文摘

客观的。复发胶质母细胞瘤患者的总体生存(rGBM)是完全不同的,所以临床结果预测是必要的指导个性化rGBM患者的临床治疗。lncRNA的表达水平FAM225B在rGBMs分析来确定它的预后价值。方法。我们收集了109个样本的中国神经胶质瘤基因组图谱(CGGA) RNA序列数据集分为训练集和验证集。然后,我们的表达分析FAM225B、临床特点和总生存期(OS)的信息。kaplan meier生存分析被用来估计系统分布。的预后价值FAM225B在rGBMs测试单变量和多变量Cox回归分析。此外,我们分析了生物过程和信号通路FAM225B。结果。我们发现FAM225B在rGBMs调节( )。的表达FAM225B神经胶质瘤的分数增加( )。的OS rGBMs低表达组显著长于高表达组( )。相似的结果出现在训练集( )在验证和验证集( )。在多变量Cox回归分析,FAM225B被确认是一个独立的预后因素rGBMs ( )。生物过程和KEGG通路分析隐含FAM225B主要功能作用在转录,转录监管,细胞迁移,粘着斑等。结论。FAM225B有望作为一种新的预后的生物标志物识别rGBM贫困患者的结果。和我们的研究为rGBMs提供了一个潜在的治疗目标。

1。介绍

在成人最常见的颅内恶性肿瘤(1,2),胶质母细胞瘤(GBM)的中位总生存期(OS)只有14.6个月(3]。大多数本标准治疗如手术切除后复发,放疗和化疗4- - - - - -6]。在复发胶质母细胞瘤(rGBM)情况下,病人可能失去手术机会的,因为入侵的功能区肿瘤(7]。对化疗或放疗敏感和rGBMs低于主要的(8- - - - - -10]。所以进展预后生物标志物识别患者的个性化治疗需要rGBM [11]。进一步了解的分子因素rGBMs将为潜在的生物学特性提供新颖的见解,说明可能的治疗靶点。

长非编码rna (lncRNAs)是指非编码rna超过200个核苷酸长度(12,13),涉及一系列的细胞过程14- - - - - -16表观遗传调控和转录调控等)。lncRNAs特异表达可以用作病人预后因素(17- - - - - -20.]。

在这项研究中,我们收集了109 rGBM样品从中国神经胶质瘤基因组图谱(CGGA,http://www.cgga.org.cn/)RNA序列数据集。我们发现了一个新的预后lncRNAFAM225B在rGBMs。我们调查的表达模式FAM225B和评估其预后价值。的表达FAM225B增加与神经胶质瘤的成绩,它表示rGBM患者的不良预后。因此,FAM225B可能是一个和一个潜在的治疗目标rGBMs预后指标。

2。材料和方法

2.1。病人和数据集

我们的研究获得了109年rGBM CGGA RNA样本测序数据集与表达数据和临床信息21,22]。所有样品最初诊断为原发性胶质母细胞瘤(pGBM)和标准治疗后复发。病例随机分为训练集和验证集没有偏见(23]。和中值的相对表达FAM225B被用作截止值将样本划分为一个低表达组和高表达组。所有这些样本组织学上以2神经病理学诊断的根据2016年分类指导的神经系统肿瘤。我们的研究是北京天坛医院伦理委员会的批准。

2.2。统计和生物信息学分析

SPSS软件(版本22;美国SPSS Inc .,芝加哥,IL)和R编程语言(3.2.3版)被用于统计分析。生存分布估计通过使用kaplan meier生存分析(GraphPad软件公司,拉霍亚,CA,美国)。单变量和多变量Cox回归分析评估不同预后因素的风险比率(小时)和用于识别独立的预后因子。一个双边 值小于0.05将是显著的。基因和基因组的生物过程和京都百科全书(KEGG)进行了分析通过大卫(注释数据库的可视化和综合发现,https://david-d.ncifcrf.gov/home.jsp)[24,25]。

3所示。结果

3.1。FAM225B在rGBMs特异表达

我们第一次调查的表达模式FAM225B。的表达FAM225B显示pGBMs和rGBMs之间的显著差异( ,图1(一))。此外,的表达FAM225B增加与等级的神经胶质瘤( ; ; ,图1(一))。然后,我们比较了FAM225B表达水平在初级和二级复发性神经胶质瘤( )和三级( ,图1(一))。

(一)
(一)
(b)
(b)
图1
的表达模式FAM225B在神经胶质瘤(一个):FAM225B表达不同等级(二级等级IV)和类型(主或复发性);(b)FAM225B表达在不同的IDH1地位和1 p / 19问地位。

IDH1和1 p / 19状态神经胶质瘤的预后有关(26- - - - - -29日]。因此,我们的表达模式进行了探讨FAM225B在rGBMs的亚型。结果表明,的表达FAM225B增强IDH1-wild-type亚型( ,图1 (b))。然而,被观察到的表达没有明显的统计学差异FAM225B在rGBM患者1 p / 19 q-codeletion或1 p / 19 q-noncodeletion ( ,图1 (b))。

3.2。FAM225B预测rGBMs贫困总体存活率

所有109 rGBM样本随机分为训练集和验证集,没有明显的数据偏差。通过使用中值相关的表达FAM225B截止值,样本分为两类,包括低表达组和高表达组。kaplan meier分析被用来调查之间的关系FAM225B表达和OS rGBM患者。

我们发现病人的操作系统在低表达组明显延长( ,图2(一个))。培训组患者高表达组的操作系统比那些低表达组(短 ,图2 (b))。和中可观察到相似的结果验证集( ,图2 (c))。

(一)
(一)
(b)
(b)
(c)
(c)
图2
kaplan meier曲线来自不同团体的OS rGBM患者分层的表达FAM225B(一):kaplan meier曲线rGBMs之间的操作系统有不同的FAM225B表达水平(高表达组和低表达组);(b) kaplan meier曲线rGBMs之间的操作系统有不同的FAM225B训练集的表达水平(高表达组和低表达组);(c), kaplan meier rGBMs之间的操作系统有不同的曲线FAM225B验证集的表达水平(高表达组和低表达组)。
3.3。之间的关联FAM225B和临床病理的特性

我们之间的关系进行了分析FAM225B表达与临床病理的特点(图3)。结果得到了单变量和多变量Cox回归分析(表1)。单变量Cox回归分析发现,化疗( )和FAM225B( 07年)潜在的生存预测。多变量Cox回归分析,它显示FAM225B( )是一个独立的预后因素。FAM225BrGBMs的预后显著相关。


图3
根据表达的临床病理的分布特性FAM225B。行代表相应的基因,而列显示相应的病人。
表1
单变量和多变量Cox回归分析rGBMs的生存。
3.4。的功能注释FAM225B

解释的不同预测rGBMs除以FAM225B,我们提取902相关基因利用皮尔森相关分析(相关值0.4; )。生物过程和KEGG途径分析FAM225B大卫进行使用。它表明,主要的生物过程浓缩在转录,转录的调控,细胞分裂,迁移的积极调控,细胞迁移,等等(图4(一))。KEGG路径分析表明,选择基因富含ubiquitin-mediated蛋白质水解,Wnt信号通路、细胞周期、粘着斑,调节肌动蛋白细胞骨架,等等(图4 (b))。

(一)
(一)
(b)
(b)
图4
的功能注释FAM225BrGBM患者:(一)相关基因的生物学过程分析;(b) KEGG通路相关基因的分析。

4所示。讨论

尽管努力多通道rGBMs的诊断和治疗,对患者的临床预后仍然贫困,由于恶性肿瘤的增殖潜能和antiapoptosis特征(30.- - - - - -32]。因此,理解关键因素的表达可能显著影响的开发和临床结果rGBM病人。最近的研究发现,lncRNAs特异表达可以为神经胶质瘤诊断提供见解,预后和治疗策略33- - - - - -37]。

在这项研究中,我们建立了一个收集的数据集109 rGBMs CGGA RNA序列数据集探索的影响lncRNAs rGBM患者的预后。通过比较的表达水平FAM225BpGBMs和rGBMs之间,我们发现FAM225B在rGBMs表达增强( )。它表明,FAM225B可能扮演一个关键的角色在本研究的递归过程。然后,我们分析的表达FAM225B在不同等级的神经胶质瘤,包括二级、三级,“绿带运动”( )。结果表明,的表达FAM225B呈正相关,神经胶质瘤的年级。这表明,FAM225B与胶质瘤恶性肿瘤和神经胶质瘤可能作为潜在的指标等级。此外,我们探讨的表达FAM225B增强在IDH1-wild类型( )。根据上面的数据分析,我们推断FAM225B可以用作特定诊断标记GBM复发。

我们探索之间的关系FAM225B表达和生存分布rGBM病人。结果表明,操作系统减少的增强FAM225B表达式( )。FAM225B增强可能在rGBMs预测预后不良。我们之间的关系进行了分析FAM225B表达与临床病理的特点。它表明,FAM225B表达式可以rGBMs显著独立预后制造商。

在我们的研究中,功能注释的分析显示强烈的相关性FAM225B和转录。它表明,FAM225B可能发挥重要作用在rGBM转录及其调控。通过使用母星的网站(https://starbase.sysu.edu.cn/),我们发现候选人microrna (miR-1-3p, mir - 206和mir - 205 - 5 - p)这可能是相关的FAM225B。FAM225B能竞争性结合miR-1-3p和mir - 206诱导的upregulation妳。这可能导致耐药性的增强,在神经胶质瘤细胞增殖38]。此外,它报道,mir - 205 - 5 - p是参与Wnt信号,细胞周期,粘着斑39),这是符合我们KEGG发现。这些过程可能与“绿带运动”的复发。然而,有一些限制在我们的研究中。样本数据集的大小仍然是有限的。此外,这是一个回顾性研究,不同的治疗方法可能影响患者生存的结果。这些发现是基于生物信息学分析。前瞻性研究需要澄清的机理FAM225B为进一步证实rGBMs患者的临床应用。

5。结论

我们的研究发现,FAM225B增强rGBMs及其upregulation rGBM患者的不良预后有关。因此,我们的研究提供一个新的视角FAM225B作为一个为rGBMs预后生物标志物和一个潜在的治疗目标。进一步的研究将调查的机制FAM225B在rGBMs。

数据可用性

本研究中使用的所有CGGA数据可以从CGGA网站(http://www.cgga.org.cn)。

伦理批准

本研究在北京天坛医院伦理委员会批准。

患者知情同意放弃由于回顾性的研究。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突存在。

作者的贡献

李表示分析结果和写的手稿。张倩和Peicong通用统计比较。超凡曾庆红和Fa林修订后的手稿。温家宝王进行基因分析和功能注释分析。Jizong赵设计研究。阅读和批准所有的作者都最后的手稿。

确认

这项工作是北京市政府赠款支持医院的任务计划(SML20150501);“13日五年计划”国家科技支撑计划(2015 bai09b04);和北京天坛医院的基础(2018号- yqn - 6)。