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多瘤病毒组装在体外到不同的总量取决于实验条件。我们使用一个能源景观的方法使用实证计算量化如何形成这些不同的总量取决于pH值,结合钙离子和二硫化联系的存在。SV40进行计算,多瘤病毒家族的一员,是基于结合自由能的三个不同的景观的五聚物三聚衣壳蛋白之间的对应于不同的键配置中观察到它的晶体结构。我们的计算分析表明,其中一个环境的能量多态SV40的组装行为至关重要,而其他两个的结合能景观环境是广泛的漏斗形,从而贡献小粒子的形成除了病毒样颗粒(车牌区域)。我们有量化的存在如何绑定二硫化钙离子在缺乏联系的结合自由能提高所有三个环境,因此,支持一种的组装。此外,估计相对结合自由能的三个环境酸度5和8表明他们在酸碱5相对于稳定8。这个不稳定的程度依赖于二硫的存在联系和结合钙离子和占VP1蛋白的实验观察到的多态行为在pH值5。有趣的是,同时结合钙离子的存在和二硫化联系发现是不稳定的,因此可能会扰乱大会的一种pH值8。