文摘

增强器rna(厄纳),从增强非编码rna的一个子类,已经被证明是表现出重要的监管对不同基因的表达的影响。然而,厄纳的作用在皮肤皮肤黑色素瘤(SKCM)一直不清楚。在这项研究中,我们旨在探索的表达与预后价值的增强器RNA TEX41 SKCM TEX41之间的关系以及肿瘤浸润免疫细胞(抽搐)。我们发现TEX41表达明显增加使用GEPIA SKCM标本与正常皮肤标本。生存分析基于TGCA数据集显示低TEX41表达式显示较长的患者总生存期比高TEX41表达式。CIBERSORT数据集显示TEX41与8种抽搐(巨噬细胞M1, T细胞监管、浆细胞、肥大细胞休息,CD8 T细胞,树突状细胞休息,和T细胞卵泡辅助)。三种抽搐是负相关TEX41表达式,包括M2巨噬细胞、NK细胞休息,和M0巨噬细胞。的表情TEX41参与五KEGG通路,包括转录misregulation癌症,网罗相互作用在膜泡运输,mitophagy-animal,黑色素瘤,杀菌作用,progesterone-mediated卵母细胞成熟。总的来说,TEX41可以作为一种新的生物标志物SKCM患者的预后,抽搐,表明它作为SKCM的治疗目标。

1。介绍

皮肤皮肤黑色素瘤(SKCM)仅占总额的3%皮肤肿瘤(1]。据临床统计,SKCM导致> 75的死亡在皮肤肿瘤由于其转移能力(2]。基于克拉克模型,从黑色素细胞SKCM恶性黑色素瘤的发展参与许多重要的行动,包括形成平庸的痣,原位黑色素瘤、侵袭性黑色素瘤(3,4]。尽管黑色素瘤患者早期阶段取得了良好的五年存活率,黑色素瘤的生存阶段iii iv很少超过一年(5,6]。到目前为止,大量的研究已经钻研复发和转移的机制;肿瘤的进展SKCM基本上仍不清楚。

肿瘤细胞的内在基因一直在展示展览监管功能的发展SKCM [7]。此外,浸润在肿瘤微环境中免疫细胞也被证明是参与调节各种肿瘤基因的表达,从而表现出潜在的调制在肿瘤患者的临床预后8,9]。SKCM微环境通常是免疫抑制,包含免疫细胞浸润,包括中性粒细胞、NK细胞、巨噬细胞、T细胞和小胶质细胞,但缺乏和多发地组件(10,11]。然而,潜在的免疫机制参与调制与SKCM预后相关基因和免疫细胞一直不清楚。近年来,越来越多的研究表明,多种疾病的发生和发展与非编码rna的调节异常12,13]。其中,rna产生增强剂(增强剂rna(厄纳))吸引了越来越多的关注,越来越有研究证实,厄纳可以作为新型生物标记物对肿瘤患者的诊断和预后和治疗靶点,可以调解antioncogenic各肿瘤或肿瘤奖励的功能(14- - - - - -16]。不过,厄纳的势函数和影响在SKCM很少报道。

lncRNA睾丸表示41 (TEX41)是一个新发现的肿瘤增强器RNA (17]。几项研究已经报道,TEX41在一些肿瘤特异表达,如乳腺癌,白血病,和宫颈癌18- - - - - -20.]。然而,TEX41特定功能的肿瘤一直不清楚。此外,在SKCM TEX41患者的临床意义及其与免疫细胞浸润并没有被调查。

2。方法和材料

2.1。使用,TCGA SKCM-Expressing模式数据集的集合

SKCM数据集从TCGA数据下载(https://portal.gdc.cancer.gov/)。SKCM数据集了471肿瘤标本和nontumor标本,其中包括相关的临床数据。rna的表达数据处理的使用limma包R软件使用轰的功能。确定预后基因SKCM, R包“生存”应用于研究SKCM和生存之间的关系数据使用TCGA SKCM的临床资料。GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/)申请的决心TEX41的表达模式。所有的原始数据都下载TCGA数据集;因此,伦理批准和知情同意是不必要的。

2.2。测定肿瘤浸润免疫细胞(抽搐),TCGA SKCM

我们组使用CIBERSORT方法符合22类型的免疫细胞在所有标本样品21]。通过使用蒙特卡洛抽样,我们组实证计量 每个样本的值反褶积。不包括样品后 ,471 SKCM样本和正常样本包括了后续分析。

2.3。功能富集分析

深入研究机制参与的影响TEX41 SKCM患者的预后,基因本体论(去)和《京都议定书》百科全书的基因和基因组(KEGG)功能富集分析是由使用R包(“clusterProfiler”)22]。排名前十的生物过程(BP)、细胞组件(CC)和分子功能(MF)去和KEGG通路的前30名 建立了作为重要的使用R包(“ggplot2”)23]。

2.4。统计分析

统计分析了R中的软件版本3.6.1 (R基金会,维也纳,奥地利)。统计学意义的基本特征进行了分析通过使用皮尔逊卡方检验的方法。生存率较被用来分析总体生存,其次是kaplan meier用来绘制生存曲线。所有的测试都是正反,和结果 被认为是具有统计学意义。

3所示。结果

3.1。增加在SKCM TEX41表达式及其预后价值

探索的可能功能TEX41 SKCM,我们搜查了GEPIA,发现TEX41表达明显调节相比,SKCM标本与正常皮肤标本( ,图1(一))。TCGA生存分析使用数据集显示SKCM患者高TEX41表达式显示更短的总体存活率较低的比TEX41表达式( ,图1 (b))。

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图1
TEX41在SKCM的表达及其临床意义。(a)的明显upregulation TEX41被GEPIA SKCM分析中观察到。(b) TCGA生存分析基于数据集。在SKCM观察预后不良患者高TEX41表达式。 。
3.2。免疫细胞浸润的景观SKCM Nontumor标本

深入研究协会TEX41水平的免疫微环境,肿瘤浸润免疫子集的比例由CIBERSORT算法的使用,检查和21种SKCM标本建立了免疫细胞(数字2(一个)和2 (b))。我们发现,T细胞监管(亚)与B细胞幼稚呈正相关。相关性分析显示,10种抽搐TEX41表达式(相关数据3(一个)- - - - - -3 (j))。具体来说,八种抽搐与TEX41表达呈正相关,包括树突细胞(图3(一个)监管(图),T细胞3 (b)),T细胞卵泡辅助(图3 (c)),巨噬细胞M1(图3 (d)),浆细胞(图3 (e)),肥大细胞(图3 (f)),T细胞CD8(图3 (g))。三种抽搐是负相关TEX41表达式,包括NK细胞(图3 (h)),巨噬细胞M0(图3(我))和巨噬细胞M2(图3 (j))。我们的证据表明,TEX41表情表现出监管影响肿瘤微环境的免疫活动。

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图2
抽搐的概要文件在SKCM标本和相关性分析。(一)条形图总结22渗透的百分比从正常的免疫细胞( )和SKCM ( )标本。免疫细胞(b)热图22渗透在所有样本。
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图3
协会与TEX41表情抽搐比例。散点图显示的10种抽搐的比例TEX41表达式( ),树突细胞休息,包括(a) (b) T细胞监管(亚),(c) T细胞卵泡辅助,(d)巨噬细胞M1, (e)浆细胞(f)肥大细胞休息,(g) CD8 T细胞,NK细胞休息(h),(我)巨噬细胞M0和巨噬细胞(j)平方米。使用皮尔逊系数进行了相关测试。
3.3。去KEGG通路

然后,我们进行相关性分析,发现TEX41 20呈正相关基因的表达,包括RGS20 ZNF704, STX7, AC007546.2, KLHL38, PAX3, CBX3P7, MITF, LINC02609, TFAP2A, AC023983.2, AC110285.1, MOSPD1, LINC00518, LRRC39, CPEB2, ACCSL, CABLES1 KAZN, AL355596.1(图4)。然后,我们进行化验,人物5(一个)列出了每个方面的前10名。丰富生物过程参与了感官知觉的声音,感官知觉的机械刺激,负监管竞争启动子的转录绑定,牙齿矿化的监管,监管的胞质转化伸长,胞质转化伸长,三叉神经发展,camera-type眼睛,眼睑发展和积极的蛋白质定位调节突触。丰富细胞组件涉及信使核糖核蛋白复杂,M乐队,细胞桥粒,一个乐队,免疫突触,cornified信封,网罗复杂,初级溶酶体、嗜苯胺蓝的颗粒,和早期内体膜。丰富的分子功能涉及氯通道抑制剂活动,核糖体大亚基绑定,GTPase抑制剂活动,HMG盒域绑定,翻译阻遏活动,信使rna监管元素绑定,氯通道监管活动,小核糖体亚基绑定,mRNA 3 - - - - - -UTR AU-rich地区绑定,翻译阻遏活动和dna结合转录抑制因子活性,RNA聚合酶II-specific。有5 KEGG通路的失调有关TEX41表达式(图5 (b))。5通道中转录misregulation癌症,网罗交互在膜泡运输,mitophagy-animal,黑色素瘤,杀菌作用,progesterone-mediated卵母细胞成熟。


图4
TEX41 coexpression基因的筛选相关分析。
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图5
重大(a)和(b) KEGG通路分析TEX41 coexpression基因。

4所示。讨论

近年来,食品和药物管理局已经批准的应用程序数量的抗体针对免疫治疗的检查点SKCM因为他们的药效明显(24- - - - - -26]。不幸的是,CD8 + T细胞杀死肿瘤细胞的应用是一个非常复杂的过程,涉及肿瘤APC引发刺激,克服当地的抑制,肿瘤的流量,T细胞的激活,抗原,肿瘤抗原和执行的肿瘤细胞死亡(27,28]。如果上述步骤的顺序,免疫疗法可能的潜在功能受损,导致SKCM患者的不良预后。因此,识别更敏感和特定的免疫治疗药物是必要的,这将有助于制备适合免疫疗法的患者(29日,30.]。诊断和预后的生物标志物参与免疫状态为SKCM患者的治疗将具有无可估量的价值。

在这项研究中,我们发现了一个新的SKCM-related厄纳TEX41表现出高表达SKCM TCGA标本通过分析数据集。然而,由于正常的皮肤样品的体积小,更SKCM nontumor标本需要进一步确定SKCM TEX41的表达模式。此外,我们确认高TEX41与SKCM患者的不良预后相关。我们的研究结果建议TEX41作为一个潜在的对SKCM病人预后的生物标志物。

我们首先分析了免疫的组成的子集,因为几个免疫疗法已构造的调节。例如,T淋巴细胞的子集,比如CD8 +,充当一个积极的指标反应免疫疗法(31日,32]。我们发现相关免疫细胞的模式SKCM病人的结果。然而,医生很难获得的景观渗透免疫细胞在临床实践中现在由于昂贵的成本。识别敏感的生物标志物指导患者的免疫状态将更为可行。

近年来,几项研究已经报道的明显失调TEX41在一些肿瘤如宫颈癌、头颈部鳞状细胞癌和白血病(18- - - - - -20.]。然而,肿瘤的功能探索TEX41很少报道。先前的研究表明,TEX41淋巴细胞白血病中高度表达,TEX41击倒抑制白血病细胞生长,表明TEX41作为肿瘤启动子在白血病(19]。TCGA在这项研究中,我们进行了相关性分析使用数据集,并演示了几个基因与TEX41呈正相关。然后,通过使用条款和KEGG通路,我们分析了可能影响SKCM TEX41。数据显示,TEX41可能参与细胞程序性死亡,癌症新陈代谢,和几个通路在肿瘤。然而,更多的体外和体内化验需要展示我们的发现。

5。结论

总之,增加TEX41表达预测预后不利。TEX41表达式与各种免疫细胞的浸润有关。TEX41可能作为肿瘤微环境的调节器SKCM。TEX41可能代表一种新的潜在的治疗目标和SKCM预后标记。

数据可用性

数据分析在当前研究TCGA可从数据存储库(https://gdac.broadinstitute.org/)和GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

Zhi-yong陈和Jie-qing黄了同样工作。

确认

这项研究是由创新主题重庆市涪陵中心医院(20201011)和重庆医学科研项目(重庆卫生委员会和科技合作项目局)(2022号msxm206)。