高表达的长非编码RNA SNHG15癌症组织样本预测癌症患者的预后不利:一个荟萃分析

文摘

背景。尽管lncRNA小核仁的RNA的预后价值宿主基因15 (SNHG15)表达在癌症被评估在许多研究中,结果仍有争议。这个荟萃分析旨在澄清SNHG15的角色在不同的癌症患者的预后。材料和方法。选择合格的研究从PubMed、PMC、EMBASE, Web的科学和Cochrane图书馆根据入选和排除标准(12月20日,2019)。主要结果是总生存期(OS)和recurrence-free生存(RFS)。二次结果是其他临床病理的参数(包括高级TNM阶段、淋巴结转移、远处转移,和性别)。癌症基因组图谱(TCGA)数据集被用来验证分析结果。结果。十一个合格的研究最终被包括,涉及9个不同类型的癌症和1079名患者。SNHG15表明是一个显著的高表达可怜的OS的癌症患者(HR = 1.96, 95% CI -2.47 = 1.55, )。亚组分析显示,高表达的SNHG15与显著差OS消化道癌症患者(HR = 1.91, 95% CI -2.66 = 1.38, ),但不是肺癌(HR = 1.83, 95% CI -3.76 = 0.89, )。SNHG15 RFS高表达患者的短比低表达患者SNHG15 (HR = 2.03, 95% CI -2.83 = 1.46, )。此外,高SNHG15表达水平显著相关,后来TNM阶段(或= 3.05,95% CI -4.02 = 2.31, ),淋巴转移(或= 3.20,95% CI -4.45 = 2.30, ),和远处转移(或= 5.05,95% CI -11.85 = 2.15, )。TCGA验证结果符合那些在我们的荟萃分析。结论。高表达的长非编码RNA SNHG15癌症组织样本预测为癌症患者预后不利。LncRNA SNHG15可以作为癌症患者的不良预后的生物标志物。

1。介绍

恶性肿瘤发病率和死亡率的主要原因之一为所有年龄段的人都在世界范围内(1,2]。尽管有相当大的进步在癌症治疗,如免疫治疗和靶向治疗,大多数癌症的存活率仍然很低(3,4]。找到癌症预后的潜在生物标志物和阐明其作用机制将极大地影响癌症患者的护理。

长非编码rna (lncRNAs)记录的长度超过200个核苷酸,是普遍存在于细胞核,细胞质,外来体(5]。他们通常不能被翻译成特定的蛋白质,因为他们没有功能开放阅读框(6]。在过去的十年里,许多研究报告这样的成绩单在生理过程的重要作用,胚胎发生、免疫细胞的激活,血液细胞成熟,细胞间通信(5,7- - - - - -9]。此外,许多lncRNAs在人类癌症特异表达,和lncRNAs可能成为致癌基因或肿瘤抑制肿瘤发生和转移过程5,10,11]。他们已经被证明是一个小说,并承诺在人类癌症预后的生物标志物和治疗目标(12,13]。

小核仁的RNA宿主基因15 (SNHG15)是一种新发现的LncRNA位于染色体7 p13 [14]。SNHG15报道是显著调节多种癌症组织与邻近非癌组织(15- - - - - -17,异常过度SNHG15癌症样本与预后不良相关和高转移在不同癌症的风险,包括乳腺癌、大肠癌、胃和前列腺癌15,18- - - - - -28]。然而,SNHG15表达在甲状腺癌的预后价值和神经胶质瘤是有争议的29日,30.]。因此,我们meta-analyzed TCGA所有相关出版物和数据库实现全面了解SNHG15表达和癌症患者预后之间的关系和评价SNHG15是否可能是一个潜在的癌症患者预后的生物标志物。

2。材料和方法

2.1。文献检索策略

文章搜索在数据库中执行,包括PubMed、PMC、EMBASE, Web的科学和Cochrane图书馆。搜索的时间限制从这些数据库的建设到12月20日,2019年。术语用于搜索如下:(小核仁的RNA宿主基因15或SNHG15)和(癌症或肿瘤或癌肿瘤或恶性)。引用的文献包括也追溯到。

2.2。包含和排除标准

研究的入选标准如下:(1)在任何类型的人类癌症研究;(2)测量SNHG15在肿瘤组织的表达;(3)调查SNHG15表达水平及预后之间的关系或临床病理的特点;和(4)报告的风险比(人力资源)或比值比(或)和95%可信区间(CI),或有足够的数据可用于计算。

排除标准如下:(1)复制的文章;(2)社论、信件、专家意见、案例报告和评论。

主要结果是总生存期(OS)和recurrence-free生存(RFS)。二次结果是其它临床病理的特点(包括TNM阶段、淋巴结转移、远处转移、性别、和肿瘤大小)。

2.3。数据收集

张、杨两位研究者独立(Cheng)提取每个原始发布的数据,第三个研究员(鑫刘)解决差异。提取的信息包括名称的第一作者,出版,国家,类型的癌症,样本大小,lncRNA的检测方法,内部控制,结果指数和截断值。研究报告只有kaplan meier曲线,Engauge数字化仪(12.1版)软件被用来提取生存数据(31日独联体)和小时,95%计算使用EXCEL Tierney提供的程序文件等。32]。纳入研究的质量评估使用Newcastle-Ottawa规模(NOS)标准,包括选择(4分)和可比性(2分);研究NOS分数高于6被认为是高质量的。

2.4。生物信息学分析和验证

基因表达分析交互式分析(GEPIA)数据库(http://gepia.cancer-pku.cn/)是用于分析的微分表达式SNHG15癌症和正常组织之间的相关性SNHG15表达不同癌症类型的操作系统。

2.5。统计分析

执行统计分析使用RevMan软件和占据5.3.3 SE 15.1软件。人力资源为死亡或复发和95%可信区间计算之间的高、低SNHG15表达式组。人力资源≥1表示一个患者预后不良。此外,SNHG15表达和临床病理特征之间的相关性评估使用或和95%可信区间。包括研究是由之间的异质性我²科克伦问测试和价值卡方检验值。如果有异质性(我²≥50%或 ),结果用一种随机影响模型进行了综述。相反,固定后果模型用于分析。否则,一个随机模型应用。Begg的漏斗图和食叶蛾的测试是用来评估发表偏倚。敏感性分析是应用于评估结果的稳定性。 被认为是具有统计学意义。

3所示。结果

3.1。包括研究的特点

如图1现年59岁的文章最初发现根据搜索策略,和41篇文章仍然后删除重复。在仔细检查标题和摘要基于纳入和排除标准,26日文章被排除在外,包括评论、会议摘要和不相关的研究。阅读全文后剩余的15篇文章,由于不完整的数据4篇文章被排除在外。最后,11个研究涉及1078患者中包括荟萃分析15,18,19,21- - - - - -28]。

所有11个研究包括来自中国,9个不同类型的癌症,即,肝细胞癌(HCC) (18),胃癌(GC) (19],结直肠癌(CRC) [27],胰腺癌(PC) [21),非小细胞肺癌(NSCLC) (24- - - - - -26),肾细胞癌(RCC) [22),甲状腺癌(TC) [23],乳腺癌(BC) [25],卵巢癌上皮(OC) [28]。所有的包括研究检测SNHG15的表达式定量逆转录聚合酶链反应(存在),但截断值和内部参考(表是不同的1)。人力资源和95%置信区间可以直接提取2研究[19,23)和计算其余9中的存活曲线研究使用Engauge数字化仪软件(31日,32]。包括研究的特点,总结在表1。

3.2。SNHG15表达和操作系统之间的联系

SNHG15表达式之间的关系和操作系统在11个研究[15,18,19,21- - - - - -28]。因为没有统计11之间的异质性研究( ,我²= 0%),选择一个固定后果模型来估计合并后的人力资源和95%可信区间。结果表明,人力资源之间的死亡SNHG15高表达组和SNHG15低表达组为1.96 (95% CI -2.47 = 1.55, ;见表2和图2(一个))。

考虑到11项研究报告9不同类型的癌症,我们把这些研究分为三个亚组,包括消化系统(包括肝癌、CRC、GC和PC) (18,19,21,27)、呼吸系统(包括NSCLC) (24- - - - - -26),和其他系统(包括碾压混凝土、TC、BC和OC) (15,22,23,28]。因为不同子群之间没有明显的异质性研究检测(我²= 0%, 对消化系统,我²= 0%, 呼吸系统,我²= 0%, 为其他系统)中,我们使用一个固定后果模型来完成数据的合成。亚组分析的结果表明,人力资源和95%可信区间之间的死亡SNHG15高表达组和SNHG15低表达组在消化,呼吸,和其他癌症是1.91 (95% CI -2.66 = 1.38, ),1.83 (95% CI -3.76 = 0.89, ),和2.05 (95% CI -2.97 = 1.41, ;见表2和图2 (b))。此外,我们还进行了一系列子群分析基于截止值和内部控制。结果表明,当GAPDH或 - - - - - -肌动蛋白是用作内部控制,或中值被用作截止测试,高表达的SNHG15明显较短的操作系统(见表2,数据3(一个)和3 (b))。

3.3。联系SNHG15表达和RFS

三个研究报道SNHG15表达式之间的关系和RFS [19,25,28]。没有统计学上的异质性研究(我²= 0%, ),固定后果模型使用。联合人力资源之间的RFS SNHG15高表达组和SNHG15低表达组为2.03 (95% CI -2.83 = 1.46, ;参见图4),这表明SNHG15表达的增加能显著缩短操作系统。

3.4。SNHG15表达与其他临床病理参数之间的联系

如表所示3、高先进SNHG15表达与TNM阶段(或= 3.05,95% CI -4.02 = 2.31, ;见表3和图5(一个)),淋巴结转移(或= 3.20,95% CI -4.45 = 2.30, ;见表3和图5 (b))和远处转移(或= 5.05,95% CI -11.85 = 2.15, ;见表3和图5 (c))。相比之下,没有观察到的统计相关性之间SNHG15表达式和性别( ;见表3和图5 (d))和肿瘤大小( ;见表3和图5 (e))。此外,由于与年龄相关的数据不足在包括肿瘤分化研究,没有进行荟萃分析SNHG15表达和这些clinical-pathological参数之间的关系。

3.5。敏感性分析和发表偏倚

如图6(一)包括,删除任何研究结果没有显著影响,表明我们的结果是合理的、可靠的。

此外,我们执行Begg的漏斗图和食叶蛾的测试来评估发表偏倚SNHG15表达和操作系统之间的相关性。Begg漏斗图显示在图6 (b),Egger测试的结果 。结果显示没有明显的发表偏倚的研究包括荟萃分析。

SNHG15表达式之间的敏感性分析和贝格的测试和RFS也执行和结果表明,我们的研究结果对RFS合理和可靠的(参见图S1 (a)和S1 (b))。

3.6。验证结果,TCGA的数据集

我们评估SNHG15表达之间的相关性和OS 9恶性肿瘤通过TCGA数据集参与这项荟萃分析。根据SNHG15值表达式的每个9恶性肿瘤患者的表达水平高于中值被认为是高表达组和患者表达水平低于中位数被认为是低表达组。如图7(一),癌症病人人口SNHG15高表达水平明显较贫穷的操作系统比SNHG15表达水平较低(HR = 1.2, ),这与我们的分析结果是相一致的。我们也评估SNHG15表达和操作系统之间的相关性消化(包括肝癌、CRC、GC和PC)、呼吸系统(包括肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC))和其他(包括碾压混凝土、TC、BC和OC), TCGA的恶性肿瘤。结果表明,患者高SNHG15表达水平较低的操作系统比更SNHG15表达水平在消化道癌症(HR = 1.3, ;参见图7 (b))和其他癌症(HR = 1.6, ;参见图7 (c))。然而,没有SNHG15表达和操作系统之间的相关性在呼吸道癌症(HR = 0.94, ;参见图7 (d))。此外,我们评估了SNHG15表达式与其他临床病理参数之间的相关性在9恶性肿瘤通过TCGA的数据集。与我们的荟萃分析结果一致,先进高SNHG15表达与TNM阶段( ;见表4),淋巴结转移( ;表4)和远处转移( ;见表4),而没有显著相关性SNHG15表达式和性别之间的观察( ;见表4)。

4所示。讨论

本研究首次提供了一个系统的分析SNHG15表达式之间的关系和不同类型的癌症患者的预后。这个荟萃分析中最重要的发现是高表达的长非编码RNA SNHG15癌症组织预测为癌症患者预后不利。SNHG15是一种新发现的流行lncRNAs参与许多恶性肿瘤的开发和发展。SNHG15是首次发现与短半衰期lncRNA细胞应激反应研究[33]。自那以后,大量的研究报道,SNHG15高度表达的各种恶性肿瘤,包括GC,公元前CRC、肝细胞癌、非小细胞肺癌,TC, OV [15,18,23,25,27,28]。此外,SNHG15的高表达与预后不良相关的不同类型的癌症患者(18,22,25]。

一些分子机制SNHG15作为癌基因的发现。在细胞核,SNHG15可以与蛞蝓的锌指域相互作用,抑制蛞蝓泛素化,然后是冗余的蛞蝓蛋白质转录抑制钙粘蛋白,促进epithelial-mesenchymal过渡(EMT),并刺激入侵和转移的结肠癌、乳腺癌、肾癌细胞(22,34]。在胰腺癌,SNHG15还可以绑定到的增强剂zeste同族体2和抑制p15 Kruppel-like因子2的表达zeste同族体2-mediated H3赖氨酸27 trimethylation修改并最终促进胰腺癌细胞的增殖(20.]。在细胞质中,SNHG15也可以作为竞争内源性RNA和竞争性结合多种小分子核糖核酸,影响多个入侵相关蛋白的表达,从而促进扩散,入侵,恶性肿瘤细胞的迁移35]。例如,在骨肉瘤,SNHG15可以直接绑定mir - 141作为“分子海绵”,促进骨肉瘤表达和肿瘤生长36]。

不同的癌症显示不同的临床特征和生物学行为。减少之间的异质性研究小组研究了基于病理分类。SNHG15表达式的结果表明,增加消化小组(包括肝癌、CRC、GC和PC)和碾压混凝土,TC,公元前,OC组能显著缩短操作系统,这表明SNHG15可能是一个可靠的癌症预后的生物标志物的消化、泌尿、甲状腺和生殖器官。然而,之间没有显著相关性检测SNHG15和非小细胞肺癌。

为各种癌症化疗是主要的治疗方法。先前的研究已经发现,SNHG15表达有助于顺铂耐药性在公元前37在神经胶质瘤()和temozolomide抵抗38]。在目前的研究中,我们发现SNHG15表达与淋巴转移、远处转移,后来TNM阶段,表明(1)SNHG15的表达增加可能与癌症的先进特点密切相关;(2)澄清SNHG15表达式之间的关系和临床参数允许识别病人的人群可能从化疗中获益。

我们的研究包括了大量的样本,赋予高统计力量。因此,本研究的结果更加稳定和准确的比以前的个别研究。然而,一些限制在这个荟萃分析应该注意的。首先,所有研究都是来自中国,所以我们用TCGA的数据库,其中包括癌症病例来自多个区域包括非洲裔美国人,美国本土,和高加索,来验证我们的荟萃分析结果。实际上,生物信息学的结果支持我们的荟萃分析。样本量大,需要与多个种族来证实我们的发现在未来。其次,考虑到个体患者数据没有分析,某些数据之间的关系的临床参数和SNHG15不能结合。

5。结论

总之,这是第一个荟萃分析报道,LncRNA SNHG15可以用作癌症患者预后的生物标志物,尤其是消化系统癌症,尿、甲状腺和生殖系统。此外,SNHG15的高表达水平是密切相关的先进特点癌症,表明患者没有这些先进的特征可能是化疗的主要候选人。需要更多的高质量、大样本的研究来进一步证实SNHG15癌症的预后作用。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的发现可以从相应的作者。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突有关的出版。

作者的贡献

程张、杨柯、鑫刘,和王Xinghong了同样的工作。

确认

这项工作得到了国家自然科学基金(批准号81660399和81660399),云南的创新研究团队项目(批准号2015 hc033),云南省院士工作站的小平陈(批准号2017 ic018),重大科技成果的繁殖计划昆明医科大学(批准号CGYP201607),云南省医疗领导人才项目(批准号L201622),云南省临床中心Hepato-Biliary-Pancreatic疾病l·W。,the Applied Fundamental Research Joint Program of Science & Technology Department of Yunnan Province and Kunming Medical University (Youth Ph.D. Fund), the Leading Academic and Technical Young and Mid-Aged Program of Kunming Medical University (Grant no. 60118260108), and the Educational Research and Educational Reform Program of Kunming Medical University (Grant no. 2019-JY-Z-12) to Y. K.

补充材料

图S1:敏感性分析和发表偏倚。(a)敏感性分析之间的联系SNHG15言论和结社和recurrence-free生存(RFS)。(b)贝格发表偏倚的漏斗图RFS。(补充材料)

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