文摘
介绍。三方主题47 (TRIM47)属于一个类别的家庭。它参与癌症肿瘤发生,从而展示重要功能在许多癌。不幸的是,它对TRIM47表达式仍然是难以捉摸的,特点,和生物功能在大脑神经胶质瘤。方法。公共数据库分析应用于分析TRIM47表达式,和定量实时PCR(存在)是用于检测TRIM47 9配对组织的神经胶质瘤的表达。癌症基因组图谱(TCGA)和中国神经胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库应用于评估总生存期(OS)。基因本体论(去)项和《京都议定书》百科全书的基因和基因组(KEGG)通路分析差异表达基因(度)函数。在体外实验进行验证TRIM47-mediated影响神经胶质瘤细胞增殖,迁移和入侵。结果。在正常组织相比,神经胶质瘤组织TRIM47表达式非常高,其表达水平与不同等级的神经胶质瘤。我们的数据表明,高表达TRIM47显示一个与神经胶质瘤患者的不良预后。去除TRIM47显然阻碍神经胶质瘤细胞入侵和迁移。结论。TRIM47可以调节神经胶质瘤细胞增殖、入侵和迁移。高度表达TRIM47展出与不良预后相关。所有数据暗示TRIM47是神经胶质瘤可能的生物标志物,有潜力成为一个新生成的神经胶质瘤治疗的目标。
1。介绍
神经胶质瘤是一种广泛发生在神经系统恶性肿瘤1]。它有攻击性的特点,不朽的扩散,没有细胞凋亡,没有明显的边界与正常脑组织(2]。光的耐火材料,具体迫切重要[血清学指标和治疗方法3]。因为优质的恶性肿瘤,复发比率,和发病率,当前神经胶质瘤的诊断主要依赖于成像测试(4]。神经胶质瘤的治疗策略主要包括手术、放疗和化疗5]。治疗后,神经胶质瘤患者2年生存率很低,其预后也差(6]。因此,迫切需要提高对神经胶质瘤病人的治疗方法。
三方主题47 (TRIM47)蛋白质属于一个类别的削减家庭和参与许多细胞过程,如细胞增殖(7]。先前的研究表明,肿瘤组织高表达TRIM47,相比邻近正常组织(8]。高山等人发现,高度表达TRIM47前列腺癌预后(被认为是一个强大的因素9]。另一项研究表明,人类肺癌组织和结直肠癌强烈表达TRIM47相对良性的组织(10,11]。基于前面所提到的,是什么TRIM47是神经胶质瘤的潜在生物标志物和有潜力成为一个新生成的神经胶质瘤治疗的目标。
在我们的研究中,我们试图系统地验证TRIM47函数在神经胶质瘤。TRIM47级别胶质瘤标本测量,然后TRIM47和神经胶质瘤之间的关系是研究利用几个生物化验。我们的发现集体建议TRIM47可以被视为一个调制器神经胶质瘤细胞的发展。
2。材料和方法
2.1。数据处理
TRIM47在多个水平综述了癌症和正常组织使用肿瘤免疫评估资源(计时器,https://cistrome.shinyapps.io/timer/)和基因表达分析交互式分析(GEPIAhttp://gepia.cancer-pku.cn/)。mRNA-seq和有关神经胶质瘤病人的临床资料获得癌症基因组图谱(TCGA,https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga)和中国神经胶质瘤基因组图谱(CGGAhttp://www.cgga.org.cn/)数据库。
2.2。筛选差异表达基因(度)
转录组的原始数据资料在高度表达和低表达TRIM47患者TCGA的数据集。R包“limma”应用到屏幕的度。值< 0.05和log2 被认为是筛选度阈值。
2.3。富集分析
基因本体论(去)项和《京都议定书》百科全书的基因和基因组(KEGG)路径分析浓缩度的执行。丰富的条款和KEGG通路被确认的截止条件”调整 。”
2.4。细胞培养
来,SW1783 (HTB-13) U373 (HTB-17) SW1088 (HTB-12) U87 (HTB-14)和A172 (crl - 1620)是美国类型文化的集合(马纳萨斯,弗吉尼亚州)。他们保持在DMEM 10%的边后卫(美国英杰公司)在37°C公司为5%2。
2.5。RNA的提取和定量
整个RNA被试剂盒提取试剂(美国表达载体)。互补DNA(互补)是由PrimeScript RT工具包(豆类、日本)。存在进行了使用SYBR预混料交货Taq i GAPDH被选为参考。2- - - - - -ΔΔCt方法应用于解决所有的数据。TRIM47引物和GAPDH被Sangon合成生物技术有限公司(上海,中国)。引物序列如下:TRIM47,向前,5 - - - - - -CTGAGCAGTCCAAAGTCCTGA-3 ;相反,5 - - - - - -CTACGGCTGCACTCTTGATG-3 ;GAPDH,向前,5 - - - - - -GGAGCGAGATCCCTCCAAAAT-3 ,相反,5 - - - - - -GGCTGTTGTCATACTTCTCATGG-3 。
2.6。细胞转染
上海基因制药有限公司有限公司(上海,中国)合成TRIM47短干扰核糖核酸(siRNAs)。2000年lipofectamine si-TRIM47和si-NC转染到细胞试剂(美国表达载体)。序列如下:si-TRIM47 # 1、5 - - - - - -CCTCAAGTTTGCCTATATT-3 ;si-TRIM47 # 2 5 - - - - - -GCAGCTGTTTGGAACCAAA-3 ;si-NC 5 - - - - - -UUCUCCGAACGUGUCACGUTT-3 。
2.7。CCK-8化验
细胞计数工具包(CCK -) 8化验(Dojindo实验室、熊本城,日本)用于检测细胞增殖。 细胞/接种于96孔板,和10μL CCK-8解决方案/是在特定的时间补充。所有的细胞都孵化2小时37°C的孵化器。观察450海里的OD值标上(美国BioTek Winooski, VT)。所有的数据都来源于三个独立的实验一式三份。
2.8。Transwell化验
Transwell进行了分析使用Transwell钱伯斯(孔隙大小8μm;合演公司、美国)在人工基底膜的存在与否(美国BD生物科学)。上插入包含 细胞。包括众议院700μL中有20%的边后卫,用作化学引诱剂。剩余postculture 24至48小时后,细胞在众议院与乙醇固定,紧随其后的是使用0.2%结晶紫染色。
2.9。kaplan meier绘图仪工具分析
TRIM47和神经胶质瘤预后之间的相关性被kaplan meier绘图仪评估工具(http://kmplot.com/analysis/)目标。这个工具集是一种数据库负责整合数据的基因表达和临床信息和可以应用到分析TRIM47在神经胶质瘤的预后价值。
2.10。统计分析
所有的数据都来自三个独立的实验一式三份。SPSS 17.0软件(IL SPSS, Inc .,芝加哥,美国)执行分析统计数据。比较分析了不同群体中存在的学生的 - - - - - -测试或Mann-Whitney - - - - - -测试的测试条件。总生存期(OS)比率被kaplan meier解释。Cox比例风险模型多变量分析是用来确定TRIM47水平和临床病理的功能操作系统。 95%的置信区间意味着一个明显的差异在两个或两个以上的组。
3所示。结果
3.1。评估TRIM47肿瘤与邻近正常组织表达水平
GEPIA和定时器数据集分析的微分水平TRIM47在各种肿瘤和邻近的正常组织。结果显示,TRIM47致癌基因在大多数肿瘤是胆管癌(胆固醇),食管癌(光电子能谱),肝脏肝细胞癌(LIHC)和肺腺癌(LUAD),但这是一个肿瘤抑制基因在肾脏chromophobe (KICH)和前列腺腺癌(马)。感兴趣的,我们的数据表明,TRIM47水平在很大程度上是在多形性胶质母细胞瘤(GBM)和低档次的神经胶质瘤(LGG)组织在GEPIA数据库分析(图1(一))。不过,上述规定没有被观察到在计时器数据库分析(图1 (b))。因此,有必要作进一步的调查向TRIM47和神经胶质瘤之间的关系。
(一)
(b)
3.2。调节TRIM47神经胶质瘤等级增加
图2(一个)显示TRIM47水平是大大相关等级的神经胶质瘤( )。加剧TRIM47表达水平的提高伴随着神经胶质瘤CGGA级的数据库。此外,TCGA的分析数据库后,TRIM47 LGG表达水平,“绿带运动”的价格相比也显著调节正常组织。更重要的是,在GBM TRIM47表达水平也高于LGG(图2 (b))。所有的数据暗示TRIM47是一个潜在的致癌基因在神经胶质瘤和其表达与肿瘤的品位。
(一)
(b)
3.3。TRIM47的表达水平不同等级和组织学的神经胶质瘤
TRIM47神经胶质瘤患者的预后价值评估在这部分。kaplan meier曲线分析最初使用,TCGA数据库执行。的GBM患者81例组成的高度表达TRIM47组和81例低表达TRIM47组。大脑LGG患者分为257例高度表达TRIM47组和257例低表达TRIM47组。676例胶质瘤患者中338例高度表达TRIM47组和338例低表达TRIM47组。数据3(一个)- - - - - -3 (c)表明高表达TRIM47表现出一个重要的协会在“绿带运动”(较短的操作系统 ,图3(一个)),LGG ( ,图3 (b))和神经胶质瘤( ,图3 (c))患者,这表明TRIM47可能是一个神经胶质瘤病人的潜在生物标志物为穷人OS无论LGG或“绿带运动”。此外,CGGA数据库也应用于探索之间的联系TRIM47表达水平和神经胶质瘤患者的操作系统。111例高度表示TRIM47和111例低表达TRIM47样本进行了分析。我们的结果符合CGGA数据库分析( ,图3 (d))。综合来看,这些结果表明,高TRIM47表情预示着糟糕的操作系统和神经胶质瘤的预后不良因素。
(一)
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(c)
(d)
3.4。识别潜在的生物过程和信号通路的TRIM47参与
到目前为止,还不清楚关于TRIM47神经胶质瘤增殖和转移的影响。我们下载glioma-related TCGA的数据并上传度大卫估计微分和KEGG通路。项结果显示度主要是去参加了生物处理(BP),包括axonemal动力蛋白复杂,基因丝和内在动力蛋白臂总成,纤维母细胞生长因子刺激细胞反应,磷酸肌醇代谢过程中,纤维母细胞生长因子受体信号通路,组装、缩瞳剂细胞周期阶段过渡,积极调制的蛋白质定位到染色体端粒的区域,和调制p53-mediated内在凋亡信号通路(图4(一))。KEGG路径分析表明,这些度主要参与细胞周期,细胞衰老,人类t细胞白血病病毒感染,磷酸肌醇代谢,磷脂酰肌醇信号系统,信号通路在糖尿病并发症,美洲锥虫病,glutamatergic突触,鞘脂类和AGE-RAGE,钙信号通路(图4 (b))。我们的数据表明,度主要参与发展的神经系统细胞外基质和细胞表面的信号转导。
(一)
(b)
3.5。在神经胶质瘤TRIM47表示高度
TRIM47表达式决定在胶质瘤组织和细胞系。图5(一个)显示,相比,在邻近脑组织,TRIM47 9例脑胶质瘤组织中高度表达。类似的结果显示TRIM47在神经胶质瘤细胞株高表达,特别是在SW1783(图5 (b))。SW1783因此选择在以下研究。为进一步探索TRIM47在神经胶质瘤细胞的生物功能,我们为TRIM47成表示细胞转染siRNAs具体表示。数据显示si-TRIM47 SW1783 # 2有更好的可拆卸的影响(图5 (c))。因此,它被选为下一个化验。
(一)
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(c)
(d)
(e)
(f)
3.6。在神经胶质瘤TRIM47促进细胞的基本活动
鉴于以上分析,我们沉默TRIM47 SW1783细胞由si-TRIM47 # 2检测对细胞增殖的影响。我们的数据表明,减少TRIM47大大阻碍了细胞增殖,尤其是SW1783(图5 (d))。SW1783因此选择在以下研究。接下来,我们进一步验证的影响TRIM47迁移和侵袭性神经胶质瘤细胞。我们的数据表明推倒TRIM47很大程度上抑制了细胞的迁移和侵袭性活动(数据5 (e)和5 (f))。简而言之,TRIM47可以促进神经胶质瘤细胞的生物活性和肿瘤。
4所示。讨论
神经胶质瘤是大脑广泛发生恶性肿瘤(1,12]。在这些神经胶质瘤,最恶性胶质母细胞瘤(四年级),这是众所周知的耐药性(13]。常用的治疗策略通常不能获得预期结果由于癌细胞的耐药性14]。,发现gliomagenesis机制和发展可以促进神经胶质瘤的诊断和治疗在近几十年15]。最近的科学进步,很大程度上改善生物医学研究,包括挖掘中心基因和验证各自的功能(16]。关键标志物的,是有利于提高肿瘤的诊断和治疗17]。
在一些肿瘤中修剪是过表达的(18]。然而,对于表达不是很清楚,TRIM47的预后价值,和功能神经胶质瘤(19]。在我们的研究中,TCGA和CGGA数据库分析表明TRIM47 LGG或GBM表达高于正常组织。其表达与肿瘤级别。此外,TRIM47表达式也检查中存在。这些结果表明TRIM47样本的高表达和神经胶质瘤细胞系,不在正常组织。所有这些表明,TRIM47可能是神经胶质瘤和恶性肿瘤的一个重要指标。因此,我们进一步确定TRIM47神经胶质瘤的预后预测的潜力。kaplan meier分析TCCA和CGGA数据库显示,更高层次的TRIM47 LGG或“绿带运动”会导致穷人操作系统。我们的数据建议TRIM47水平可以被视为一个有前途的神经胶质瘤的预后指标。
功能分子在个体通常满足通过与他人的互动过程中,不仅仅只有[20.]。不同的分子生成一个复杂网络的监管21]。分子相同的表达模式通常有一个密切联系的功能(20.,22]。TRIM47据报道在多个癌,但其功能尚不清楚23]。因此我们进行了相关的实验验证机制和功能。我们确定度胶质瘤患者TRIM47的高、低表达。去KEGG浓缩度的分析表明,TRIM47可能参与调节细胞增殖、细胞周期和其他生物过程。
最后,我们完成了CCK-8化验和Transwell化验检测神经胶质瘤TRIM47函数。推倒TRIM47之后,我们发现,神经胶质瘤细胞增殖,迁移和入侵被抑制了。
这项研究有一定的局限性。临床样本不够大的数量。在未来的研究中,我们将收集更多的神经胶质瘤患者临床样本和临床参数,包括年龄,性别,和生存时间,进一步探索TRIM47在神经胶质瘤的功能。此外,相关的监管机制在神经胶质瘤TRIM47将进一步研究。
综上所述,本研究探讨了首次TRIM47在神经胶质瘤的作用。基于公共数据库,我们分析了TRIM47的表达水平在人类肿瘤。结果表明,TRIM47明显在神经胶质瘤,TRIM47的表达水平呈正相关,世卫组织等级的神经胶质瘤。TRIM47有显著相关性的高表达与神经胶质瘤患者的短的操作系统。这些发现表明,TRIM47表达了对神经胶质瘤细胞的高度。高度表达TRIM47可以促进神经胶质瘤细胞增殖,迁移和入侵。我们的研究结果提供了一个更好的理解在神经胶质瘤的作用。所有数据都表明TRIM47神经胶质瘤的潜在生物标志物。
数据可用性
和/或使用的数据集分析在当前研究可从相应的作者以合理的要求。
的利益冲突
作者宣称没有利益冲突。
作者的贡献
刘本霁和Lijuan执行概念和设计。郭本霁,Lijuan刘,永平方法的发展做出了贡献。本霁,Lijuan刘冯明参与样本集合。本霁,小君江、李芳芳和李宁进行数据的分析和解释。赵本霁,国安,Jianyong温家宝写道,审查和修订后的手稿。