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| 部分建筑或上下文 |
描述 |
参考 |
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| 启动子 |
sigmaE启动子强度预测工具,使用位置依赖于核心启动子模型重量和长度和频率,T-tracts的元素。 |
(6] |
| sigma70启动子强度预测工具,使用偏最小二乘回归。 |
(7] |
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| Promoter-RBS双 |
强度预测工具sigma70 promoter-RBS对,使用人工神经网络。 |
(8] |
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| 苏格兰皇家银行 |
苏格兰皇家银行计算器:一个基于web的工具,苏格兰皇家银行(RBS)强度预测和正向工程,频繁更新和苏格兰皇家银行能够设计库。 |
(9] |
| 苏格兰皇家银行苏格兰皇家银行设计师:一个独立的工具强度预测和正向工程,它认为远程交互在RNA和它可以预测mrna的翻译效率可能折叠成多个结构。 |
(10] |
| UTR设计师:一个基于web的工具,苏格兰皇家银行(RBS)强度预测和正向工程,能够设计RBS库和密码子编辑选项改变RNA二级结构。 |
(11] |
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| 基因 |
宝石:基因设计基于web的工具,使用基于密码的密码子优化策略通过频率表随机化。 |
(12] |
| 优化器:基于web的工具,用于基因设计使用三种可能的密码子优化策略:“一个氨基acid-one密码子”,随机化(称为“随机引导”)和混合方法(称为“定制一个氨基acid-one密码子”)。 |
(13] |
| 基因合成基因设计:基于web的工具设计和扩大范围的密码子优化方法:全部(“一个氨基acid-one密码子”),选择性(稀有密码子替换)和概率(randomization-based)优化。 |
(14] |
| 设计师:基因基因设计独立的工具使用一个密码子基于频率表和随机化方法过滤二级结构的可能性和Shine-Dalgarno内部图案。 |
(15] |
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| 结束符 |
终止效率预测工具基于线性回归模型使用一组通过逐步回归sequence-specific特性确定。 |
(16] |
| 终止效率预测工具基于生物物理模型使用一组自由能量,之前确认为重要特征。 |
(17] |
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| 互联网络 |
一系列的经验或机械的颂歌稳态模型可以用来预测复杂系统行为的各个部分的知识/设备参数。 |
(5,18- - - - - -21] |
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| 体系结构 |
蛋白表达第一的基因操纵子预测,考虑到下游mRNA长度,通过线性回归模型。 |
(22] |
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| 上下文 |
机械的ODE模型DNA拷贝数的显式表示。 |
(23] |
| 蛋白表达的预测工具,基于线性回归模型,鉴于基因的染色体定位和方向。 |
(24] |
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