计算和数学方法在医学

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计算和数学方法在医学/2021年/文章
特殊的问题

Multi-Omic基于数据的计算方法个性化疾病诊断、预后和治疗

把这个特殊的问题

研究文章|开放获取

体积 2021年 |文章的ID 6015473 | https://doi.org/10.1155/2021/6015473

李夏,林小薇,Lijuan Wang Yanyan歌,红煤盾, 综合分析RNA的表达谱识别中心miRNA-circRNA交互网络在缺氧缺血性脑病”,计算和数学方法在医学, 卷。2021年, 文章的ID6015473, 18 页面, 2021年 https://doi.org/10.1155/2021/6015473

综合分析RNA的表达谱识别中心miRNA-circRNA交互网络在缺氧缺血性脑病

学术编辑器:小君杨
收到了 2021年7月25日
修改后的 2021年8月21日
接受 2021年8月24日
发表 2021年9月22日

文摘

缺氧缺血性脑病(HIE)被归为一种严重的神经系统综合征,发生在生命早期。非编码rna已经确认在人类疾病中扮演了关键角色。到目前为止,几乎没有系统、全面研究rna的表达谱在大脑缺氧缺血后。在这项研究中,31个差异表达的小分子核糖核酸(microrna) upregulation被确定。此外,5512个差异表达mrna,长非编码rna (lncRNAs),圆形rna (circRNAs)被确定在HIE组。生物信息学分析显示这些circRNAs mrna在调节白细胞激活大大丰富,应对病毒和中性粒细胞脱粒。途径及其相关基因网络分析表明,HLA−DPA1, HLA−DQA2, HLA−DQB1,和HLA−DRB4在催促有更重要的作用。最后,miRNA-circRNA-mRNA交互网络分析也确定中心microrna和circRNAs执行。我们发现mir - 592潜在目标5 circRNAs,从而影响雇佣15 mRNA表达。hsa_circ_0068397 circRNAs在催促和hsa_circ_0045698被当成中心。 Collectively, using RNA-seq, bioinformatics analysis, and circRNA/miRNA interaction prediction, we systematically investigated the differentially expressed RNAs in HIE, which could give a new hint of understanding the pathogenesis of HIE.

1。介绍

缺氧缺血性脑病(HIE)被归为一种严重的神经系统综合征,发生在生命早期起源于胎盘机能不全或脐带阻塞围产期(1]。赶快被认为是婴儿神经发育障碍,据估计每1000新生儿(1到6的发病率2,3]。它已经表明,赶快构成新生儿发病率和死亡率的主要诱导率(4]。之后,在中枢神经系统的细胞损伤引起的新生儿缺氧和缺血神经障碍在成年后仍然是常见的原因,如脑瘫、智力缺陷(1- - - - - -5]。尽管越来越多的研究揭示了形态学、生物物理和生物化学变化,发生新生儿缺氧缺血(HI)脑损伤后,保护神经治疗的疗效是有限的催促患者(6]。为了推动神经病治疗和改善临床结果在催促,强大的生物标志物对脑损伤快速评估治疗的影响至关重要,为家庭成员提供预后信息,并指导后康复护理的需求,从而导致个性化护理(6,7]。

目前,microrna吸引了许多研究者的注意,由于他们在转录后的调控在人类疾病中扮演了关键角色。有几项研究显示大多数microrna在大脑组织。microrna的独特性质作为潜在的标记为各种各样的疾病,如肿瘤和热疾病(8- - - - - -10]。此外,环状RNA (CircRNA)已被证实参与许多生理功能,包括促进滚动圆翻译,母公司的控制基因转录,或者拼接mRNA形成的助理,骗取演员的微RNA (microRNA / miR) (11,12]。已经表明,特定的水平变化circRNAs展出癌有一定的联系,缺血,中风、神经退行性疾病,心脏病等。13,14]。CircRNAs,尤其是脑组织,不仅与神经系统的发展,分化和生物功能,但也发挥重要的功能障碍和脑损伤后病理15]。最近,据报道,circRNAs的表达谱在脑缺血脑组织是修改,其中很可能参与脑缺血的发病机理。在成年老鼠,有一些研究[11,16)显示,脑后circRNA明显改变中风的表达谱,这是有利于稳定mRNA的表达。另外,几个circRNAs透露与催促。例如,环状RNA cZNF292沉默减轻神经损伤大鼠模型中通过upregulation miR-22 [17]。此外,江等人发现总共有66 circRNAs差异表达在HIBD大鼠与对照组相比18]。到目前为止,几乎没有系统、全面研究rna的表达谱在大脑缺氧缺血后。

在我们的研究中,我们试图探讨小说在HIE-induced老鼠模型来解释疾病rna rna的生物功能。RNA序列(RNA-seq)是一个强大的工具来分析转录组在细胞和组织的变化19]。这种方法可以获得相关信息RNA拼接,基因表达,单核苷酸多态性(SNP)改变(19]。它也可以用作区分工具核糖体RNA,转移RNA,小分子核糖核酸,小RNA。近年来,RNA-seq很大程度上应用于识别差异表达的基因。在此,rna的表达谱进行了分析通过RNA-seq。rna在催促的可能功能预测的基因本体论(去)和《京都议定书》百科全书的基因和基因组(KEGG)路径分析。此外,microrna受差异表达rna TargetScan数据库中预测。集体,RNA-seq的结合使用数据和生物信息学分析出文献中发现的潜在角色这些至关重要的病理生理过程中rna的催促。

2。材料和方法

2.1。样品收集

两RNA-seq数据集和相应的元数据从基因表达获得综合(GEO)数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)数据库(GSE164727和GSE121178 [20.])。三个健康的新生儿老鼠(对照组)和三个HIBD-induced老鼠(实验组)分布在GSE164727数据集。三个血液样本HIE-induced老鼠和三个正常对照组的血液样本中分配GSE121178数据集(20.]。

2.2。差异表达分析

数矩阵获得的基因表达和相应的分组数据从GEO数据库并转换为count-per-million (CPM)差异分析。limma包R软件(3.3.2版本,https://www.r-project.org/)是利用筛选差异表达microrna circRNAs,选择标准的调整 值< 0.05和 度的 ,差别是度对这些而 与upregulation度。

2.3。富集分析

基因本体论(去),KEGG通路分析,Reactome途径进行分析。超几何分布应用于计算 价值。3.3.2 R包“clusterProfiler”(版本)来进行所有浓缩分析(28]。 意味着有很大的显著差异在两个或两个以上的组。

2.4。基因集富集分析(GSEA)

GSEA被定义的一组先天的基因是否显示重要统计数据的差异两个生物状态(例如,表型)。GSEA由GSEA软件(1.46.0版)(21]。

2.5。网络分析

父母基因的差异表达circRNAs及其位点在基因组中搜索circBase数据库(版本1.0http://www.circbase.org/)[22]。然后这些circRNAs CSCD数据库中搜索(1.0版http://gb.whu.edu.cn/CSCD)[23),和相应的数据是用来情节circRNA圆图。TargetScan(版本7.1http://www.targetscan.org/vert_71/)是应用于预测microrna的结合位点。最后,网络由Cytoscape可视化软件(版本3.8.2)(24]。

2.6。统计分析

3.6.1 R(版本)申请统计分析,和Wilcoxon排名和测试是用来调查两组之间的差异。 意味着组相比存在显著统计学差异。pheat地图包(版本1.0.12)应用于情节的热图度。R包“ggbiplot”(版本0.55)来进行主成分分析(PCA) microrna。

3所示。结果

3.1。识别和microrna的特征比较,circRNAs mrna

流程图分析见图1。完全,627 microrna被确定。排除microrna与低表达的意思 ),179 microrna被保留为后续的筛选和应用PCA分析。图2(一个)表明,大多数样本在同一组分为同一组,表明之间的microrna的表达模型小鼠和正常小鼠明显不同。31个差异表达microrna与upregulation被确定在HIBD /催促老鼠组与正常组比较后(图2 (b))。我们进一步评估整个样本的表达值两组之间的差异表达microrna,最顶级的12个差异表达microrna选择构建一个箱线图,包括rno_mir_1193 rno_mir_133c, rno_mir_186, rno_mir_2985, rno_mir_329, rno_mir_344i, rno_mir_3571, rno_mir_379, rno_mir_592, rno_mir_6327 rno_mir_679, rno_mir_758(图2 (c))。

接下来,我们归一化(图的表达谱数据3(一个))。UMAP情节表明HIE组和正常组(图有不同的表达模式3 (b))。共有5512个差异表达mrna, lncRNAs, circRNAs识别实验和对照组。其中,2363个基因在调节比较HIE组正常组,和3149个基因表达下调(图3 (c))。然后,我们这些5512个基因的表达值正常化和画出热图集群的样品。结果表明,样品在相同的组可以聚集在一起(图3 (d))。

在这些不同的基因,我们发现1188调节circRNAs, 1244年下调circRNAs, 908年调节lncRNAs, 1514年下调circRNAs,调节mrna, 268和389下调circRNAs HIE组与对照组相比。排名前十的调节和表达下调mrna, lncRNAs, circRNAs表中列出1- - - - - -3


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3.2。所有差异表达功能富集分析circRNAs和mrna

有29项丰富的差异表达circRNAs和mrna包括14蜂窝组件(CC), 4生物过程(BP)而言,分子功能(MF)和9(图4(一))。其中,调节白细胞激活,负调节细胞的激活和白细胞激活,细胞反应肝细胞生长因子刺激是最显著富集的BP(图4 (b))。GSEA结果表明,136条款丰富差异表达的rna。最重要的是丰富了词的英国石油公司应对病毒(图4 (c))。

此外,有8通道KEGG 25通路Reactome丰富这些基因,分别为(数字5(一个)5 (b))。阿米巴病的途径,肠道免疫网络IgA生产、同种异体移植物排斥反应,造血细胞谱系是最丰富的途径在KEGG(数字5 (c)5 (e))。途径及其相关基因网络分析表明显著富集的通路(图有很强的关联5 (d))。多个路径有可能由几个中心的基因;例如,这个理事会,HLA−和CD40LG相关规范同种异体移植物排斥反应和细胞粘附分子;IL10有关调节同种异体移植物排斥反应,阿米巴病,造血细胞谱系(图5 (d))。值得注意的是,我们观察到HLA−DPA1, HLA−DQA2, HLA−DQB1,和HLA−DRB4更关键的角色在催促调制8通道(图5 (e))。

3.3。miRNA-circRNA-mRNA相互作用网络分析

2432个差异表达circRNAs被确定。其中,772人评论中心数据库中。共有2055个microrna在TargetScan预测数据库。然后,我们匹配这些预测microrna microrna筛选在前面的小节中,结果显示,只有mir - 592可在两个数据集。通过检查,我们发现总共15 circRNA (hsa_circ_0011142、hsa_circ_0015469 hsa_circ_0025546, hsa_circ_0042325, hsa_circ_0045698, hsa_circ_0045932, hsa_circ_0058532, hsa_circ_0059400, hsa_circ_0064454, hsa_circ_0067953, hsa_circ_0068397, hsa_circ_0077377, hsa_circ_0082316, hsa_circ_0084645, hsa_circ_0088562)响应元素包含mir - 592,和这些circRNAs不同的基因区域。然后,我们使用Cytoscape画所有microrna的网络,circRNAs, mrna(图6(一))。其中circRNAs,生物信息学分析表明,hsa_circ_0045698和hsa_circ_0068397 circRNAs最为明显,这包括大多数microrna的结合位点。目前,如图6 (b),CSCD数据库被用来画一个圆图对这些microrna的目标也差异表达(图6 (b))。

4所示。讨论

快走是一个主要贡献者在新生儿发病率和死亡率较高。伴随着产科和新生儿保健的进步,催促的生存概率也增加了(1,3,25]。然而,目前治疗低温治疗只能大约10%的婴儿中获益。更重要的是,它对HIE的机制仍然是难以捉摸的。赶快仍视为损害孩子的健康和生活质量,它是迫切需要探索有效neurotherapeutic干预措施和有前途的生物治疗HIE [26,27]。

直到现在,有有限的公开报道研究在催促microrna的表达。施等人发现miRNA-21 HIF-1α表达水平高在HIE新生儿血清样本使用一小群与HIE新生儿。蔡等人表明,过度的miR-27a削弱HI-induced通过调制FOXO1神经元细胞凋亡在鼠模型(28]。低氧诱导通过抑制PTEN (mir - 152抑制细胞凋亡29日]。本研究确定了差异表达microrna的表达谱使用RNA-Seq以及生物信息学分析。总共627 microrna被发现,179年的选择进行PCA分析。31个差异表达microrna与upregulation被确定后比较两组,最顶级的12个microrna的异常表达,包括汽车,mir - 1193汽车,mir - 2985汽车,mir - 6327汽车,mir - 3571汽车,mir - 379汽车- mir - 344 - i,优化- mir - 133 c,优化,mir - 329汽车- mir - 758,优化- mir - 592。在这些microrna, mir - 329 - 5 - p被发现与调节mmu - circrna - 015947在神经元损伤条件(18]。据报道,mir - 592规范的感应和细胞death-promoting活动p75NTR在神经元缺血性损伤30.]。mir - 344报道neural-specific表示在老鼠胚胎发育,表明它有至关重要的作用在大脑发育31日]。异常表达mir - 379意味着脊髓损伤的发病机制32]。这些先前的报道,本研究显示这些microrna可能在脑损伤中发挥关键作用。

微阵列分析还包括编码基因的表达谱。我们进一步评估HIE和正常组织之间的差异表达rna。共有5512个差异表达mrna, lncRNAs, circRNAs催促中确定和控制。其中,2363个基因被诱导,3149个基因被抑制后比较两组。通常,hsa_circ_0079200和Hsa_circ_ 0083669显著调节,而hsa_circ_0073814 hsa_circ_058702, hsa_circ_0070224大幅下调。LNCV6_97168是调节,而LNCV6_132869、LNCV6_56111 LNCV6_34762表达下调。这些结果表明,这些改变lncRNAs circRNAs在催促后的病理生理过程可能是潜在的生物标记物或有潜力的治疗靶点治疗这种疾病。去分析这些circRNAs和mrna显著富集的监管白细胞活化和细胞对肝细胞生长因子的刺激做出反应。GSEA数据显示,有136浓缩条件差异表达rna,和最重要的是丰富了生物过程术语是应对病毒。KEGG分析表明,阿米巴病、肠道免疫网络IgA生产、同种异体移植物排斥反应,造血细胞谱系是最丰富的途径。 GSEA Reactome analysis indicated that neutrophil degranulation, signaling by interleukins, GPCR ligand binding, and cellular response to stress were the most significantly enriched terms for these RNAs.

中性粒细胞是第一种周围炎症细胞在急性和慢性炎症。几行证据表明,中性粒细胞的浸润成年脑缺血区后几小时内受伤。在新生儿嗨损伤模型中,中性粒细胞在大脑的反应通常是削弱,因为他们似乎主要停留在血管(33]。白介素1的表达β(il - 1β催促孩子的脐带血和外周血显著调节,并调节水平相应的催促成绩和不良结果(34]。释放il - 1β依赖于激活NLRP3 inflammasome [35]。脑出血等疾病模型的模型和缺血再灌注损伤模型,NLRP3 inflammasome报道动机在星形胶质细胞(36,37]。线粒体是嗨损伤的主要目标。线粒体的损伤随着年龄的增加,带来的障碍mitochondrial-related分子通路。在嗨伤害过程中,活性氧(ROS)生成的线粒体超过了抗氧化能力,导致DNA损伤,线粒体脂质过氧化和Ca2 +内稳态的破坏。因此,线粒体功能发挥的关键因素生存在缺血性损伤(38]。

在新生儿HIE显著调节多个基因,包括IL10 __arg1, IL1R2。白介素10 (il - 10)是人类细胞因子合成抑制剂免疫调节和抗炎作用。它是成功的关键抵抗宿主组织的损伤的急性期期间免疫反应(39]。大量的研究已经证实il - 10的变化以及嗨损伤的重要作用,表明il - 10的释放增加,这与神经细胞凋亡率负相关(46]。例如,白等。39)报道,il - 10的水平也明显提高了你好和il - 10与嗨insult-injured神经元和星形胶质细胞。il - 10在展示一个压抑影响免疫反应和炎症反应减少神经损伤(40在大脑皮层组织[]40肝脏和血清中细胞因子(40]。尽管il - 10的表达主要是研究il - 10的机制涉及在催促点火和发展仍然是难以捉摸的41]。精氨酸酶是关键的调节酶的炎症和组织修复42]。目前,据报道,ARG-1的表达在中风患者的血是高度,和水平与梗塞大小(43),这意味着post-hypoxic-ischemia的ARG的参与机制。直到现在,有新兴研究表明ARG-1主要是相关的指标的作用“pro-repair”小胶质细胞,而ARG-2主要是脑血流量有关规定(44]。缺氧和缺血再灌注损伤被认为是强大的刺激ARG-1和ARG-2的表达。IL1R2 interleukin-1的细胞因子受体(il - 1)受体家族,和它的一个重要中介几所产生的细胞因子的免疫和炎症反应。高度表达IL1R2呈正相关,IL1R信号,展现IL1R2可能参与了IL1R1与il - 1相互作用。在缺氧/复氧(H / R)对心肌细胞,overexpressing IL1R2减毒的促进增殖和antiapoptosis影响诱导的超表达LncRNA A2M AS1 [45]。

据报道,circRNAs充当microrna的海绵和抑制microrna的活动,导致upregulation microrna的目标(46]。microrna在中枢神经系统有一个至关重要的作用。一些circRNAs可能参加了HIBD发展通过circRNA / microrna的交互。microrna的目标预测软件是用来证明circRNAs特异表达,包括microrna的结合位点(47]。共有2432个差异表达circRNAs,其间772年疾控中心数据库中注释。2055 microrna预测TargetScan数据库中,我们发现,只有mir - 592可在两个数据集。此外,许多先前的研究已经表明,mir - 592与多种神经疾病(48- - - - - -50]。一个以前的报告已经确定区域差异,mir - 592水平成年啮齿动物的大脑。此外,一些报道提出,mir - 592在多个肿瘤差异表达。一项研究表明,改变mir - 592产生令人印象深刻的影响神经系统的调制p75NTR表达的(30.]。

最后,我们发现最显著差异表达circRNAs (hsa_circ_0045698和hsa_circ_0068397)。未来的研究将集中在探索两两circRNAs更下游的目标,帮助破译他们在新生儿HIBD的病理生理过程中的作用。总的来说,使用RNA-seq,生物信息学分析,circRNA / microrna的交互预测,我们系统地研究了差异表达rna在HIE模型。这些发现可能会给一个新的提示深度理解催促的发病机理和破译这些候选人circRNAs / microrna的生物功能。

数据可用性

本研究中使用的数据可从相应的作者在合理的请求。

的利益冲突

无利益冲突。

作者的贡献

林小薇和夏利分析数据和写的手稿。王Lijuan Yanyan歌设计研究。红煤盾修订后的手稿。所有作者同意负责这项研究的所有方面的准确性和完整性。林小薇和夏李的贡献同样这项工作。

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