文摘
属Dietzia最近有别于其他放线菌等红球菌属。当我们知道这些生物在环境中分布广泛,在过去的十年中几个小说描述了物种和孤立的从人类临床标本。在这里,我们描述的识别Dietzia natronolimnaea / D。cercidiphylli通过PCR扩增和测序的16 s rRNA编码基因从病人的心脏组织culture-negative设备心内膜炎。
1。介绍
血culture-negative心内膜炎是一个术语,用来描述明确或可能的心内膜炎三个或三个以上的有氧和无氧血培养收集在48小时内不产生增长尽管长期孵化。2.5%到31%的所有例心内膜炎最终文化负(1]。宽的变化可以通过使用不同的诊断和抽样标准以及挑剔的人畜共患的分布导致心内膜炎的代理。使用植入式心脏起搏器和除颤器等设备添加另一个维度的问题。设备感染的速度被估计为1.5 - -2.4% (2]。我们描述的设备culture-negative心内膜炎的红球菌属例如生物,最近在一个单独的分类属,被广泛16 s rRNA基因的PCR和DNA测序进行心脏组织。
2。病例报告
一位58岁的男人因三个月每日发烧和盗汗的历史。发烧之前口腔口腔溃疡,但其中一个已经解决的时候。他也减肥,他无法量化和食欲不振。他否认有任何其他相关症状。植入心律转复除颤器(上市)被自动放置几年前的初级预防室性心动过速。前两周住院,病人看到了他的初级保健医生和接受成像和血液测试,包括两组的血培养阴性。他没有规定任何抗生素。两天前表示他被他的心脏病专家,他技术进行了超声心动图在另一个医院。研究显示全球左心室功能障碍和移动回声密度在上市的心房方面领先。吸引更多的血培养后,病人被进一步管理。 Three more sets of blood cultures were drawn after which intravenous vancomycin and gentamicin were administered.
过去病史重大慢性心房纤颤是由AV节点消融和一个起搏器,已经升级到一个上市前三年。此外,牛皮癣,痛风,阻塞性睡眠呼吸暂停。国内药物包括rivaroxaban、别嘌呤醇、氨氯地平阿托伐他汀,呋喃苯胺酸,卡维地洛、赖诺普利、阿普唑仑,meloxicam和奥美拉唑。病人和他的妻子住,拥有一家有线电视公司,从不吸烟或使用非法药物。他偶尔喝酒。他没有任何宠物或动物接触。他在美国各地旅行,但不是在过去的一年。
检查温度为100.9°F,血压125/56毫米汞柱,脉搏每分钟59次,血氧饱和度94%,呼吸空气。有一个孤独的2 - 3毫米在右颊粘膜溃疡用干净的基础和轻度红斑周围。肺部听诊和心音是正常的没有一丝杂音或摩擦的声音。左边的起搏器口袋上胸部切口愈合,没有温柔或红斑的。有治疗银屑病病变下腹部,背部、大腿,和前臂。考试的指尖透露点蚀,但没有刺出血。
实验室数据是重要的白细胞计数5900个细胞/毫米3、13.9 g / dL血红蛋白、血小板计数的161000 /毫米3,肌酐0.94 mg / dL。尿试纸显示2 +蛋白质(100 mg / dL)。ELISA对人类免疫缺陷病毒抗体是阴性。肝功能化验都在正常范围内。胸部x线照片显示一个上市,明确肺。
入院后5天,病人接受了起搏器提取,切除左心房附件,关闭一个卵圆孔未闭,心外膜起搏器领导位置。血培养结果为阴性。血清学的巴尔通氏体属仕达屋优先计划军团菌。spp。布鲁氏菌spp。,伯纳特氏立克次氏体被负面真菌血培养,以及细菌、真菌和分枝杆菌植被和心房组织的文化。对呼吸道病原体复合PCR(包括鼻咽拭子肺炎支原体,Chlamydophila肺炎,和百日咳博德特氏菌)是负的。
静脉注射头孢曲松钠添加到病人的方案是他仍然间歇性发热一周后入学。血清IgA抗体c .肺炎是积极的效价1:128年是IgM的效价1:64;免疫球蛋白是负面的。
广泛PCR和DNA测序目标16 s rRNA基因进行切除心房组织利用MicroSEQ 500 16 s rDNA测序工具包(生活技术,大岛,纽约)。产生了DNA序列显示100%的身份Dietzia natronolimnaea。随后基本局部比对搜索工具搜索显示(爆炸)d . cercidiphylli有一个相同的16 s rRNA序列和不能区分开来d . natronolimnaea使用MicroSEQ 500测序工具。PCR进行植被本身,因为没有足够的文化进行后剩余样品。心房组织的病理检查显示轻度慢性心肌心内膜炎和反应性变化,从而满足修改后的杜克的感染性心内膜炎诊断标准。
静脉注射万古霉素、庆大霉素、头孢曲松钠在这段时间持续了一个额外的10天患者急性肾损伤;这是归因于头孢菌素相关过敏性间质性肾炎。所有三个中断和静脉注射daptomycin和环丙沙星抗生素被管理。肌酐改善后,病人出院的指示完成四周的静脉注射daptomycin和口服环丙沙星。尝试了联系病人随后为了跟进对治疗的反应分别是不成功的。
3所示。讨论
属Dietzia在1995年首次分配生物以前列为rhodococci [13]。有氧,革兰氏阳性、nonsporing过氧化氢酶阳性放线菌nonacid快。因为他们的识别和分类,许多新物种被隔绝的环境和人体标本。Dietzia natronolimnaea是一个13Dietzia目前物种描述。它第一次被孤立的东非碱湖位于肯尼亚坦桑尼亚裂谷。alkaliphilic,日益增长的最佳pH值为9.0(范围6 - 10)和盐浓度高达10% (13,14]。
第一个报告暗示Dietzia种虫害在人类疾病是出版于1999年(表1)。它描述了隔离Dietzia马里斯从导管相关的血液免疫抑制病人,脓毒性休克(3]。后来有三个案例报告暗示Dietzia马里斯在人类感染,一个与髋关节假体感染有关,另一个从呼吸衰竭患者的血,第三从主动脉炎患者的心包液(4,5]。d·马里斯也被孤立的从无症状的皮肤主题8]。另外两个物种,Dietzia乳头瘤病和Dietzia cinnamea从血培养中恢复和一只狗咬伤,分别为(10,12]。最后,后期的起搏器口袋感染被报道,16 s rRNA的PCR从口袋里收集的标本进行显示Dietziaspp。进一步识别不尝试9]。
两个回顾性研究Dietzia种虫害从人类临床标本16 s rRNA基因测序和执行生化分析(营测试)在最初分为隔离红球菌属等(15,16]。第一项研究8的15分离鉴定为属Dietzia。临床标本的来源没有提到。其中两个被确定为Dietzia natronolimnaea。第二项研究遵循了类似的方法来识别16之前列为人类临床分离株红球菌属等。其中9隔离被确定为D . natronolimnaea / D。cercidiphylli,调查人员无法区分16 s rRNA以来的两个物种基因序列是相同的。隔离是获得广泛的网站包括伤口,阴道,腹膜,肺活检,血培养,和心脏瓣膜。
研究还发现,隔离都容易受到广泛的抗生素,包括万古霉素、阿米卡星、amoxicillin-clavulanic酸、氨苄西林、头孢曲松、克拉霉素、环丙沙星、imipenem, linezolid。的一些d·马里斯和d . natronolimnaea隔离被发现耐甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲恶唑。脆弱的感情进行了测试使用浓度梯度法扩散梯度法(AB Biodisk、桑纳、瑞典)。
这个属的增加识别从人类临床标本可能反映了上升的结合对这些生物的认识以及更敏感的微生物诊断工具,如16 s rRNA测序。这项技术依赖于基因扩增和测序的细菌16 s rRNA,然后比已知的细菌核苷酸序列可由制造商(MicroSeq ID 16 s rDNA完整的基因文库V1.0,http://www3.appliedbiosystems.com/cms/groups/web/documents/softwaredownloads/cms_234268.pdf)或其他批准的来源。原则上,几千细菌物种可以确定基于这种技术。它是一个有吸引力的工具来识别的微生物很难在实验室文化以及阐明生物体的身份出现在特殊的着色剂的活检标本,但无法成长培养。方法也有局限性,特别是在识别生物物种水平,因为百分比差异序列,构成独立的物种并不总是同意(17,18]。
血液culture-negative心内膜炎最常见的原因是政府的抗生素之前获得血培养(14,19]。我们的病人至少有4组血培养前获得政府的抗生素。血培养是画在两个不同的场合相隔10天。自相关感染性心内膜炎是连续的,低级的菌血症,期望诊断心内膜炎由于大多数代理商导致亚急性细菌性心内膜炎(例如,链球菌或肠球菌spp)。HACEK群有机体以前很难通过常规血培养方法分离,但是这些生物与现代文化技术通常是孤立的(三到五天内20.,21]。
我们不认为积极的一面c .肺炎在我们的病人显示感染血清学这个有机体。指南诊断的急性呼吸道感染c .肺炎建议截止1:16 IgM滴度和1:512为免疫球蛋白。IgM抗体预计将出现在2 - 3周的原发感染,而免疫球蛋白抗体可能需要6 - 8周成为检测(22]。我们的病人症状已经有12周之前测试;因此期望免疫球蛋白抗体检测。此外,PCR进行鼻咽拭子标本和16 s rRNA PCR试验进行切除心房组织为阴性c .肺炎。这些血清学测试的特异性和再现性一直受到质疑,无症状感染的高速率和大血清学支原体,巴尔通氏体属,鼠疫(23,24]。这些标准的适用性心内膜炎的诊断也有问题。c .肺炎被发现在心脏组织PCR在大多数情况下,由于这种生物是心内膜炎的诊断(25]。缺乏后续血清学的检测是一个潜在的限制。在不太可能的情况下,c .肺炎发挥了病因学的作用,该患者使用口服环丙沙星,对这种生物活动。
污染在样本收集、运输和存储时总是关注典型生物识别从临床标本,更当使用非传统和高度敏感的微生物方法。一些种类的Dietzia可能是人类皮肤菌群的一部分,在一个案例中可能造成感染的起搏器的口袋里(6,9]。我们不能排除PCR污染的可能性的看法负面文化导致我们的病人。没有血清学试验是目前用于检测抗体的特定感染这种生物。然而,单一的DNA序列PCR扩增子这个病人切除心房组织的身份与共享的100%D . natronolimnaea / D。cercidiphylli压力。
病理结果满足修改后的公爵的感染性心内膜炎的诊断标准,分类是“明确的感染性心内膜炎”;然而,并非所有的临床标准得到满足,因为这是一个culture-negative,设备心内膜炎。然后抗菌方案被选中后考虑到当前的指导方针建议由巴多尔et al。26)以及可用的临床和流行病学数据。我们也认为是罕见的Dietzia感染,相对缺乏的信息由这些微生物引起的疾病和长期应对抗生素,以及病人很有可能会需要一个新的移植心脏设备完成后抗生素治疗。因此,我们选择了一个方案,可能方便门诊治疗,耐受性良好,治疗大多数Enterococci,葡萄球菌,链球菌,和HACEK生物。
的病原学的作用Dietzia natronolimnaea/d . cercidiphylli在这种情况下的culture-negative设备支持的心内膜炎是多种报告情况Dietzia种虫害从血培养分离以及一个实例确定每个地方生物从心脏瓣膜、主动脉壁,心包液(表1)。潜在的门户的条目可能是银屑病病变病人的皮肤(文化患者的皮肤没有执行)或起搏器植入后口袋网站上市。
这种情况下用来说明PCR和DNA测序的潜在价值在诊断culture-negative心内膜炎的潜在作用Dietzia种虫害导致感染。发展中血清学测试可以帮助澄清这些生物在人类疾病所扮演的角色。
相互竞争的利益
作者宣称没有利益冲突有关的出版这篇文章。