预后不良组;12骨肉瘤患者2年内开发转移的初始治疗)(表5)。我们比较两组之间的蛋白质表达谱,确定了72年的1457个蛋白质斑点差异表达()。然而,这些蛋白质斑点好和穷人之间并没有统计上的不同应答器组(图3)。如上所述,我们假设这些骨肉瘤的异质性可能是失败的原因之一,本研究中观察到。
三种类型的肿瘤检查在我们最初的肉瘤的研究;丰子恺,尤因肉瘤和滑膜肉瘤,预后蛋白质可以确定在我们的研究中,与易位或相关癌基因蛋白(18,19,25]。一般的观察互补脱氧核糖核酸微阵列和proteomic-based表达式的分析研究肉瘤是translocation-associated肉瘤紧密聚集,而复杂核型肉瘤集群(往往是不那么严格15,16,75年- - - - - -79年]。这些发现和报告显示,许多易位或oncoprotein-associated肿瘤通常是均匀的肿瘤。另一方面,复杂核型肉瘤通常是异构肿瘤(15,16,75年- - - - - -79年]。因此,基于我们的经验与肉瘤蛋白质组学,它可能更难以识别与预后相关基因或蛋白质和异构的化学敏感性肿瘤,如骨肉瘤,而同质肿瘤。根据我们的经验,我们相信是极其重要的一个良好的学习设计,最大限度地减少噪音,避免不合适的样品。这将有助于识别真正的和有用的候选人蛋白质和将促进研究高度异构的肿瘤,如骨肉瘤。
6。结论
一些蛋白质组学研究已经确定了候选人相关生物标志物的诊断骨肉瘤,以及预测恶性肿瘤和化学敏感性水平。
我们相信,这些蛋白质可能有用的生物标记物可能是有用的各种临床应用。然而,这样的蛋白质组学研究尚未证实生物标志物的价值在一个大验证设定的免疫组织化学或另一个可靠的方法。DNA测序或测量的mRNA表达不能预测蛋白质的转译后的修改,但是更直接相关异常的蛋白质组分析肿瘤表型,并且可以更精确地反映肿瘤的状态。然而,相比之下,互补脱氧核糖核酸微阵列分析调查(50000套),电流2 d-dige的敏感性分析(5000点)仍不满意。此外,全基因组序列重言式开发。因为骨肉瘤是异构的肿瘤,有必要采用这些技术,如全息阵列、互补脱氧核糖核酸微阵列,全基因组序列和2 d-dige组合,这各自的缺点是可以克服的,识别最有前途的和有用的生物标志物和分子的目标。这些混合组成的综合研究基因组、转录组和蛋白质组学实验可能提供重要的是,小说的线索了解肿瘤的生物学和暴露的生物标志物和治疗骨肉瘤的目标。
利益冲突
相应的作者宣称没有利益冲突。
承认
这项工作是由日本的资助促进社会科学(jsp),科学补助金年轻科学家B,没有。22791405。