杂志的病原体
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杂志的病原体/2020/文章

研究文章|开放获取

体积 2020 |文章的ID 5187578 | 8 页面 | https://doi.org/10.1155/2020/5187578

在Kuroiler、Sasso和当地坦桑尼亚鸡胚中LEI0258标记等位基因与新城疫病毒感染易感性的关联

Fulgence Ntangere Mpenda,1 基督教Keambou Tiambo,2,3. 玛蒂娜kyallo,2 约翰·朱马,2 罗杰·佩尔,2 西尔维斯特·伦纳德Lyantagaye,4 和 约兰Buza1

1生命科学与生物工程，科学与技术，邮政信箱的纳尔逊·曼德拉非洲学院派盒447，Tengeru，坦桑尼亚的阿鲁沙

2东非和中非生物科学，国际牲畜研究所，肯尼亚内罗毕

3.热带牲畜遗传和卫生中心，国际牲畜研究所，肯尼亚内罗毕

4坦桑尼亚，达累斯萨拉姆，达累斯萨拉姆大学，自然和应用科学学院，分子生物学和生物技术系

学术编辑器:Hin-Chung黄
收到了 2019年8月15日
修改后的 2020年2月13日
接受 2020年3月12日
发表 2020年4月8日

摘要

通过接种新城疫（ND）控制和生物安全措施的机构是在发展中国家的后院鸡不太可行。因此，像不易受鸡基因型的遗传选择的替代疾病的控制策略是一种很有前途的选择。在本研究中，LEIO258标记和关联与易感性Kuroilers，萨索和坦桑尼亚当地鸡胚毒新城疫病毒（NDV）感染的遗传多态性进行了调查。从高（15％）和以下（15％）易感队列样品通过LEI0258标记的测序基因分型。由29 Kuroiler，29个本地坦桑尼亚鸡和17萨索的总75个的DNA序列进行分析。邻接进化树构建描绘的LEI0258标记等位基因的聚类和与易感性的关系。与频率≥3等位基因被认为由使用的推理技术与易感性关联。本研究结果表明，基于尺寸一些LEI0258标记遗传除了LEI0258标记等位基因多态性可能与鸡MHC-B单倍型关联的是电阻或对感染的易感性胙鸡变性。此外，这些结果证明在鸡易感性NDV感染LEI0258标记多态性和变化之间的关系的存在，这可能会在育种旨在改进鸡抗病程序来利用。

1.简介

在撒哈拉以南非洲大部分资源贫乏的国家，鸡新城病(ND)是制约鸡生产的主要因素。1]。由于新城鸡瘟的死亡率和致病性，鸡的生产受到严重影响[2- - - - - -4]。疾病控制和预防策略在很大程度上取决于疫苗接种计划的适当采用和良好的农场管理做法，如适当的生物安全措施机构[5,6]。然而，由于缺乏财政资源，在SSA发展中国家农村地区的后院生产系统中，疫苗接种计划和疫苗的采用仍然是一个挑战[4,7]。此外，由于雀鸟在后院饲养的鸡只中觅食，它们可以自由迁徙，因此生物保安措施也会暂停。[8]。因此，迫切需要一种替代性的控制策略，如鸡基因型的遗传选择与病毒敏感性较低。

鸡主要组织相容性复合体- b (MHC-B)因其在抗病性、易感性和对疫苗反应的变异性方面的关键作用而被广泛研究[9- - - - - -12]。鸡的MHC-B在对病毒性疾病的遗传抗性中所起的作用已经被证实，包括马立克病[9]，鸟类白血病[13]，及禽流感病毒[14]。通过使用LEI0258微卫星标记的等位变异，鸡对疾病的抗性和易感性的变异与MHC单倍型有关[15- - - - - -19]。例如，Mpenda等人[20.报道了通过LEI0258微卫星标记等位基因大小测定鸡抗NDV抗体反应和2个MHC单倍型(等位基因205 bp至307 bp)之间的关联。

LEI0258微卫星标记是一个高度多态串联重复基因标记，位于鸡MHC- b的B-F/B-L区域，与血清鉴定的鸡MHC单倍型相关[17,18]。在LEI0258标记的等位基因变异已被用于鸡群体中鸡种群遗传多样性研究和反映了MHC差异[18]。对于LEI0258标记的基因分型最常见的技术是基于PCR的方法和测序18,21,22]。后者除了确定标记的等位基因大小外，还提供了关于串联重复序列(12和13 bp重复序列)的重复次数和侧面区域上下游多态性的额外信息[18,22]。本研究以Kuroiler、Sasso和当地坦桑尼亚鸡为研究对象，研究了LEIO258微卫星标记的遗传多态性及其与鸡胚对NDV强感染的存活变异性的关系。

2。材料和方法

2.1。有毒的ND病毒和滴定

本研究所用病毒的来源和滴定已在以前的报告中作了说明[20.]。简而言之，从农业大学索科伊（SUA）得到的强毒NDV野外分离株。病毒繁殖和滴定在科学和技术（NM-AIST）的曼德拉非洲机构进行如前所述[23- - - - - -26]。病毒悬液被滴定到10的最低致死剂量(MLD)3./0.1 mL，并在- 80℃保存后使用。

2.2。鸡胚蛋

Kuroiler的受精卵[27),萨索(28，并且为实验收集了具有相同ND疫苗接种史的坦桑尼亚本地鸡。Kuroiler和Sasso受卵是从坦桑尼亚Tanga行政区Muheza和Korogwe地区参加非洲鸡遗传增益计划的农民那里收集的[29]。鸡胚在孵化前14天左右免疫发育完全[30.- - - - - -32];因此，鸡蛋在37.9℃孵育16天。

2.3。鸡胚的接种

用5ml无菌注射器直接将NDV毒悬液MLD接种于16日龄鸡胚尿囊腔内。相反，对照组的胚胎卵则用模拟剂量的磷酸盐缓冲盐(PBS)进行挑战。最初的candling是在攻毒后24小时(pc)进行的，以验证细菌污染，随后的candling间隔6小时进行，共120小时，以收集关于鸡胚存活变异的信息。通过比较感染的鸡胚与对照组的存活率，初步证实了鸡胚感染的成功。该实验进行了三次重复，共涉及355个(87个萨索、129个黑络勒和139个本地)胚胎卵。

2.4。收集鸡胚组织

死亡的胚胎在4冷冻℃下进行4小时，然后在生物安全柜进行了去污用70％乙醇的蛋壳用于组织收获的开口之前。腿部肌肉和谱曲被特别收获并立即存储于-20℃用于进一步的处理。此外，尿囊液收集血凝（HA），以确认鸡胚中的病毒感染是否成功。

2.5。基因组DNA提取

从高(15%)和低(15%)感病鸡胚中提取基因组DNA，用于选择性基因分型[33,34]。按照制造商的说明使用Quick-DNA Tissue/Insects试剂盒(Zymo Research)提取基因组DNA。在1% (w/v)含溴化乙二胺的琼脂糖凝胶中，在0.5% TBE缓冲液中运行一小时，并在紫外光下观察基因组DNA的完整性。

2.6。PCR扩增

使用正向引物(CAJF01F) 5 ' -TCGGGAAAAGATCTGAGTCATTG-3 '和反向引物(CAJF01R) 5 ' -TGATTTTCAGATCGCGTTCCTC-3 '对LEI0258标记物进行聚合酶链反应(PCR)扩增[18]。包括由LEI0258引物涵盖整个区域LEI0258结合区的引物结合外面。的LEI0258引物是LEI0258-F：CACGCAGCAGAACTTGGTAA正向和LEI0258-R：AGCTGTGCTCAGTCCTCAGTGC扭转[16]。PCR反应体积为25μL，其中包含0.1μ正向引物和反向引物的M和12.5μL 2 x的Taq PCR MasterMix(新英格兰生物学实验室,内)和PCR反应条件初始变性在95°C 5分钟,这是紧随其后的是35周期在95°C的变性30秒,在61°C退火30秒,在72°C和扩展了30秒,最后在72°C扩展了5分钟。PCR产物在2.5%含溴化乙锭的琼脂糖凝胶上运行2小时确认。凝胶暴露在紫外光下观察扩增子，使用100 bp的DNA ladder (New England Biolabs, NEB)与扩增片段大小进行比较。

2.7。PCR产物测序

PCR产物使用QIAquick PCR纯化试剂盒(QIAGEN)进行纯化，然后运往Inqaba Biotechnology (South Africa)进行Sanger测序。选择纯合子样本，分离等位基因后使用具有独特等位基因的杂合子样本。每一个DNA样本都进行了正向和反向测序。

2.8。DNA序列的生物信息学分析

最初，生序列进行修整，并通过使用基因组学CLC工作台v.3.0.8（QIAGEN）的产生共有序列。然后，序列上游和的LEI0258引物[下游16]修剪。预处理后，将总的75（29 Kuroiler，29本地鸡和17萨索）DNA序列是适合于下游分析。序列与MEGA V6 MUSCLE算法比[35为了检测以串联重复的上游和下游侧翼序列的多态性位点（即，SNP和INDEL）。使用在MEGA V6中的邻接法来构建系统发生树的可视化的DNA序列的聚类。Two repeat elements, a 13 bp repeat of “CTATGTCTTCTTT” and a 12 bp repeat of “CTTTCCTTCTTT,” were counted with the use of functions in SeqKit v0.10.1 [36]。重复位点(R13/R12)和侧翼位点(snp和Indels)的多态性汇总在表中1。
共识(bp) 样品ID 磁化率 上游的 R13 R12 下游
−32-31 -30 -12 −2 3. 第21至28 31 37 44
TT /Δ G / G / C / T C / T ATTTTGAG /Δ Δ/ A / T 吨/年
194 K39 H - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
194 K7 l - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
194 K60 l - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
194 K84 H - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
194 K121 H - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
205 L48 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S6 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S61 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S65车型 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S92 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 T Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 L35 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S52 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S68 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 L19 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
194 K27 H - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
217 K75 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 K129 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 16种 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 L12 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 L23 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 L59 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 K112 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
241 S24 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
241 S84 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
249 K34 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
249 S7 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
249 S46 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
249 S88 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
249 K56 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
205 S31 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 T Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
261 S34 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 S47 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
261 L4 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 L10 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 L24 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - 一个
261 L16 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 S69 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 K48 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 L5 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 L103 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 S76 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 K16 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
261 L41 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - 一个 一个
261 LT2 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 K57 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 L95 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
205 S40 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - T 1 4 T Δ - - - - - - - - - - - -
273 K59 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
217 K22 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
194 K42 H - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
273 K103 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
261 K110 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
295 L63 l Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 K89 H Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 L51 H Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 L75 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 L110 H Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
194 K1 l - - - - - - - - - - - - 一个 - - - - - - 1 3. - - - - - - Δ 一个 - - - - - - - - - - - -
307 K80 l Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 L52 H Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
309 L68 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
309 K24 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
309 K50 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
309 K119 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
309 K126 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
309 K102 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - -
273 K14 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - T 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 一个
317 K55 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
273 L3 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
217 L39 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - T 1 5 - - - - - - Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
452 S59 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4 5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
307 L104 H Δ 一个 - - - - - - - - - - - - 1 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
205 LS4 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 4 T Δ - - - - - - - - - - - - - - - - - -
312 L84 H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
312 L38 l - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Δ:定义删除与参考序列。-:与参考序列一致。
表1
从多态性等位基因LEI0258鉴定。
2.9。统计分析

如果一个随机交配群体中某个特定位点的等位基因频率对个体在该环境中的生存起着至关重要的作用，那么它的频率预计将通过自然选择而增加[21]，因此考虑频率≥3的LEIO258标记等位基因进行关联分析。由LEI0258标记等位基因大小确定的MHC单倍型与鸡胚对NDV强毒性侵袭性疾病易感性的关联是通过前面描述的推断技术进行的[37,38]。简单地说，我们建立了标记等位基因(MAGs)组来代表最可能的MHC单倍型，因为一个特定MHC单倍型可能存在多个标记等位基因连锁不平衡(LD) [37]。使用R软件(3.3.3版本，R Foundation for Statistical Computing)对LEI0258 MAGs确定的MHC单倍型进行皮尔逊独立卡方检验和似然比检验。

3.结果与讨论

3.1。LEI0258微卫星标记的多态性

如Fulton等人所述[18，检测到两种水平的多态性:R13 (ATGTCTTCTTTCT)和R12 (TTCCTTCTTTCT)两个重复序列，以及上下游侧边序列的SNPs和indel(见表)1)。

大多数观察到的SNP和indel都是Chazara等人之前描述的，[39]，除了在13bp的下游侧翼序列上没有观察到另外的SNP。在侧翼序列上游2 bp位置进行了额外的重复，Fulton等人没有报道过这一重复[18]也被检测到。共检测到9个snp和Indels。在下游侧翼序列中检测到3个snp和2个Indels。与Chazara等报道的3、13、36和43 bp位置相比，在下游侧边序列的3,37和44 bp位置发现了snp[。39]。检测到下游侧翼序列21-28 bp位点最大缺失(ATTTTGAG)，与之前的报道一致[39]。在上游侧翼序列中检测到2、12、30bp位点的3个snp和31- 32bp位点的Indel (TT)。更重要的是，一些snp是常见的基于表型(易感性)。例如，在低易感性的DNA序列中，可以观察到C > T SNP在上游侧翼区域的2位(表)1)。此外，Indels模式和snp之间存在关联，这表明对snp或Indels位置的了解可以用来预测另一个。

另一方面，重复次数(R13和R12)变化很大。R13出现了1到5次，而R12出现了3到13次。在之前的研究中也观察到R12的较高外观[18,39,40]。

本研究中平均观察到的等位基因数为7个，其中Kuroilers(8)和本地坦桑尼亚鸡(8)的等位基因数较高，而Sasso(5)的等位基因数较低。等位基因大小为194 ~ 452 pb(表)1)。在本研究中观察到的等位基因的平均数目大于在先前的研究报道[等位基因的平均数下18,21,38]。例如，在坦桑尼亚进行的研究中，Kuchi和Medium的等位基因的平均数量分别为22和23 [21]。观察到的等位基因的平均数目的差异可能是由于样本量和参与研究的鸡群的差异造成的。本研究采用选择性基因分型，对高(15%)和低(15%)敏感鸡胚的代表性样本进行基因分型。

3.2。系统发育分析及等位基因与易感性的关系

采用MEGA v6中的MUSCLE算法对LEI0258 DNA序列进行比对，并采用邻接法建立多个序列比对的百分比散度。对每个品种(Kuroiler、Sasso和本地鸡)分别进行序列分析。以超大型格式保存的多重比对用于构建无根树，描述NDV致病性鸡胚的单倍型和易感性之间的关系。系统发育树如图所示1- - - - - -3.。


图1
序列通过使用完整似然距离和一般可逆模型生成用于Kuroiler LEI0258 DNA的邻接进化树。在分行的名称，K是Kuroiler;数目为碱基对的等位基因大小(bp);H是高易感;并且L是较不敏感。

图2
利用全似然距离和一般可逆模型，建立了局部鸡LEI0258 DNA序列的邻接系统发育树。在分支名称中，第一个L为local chicken;数目为碱基对的等位基因大小(bp);H是高易感;最后一个L比较不容易受影响。

图3
利用全似然距离和一般可逆模型，建立了Sasso LEI0258 DNA序列的邻接系统发育树。分支机构名称中，S为Sasso;数目为碱基对的等位基因大小(bp);H是高易感;并且L是较不敏感。

从系统发育分析可以明显看出，LEIO258标记等位基因的聚类是基于鸡胚对NDV强毒株的易感性变异水平。为Kuroiler鸡(图1），LEI0258标记等位基因的69％在簇I构成较不敏感的，而同样的百分比在第二组构成高敏感的。在坦桑尼亚本地鸡（图2)， I类LEI0258标记等位基因中有71%属于高易感基因，而同一品种的II类标记等位基因中只有55%属于低易感基因。在Sasso中观察到同样的趋势(图)3.)，其中LEI0258标记等位基因是根据易感水平聚集在一起的，其中I簇中71%的LEI0258标记等位基因是不太易感的，而II簇中60%的LEI0258标记等位基因是高易感的。

同一队列的LEI0258等位基因(高或低易感)似乎聚在一起(图表)1- - - - - -3.)。以往的研究已经观察到基于鸡表型和地理来源的LEI0258标记等位基因聚类[18,39]。例如，在一项使用LEI0258微卫星标记研究非洲、亚洲和欧洲鸡品种遗传多样性和亲缘关系的研究中，发现来自相同地理位置的鸡聚集在一起[39]。

然而，在对带有鸡胚变异的MAGs进行NDV毒力激发易感性的测试后，未发现与所选的任何一种MAG ( )。这与Mpenda等人之前的观察结果相反[20.who报告了鸡抗NDV抗体反应与LEI0258标记等位基因205 bp呈阳性关系。虽然等位基因205和307 bp, Mpenda等报道[20.]，在本研究中也发现，两个等位基因没有用鸡胚存活变异有关。此外，根据药敏和LEIO258等位基因聚类之间不一致缺乏在本研究中观察到的选择的MAG和敏感性之间的关联可以被表明在LEI0258标记重复的侧翼区（R13和R12）其它多态性等SNP和INDEL也许联与鸡MHC单倍型，其与抗病力和敏感性差异有关。

总之，LEIO258标记等位基因在系统发育树中的聚类(图)1- - - - - -3.)是基于鸡胚变异对NDV强毒挑战的敏感性水平。同一队列的LEI0258标记等位基因(高或低易感)似乎聚在一起。结果表明，除了LEI0258标记等位基因大小(bp)外，部分LEI0258标记基因多态性可能与鸡MHC-B单倍型有关，从而使鸡对感染的抗性和易感性发生变异。此外，这些结果表明，LEI0258标记多态性与鸡对NDV的易感性差异存在关系，这可以用于提高鸡抗病性的育种计划。

数据可用性

支持本研究结果的数据可从通讯作者处获得。

利益冲突

作者声明不存在利益冲突。

致谢

作者感谢比尔和梅琳达·盖茨基金会资助这项研究(批准号no. 1)。(OPP1083453)，通过提高牲畜健康和生产力方案(PEHPL)和坦桑尼亚库罗伊的纳尔逊·曼德拉非洲科学技术研究所(NM-AIST)主办该方案。

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