一个全面的Pan-Cancer RBM8A基于数据挖掘的分析

文摘

背景。作为外显子结复杂(EJC) rna结合蛋白8 (RBM8A)主题起着至关重要的作用在维护mRNA和多个活动的有机体。免疫疗法已被证明是一个主要类型的癌症治疗。然而,RBM8A和免疫的作用在癌症尚不清楚。客观的。本研究旨在可视化表达,预后,基因突变,coexpressed RBM8A结果在癌症和探索RBM8A表达和免疫之间的联系。方法。在这项研究中,数据收集从多个在线数据库。我们分析了数据使用HPA UALCAN数据库,宇宙,cBioPortal,癌症Regulome工具,kaplan meier绘图仪,定时器的网站。结果。RBM8A的表达在正常组织、更高的表达RBM8A比多发地器官免疫相关细胞中观察到。RBM8A的表达水平与肿瘤类型。错义突变RBM8A被发现在大多数肿瘤和癌的预后影响coexpressed基因。RBM8A immune-infiltrating显著相关,细胞和免疫抑制剂检查站,尤其是LIHC。结论。RBM8A是一个值得探索的基因,可能是一个独特的免疫目标在未来。

1。介绍

癌症是不治之症,因此已成为一个主要的全球发病率和死亡率的原因。2018年全球癌症的报道数据估计表示1810万新癌症病例和2018年960万人死于癌症1]。尽管医疗技术的进步,特别是多种治疗方法的联合应用,延长癌症患者的存活率,改善他们的生活质量,为了进一步癌症患者受益,需要不断地开发新的药物和探索更有效的治疗措施。近年来,免疫疗法的出现和应用革新了许多癌症的治疗。在肿瘤免疫治疗中,检查点抑制剂的发现和临床应用大大加速免疫治疗的过程。细胞毒性T淋巴细胞抗原4 (CTLA4)或程序性细胞死亡(PD-1) / PD-1配体1 (PD-L1)轴是被批准用于多种癌症类型(2]。临床应用后,人们已经发现,免疫抑制剂检查站并不是对所有癌症人群有效,和一些甚至可能导致严重的几种不良事件的患者(3,4]。因此,免疫治疗、靶向治疗等需要提前生物标志物预测疗效。研究[5)表明,immune-infiltrating细胞免疫治疗密切相关,因此,immune-infiltrating细胞的基础知识是很重要的免疫疗法的疗效评估。

rna结合蛋白8 (RBM8A),主题的核心因素外显子结复杂(EJC),在信使rna代谢中扮演的角色(6,7]。这是参与nonsense-mediated mRNA衰变(NMD),信使核糖核酸的翻译,凋亡因素的选择性剪接。据报道(8]RBM8A不足引起的辐照thrombocytopenia-absent半径(TAR)综合症。除了焦油,RBM8A表达水平的变化也会导致某些类型的癌症的发生和影响其预后。然而,很少有实验研究和相关数据RBM8A和癌症,也没有研究RBM8A和不同类型的癌被发现;因此,行动的机制尚不清楚。因此,重要的是要扩大研究RBM8A癌症的作用。

在这个pan-cancer研究中,我们使用一个数据库,全面分析表达式,突变,预后RBM8A并获得一系列相应的结果。根据结果,我们使用计时器数据库分析RBM8A的表达之间的相关性和immune-infiltrating细胞在多种类型的癌症进一步检查RBM8A在免疫治疗中的作用。我们也使用计时器数据库分析RBM8A表达之间的相关性和免疫检查点。我们的研究发现,RBM8A可能与immune-infiltrating通过信号通路在癌症细胞,同时影响免疫检查点来调节免疫反应的发生。

2。材料和方法

2.1。人类的蛋白质图谱(HPA)

HPA (http://www.proteinatlas.org)是一个数据库,可以让我们更详细地研究蛋白质的功能。HPA数据库使用转录组和蛋白质组学技术研究蛋白质表达在不同的人体组织和器官的RNA和蛋白质含量(9]。在本文中,我们使用这个数据库来确定RBM8A mRNA表达人体组织的水平。

2.2。UALCAN数据库

UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu)是一个在线网站分析和挖掘相关类型的癌症癌症基因组图谱(TCGA)数据库,帮助医务工作者分析基因表达的水平并获得生存分析,相关分析,基因启动子甲基化数据分析,等。因此,UALCAN门户网站是非常有助于加速癌症研究[10]。在这项研究中,我们使用了UALCAN TCGA数据库获得数据的数据库和相比RBM8A mRNA的表达在肿瘤和正常组织。

2.3。目录的体细胞突变在癌症(宇宙)

宇宙(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/)是一个数据库系统,旨在提供体细胞突变类型的人类癌症的信息在一个单一的系统,使它们容易进入。宇宙描述编码基因点突变,数以百万计的编码突变、非编码基因突变、基因重组、融合基因拷贝数异常,和整个人类基因组基因表达变异11]。在这项研究中,宇宙是用来显示RBM8A的突变在人类癌症,结果用饼图表示。

2.4。cBio癌症基因组学门户(cBioPortal)

cBio癌症基因组学门户(http://cbioportal.org)是一个互动的开放平台的上下文中全面癌症基因组数据集的研究临床数据和生物通路(12]。我们使用cBioPortal TCGA分析RBM8A pan-cancer数据识别coexpressed基因。

2.5。癌症Regulome工具

癌症Regulome (http://explorer.cancerregulome.org/TCGA)是一个基于web的工具,它提供了数据。我们使用cBioPortal TCGA分析RBM8A pan-cancer数据识别coexpressed基因。斯皮尔曼的相关性是用于验证这两个基因之间的相关性。P>−log10值。

2.6。kaplan meier绘图仪

kaplan meier绘图机(http://kmplot.com/analysis/)是一个在线工具的基础上,从地理数据库,TCGA EGA,。在癌症类型、样本分为高、低组根据基因表达的平均价值,并为生存分析是由kaplan meier绘图仪(13]。在这项研究中,我们探索的影响RBM8A表达不同癌症类型的操作系统。风险和95%的置信区间和log-rank比率P同时值计算。

2.7。肿瘤免疫评估资源(时间)

计时器(http://timer.cistrome.org/)提供了综合分析和可视化功能的肿瘤浸润免疫细胞(14,15]。我们分析了RBM8A表达式的关系与6类型的免疫细胞浸润(CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞,B细胞,中性粒细胞,和树突细胞)在某些类型的癌症。我们还研究了RBM8A表达之间的相关性和PD-1 PD-L1, CTLA4通过TIMER2.0在特定类型的癌症。

3所示。结果

3.1。RBM8A mRNA在正常组织

RBM8A存在于不同的人体组织。如图所示在共识的结果数据集和HPA数据集在图1与其他正常组织相比,我们观察到的高表达RBM8A B细胞、T细胞、NK细胞、树突状细胞、粒细胞和单核细胞。因此,我们相信RBM8A比多发地更多的免疫细胞中高度表达的细胞器官。

3.2。Pan-Cancer RBM8A mRNA的表达水平

检测RBM8A的信使rna表达水平不同癌类型,UALCAN数据库被用来获取相关数据。如图2与相应的正常组织相比,RBM8A表达高乳腺浸润性癌(BRCA),膀胱移行细胞癌(BLCA),宫颈鳞状细胞癌(塞斯克),胆管癌(胆固醇),结肠腺癌(COAD)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC),食管癌(光电子能谱),肝脏肝细胞癌(LIHC),肺腺癌(LUAD),肺鳞状细胞癌(LUSC),子宫语料库子宫内膜癌(UCEC)和胃腺癌(STAD)。RBM8A的低表达在肾脏chromophobe (KICH),肾肾乳头状细胞癌(KIRP),肾肾透明细胞癌(KIRC)和甲状腺癌(THCA)。然而,没有发现显著差异在前列腺腺癌(马),多形性胶质母细胞瘤(GBM),胰腺腺癌(PAAD),嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)肉瘤(不仅),直肠腺癌(读),或胸腺瘤(THYM)。

3.3。RBM8A突变Pan-Cancer

宇宙提供信息RBM8A突变在各种类型的癌症,包括替换错义突变,同义突变,和无意义突变,结果用饼图表示。没有替换突变肾上腺和卵巢。如图3错义突变被发现在骨癌(1%)、乳腺癌(4%),子宫内膜(5%)、肾(3%),大肠(5%)、肝癌(2%)、肺癌(6%),食管(1%),胰腺(1%)、皮肤(6%),胃(1%)、上aerodigestive呼吸道(1%)和泌尿道(5%)。同义替换突变出现在中枢神经系统(1%),子宫内膜(1%)、造血系统(2%)、肝(1%),胰腺(1%)、腹膜(1%)、皮肤(3%),胃(1%),尿路(1%)。废话替换被发现在大肠(1%)和肝脏(1%)。移码插入只是观察到肾脏(1%)。G > T突变被发现在骨(1%)、乳腺癌(2%),子宫内膜(2%),大肠(3%),肝(1%),食管(1%),胰腺(2%)、皮肤(2%),胃(1%),尿路(6%)。G >突变被发现在乳腺癌(1%),子宫内膜(1%),大肠(1%)、肾(1%),肝(1%)、肺(1%)、皮肤(1%)和泌尿道(1%)。C >突变被发现在乳腺癌(1%),子宫内膜(1%)、肾(1%)、肺(1%)、腹膜(1%)、皮肤(4%),胃(1%),和上aerodigestive呼吸道(1%)。C > T突变被发现在中枢神经系统(1%),子宫内膜(1%)、造血系统(1%)、肺(1%)和皮肤(2%)。> C突变被发现在子宫内膜(1%)和肝脏(1%)。> G突变被发现肾脏(1%),大肠(2%),和肺(2%)。 Other types of mutations occur sporadically in different forms of cancer.

如图4,TCGA数据库包含一个高水平的RBM8A突变在以下类型的癌症:膀胱癌、肝癌,肺癌,乳腺癌,子宫癌,胰腺,黑色素瘤,头颈,胃、结肠直肠癌,ccRCC, pRCC。通过cBioPortal 44突变网站发现,他们位于0到174之间的氨基酸(图5)。

3.4。全基因组关联RBM8A mRNA的癌症

基于基因之间的关联,体细胞拷贝数,DNA甲基化,体细胞突变,蛋白质含量,马戏团的图被画显示RBM8A之间的相互关系和其他基因通过Regulome探险家。依照TCGA的数据,RBM8A与其他基因,可以发现在肾上腺皮质癌,乳腺癌浸润性癌、膀胱癌,乳腺浸润性癌,子宫内膜癌,食管癌,胃癌,胶质母细胞瘤,肾透明细胞癌,肺腺癌,低档次的神经胶质瘤,肺鳞状细胞癌、前列腺癌、甲状腺癌(图6)。详细的数据记录在补充表S1- - - - - -S14系列。

3.5。RBM8A和癌症的存活率

RBM8A基因表达之间的关系和总生存期(OS)被kaplan meier评估方法结合生存率较。根据kaplan meier分析结果(图7),更高水平的RBM8A mRNA表示差总体存活率在食管腺癌(P= 0.029),肾脏肾乳头状细胞癌(P= 0.044),肝脏肝细胞癌(P= 0.0085),胰腺导管腺癌(P= 0.013),嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(P= 0.042)和肉瘤(P= 0.0076)。然而,相反的结果观察膀胱癌(P= 0.0012),宫颈鳞状细胞癌(P= 0.0046),肾脏肾透明细胞癌(P= 0.00092),肺腺癌(P= 0.036),睾丸生殖细胞肿瘤(P= 0.038)。RBM8A mRNA的表达水平没有显著影响乳腺癌(P= 0.48),头颈鳞状细胞癌(P= 0.32),食管鳞状细胞癌(P= 0.082),卵巢癌(P= 0.05)、胃腺癌(P= 0.25),直肠腺癌(P= 0.36),胸腺瘤(P= 0.28),甲状腺癌(P= 0.2)或子宫语料库子宫内膜癌(P= 0.088)。

3.6。RBM8A表达之间的相关性和免疫细胞和免疫抑制剂检查站计时器

RBM8A表达和免疫渗透之间的联系是通过计时器。我们分析RBM8A表达丰富的六种immune-infiltrating细胞,包括CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞,B细胞,中性粒细胞,树突细胞。基因表达之间的相关性和免疫渗透是估计的皮尔森相关测试。基于上述分析结果RBM8A表达式的癌症预后和生存,我们最终选择的7种癌症RBM8A和免疫之间的关系来分析渗透细胞计时器,光电子能谱,LIHC,和KIRP代表癌症更糟糕的生存和BLCA,塞斯克,KIRC, LUAD代表癌症有很好的生存当RBM8A有高水平的表达。如图8,LIHC RBM8A表达水平有显著的积极互动的渗透水平B细胞(R= 0.375,P= 5.48e−13),CD8 + T细胞(R= 0.144,P= 7.50e−03),CD4 + T细胞(R= 0.294,P= 2.65e−08)、巨噬细胞(R= 0.345,P= 4.74e−11),中性粒细胞(R= 0.243,P= 5.21e−06),树突细胞(R= 0.444,P= 4.63e−18)。KIRC,此外,在KIRP BLCA LUAD, RBM8A表达水平之间的联系和immune-infiltrating细胞LIHC几乎是一样的。然而,光电子能谱和塞斯克RBM8A表达水平没有与上述免疫渗透细胞。接下来,我们使用计时器来探索之间的关系的突变RBM8A immune-infiltrating细胞在多种类型的癌症。结果表明,RBM8A突变基因没有意义6 pan-cancers渗入细胞(补充数据S1- - - - - -S6和补充表S15- - - - - -S20)。

基于RBM8A和immune-infiltrating细胞的结果,我们选择LIHC, KIRP, BLCA, KIRC,和LUAD探索的相关性和意义RBM8A检查点和免疫抑制剂,如PD-L1和CTLA4。根据图像由计时器(图9),很明显,在LIHC RBM8A表达水平有显著的积极互动PD-L1 (R= 0.362,P= 4.09e−12)和CTLA4 (R= 0.303,P= 9.14−09年)。此外,在KIRP BLCA,结果之间的相关性RBM8A LIHC PD-L1显示类似的趋势,而RBM8A之间没有相关性和CTLA4被发现在两种类型的癌症。最后,我们发现,没有观察到明显的链接在KIRC和LUAD。因此,我们推测,RBM8A癌症免疫治疗可能是一种很有前途的目标,尤其是在LIHC。

4所示。讨论

4.1。结构和生物RBM8A的行动

基因表达的过程参与一系列的生物活性,包括转录RNA拼接,翻译,和蛋白质转译后的修改16]。外显子结复杂(EJC)主要是连接到新拼接的信使rna,协调exonuclear运输、平移控制,和nonsense-mediated mRNA衰变(NMD),从而作用于基因表达的过程(17]。rna结合蛋白8 (RBM8A),主题也被称为Y14,是rna结合主题蛋白家族的一员。广泛表达于细胞和核浆主要是局部的。RBM8A和MAGOH形成异质二聚体,这是一个重要的部分的四聚物的核心EJC [18]。RBM8A信使rna代谢起着重要的作用。首先,RBM8A-MAGOH聚合酶激活NMD,消除了信使rna含有无意义突变由于异常剪接,并使正常的肿瘤抑制基因转录翻译。第二,RBM8A连接EJC-related因素和直接调节基因的可变剪接功能,如专门的可变剪接调节凋亡因素;通过调节凋亡因素的可变剪接,RBM8A可以增强或削弱proapoptotic同分异构体的表达。基于上述功能基础上,RBM8A mRNA结合其他监管机构调节细胞活性和细胞周期的拼接和耦合NMD (19- - - - - -21]。据报道,RBM8A不足导致G2 / M期逮捕和细胞凋亡。RBM8A损耗导致累积的DNA损伤和减少细胞生存能力和扩散能力22,23]。

4.2。RBM8A影响恶性肿瘤的发生和发展

如图1显示,正常人体组织相比,RBM8A更大多数免疫细胞类型中高度表达,包括树突细胞(dc), B细胞、T细胞和人体组织。鉴于RBM8A的存在和特征,RBM8A被认为是一个新的原癌基因。除了正常组织和免疫细胞,许多研究发现,RBM8A某些癌症组织中高度表达。使用公共测序数据、林等人的小组24]分析了RBM8A在肝细胞癌的表达及其监管网络的潜在作用。他们发现RBM8A mRNA水平和拷贝数变异(CNV)在肝细胞癌均明显高于正常肝组织,和RBM8A基因在肝细胞癌通常放大。功能网络分析表明,在肝细胞癌的表达RBM8A参与核糖体信号转导,RNA运输、mRNA监控、剪接体信号和调节DNA复制,修复、细胞周期进展癌症相关的激酶。与林等人的结果一致。”团队,梁等的团队(25,26]还发现RBM8A是肝细胞癌肿瘤组织中高度表达,进一步证明RBM8A促进肝癌的肿瘤细胞的迁移和入侵信号通路激活epithelial-mesenchymal转换。除了肝癌,表达水平的研究也报道称,RBM8A在胃癌和结肠癌腺癌高于邻近组织,和它的表达水平与肿瘤大小呈正相关,入侵的深度,淋巴结转移;RBM8A也可以作为一个独立的预后因子,影响患者的总体生存率(27,28]。之间的相关性研究原发性宫颈肿瘤组织的基因表达谱和淋巴结,金正日et al。29日]筛选原发性宫颈癌患者,发现RBM8A高度表达的淋巴结转移病灶与那些没有宫颈癌淋巴结转移。除了上述类型的癌症,有研究报道,RBM8A也调节在胸膜间皮瘤的表达与非小细胞肺癌肿瘤组织(30.,31日]。近年来,越来越多的研究已经开展了关于RBM8A和癌症,但是没有综合pan-cancer RBM8A已经发现到目前为止的分析。在这个pan-cancer研究中,我们分析了表情,突变,和预后RBM8A使用公共测序数据。如图2,我们发现RBM8A BLCA中高度表达,胆固醇,COAD,光电子能谱,HNSC, UCEC从数据库。kaplan meier分析结果表明,高RBM8A mRNA的表达水平意味着更糟糕的总体生存能谱,KIRP, LIHC, PAAD PCPG,不仅。我们的研究结果是符合当前的研究成果,进一步表明RBM8A基因的表达变化与恶性肿瘤的发生密切相关。RBM8A可以用作生物标记来预测肿瘤的发生和转移。

除了RBM8A基因的表达水平的变化,本研究还发现在大多数癌症RBM8A突变存在。不同的突变过程的利率是不同的在肿瘤和癌症。在人类细胞的生命周期,基因突变不断积累。一些突变不会改变细胞功能,一些会导致原来的抗癌作用促进肿瘤形成的基因(32]。那么,最重要的问题是是否突变RBM8A可以影响癌症的发展。当前的研究仍然是肤浅的,RBM8A突变与癌症之间的关系和作用机制尚未明确。因此,更广泛和深入的研究需要确定RBM8A突变的肿瘤形成的重要性。

4.3。RBM8A调节免疫细胞通过信号通路在肿瘤的作用

肿瘤的治疗一直是医学领域的一个重大挑战。手术、细胞毒性化疗、分子靶向治疗和抗血管治疗一直在不断变化和提高,但仍有宽容和有效性问题。除了上面的治疗策略,各种形式的癌症免疫疗法,包括可溶瘤病毒治疗,癌症疫苗、细胞因子疗法,过继转移性细胞和免疫抑制剂,检查站崭露头角抗肿瘤领域的研究和应用33,34]。特别是,使用细胞毒性T淋巴细胞抗原4 (CTLA4)程序性细胞死亡1 (PD-1)和细胞程序性死亡配体1 (PD-L1)抑制剂在诊所已成为一个里程碑式的突破在肿瘤免疫治疗35]。由于获得性耐药和肿瘤免疫逃逸,免疫治疗仍然面临着巨大的困难在实现高和癌症患者的持续反应率。一些研究[36)认为,了解肿瘤浸润淋巴细胞(尖)和肿瘤免疫微环境(时间)可以改善现有的免疫疗法,从而使癌症患者获得更好的临床治疗效果。Immune-infiltrating细胞是肿瘤微环境的重要组成部分,主要包括B细胞、CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,中性粒细胞,巨噬细胞、树突细胞,被证明能对感冒影响免疫反应,促进肿瘤进展(37- - - - - -39]。根据上述pan-cancer RBM8A可视化分析结果,在光电子能谱RBM8A是重要的表达,LIHC, KIRP, BLCA,塞斯克,KIRC, LUAD和这些癌的预后有关。进一步研究RBM8A和immune-infiltrating细胞之间的相关性,我们选择上述类型的癌症并得到相应的结果。图8清楚地表明,RBM8A LIHC immune-infiltrating细胞呈正相关,KIRP, BLCA KIRC, LUAD。

然后,我们再次使用计时器数据库之间的关系来分析RBM8A和PD-L1 CTLA4 LIHC, KIRP, BLCA KIRC, LUAD。我们的研究结果表明,与在LIHC PD-L1 RBM8A表达具有显著的关系,KIRP BLCA, KIRC。此外,RBM8A与CTLA4 LIHC也有显著的相关性,而在KIRP RBM8A BLCA, KIRC没有这种联系。因此,我们推测,RBM8A影响患者生存在不同的癌症,尤其是LIHC,通过作用于肿瘤细胞immunoinfiltrating细胞和免疫抑制剂检查站。因此,RBM8A如何,作为外显子的一小部分连接复杂,影响肿瘤免疫治疗?无论是直接或间接,没有深入报道探索免疫疗法和RBM8A之间的关系。

发生、增殖、分化、antiapoptosis入侵,血管生成、转移和免疫调节肿瘤相关各种信号通路,而信号通路的异常激活是分不开的过度激活和抑制的大量细胞因子和受体。结合现有的研究,我们得出结论,RBM8A是一种免疫治疗药剂,作用于信号通路调节癌症。信号传感器和转录激活3 (STAT3)是一种转录因子,影响JAK / STAT信号通路。当细胞因子的调控,促进潜在STAT3的表达原癌基因将继续在细胞促进肿瘤发生[40]。研究已经证实RBM8A STAT3绑定合作伙伴将通过c端STAT3的STAT3体内并提高IL-6-induced STAT3激活。此外,沉默RBM8A减少IL-6-induced STAT3酪氨酸磷酸化,核积累和STAT3的dna结合活性,以及il - 6 / STAT3-dependent基因表达。这是证明RBM8A可以与STAT3和调节转录激活的STAT3影响STAT3磷酸化的酪氨酸(41,42]。STAT3可以激活免疫细胞在肿瘤细胞和肿瘤浸润,进一步调节致癌基因的表达来触发肿瘤恶化,促进免疫抑制介质(43]。STAT3影响调节性T细胞(Treg)诱导FOXP3的表达(44]。il - 10和TGF -β分泌肿瘤相关调节性T细胞的功能限制CD8 +效应T细胞和DCs的成熟,从而进一步抑制先天免疫和适应性免疫45,46]。PD-1 / PD-L1超表达的肿瘤细胞磷酸化STAT3的显著相关。针对STAT3可以抑制PD-1 / PD-L1轴HNSCC小鼠模型,从而逆转免疫抑制的状态(47,48]。在肝癌细胞中,黄芩甙元可以恢复T细胞的抗肿瘤活性降低STAT3的活动和表达下调的表达PD-L1诱导干扰素-γ(49]。因此,针对STAT3不仅能直接抑制肿瘤生长也增强抗肿瘤免疫力。我们推测,RBM8A具有间接作用在肿瘤免疫治疗通过定位STAT3来提高肿瘤免疫反应。

p53是一个转录调节因子,主要介导肿瘤抑制和调节细胞周期阻滞,细胞凋亡和新陈代谢。陆et al。50)发现,在不同的人类癌症细胞,RBM8A的损耗会导致逮捕了G2 / M期,DNA损伤和细胞凋亡。与此同时,它可以诱发的另一个拼接同种型p53的表达在人类细胞,即p53β,并导致细胞衰老。然而,增加或减少在RBM8A整体p53蛋白的水平将会增加。目前,的具体分子机制RBM8A对p53的变化的影响还不清楚。越来越多的研究表明p53肿瘤抑制信号通路中发挥着重要作用的调节肿瘤免疫反应(51]。例如,p53影响的生产和功能Treg细胞通过激活FOXP3的表达(52]。p53诱导DD1的表达α在正常或癌细胞,导致失活的T细胞识别自身抗原或肿瘤相关抗原(53]。p53也可以激活PD-L1刺激表面PD-1 T细胞的表达,导致免疫逃避(54,55]。因此,我们可以推测,RBM8A间接调节肿瘤免疫反应作用于p53通路。

在一些研究中,人们发现p53通路和STAT3通路可以相互影响。例如,阻塞IFN-Akt通路磷酸化STAT3,促进STAT3的绑定的p53子核,并上调p53。此外,p53的损失JAK2 / STAT3信号通路的激活和影响肿瘤的生长56,57]。没有相关研究RBM8A已发现和免疫反应调节。鉴于上述研究基础和采矿和总结本研究的结果在数据库中,我们推测RBM8A可能间接免疫检查点和immune-infiltrating细胞通过STAT3信号通路和p53信号通路影响肿瘤的免疫治疗。目前,尚不清楚RBM8A可以直接作用于免疫检查点和体内免疫细胞,需要进一步探索的相关实验。

5。结论

总之,我们的研究表明,RBM8A mRNA在许多类型的癌症,和许多不同的基因结合,RBM8A可以影响癌症的预后。RBM8A突变广泛观察到肿瘤,特别是错义突变。此外,RBM8A immune-infiltrating显著相关,细胞和免疫测定网站抑制剂,特别是LIHC,我们假设RBM8A可能影响免疫信号通路。因此,我们认为RBM8A在癌症免疫治疗可能是一种很有前途的目标。虽然在癌RBM8A的结果提供了一个深入了解癌症的免疫交互和癌症免疫疗法的潜在模型,具体机制仍有待进一步研究。

缩写

BLCA:	膀胱移行细胞癌
BRCA:	乳腺浸润性癌
塞斯克:	宫颈鳞状细胞癌
胆固醇:	胆管癌
COAD:	结肠腺癌
光电子能谱:	食管癌癌
HNSC:	头颈部鳞状细胞癌
LIHC:	肝脏肝细胞癌
LUAD:	肺腺癌
LUSC:	肺鳞状细胞癌
UCEC:	子宫语料库子宫内膜癌
KICH:	肾脏chromophobe
KIRC:	肾脏肾透明细胞癌
KIRP:	肾脏肾乳头状细胞癌
THCA:	甲状腺癌
“绿带运动”:	多形性成胶质细胞瘤
马:	前列腺腺癌
PAAD:	胰腺腺癌
PCPG:	嗜铬细胞瘤和副神经节瘤
读:	直肠腺癌
不仅:	肉瘤
THYM:	胸腺瘤
操作系统:	总体生存率。

数据可用性

所有数据在这项研究中是一个开放的数据库和公开。

的利益冲突

作者宣称他们没有关于这篇文章的出版的利益冲突。

作者的贡献

南梅和李Chunli导致研究概念。南梅、陈Heyan倪赵,你们易导致解释或分析的数据。南梅和陈Heyan参与手稿准备。李Chunli参与监督学习。所有作者阅读和批准最终的手稿。

确认

这项工作是支持的临床科研项目的西安交通大学第一附属医院(项目没有。1136900081)。

补充材料

补充图1 - 6和补充表15 - 20:RBM8A突变体基因表达的相关性水平免疫浸润的巨噬细胞,B细胞、CD8 + T细胞CD4 + T细胞,中性粒细胞,树突细胞肿瘤(RBM8A突变基因没有意义6 pan-cancers渗入细胞)。补充表1 - 14:RBM8A和其他癌症的基因之间的相互关系。(补充材料)

引用

1. f·布雷,j . Ferlay Soerjomataram, r·l·西格尔,l·a·托瑞和a . Jemal”2018年全球癌症统计数据:GLOBOCAN估计36癌症的发病率和死亡率全球185个国家,“CA:临床医生的癌症杂志》上,卷68,不。6,394 - 424年,2018页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. a . Kalbasi a里巴斯,“Tumour-intrinsic抗免疫检查点封锁,“自然评论免疫学,20卷,不。1、25 - 39页。2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. f·马丁斯,l . Sofiya g . p . Sykiotis et al .,“immune-checkpoint抑制剂的副作用:流行病学、管理和监视,“自然评论临床肿瘤学,16卷,不。9日,第580 - 563页,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. m . Lacouture诉Sibaud,“有毒副作用的靶向治疗和免疫疗法影响皮肤,口腔黏膜,头发,指甲,“美国临床皮肤病学杂志》上,19卷,不。1 - 39,2018页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. j·s·奥唐纳、m .腾和m·j·史密斯“癌症immunoediting和抗T细胞免疫疗法”,自然评论临床肿瘤学,16卷,不。3、151 - 167年,2019页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. I.-W。许,m .许c . Li t.w。壮族,不。林,W.-Y。冰斗湖,”Y14的磷酸化调节与蛋白质的相互作用参与信使rna代谢及其甲基化的影响,“生物化学杂志,卷280,不。41岁,34507 - 34512年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. C.-K。刘,m . d .吴廷琰g . Dreyfuss和g·d·凡·达因”Y14-magoh外显子结的核心结构复杂,“当代生物学,13卷,不。11日,第941 - 933页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. c·a·阿尔·d·s .保罗·h·舒尔茨et al .,“复合继承的低频监管SNP和一种罕见的零exon-junction复杂的亚基RBM8A突变导致焦油综合症,”自然遗传学,44卷,不。4、435 - 439年,2012页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. l . Fagerberg b·m·海尔萨姆p Oksvold et al .,“人类组织表达分析的全基因组转录组和免疫抗体蛋白质组学”分子和细胞蛋白质组学,13卷,不。2、397 - 406年,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. d . s . Chandrashekar b . Bashel s . a . h . Balasubramanya et al .,“UALCAN:门户为促进肿瘤组基因表达和生存分析,“瘤形成,19卷,不。8,649 - 658年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
11. 美国福布斯,d·贝尔,p . Gunasekaran et al .,“宇宙:探索世界的体细胞突变在人类癌症知识,”核酸的研究,43卷,D805-D811, 2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. e·赛拉米j .高,美国Dogrusoz et al .,“门户cBio癌症基因组学:一个开放的平台,探索多维癌症基因组数据,”癌症的发现,卷2,不。5,401 - 404年,2012页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. A . Lanczky。Nagy, g . Bottai et al .,“miRpower: web工具来验证survival-associated microrna利用表达数据从2178年乳腺癌患者,”乳腺癌研究和治疗,卷160,不。3、439 - 446年,2016页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. j . t . Li粉丝,王b . et al .,“计时器:web服务器的综合分析肿瘤浸润免疫细胞,”癌症研究,卷77,不。21日pp. e108-e110, 2017年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. t . Li j .傅z曾庆红et al .,“TIMER2.0分析肿瘤浸润免疫细胞,”核酸的研究,48卷,不。1,W509-W514, 2020页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
16. 大肠德克勒克和p·a·c·t。霍恩,“另类mRNA转录、加工、转换:从RNA序列,”遗传学趋势没有,卷。31日。3、128 - 139年,2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
17. l . p . Schlautmann n·h·格林,“生命中的一天的外显子连接复杂,“生物分子,10卷,不。6,866年,页2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
18. t . Tatsuno和y石恒岛”,c端短精氨酸/丝氨酸重复顺序相依的监管Y14 (RBM8A)本地化,”科学报告,8卷,不。1,p。612年,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. t . Nyiko f . Kerenyi l . Szabadkai et al .,“植物nonsense-mediated mRNA衰变是由不同的自身调节的控制电路和可以诱导EJC-like复杂,“核酸的研究第41卷。。13日,6715 - 6728年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
20. k . Fukumura美国若林史江:Kataoka et al .,“外显子结复杂控制的一个子集的高效和忠实的剪接转录参与有丝分裂细胞循环发展,”国际分子科学杂志》上,17卷,不。8,1153年,页2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. t.w。壮族,K.-M。李,W.-Y。冰斗湖,”功能和病理的影响外显子结Y14复杂因素,”生物分子,5卷,不。2、343 - 355年,2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
22. 中村y, y石垣岛t Tatsuno et al .,“消耗的rna结合蛋白RBM8A (Y14)缺乏会导致细胞周期和细胞凋亡在人类细胞,”实验生物学和医学,卷238,不。8,889 - 897年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
23. t.w。壮族,c c。陆,学术界。苏et al .,“RNA加工因素Y14参与DNA损伤反应和修复,”iScience13卷,第415 - 402页,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. y y, r·梁邱et al .,“RBM8A表达和基因调控网络的基于数据挖掘、肝细胞癌”老化,11卷,不。2、423 - 447年,2019页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. r .梁、林y J.-Z。你们et al .,“高表达RBM8A预测病人的预后,促进肝细胞癌肿瘤恶化,”肿瘤的报道,37卷,不。4、2167 - 2176年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. r·梁j . Zhang z刘et al .,“RBM8A-mediated监管机制和分子网络的铂电阻在肝细胞癌中,“在肿瘤领域,10卷,p。585452年,2020年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. x Lv和h . Cheng预后的价值增加RBM8A在胃癌的表达,“巴西医学和生物学研究杂志》上,53卷,不。4 p . e9290 2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. z谢,y, y黄et al .,“预后价值和致癌效应增加RBM8A表达结肠腺癌,”生物化学和细胞生物学,2021年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. j·j·t·j . Kim崔w . y . Kim et al .,“基因表达分析的预测宫颈癌患者淋巴结转移,”癌症科学,卷99,不。1,31-38,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. h . Sudo, a . b .信a Sugyo et al .,”国王的击倒,被屏幕功能丧失,诱导细胞凋亡和抑制肿瘤生长在间皮瘤老鼠模型中,“基因组学,卷95,不。4、210 - 216年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
31. j . Petroziello a . Yamane l . Westendorf et al .,“差减杂交和标识一组独特的表达谱基因在非小细胞肺癌中,“致癌基因,23卷,不。46岁,7734 - 7745年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. 即Martincorena p•j•坎贝尔,“体细胞突变在癌症和正常细胞,”科学,卷349,不。6255年,第1489 - 1483页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
33. 杨y,“癌症免疫疗法:利用免疫系统对抗癌症,”临床研究杂志,卷125,不。9日,第3337 - 3335页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
34. c·h·r·s·Riley 6月,r·兰格和m·j·米切尔“交付技术对癌症免疫疗法,”自然评论药物发现,18卷,不。3、175 - 196年,2019页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
35. 张y和z张”,历史和癌症免疫疗法的进步:了解肿瘤浸润免疫细胞的特点及其治疗的影响,“细胞与分子免疫学,17卷,不。8,807 - 821年,2020页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
36. r·萨利赫和大肠Elkord获得抵抗癌症免疫疗法:tumor-mediated免疫抑制的作用,“在癌症生物学研讨会卷。65年,13-27,2020页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
37. r . m . Bremnes L.-T。Busund, t . l . Kilvær et al .,“肿瘤浸润淋巴细胞作用的开发、发展和非小细胞肺癌的预后,”胸部肿瘤杂志,11卷,不。6,789 - 800年,2016页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
38. a·布鲁诺l . Mortara,遭到d . Baci d·m·努南和a . Albini“骨髓衍生与自然杀伤细胞和抑制细胞交互pro-angiogenic活动:角色在肿瘤恶化,”免疫学前沿,10卷,p。771年,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
39. j . m . Tran Janco p . Lamichhane l . Karyampudi和k·l·克努森,“肿瘤浸润树突状细胞在癌症发病机理,”《免疫学,卷194,不。7,2985 - 2991年,2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
40. n . Fathi g . Rashidi a . Khodadadi s .波斯货币和s·沙里夫“STAT3和细胞凋亡在癌症的挑战,”国际期刊的生物大分子卷,117年,第1001 - 993页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
41. n . Ohbayashi n . Taira s Kawakami et al .,“RNA等候蛋白质,Y14相互作用和调节STAT3激活,“生物化学和生物物理研究通信,卷372,不。3、475 - 479年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
42. r . Muromoto n . Taira o . Ikeda et al .,“exon-junction复杂的蛋白质,Y14 MAGOH调节STAT3激活,“生物化学和生物物理研究通信,卷382,不。1,第68 - 63页,2009。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
43. 沈y, y,沈,s . Wang和x周”的角色STAT3在领导人类癌症和免疫系统之间的串扰,”癌症的信卷,415年,第128 - 117页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
44. y y Wan和r . a . Flavell”监管t细胞功能破坏和转换由于减毒Foxp3的表达,“自然,卷445,不。7129年,第770 - 766页,2007年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
45. w . y . p . Yu Lee刘et al .,“Intratumor CD4 +细胞的损耗揭露肿瘤免疫原性导致晚期肿瘤的拒绝,“实验医学杂志,卷201,不。5,779 - 791年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
46. c . Dercamp k . Chemin c . Caux g . Trinchieri和a . p . Vicari”不同的白细胞介素- 10”和重叠的角色和CD25 +调节性T细胞在抗肿瘤的抑制CD8 T细胞反应,”癌症研究,卷65,不。18日,第8486 - 8479页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
47. t . l .歌>。Nairismagi, y Laurensia et al .,“致癌STAT3通路的激活驱动PD-L1表达自然杀伤/ t细胞淋巴瘤,”血,卷132,不。11日,第1158 - 1146页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
48. l·l·l·布鲁里溃疡,g . t . Yu吴et al .,“STAT3诱导移植免疫抑制的PD-1 / PD-L1 HNSCC,”牙科研究杂志》,卷96,不。9日,第1034 - 1027页,2017年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
49. m·柯z, b .徐et al .,“黄芩黄素和黄芩苷促进抗肿瘤免疫抑制PD-L1表达式在肝癌细胞中,“国际免疫药理学,第75卷,第105824页,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
50. c c。陆,c c。李,C.-T。曾和W.-Y。冰斗湖,”Y14支配p53表达和调节DNA损伤敏感性,”科学报告,7卷,不。1,p。45558年,2017。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
51. c . Munoz-Fontela a . Mandinova s . a . Aaronson和s w·李,“新兴p53的角色和其他肿瘤抑制基因在免疫调节、”自然评论免疫学,16卷,不。12日,第750 - 741页,2016年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
52. 铃木h .川岛h . Takatori k . et al .,“肿瘤抑制基因p53诱导调节性T细胞抑制系统性自身免疫性疾病,”《免疫学,卷191,不。7,3614 - 3623年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
53. l . Zitvogel g .获得“p53-regulated免疫检查点相关癌症。”科学,卷349,不。6247年,第477 - 476页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
54. k . w . Yoon s Byun大肠Kwon et al .,“控制signaling-mediated肿瘤抑制基因p53,凋亡细胞的清除”科学,卷349,不。6247,1261669,页2015。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
55. p·沙玛和j.p. Allison免疫疗法,检查站的未来”科学,卷348,不。6230年,56 - 61,2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
56. s . m . Wormann l .歌曲,j . Ai et al .,“失去P53功能激活JAK2-STAT3信号促进胰腺肿瘤的生长、基质修改,和吉西他滨抵抗小鼠和与病人生存,”胃肠病学,卷151,不。1,第193 - 180页,2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
57. 刘j . y . Liu Lv, j . et al ., STAT3 / p53途径激活扰乱了干扰素-β全身的休眠tumor-repopulating细胞。”临床研究杂志,卷128,不。3、1057 - 1073年,2018页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

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