文摘

类风湿性关节炎(RA)是一种复杂疾病与基因的参与以及环境因素在其发病和严重程度。不同的全基因组关联和候选基因研究显示一些基因变异的作用与人种的多个位点/基因和地理变化。本研究旨在检测单核苷酸多态性(SNP) rs10865035协会AFF3基因的遗传背景类风湿性关节炎(RA)在巴基斯坦队列。总共有703个人,包括409名风湿性关节炎病人和294名健康对照组,使用TaqMan试验和三组底漆ARMS-PCR (amplification-refractory突变system-polymerase连锁反应)的方法。rs10865035协会与RA是使用不同的统计方法计算模型。有趣的是,除了纯合隐性模型(G / G和A / G + A / A)(或= 1.693 (1.06 - -2.648);= 0.025),所有其他模型,其中包括共显性的(χ²= 5.169;= 0.075),纯合显性(A / A和G / G + A / G)(或= 0.867 (0.636 - -1.187);= 0.41),杂合的(A / G和A / A + GG)(或= 0.491 (0.667 - -1.215);= 0.49)和添加剂模型(或= 0.826 (0.665 - -1.027);= 0.08)显示中微不足道的基因型的分布情况下和控制。这些发现表明,AFF3基因(rs10865035)在RA的发病没有重要作用在巴基斯坦人口。

1。介绍

类风湿性关节炎(RA)是一种系统性的,慢性,渐进炎性疾病。该病主要影响多个关节以及关节外表现如类风湿结节,系统性并发症,肺空虚的参与。治疗性革命在过去几十年的发展,包括新的治疗选择,新的分类标准的发展,早期治疗的介绍,新有效策略的应用改变了风湿性关节炎的关节和系统性的结果(1,2]。现代基因技术结合的大型和良好的临床队列先进我们对这种疾病的遗传学的理解。全基因组关联研究(GWAS)报道一百多位点与RA相关风险(3- - - - - -5]。在HLA基因多态性的存在(人类白细胞抗原)和non-HLA RA的发病机制贡献约60%的基因。HLA基因,HLA-DRB1和相关的多态性是至关重要的在RA的遗传易感性,而其他重要non-HLA基因PTPN22 IL23R, TRAF1, CTLA4, IRF5, AFF3, STAT4, CCR6 PADI4等。6- - - - - -9]。

的AFF3(淋巴核蛋白质AF4相关基因)位于2 q11.2位置和编码1227个氨基酸的蛋白。这个基因是淋巴组织中高度表达,建议参与其发展,而低水平的表达已报道在其他组织如脑和肺1,10- - - - - -12]。这个基因形成DNA结合的核转录因子,通过其转录激活域。这个属性的AFF3基因使强有力的候选人在人类细胞自身免疫(13- - - - - -15]。大量的研究,包括全基因组关联研究和荟萃分析,在不同人群进行调查协会AFF3rs10865035、rs1160542 rs17023158, rs1437377变体在RA的发病机制13,16- - - - - -20.]。

的AFF3对RA的易感性的基因不仅是重要的而且是一个很好的候选人的评估个体治疗反应(12]。单核苷酸多态性的人口是有助于了解其遗传多样性和设计一个特定人群治疗RA。此前,欧洲RA风险位点包括AFF3rs10865035被复制在一个小样本集的巴基斯坦人(7]。然而,在这项研究中,协会AFF3rs10865035与RA调查的另一个样本集是巴基斯坦裔,与我们之前的合并数据统计学意义。

2。方法

2.1。研究对象

一群巴基斯坦血统的703人(409 RA病例和294名健康对照组)后被包括在本研究的知情同意。研究对象分为A组(n= 203)和B组(n= 500)。A组的数据集是来自我们的先前的研究(7]。B组表给出的细节1。临床诊断病例的认证专家后美国风湿病学院(ACR)标准(1),数据包括临床和人口统计信息被记录在一个特别设计的问卷。RA病例和控制的比较表明,炎症标志物水平像类风湿因子(RF)和红细胞沉降率(ESR)明显高于病例。参与者没有免疫疾病/症状被算作控制在这个研究。研究伦理审查委员会批准的协议是LRH和AWKUM汗(Abdul瓦利大学马尔丹)。

2.2。DNA提取和基因分型

全血样品收集和处理B组(n= 500)之前由贾利勒et al ., 2013年A组(n= 203)。使用有机phenol-chloroform基因组DNA提取方法(21]。的基因分型AFF3进行基因变体rs10865035使用TaqMan基因SNP分析(应用生物系统公司)和ARMS-PCR技术。个人在A组(n通过TaqMan = 203)进行了分析测定,进行PCR扩增384 -孔板在9700年双块GeneAmp PCR系统(应用生物系统公司),生产后的协议7]。剩下的500个样本进行了分析通过ARMS-PCR使用一组三个引物,包括两个,一个共同的反向引物(F1(等位基因):TTTAAAACCTCTATCTGGGGAAAAA, F2 (G等位基因):TAAAACCTCTATGGGGAAAAG和R: CCCCTCTAATAGTCAATCAATCAAAATA)。

进行PCR扩增96 -孔板在thermocycler (T100 Bio-Rad)。放大条件设置为初始变性在94°C 5分钟,其次是35周期在94°C的变性30秒,30秒内退火58°C,在72°C和扩展了1分钟。最后伸长进行了5分钟的72°C。PCR产品解决在2%琼脂糖凝胶,和基因型要求每个主题使用目视检查方法记录的凝胶。

2.3。统计分析

协会AFF3rs10865035通过不同的统计模型与RA测试如共显性的、纯合显性、隐性纯合子,杂合的,添加剂。数据进一步检查偏离哈迪温伯格平衡(HWE)和基因分型错误被重复测量样本的10%。协会AFF3与RA rs10865035衡量计算比值比(或)95%可信区间(CI)使用卡方(χ²)和确切概率法。的值< 0.05被认为是具有统计学意义。

3所示。结果

当前的研究的数据(n= 500)是结合我们之前的结果(n= 203),使样本更有效。共显性的模型中,发现了基因型的频率几乎类似的病例和控件(例:/ 133 (32.52%)、A / G 210(51.35%),和G / G 66 (16.14%);控制:/ 105 (35.72%)、A / G 159(54.09%),和G / G 30 (10.21%),χ²= 5.169;= 0.07)。同样,在纯合显性模型,观察无显著差异的分布与G / G + A / G基因型的研究对象(或= 0.867 (0.636 - -1.187);= 0.41)。然而,一个重要的分布确定纯合隐性模型通过比较G / G和a / G + a / a(或= 1.693 (1.06 - -2.648);Pe = 0.02)。此外,一个微不足道的分布/ G和A / A + GG基因型在杂合的模型(或= 0.491 (0.667 - -1.215);= 0.49)而在加性模型、等位基因(A和G)分布式中无关紧要的情况下和控制(或= 0.826 (0.665 - -1.027);= 0.08)。协会的结果,值随着口服补液盐,在表2。

4所示。讨论

类风湿性关节炎(RA)是一种自身免疫性疾病,扰乱了正常的体育活动的病人22,23]。它导致关节炎症导致破坏关节软骨和滑膜增生,最终导致一致的疼痛和永久性残疾。在RA,遗传风险因子(50 - 60%)是由各种环境因素(40%)(23- - - - - -25]。在遗传因素中,主要组织相容性复合体(MHC)和non-MHC位点是负责∼23%的遗传风险表明仍有未被发现的风险等位基因(18]。此外,协会的研究也报道> 150个snp位于70多基因位点(18,26- - - - - -28]。另一个基于基因的关联研究,进行了对欧洲(14361例和43923控制)和亚洲人口(4873例和17642控制)确定的221个新RA-associated基因包括76 European-specific Asian-specific 74和71个基因被发现重叠的人群(5]。其他研究不同研究协议要么验证后的角色的一些报道基因或已经确定协会的小说在欧洲和亚洲的个人基因多态性(1,7,17,18,29日,30.]。

本研究的目的是评估的协会AFF3rs10865035与RA在巴基斯坦人口的遗传背景。复制的遗传多态性将提高我们理解ethnogenetic巴基斯坦人口同质性与异质性、与他人。不同种群之间的复制模式的理解可以帮助我们发展的一种常见的治疗疾病管理。

以前,我们确定一个无关紧要的协会(= 0.117)AFF3基因多态性rs10865035在一个小样本集(n= 213)巴基斯坦血统的7]。因此,当前的研究是旨在复制这些结果在一个更大的样本(n= 500)设置相同的种族。提高本研究的统计学意义,我们之前的203人的数据与当前数据的500例合并。这些统计分析表明,AFF3基因多态性rs10865035没有与RA在巴基斯坦人口(表2)。

的AFF3基因编码DNA核转录因子在转录激活域进行交互,让它在自身免疫强有力的候选基因。以前,超过50个遗传多态性在同一个基因映射13]。此外,扩展研究的样本集6819 RA患者和12650名健康对照,为协会提供了令人信服的证据AFF3基因变异rs10865035 (OR: 1.12 (1.07 - -1.17);= 2.8×10⁻⁷)和rs1160542 (OR: 1.12 (1.05 - -1.20);= 0.001)作为小说敏感目标(13]。使用这些发现,另一组研究人员调查的作用AFF3基因多态性(rs10865035和rs1160542)对anti-TNF治疗RA(系数−0.14 (95% CI 0.25−−0.03),= 0.01)(31日]。此外,GWAS荟萃分析,斯塔尔et al。(2010)也证实了协会AFF3基因多态性rs10865035 (OR: 1.12 (1.07 - -1.17);= 2.0×10⁻⁶)与RA 41282人的样本集(12307 RA病例和28975例对照)的欧洲血统(18]。

为了研究特定人群以及European-overlap易感性位点/基因,GWAS在韩国进行的人口。在这项研究中,1519例RA病例和1476名健康对照组441398单核苷酸多态性基因分型,和许多其他的敏感信号,AFF3rs10865035成功与RA在全基因组关联显著性水平(< 5×10^−08年)[19]。另一个复制的研究中,由普拉萨德et al。17在北印度裔983 RA病例和1007例对照,与RA建立了七个基因的协会。他们选择42候选基因/位点(3亚洲和欧洲39)和测试603个snp,指数snp或代理单核苷酸多态性,使用英人类660 w-quad微阵列基因分型的方法。12个snp,测试AFF3基因,发现3个snp与RA显著相关(rs17023158 OR: 1.45 (1.12 - -1.88),= 0.005;rs6706188 OR: 0.81 (0.7 - -0.94),= 0.005;rs1437377 OR: 0.77 (0.65 - -0.92),= 0.003)(17]。然而,rs10865035并不包含在他们的snp数组。同样,sequenom质量基于数组的荟萃分析进行欧洲个人(3311例RA病例和3709例对照)研究另一个SNP rs1160542与RA和获得重大协会(OR: 1.08 (1.01 - -1.16),= 0.029)(20.]。此外,AFF3基因被发现显著相关(OR: 1.25 (1.13 - -1.39);= 2.05×10⁻⁵)与青少年特发性关节炎(JIA) (16]。这是进一步报道,除此之外,它在RA中的作用,AFF3相同基因的遗传基础与系统性红斑狼疮(SLE)。中国的病例对照研究(868系统性红斑狼疮患者和975名对照)观察到的重要的协会AFF3rs10865035与系统性红斑狼疮(OR: 1.26 (1.11 - -1.44);= 4.81×10⁻⁴)[32]。此外,研究表明AFF3基因最初是与1型糖尿病(近年来),然后,之后,它的作用是决定在16个不同的自身免疫性疾病包括类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮33,34]。

总之,我们的先前的研究7关于协会)AFF3与RA rs10865035进一步验证使用不同的统计模型在一个较大的样本集(n= 703)。这与不同的统计工具建议的nonsignificance重申AFF3rs10865035在巴基斯坦的一个群体。然而,有可能存在的种族多样性和我们要求的需要多民族大以人群为基础的研究为了了解致病性的确切机制,以及遗传进化的背景因素。

数据可用性

所有的数据用于支持本研究的发现中引用的文本。

信息披露

阿里亚希尔,Suleman汗共享这篇文章的第一作者。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

丫分析数据并参与稿件写作。是的,SK、NF和AA收集血液样本和临床数据。是的,马和AA进行了实验室试验。FJ作为一个主管AWKUM,巴基斯坦,帮助在写作和编辑了手稿。YC子,AAS,乔丹编辑了手稿。所有作者阅读和批准最终的手稿。

确认

作者非常感谢那些参与这项研究的研究对象。这项研究是由高等教育委员会,巴基斯坦,和生物医学科学学院、香港中文大学。