文摘

背景。CTX-M extended-spectrumβ内酰胺酶家族(ESBL)酶由60岁以上 基因变异的优势 在许多地区。在这个报告中,我们提出第一个的描述 在阿拉伯联合酋长国。方法。45 non-duplicate ESBL生产隔离标识在二级护理中心在阿联酋从6月到2016年7月进行了研究。基因测序进行DNA序列和注释使用爆炸程序来识别基因亚型。结果。大多数的ESBL阳性分离株大肠杆菌( ;86.6%),其次是k .肺炎( ),k . oxytoca( )。所有隔离包庇 和 基因,18岁了 ,和2 积极的。37隔离(82.2%)呈阳性 。其他 基因识别包括 ( ;隔离# 1和26),分别 , ,和 。没有 被确认。主要 子类型是 ( )每个之一紧随其后 , ,和 。的 子类型是 和 。结论。研究结果表明第一的描述 在这个环境中, 以前占主导地位的。

1。介绍

Extended-spectrumβ内酰胺酶(ESBL)生产肠杆菌科是医院和社区获得性感染的主要媒介。TEM等ESBL酶相比,SHV, OXA类型出现的点突变,CTX-M酶来源于的家庭Kluyvera种虫害染色体β内酰胺酶基因。自1992年第一次描述,CTX-M家族现在已经成为主要的ESBL酶在肠杆菌科1,2]。CTX-M家族包括超过60岁 变异已被分为五大系统集群(3]。的快速传播CTX-M-positive产ESBL菌迄今为止在很大程度上受CTX-M-15跨地理区域的优势和在不同细菌隔离(2]。的 基因密切相关 仅有一个氨基酸不同的基因,在糖基,和两个属于CTX-M-Group 1。在阿拉伯海湾地区,ESBL流行率最高的国家之一已经从阿拉伯联合酋长国(UAE) (4]。之前报道工作的优势 (5,6]。在这项研究中,我们提出的第一个报告 在阿联酋和它的优势在肠杆菌科分离研究。

2。方法

细菌的分离。这项研究是在二级护理场所进行综合医院在阿联酋。总共45 nonduplicate,连续,表型确认ESBL隔离微生物实验室中标识从6 - 2016进行了研究。只有第一个隔离每个病人都被包括在研究。从临床标本分离得到提交常规诊断调查。细菌鉴定和药敏试验进行了使用Vitek2自动化系统(BioMerieux, Marcy-l 'Etoile,法国)和N204 VITEK易感性卡用于ESBL确认。隔离存储−80°C的分子特征。伦理批准了从医院审查委员会(医疗执行委员会)。

2.1。基因型检测ESBL

PCR进行使用先前描述的引物和协议(7]。每个25μL反应混合物由12.5μL GoTaq绿色主人混合(Promega有限公司麦迪逊,WI), 0.4μM底漆,3μL的DNA样本。PCR协议之后在95°C初始变性5分钟,50年代在95°C循环变性,退火在56°C, 50°C, 40岁或60°C, 72°C伸长为1分钟35周期,和最终在72°C扩展了5分钟。PCR检测产品在1%琼脂糖凝胶。积极的扩增子被Promega向导SV凝胶和纯化PCR清理系统(Promega有限公司麦迪逊,WI)和测序在Macrogen实验室(韩国首尔)。DNA序列被爆炸使用带注释的程序(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov)来识别基因亚型。短暂,生有所序列跟踪文件被译成FASTQ格式和个人quality-trimmed序列。成对排列的过滤站配对正向和反向读取≥200元。参考序列完整的细菌bla和mcr-1基因从NCBI核苷酸数据库检索。参考爆炸核苷酸数据库编译从基因特性(FASTA格式)makeblastdb v2.6.0 +。f . FASTA序列查询反对bla/mcr-1亚型爆炸数据库。查询到被检查基因特异性(所有点击必须来自同一基因有效)。序列和一个最高分数被分配到各自的基因亚型。查询序列与多个最高位分数分配给相应的基因类型没有规范的一个亚型。

3所示。结果

208年的肠杆菌科确认在研究期间,45 (21.6%)ESBL阳性。大多数的ESBL阳性分离株大肠杆菌( / 45;86.6%),其次是k .肺炎( ),k . oxytoca( )。大多数人从住院病人( / 45;75.5%)。隔离是获得从尿液( ),痰液( )、脓( )和血( )。所有的隔离包庇 和 基因,18岁了 基因,和2)阳性 基因。表1显示分布的隔离和ESBL基因在每个隔离标识。超过一半的隔离( )怀有三个基因的组合和19个(表有两个基因1)。一个孤立怀有四个基因的组合,即 ; ; ; 表(隔离# 26日1)。37隔离(82.2%)呈阳性 。其他 基因识别包括 ( ;隔离# 1 & 26),包括确定的其他CTX-M亚型 ( ),分别 , ,和 。的异常 隔离,所有其他人也呈阳性 。没有 被确认。七隔离(# 9、14、22、25、28日,38岁和45岁,见下表1),无法解析为查询CTX-M亚型序列与多个最高分数确定。

表1
隔离和ESBL基因的分布。

这两个 子类型识别是 (# 4)隔离 (隔离# 8)。主要 子类型是 (隔离# 10、13、20、28日,30日,32岁的39岁和40岁的表1)。另一个 子类型是 (隔离# 42), (隔离# 41) (隔离# 31)。总共有18个隔离标识为包庇 但不能因为查询序列分配到子类型与多个最高分数确定。同样,有33个隔离标识 但是没有亚型分类。两个隔离包庇 (隔离# 44和45)。没有隔离包庇 , , ,或mcr-1基因。每个隔离的抗生素敏感性资料补充文件(可用所示在这里)。没有证据表明耐碳青霉烯imipenem隔离都敏感,meropenem,厄他培南。此外,磷霉素敏感性被认为在所有隔离;对环丙沙星、trimethoprim-sulphamethoxazole 18是敏感。

4所示。讨论

在研究期间21.6%的肠杆菌科中确定这个医疗设施ESBL阳性低于36 - 41%之前报道的研究从阿联酋4,5]。然而,这些先前的研究在一年的时间里进行了多个保健设施。这是第一个研究从阿联酋进行在一个二级护理设施案件直接从社区。因此ESBL患病率相对较高的发现表明ESBL传播仍然是一个持续的社区中发生在阿联酋。这是特别相关的大多数隔离从尿液中获得。

我们的研究结果发现几个CTX-M、SHV和TEM基因没有先前报道在阿联酋。这很大程度上是因为测序的方法被用于这项研究。主要ESBL基因识别 这是为了与之前报道的工作从阿联酋和周边国家5,6,8- - - - - -10]。事实上,CTX-M第一组基因和特别 被确定为主要CTX-M输入ESBL生产商在阿拉伯海湾地区(5,10- - - - - -12]。之前的工作在阿联酋Alfaresi等人确定 在多数的ESBL隔离(5]。在这个研究结果表明优势 。不像 曾经常被描述在文献中, 已经稀疏地记录。零星的识别已经被记载在报告来自印度、巴西、波斯尼亚和黑塞哥维那、中国和突尼斯(13- - - - - -18]。在阿拉伯海湾地区, 只有被确认吗大肠杆菌隔离在科威特19]。在这些零星的报告相比,62.1%的ESBL生产商Yoo等人在韩国的报道 这是一个转变的优势 (17]。来自本研究的发现代表第一个报告类似的优势 在阿拉伯海湾地区。类似的发现在韩国,我们大部分的隔离大肠杆菌(17]。这两个 和 属于CTX-M组1和只相差一个氨基酸的3′端CTX-M基因。有人建议,因为这种相似和相近的序列差异5′端(21)位置和3′端(865)位置CTX-M基因的引物设计用于检测CTX-M-1集团可能识别错这两个CTX-M基因。这也许可以解释为什么 迄今为止被低估了。以前的工作由Alfaresi et al。5)使用一个测序方法类似于目前的研究发现优势 。此外,本研究中使用的引物设计,确保足够的区别这两个CTX-M基因在认定塞斯等人的建议。20.]。因此,这些发现因此象征的第一份报告 在阿联酋。这是有趣的发现两个隔离包庇 碳青霉烯敏感的基因。是可能的,这可能是由于nonexpression金属-β-内酰胺酶基因和需要进一步研究来证实这一点。

我们工作的一个限制是短学习时间和数量的隔离。然而,多中心研究结果显示的需要来决定是否有一个新兴的转变ESBL ESBL的流行病学和临床相关性基因在我们的设置以前没有报道,但在这项研究中被发现。此外,如此大规模的研究将使进一步的进化趋势,临床意义的理解 。作为 是臭名昭著的全球快速传播,需要密切监视和监测的早期检测的传播吗 。

的利益冲突

作者没有任何财务或其他关系可能构成利益冲突。

作者的贡献

穆巴拉克Alfaresi构思研究和收集数据。总监Abiola所有Senok分析和解释数据。总监Abiola所有Senok准备手稿与穆巴拉克Alfaresi和加尔文金唱。所有作者批准了最终版本的手稿。

确认

战略研究批准号307191502153 Alfaisal大学,利雅得,沙特阿拉伯(加尔文金唱歌和总监Abiola所有Senok)承认。

补充材料

样本收集日期/源/医院单位为每个隔离和抗生素敏感性。(补充材料)