文摘
癌症的遗传学在发展中的作用是一个确定的事实,并进行化疗敏感风险和结果的差异可能是由于low-penetrance等位基因的变异风险基因。我们选择7个基因(CRP、GPC5 ACTA2、AGPHD1 SEC14L5 RBMS3,GKN1),之前报道链接(LC)和基因分型肺癌这些基因的单核苷酸多态性(snp)病例对照研究。保护等位基因“C”被发现在rs2808630 C反应蛋白(c反应蛋白)。模型关联分析发现基因型“T / C”和“C / C”占主导地位的模型和基因型的“T / C”overdominant rs2808630模型与LC风险降低有关。性别分析每个模型表明,基因型“电汇”和“rs2352028 C / C”Glypican 5(GPC5)在雄性与LC风险增加有关。Logistic回归分析显示“C / T基因型携带者rs4254535Gastrokine 1(GKN1)有化疗反应的可能性较小。我们的结果显示一个潜在的联系c反应蛋白和GPC5变异与LC风险;的变化GKN1与中国汉族人群化疗反应。
1。介绍
肺癌是世界上最常见的恶性肿瘤,据报道,越来越多发展中国家的发病率(1,2]。根据全球癌症统计数据,在2008年大约有160万人被诊断出患有肺癌,有140万人死亡(3]。烟草烟雾、环境污染、职业暴露和既存的肺部疾病增加肺癌的风险。然而,患者被诊断出患有肺癌没有这些危险因素(4- - - - - -6]。肺癌遗传易感性成立独立的风险因素尚未明确。
尽管相当大的肿瘤生物学领域的进步,大多数肺癌患者的诊断已经晚期,因此手术切除并不是一个可行的治疗方案。以铂为基础的化疗紧身上衣是在这种情况下目前的标准治疗。然而,肺癌患者对化疗的反应具有显著的变化。我们假设对化疗敏感性风险和变化的结果可能是由于low-penetrance等位基因的变异。
在这项研究中,我们选择了单核苷酸多态性(snp)从七个不同的基因(CRP (c反应蛋白),GPC5 (Glypican 5), ACTA2(主动脉平滑肌肌动蛋白α2日,),AGPHD1(氨基苷类域含有磷酸转移酶1),SEC14L5 (SEC14-like 5), RBMS3 (RNA结合主题,单链相互作用蛋白质3),和GKN1 (Gastrokine 1))与肺癌(7- - - - - -13]。我们分析每个标记单核苷酸多态性(tSNP)肺癌风险的病例对照研究涉及中国人口。多元逻辑回归分析被用来测试基因多态性之间的关系和化疗反应。
2。材料和方法
2.1。研究参与者
中国人口研究的病例对照研究,包括309名肺癌患者和310名对照是由西安交通大学第一附属医院。所有包括病人最近诊断和组织病理学确诊原发性肺癌。控制对象是从健康体检中心的西安交通大学第一附属医院,他们参观了年度健康检查。病人被确定是不受任何急性或慢性病理。他们的癌症的地位再次得到等离子体的癌胚抗原和甲胎蛋白水平测试。收集到的患者的血液样本之前开始化疗或放疗。研究人口的人口及相关临床资料是由一个面对面的问卷调查和收集医疗个案记录。患者分为吸烟者和不吸烟者。吸烟者被定义为那些每天吸一根烟/管12个月或更长时间在任何时间在他们的生活。所有的参与者都是基因无关的汉族人从陕西省和提供书面知情同意参与本研究。 The protocols for this study were conducted according to the Declaration of Helsinki and were approved by the Institutional Review Boards of both the First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong University and Northwest University.
5毫升的全血收集从每个主题成管状含乙二胺四乙酸(EDTA)早期诊断的时候。离心后,样本存储在−80°C,直到进一步的使用。
2.2。评价Cisplatin-Based化疗反应
一起有113肺癌患者接受顺铂为基础的一线化疗和满足下列标准:东部合作肿瘤组(ECOG)性能状态(PS)≤1 > 18岁,和足够的骨髓储备,以及令人满意的肝脏和肾脏功能。这些患者在临床阶段III或IV和可测量病灶在ct扫描开始治疗。每3周,患者接受化疗6周期或直到疾病进展或发生不可接受的毒性。对治疗的反应决定根据响应评估标准在实体瘤组(RECIST)指导方针之后每两周期在两个周期的化疗和(14]。数据分析,患者达到完全缓解(CR)或部分响应(PR)被认为是“反应”,和稳定的疾病(SD)或进行性疾病患者(PD)被定义为“nonresponders”[15]。多元逻辑回归分析被用来测试基因多态性之间的关系和化疗反应。
2.3。tSNP选择和基因分型
所有七tSNPs与肺癌相关的基因选择和小等位基因频率(加)大于5%的人类基因组单体型图韩(中国北京)人口。从全血中提取了DNA GoldMag-Mini全血基因组DNA净化设备(GoldMag有限公司,西安城市,中国)。浓度是衡量NanoDrop 2000(热科学、沃尔瑟姆,马萨诸塞州,美国)。SNP基因分型,引物的设计和数据处理是由Sequenom MassARRAY平台软件(Sequenom有限公司,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)(16,17]。
2.4。统计分析
统计分析是运用统计软件SPSS 16.0;芝加哥,IL)和Microsoft Excel。一个双边值< 0.05被认为是统计学意义的门槛。哈迪温伯格平衡(HWE)每个tSNP对照组被确切概率法进行测试。等位基因频率的差异情况和对照组之间通过卡方检验进行比较(18]。基因型与肺癌风险之间的关联进行了测试在不同的遗传模型(共显性的、占主导地位的、隐性的、overdominant log-additive) SNPStats网站软件http://bioinfo.iconcologia.net/snpstats/start.htm(19]。测试的优势比(ORs) 95%的置信区间(CIs)是由非条件logistic回归分析与调整性别和年龄(20.]。Akaike的信息标准和贝叶斯信息准则应用于估计每个SNP的最佳模型。基因型与肺癌风险由SNPStats性别群体在每个模型(19]。
3所示。结果
我们招募了309名患者(74女性和235名男性,平均年龄58年,诊断范围25 - 85,SD±10)和310名健康(113女性和197名男性,平均年龄在50年,诊断范围29 - 75,SD±8)个人进入我们的研究(表1)。我们的研究病人的基因型资料补充表所示S1在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2015/824304。单核苷酸多态性和引物用于多路复用SNP MassEXTENED化验展示在表2。没有一个tSNPs对照组中,我们评估偏离HWE(表3)。我们假设每个SNP的微小等位基因比野生型等位基因是一个危险因素。
重要防护等位基因的rs2808630发现了“C”c反应蛋白根据原油的基因值为0.05 (OR = 0.66;95%置信区间,0.48 - -0.91;卡方检验(表)3)。各种遗传模型被应用于计算遗传风险。降低肺癌风险是与基因型相关的“T / C”和“C / C”rs2808630(或= 0.66,95% CI, 0.44 - -0.98;)的主要模型和基因型“T / C”(或= 0.65,95% CI, 0.43 - -0.98;overdominant模型(表)4)。每个tSNP人口性别在每个模型中进行了分析。我们发现基因型“电汇”和“rs2352028 C / C”GPC5基因与肺癌发病风险增加在男性overdominant模型(表中5)。rs2808630在c反应蛋白和rs2352028GPC5都与肺癌相关的风险。
“C / T”rs4254535的基因型分布GKN1基因在nonresponders显著高于反应(34.62%比14.29%,)(表6)。逻辑回归分析表明,“C / T基因型航空公司为化疗不良反应而“电汇”基因型携带者(或3.287,95% CI, 1.135 - -9.522;)在调整年龄、性别、吸烟情况、组织学、阶段,化疗方案。
然而,如表所示3,4,6,重要性水平减毒后应用严格Bonferroni调整,表明可能积极tSNPs和肺癌的风险之间的联系和化疗反应。
4所示。讨论
在这个病例对照研究中,我们选择tSNPs人口加大于5%的人类基因组单体型图,确保数据分析的统计力量是足够的。我们的结果首先表明多态性c反应蛋白和GPC5肺癌的基因易感性风险有一定的联系在中国汉族人群。多元逻辑回归分析表明,多态性GKN1影响化疗反应。
的c反应蛋白基因,位于1 q23.2编码c反应蛋白的蛋白质,有几个主机与国防有关的功能,包括识别和消除外国病原体和宿主细胞受损。c反应蛋白是一种急性期蛋白,增加在主机响应组织损伤,包括感染、创伤、手术、心肌梗死和癌症(8,21]。有三个c反应蛋白与癌症的潜在机制。一个是肿瘤生长促进组织炎症和增加c反应蛋白的水平。另一个可能性是癌细胞增加炎症的蛋白质的生产,从而导致癌症患者的CRP水平高。此外,CRP可以促进肿瘤的生长在慢性炎症22]。CRP水平升高与不良预后相关的肺、肝、肾、结肠直肠癌、卵巢癌(23- - - - - -29日]。
我们的研究发现,rs2808630 intronic SNP内c反应蛋白基因,明显与肺癌风险等位基因和基因型的中国人口协会的分析。我们还确定一个显著的基因型和等位基因“C”的“T / C”和“C / C”在rs2808630显性模型和基因型“T / C”overdominant模型预防肺癌的发展。我们的假设rs2808630变体c反应蛋白基因可以降低CRP的水平或降低CRP的等位基因的活动“C”。最近的一项研究徐et al。30.发现5个snpc反应蛋白基因(包括rs2808630)与肺癌风险不相关的。他们招募了96名肺癌患者和124名对照不同的种族。发现这种差异可能是由于小样本大小和研究人群的种族或地区差异。据我们所知,我们的研究是第一个基因型/ allele-based研究,描述中的单核苷酸多态性之间的关系c反应蛋白中国人口轨迹和肺癌的风险。
的GPC5基因glypican基因家族的一员,有八个外显子编码572个氨基酸在大型基因组染色体13 q31.3 (1.47 Mb)的区域。减少GPC5蛋白质与肺癌(7]。一项研究涉及美国人口报告协会(或= 1.46,95% CI 1.26 - -1.70,)单核苷酸多态性rs2352028与从不吸烟者的肺癌风险(31日),但未能复制在高加索人(32)和中国(33)数量,表明rs2352028的敏感性和特异性的吸烟情况可能不是种族之间的相似。我们的研究观察到的性别之间的差异,发现基因型“电汇”和“rs2352028 C / C”GPC5基因与肺癌发病风险增加在男性(overdominant模型下,在调整了年龄)。
的GKN1基因位于2 p13.3对窦的胃粘膜有保护作用,促进损伤后修复和扩散。是胃部正常组织中表达,但没有在胃癌组织,GKN1蛋白质都被视为一个潜在生物标志物胃癌(34]。它也发现胎盘组织和细胞中表达下调(35]。尽管目前研究关注的潜在临床使用GKN1治疗肿瘤,对它的表达和功能在其他器官系统或的意义GKN1多态性在癌症。我们的研究首先报道,polymorphisminGKN1是影响肺癌患者的顺铂为基础的化疗反应。其他四个基因的单核苷酸多态性(AGPHD1 ACTA2 SEC14L5,和RBMS3)包括在这项研究没有达到统计学意义与肺癌风险或顺铂为基础的化疗反应在我们的研究人群。
有一些固有的局限性在我们的研究中,必须指出。样本大小不一样大其他肺癌的关联研究。我们执行Bonferroni调整统计分析,发现没有统计显著的关系c反应蛋白和GPC5单核苷酸多态性与肺癌风险,既不GKN1多态性也在回应cisplatin-based化疗,这可能是由于样本量相对较小,可能无法满足所有的七个独立的假设在同一时间。为多个测试调整,比如Bonferroni调整,需要医学协会研究,但可能会产生更多的问题。Bonferroni调整的主要缺点是,结果取决于执行其他测试的数量。真正重要的差异可能被视为不重要的因为II型错误的可能性也增加(36]。日积月累,我们的研究结果提供的证据表明,多态性c反应蛋白和Glypican 5基因与肺癌风险,GKN1中国人口决定化疗反应。我们相信我们的结果将鼓励进一步的研究来理解这些基因的功能。
缩写
| tSNP: | 单核苷酸多态性标记 |
| c反应蛋白: | c反应蛋白基因 |
| GPC5: | Glypican 5基因 |
| ACTA2: | 肌动蛋白,α- 2,平滑肌,主动脉基因 |
| AGPHD1: | 氨基糖苷类磷酸转移酶域包含1基因 |
| SEC14L5: | SEC14-like 5基因 |
| RBMS3: | RNA结合主题,单链相互作用蛋白质3基因 |
| GKN1: | Gastrokine 1基因 |
| LC: | 肺癌 |
| 加: | 轻微的等位基因频率 |
| HWE: | 哈迪温伯格平衡 |
| 或者: | 优势比 |
| 置信区间: | 置信区间。 |
利益冲突
作者没有利益冲突有关的出版。
确认
这项工作是由国家科技重大项目支持中国科技部(没有。2012 zx09506001)和国际科技合作和沟通项目的陕西省(批准号2014 kw24-03)。
补充材料
肺癌患者的基因型频率的七个tSNPs和控制。