文摘

是一个多步骤的过程,引发各种病毒进入细胞通路互连成一个复杂的网络;然而,分子复杂性的主要网络仍然难以捉摸。这里,利用系统生物学方法,我们揭示一个系统性virus-entry网络由人类巨细胞病毒()血巨细胞病毒,一种普遍的机会病原体。这个网络包含十个功能模块(即。,groups of proteins) that coordinately respond to HCMV entry. Functional modules activated (up- and downregulated) in this network dramatically decline shortly within 25 minutes post infection. While modules annotated as receptor system, ion transport, and immune response are continuously activated during the entire process of HCMV entry, those annotated for cell adhesion and skeletal movement are specifically activated during viral early attachment. The up-regulated network contains various functional modules, such as cell surface receptors, skeletal development, endocytosis, ion transport, and chromatin remodeling. Interestingly, macromolecule metabolism and chromatin remodeling module predominates this over-expressed system, suggesting that the fundamental nuclear process modulation is one of the most important events in HCMV entry. The entire up-regulated network is primarily controlled by multiple elements like SLC10A1. Thus, virus entry triggers multiple cellular processes especially nuclear processes to facilitate its entry.

1。介绍

几十年来,强化研究单个基因和通路参与病毒入口已经成功地为我们提供了前所未有的丰富的分子细节部分蛋白质如何应对病毒入口(1]。很意外,但是,药物针对单个组件的专业通路中标识单组分研究不仅未能控制病毒感染,也造成巨大的意想不到的副作用(2]。显然,病毒进入不仅仅是单个基因或激活途径的结果但各种细胞通路及其组件的复杂网络。许多蛋白质和途径不断影响肺癌协调细胞信号在每一步的病毒,病毒等附件,与受体相互作用,信号、膜融合和内吞作用。然而,全球图片这些蛋白质相互作用如何允许病毒进入细胞仍然是不完整的。特别是,很少有人了解系统网络和功能模块包括病毒条目。这种类型的知识是最初的一步完全阐明病毒进入的复杂性和发展有效的治疗,防止病毒扩散到其他细胞。

人类巨细胞病毒()血巨细胞病毒是无处不在的机会病原体不同的基因组(3导致致命或永久衰弱疾病免疫损害个人和新生儿。特别的风险感染这种病毒是艾滋病患者,癌症患者,器官或组织移植受者接受免疫抑制治疗,婴儿、胎儿和老年人。最近,病毒在肿瘤发生[也被牵连4),和循环系统疾病的病因,最值得注意的是,动脉粥样硬化(5]。

进入细胞血巨细胞病毒激活(上升,会使)多种信号通路和多个细胞受体。附件/条目在5到25分钟后血巨细胞病毒感染(π)触发组件和通路与受体酪氨酸激酶,增殖作用(MAP)激酶信号传导,细胞骨架重排,转录因子、前列腺素和细胞因子(6]。特别是,进入血巨细胞病毒激活表皮生长因子受体(EGFR), avb3整合素(a2ß1、a6ß1 avß3),血小板源生长因子receptor-alpha (PDGFRα),他们的信号通路7- - - - - -12),进入血巨细胞病毒中扮演很重要的角色。因此,表皮生长因子受体,PDGFRα提出了m, avb3整合素受体血巨细胞病毒(7- - - - - -12]。然而,表皮生长因子受体并不表示所有HCMV-permissive有效感染的细胞类型。血巨细胞病毒此外,EGFR可能不是必不可少的所有条目血巨细胞病毒(8]。整合蛋白可能发挥作用在下游事件条目(血巨细胞病毒7- - - - - -10]。保守的程度PDGFR的角色α在进入血巨细胞病毒还有待特征。体内,可以血巨细胞病毒感染几乎所有器官系统和组织类型(6,8,13),在体外可以杂乱地穿透血巨细胞病毒不同细胞株不同受体。在一起,这些发现表明,进入血巨细胞病毒激活多个蛋白质相互作用网络,基本上仍难以捉摸。阐明这样一个入口网络可以提供宝贵的见解机制血巨细胞病毒的病毒进入。

在这项研究中,我们使用系统生物学方法作为我们之前报道14)系统地阐明全面系统性网络由输入血巨细胞病毒引起的。我们的工作提供了一个概念框架,进一步了解病毒的基本分子基础条目。

2。结果

2.1。一个全面的Protein-Interaction网络进入血巨细胞病毒有关

系统的解码系统网络由条目血巨细胞病毒激活,我们首先利用系统网络方法消耗从我们以前的报告14)发布的搜索数据库对人类生理和功能蛋白质-蛋白质之间的关系到目前为止(部分4)。这些交互被组合成一个系统性protein-interaction网络数据库,目前包含6651个节点(蛋白质)和64392边缘(交互)(图1(一),见表S1在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2011/262080)。(边缘)的相互作用包括12个类型的交互。例如,coexpression代表源基因和有针对性的基因关系coexpression从数据库中提取(见部分4我们在这项研究中使用数据库)。

检查这个网络的整体建筑特色,我们分析了整体节点度分布、代表节点有一个给定的可能性程度,和给定节点关联边的数量。我们的网络的节点度分布随学位和近似幂律(图1 (b)),这表明我们的网络是一个无标度网络,提出了作为一个通用网络框架在生物学网络(15- - - - - -17]。此外,我们还计算了平均聚类系数分布,描述了如何通过节点链接到别人邻居形成集群或组。也减少了数量增加的邻居(图1 (b)),这表明我们的网络是一个层次网络(15- - - - - -17]林隙中心(高度连接蛋白质)和瓶颈,与许多节点最短路径穿过它们类似于关键的桥梁,连接网络(子网整个地图18]。两个中心和瓶颈可能会发挥重要作用在这种类型的网络15- - - - - -18]。这些分布属性的网络类似于其他生物网络之前报道(15- - - - - -17]。

2.2。进入血巨细胞病毒激活一个复杂的网络系统

构建全面的网络数据库之后,我们接下来丰富网络(图1),由入口和附件血巨细胞病毒基因显著改变。基因被感染血巨细胞病毒从全基因组转录组显著改变在5分钟到25分钟,人类主要包皮成纤维细胞的分别,一个共同的细胞系作为模型感染血巨细胞病毒(部分4)。总共有408和240个基因得到5分钟到25分钟π,分别为(补充表S2-S3)。丰富网络成为了一个系统性的网络入口和附件血巨细胞病毒激活,并进一步分解为功能模块在网络拓扑结构和基因功能(部分的基础4)。总共7个功能模块(图2在5分钟π)被激活,包括磷酸化,细胞间连接装配,铁运输,细胞分化,vesicle-mediated运输、免疫反应,染色质拆卸和高分子代谢,细胞通讯和信号转导。在25分钟π,3个功能模块被激活,免疫反应,包括跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路,和钠离子运输。当受体系统的模块、离子运输和免疫反应主导整个过程,血巨细胞病毒细胞粘附和骨骼运动5分钟π和免疫反应成为主流网络在25分钟π(图2)。

这种快速降低激活基因的数量从408年(5分钟π)到240(25分钟π)(补充表S2-S3)后很短的时间间隔内感染,血巨细胞病毒和网络模块的下降(从7到3)适合早期感染的细胞反应的正常模式(6),激活细胞信号峰值立即感染,然后迅速大幅下降。

2.3。系统性调节网络参与条目血巨细胞病毒

基因表达下调可能和附件血巨细胞病毒条目中发挥重要作用,但关键受体系统,特别是,应调节在这些阶段的感染(7- - - - - -9]。自从网络组成的表达下调的基因没有任何特征函数(补充图S1),我们专注于一个系统性调节网络包含123个基因(补充表S4)从图中提取2以上upregulation在两个时间点(5分钟到25分钟π)。这种调节网络分解成7官能团(基于词浓缩),包括高分子代谢和染色质重塑,信号转导,细胞表面受体通路,骨骼发育,免疫反应,内吞作用和离子运输(图3)。与之前的报道一致进入血巨细胞病毒(6,7,13),网络包含许多已知的途径及其组件调节进入血巨细胞病毒。这些途径包括受体——就像EGFR受体组增殖kinase-like MAPK10信号组组件细胞骨架重排的骨骼组织,位于细胞核转录因子,细胞因子在细胞外空间,为钙离子的运输运输组和组件。

重要的是,我们的网络还透露一个系统性的观点HCMV-upregulated系统,基因集群为多个官能团的不同途径,同时执行各种功能和生物过程在感染血巨细胞病毒。例如,调节通路组包含18个不同调节组件(TP73L,表皮生长因子受体CCR5、OR1A1 TCF4, AVPR1B, RELA, GLP1R, GNAO1,苏斯特,ADRA1A, GNG4, DGKA, PRB4, NRP1, DOK2, SORCS2, PTPRS),骨骼组织14组件(DLX2、BAPX1 SGCA, LMO2, HOXA2, IBSP, COL9A2, RUNX1、EGR1, t形十字章,CSRP3, ANXA13, NPR3, SOX6),和离子运输集团8组件(SLC34A2, ATP7A TRPM1, MBP、SLC10A1 VMD2, TRPC5, SLC17A2)。

在信号转导细胞通讯和细胞粘附主导调节网络,组件高分子代谢和染色质重塑是令人惊讶的是网络中最丰富的。大量为核酸代谢过程中组件(RNASE2、NASP ZNF621, ZNF155,普拉,ARID1B, FOXP1, TARBP1, RAD51L1, DCP2, GATA4, TFAP2B, TRUB1, ETV6,全美独立工商业者联合会)和组件的染色质重塑(NASP, ARID1B CHD3, SOX1)表示,染色质转录激活规范的一个主要生物处理发生在人类宿主在附件血巨细胞病毒。这些数据揭示了一个复杂HCMV-upregulated系统由几个功能子网功能主要由信号转导,细胞粘附和转录受染色质重塑。

2.4。关键蛋白质HCMV-Upregulated网络

调节血巨细胞病毒网络中识别的基本组件,我们检查了各个组件的贡献到网络通过在网上敲出单个基因,产生实验证明了网络中关键部件(14]。是特别注意蛋白质组件位于细胞外空间和细胞膜(图3),因为这些组件初始化生物过程中扮演关键的角色在进入血巨细胞病毒或作为潜在的受体血巨细胞病毒。敲出单个基因后,我们计算邻居的平均数量的改变,描述网络连接各个节点的贡献,和平均最短路径度量的最小数量的选择节点和本质上表明网络直径之间的联系。网络中节点淘汰赛会减少网络连接。此外,淘汰赛的节点中更高的网络层次结构将导致更大的减少连接。至于直径,直径的时间越长,网络中互连就越少。击倒一个中心将增加直径的损失短路径在一个网络,而击倒一个瓶颈直径减少,因为网络会被分解和长路径通常链接到子网将丢失(14]。

前5到10%的节点通常被视为合法的这种类型的无尺度生物网络的关键枢纽。我们选择123的五大关键基因调节基因(< 5%)网络的关键基因。结果在网上敲除实验表明,组件EGFR贡献大部分在网络连接和直径(数字4(一)和4 (b)),这表明它作为一个中心(高度连接蛋白质)HCMV-upregulated网络。同样,IL4(白介素4),喀斯特(kirsten鼠肉瘤2病毒致癌基因相同器官),和IBSP (integrin-binding唾液蛋白)也作为中心在这个网络由输入血巨细胞病毒激活。相比之下,而俱乐部(clusterin)和SLC10A1也主要贡献者的网络连接,敲出来导致网络直径(减少数据4(一)和4 (b)),这表明这两个组件作为刺激这个网络瓶颈和附件血巨细胞病毒条目。

在硅原子位移的结果证实这些中心和瓶颈,我们比较突变体和野生型网络的结构(图和附件血巨细胞病毒激活条目5)。中心和瓶颈是重要的网络和敲出来会改变网络结构,但敲门瓶颈将网络分解成部分分离而击出中心不得单独的本地子网的网络和可能只改变联系(18]。例如,击出中心EGFR和IL4树叶6基因和1基因除了野生型网络但大多数节点最初与表皮生长因子受体和IL4仍然链接网络虽然剩余节点的联系网络(图中发生了变化5 (b))。相反,敲出瓶颈CLU, SLC10A1完全将整个网络分解成至少两个独立的子网,突显出图5 (b)。这些结果表明,潜在的中心(表皮生长因子受体,IL4,喀斯特,IBSP)和瓶颈(CLU和SLC10A1)确认以上在硅的结构网络中的重要作用。需要进一步的实验数据来验证这些关键基因在体外和体内,但最近的证据表明他们参与病毒感染。例如,基因功能的瓶颈CLU仍不清楚,但是最近的转录组和蛋白质组数据证明CLU顶级基因过表达的病毒感染(19]。

3所示。讨论

3.1。进入血巨细胞病毒触发系统网络

遗传学和生物化学研究病毒条目使用传统方法已经确定了几个病毒途径进入宿主细胞(1,7- - - - - -9]。然而,病毒的分子机制在很大程度上仍难以捉摸。我们系统地收集了现有数据库的路径组件为系统的无标度网络阐明条目(图血巨细胞病毒的复杂性1)。系统网络方法的优点是,它占所有组件之间的交互和相声和对待整个交互作为线性电路的网络,而不是通过传统的方法作了新的阐释。的相声大多忽略了在传统的研究中可以显著促进真正的表型(20.),他们包含在目前的系统网络。网络构建在目前的研究是基于当前的数据库。未来的数据库更新和系统蛋白质数据可能略有变化的联系网络;此外,我们的网络需要验证的数据直接实验证据与系统生物学方法。然而,我们的网络数据库的总体架构预计不会大幅改变,因为它稳定的普遍特性和无尺度和层次结构(图1)。因此,网络构建研究中可以适应一般分析宿主相互作用的分子机制,可以发现在药物发现中的应用对病毒条目。

传染性病原体进入宿主细胞激活复杂的生物过程(1,21- - - - - -23]。先前的研究表明,入口刺激血巨细胞病毒基因表达各种途径的组件,如那些参与免疫反应,钙运输和信号转导6- - - - - -9,13,24,25]。在目前的研究中,我们系统地确定了系统网络和动态分子模块由条目血巨细胞病毒激活,这不仅包括基因和通路之前报道还有那些发现了在目前的研究(图2)。功能模块的动态激活细胞粘附和骨骼等运动后立即感染(~ 5分钟π,图2)和无条理地调节基因在大多数模块(图2)表明,比想象的更复杂的分子系统应对早期血巨细胞病毒触发条目。

3.2。进入血巨细胞病毒需要协调的网络模块的交互

传染性病原体可以很容易地结合细胞表面通过化学相互作用,但较低的亲和力。Microbe-specific受体和coreceptors需要加强这些绑定,但他们不太可能充分成功的条目,需要从其他官能团微妙的贡献。例如,钙运输和细胞骨架的运动,通常观察到在微生物条目,对于生存至关重要一些receptor-ligand交互和起着至关重要的作用在加强microbe-attachment细胞表面(26]。类似的角色对信号转导、免疫反应,和染色质重塑26]。因此,需要一个高度协调的复杂网络微生物进入细胞但尚未阐明直到现在1,22,23,27]。在这里,我们的数据显示一个HCMV-upregulated网络,包括大分子代谢和染色质重塑,信号转导,骨骼发育,免疫反应,内吞作用和离子运输(图3)。因为这个网络包含所有通道组件与条目血巨细胞病毒迄今已知,这个网络可能代表一个完整的协调网络足以调节进入血巨细胞病毒。令人惊讶的是,与核酸代谢相关的基因和染色质重塑成为主流网络调节血巨细胞病毒,这表明细胞核酸在进入血巨细胞病毒活动转变是一个重大的事件。一致,研究证明,染色质组装在早期条目通过血巨细胞病毒激活细胞染色质系统(28]。这将是有趣的看到更多见解细胞染色质重塑后感染血巨细胞病毒通过测量它们像CHIP-seq通过高通量测序技术。

不同微生物物种利用类似的生物处理条目,但调解这些生物过程通常表现出特有的路径组件。尤其是细胞受体具有高度生物。至于,血巨细胞病毒整合素促进进入血巨细胞病毒(7,10,13]。事实上,一个成功的integrin-ligand高亲和力附件取决于分子在膜表面如何应对integrin-ligand粘附[26]。其他蛋白质,如粘着斑激酶、磷酸磷脂酰肌醇激酶,f -肌动蛋白,需要被激活之前整合素受体激活(26,29日]。超表达的基因在受体和信号转导组(图3)可能对整合素激活账户。例如,PIP5K3 (phosphatidylinositol-3-phosphate /磷脂酰肌醇5-kinase,类型I)调节肌动蛋白细胞骨架和粘着斑;Dok2(停靠蛋白2)起着关键作用的整合素由外向内信号通过物理和功能互动与整合素avb3;MAPK10(增殖蛋白激酶,MAP激酶活动)中扮演着重要角色在粘着斑;RAP2A (RAS相关蛋白2)从事beta2整合蛋白;IBSP (integrin-binding唾液蛋白)对细胞粘附与整合蛋白相互作用。这些发现进一步主张整合蛋白受体网络进入血巨细胞病毒。

提出了多个受体进入血巨细胞病毒,但是他们没有明确标识(6- - - - - -9,13]。一些18受体组的成员在图3可能作为受体血巨细胞病毒。特别是对HCMV-upregulated基因重要网络可能进入血巨细胞病毒的关键。一般来说,网络中枢纽和瓶颈可能至关重要(15- - - - - -18]。借我们确定了表皮生长因子受体基因在硅片,IL4,喀斯特,IBSP枢纽和俱乐部和SLC10A1调节血巨细胞病毒网络(数据瓶颈4和5)。中心和瓶颈是新兴的概念,没有可用的标准算法来识别它们。标识的中心和瓶颈可能是偏见取决于所使用的算法和网络资源来构建网络。我们在研究中合并所有数据库(图1)数据库来消除偏见和网络连接的节点的贡献和直径计算(数据4和5与网络中心)是一致的(30.)是至关重要的网络(数据未显示)。关键节点识别通过这种方法已经被证明是真实的实验数据在我们之前的研究14]。因此,这里的枢纽和瓶颈识别有可能自然HCMV-upregulated网络和中必不可少的构成的蛋白质可能进入血巨细胞病毒的必要条件。

作为中心的一员,此前曾报导过表皮生长因子受体作为重要组成部分HCMV-upregulated网络虽然这个结果需要确认(8,9]。更详细的要注意表皮生长因子受体研究中使用的注释,因为有三个注释表皮生长因子受体人类基因组中的基因,即加入号码# AF277897(位于chr7: 55200539 - 55203821), # U95089 (chr7: 55054067 - 55192136),和# U48722 (chr7: 55054221 - 55192136)。相应地,Affymetrix芯片的探针装置有三种:1565484 _x_at, 210984 _x_at, 211607 _x_at。在我们的基因表达的实验中,表达的表皮生长因子受体相对应的基因加入# AF277897调节,但其他两个表皮生长因子受体基因表达下调。我们专注于表皮生长因子受体与加入# AF277897因为它表达增强的时间点(5分钟到25分钟π)。我们的网络数据还显示,相同的表皮生长因子受体可能扮演着一个重要的,如果不是必要,作用和附件血巨细胞病毒,至少在早期阶段(数字4和5)。

一个类似的角色被发现对于其他中心。喀斯特是一种蛋白质在小GTPase总科所激活的整合蛋白在病毒进入。喀斯特还与多个免疫受体,参与多个通路与细胞粘附和病毒相关条目,如调节肌动蛋白细胞骨架,紧密连接,EGFR-ErbB (erythroblastoma病毒基因产物同系物)信号通路,以及MAPK信号(http://www.genome.jp/kegg/)。IL4是一种细胞因子,促进病毒入口(31日]。IBSP唾液蛋白,可以绑定到另一个组件的整合素受体系统[血巨细胞病毒7,10]。两个糖蛋白(SLC10A1, CLU)被确定为瓶颈(数字4和5)。SLC10A1(溶质载体家庭10)属于钠/胆汁酸转运蛋白家族。离子运输中扮演一个重要的角色在整合素结合病毒输入如上所述。此外,SLC10A1也参与脂质和脂蛋白代谢(http://www.reactome.org/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=73923),这可能与脂质筏,信号在病毒条目。CLU (clusterin)的硫酸化糖蛋白所激活的病毒感染(32)和调节细胞通讯和信号转导相关的感染如补体lectin-induced (http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=10878),NF-kappaB通路(33]。因此,这些中心和瓶颈识别可能重要的条目血巨细胞病毒虽然他们必须通过生物实验进行验证。

血小板源生长因子-α受体(PDGFRα据报道作为条目(血巨细胞病毒的受体)12),但我们的数据没有识别出这是一个关键基因,类似于先前公布的数据(34在这PDGFRα(1731 _at M21574)改变了褶皱−1.1在30分钟。这种差距的原因仍不清楚,但不同的细胞系可能导致这种差异因为病毒进入的通路组件可能随细胞(35]。在我们的实验室和其他34]人包皮成纤维细胞(高频电炉),感染血巨细胞病毒研究经常采用细胞系,但上述报告(使用12)使用人类胚胎肺成纤维细胞(hel)。进一步的实验将有助于阐明PDGFR的保护程度α在揭露和进入血巨细胞病毒的确切角色进入血巨细胞病毒的关键蛋白质识别以及识别更多的条目血巨细胞病毒的关键蛋白。

在这项研究中,我们使用了基因表达数据丰富protein-interaction网络。这个激活网络可能不完全符合这些来自蛋白质水平的数据,但基因组Affymetrix微阵列采用测量的数据通常是重叠与蛋白质组学数据(36]。我们的研究结果对复杂网络入口和血巨细胞病毒激活的调节网络应该强调血巨细胞病毒分子复杂性病毒条目。针对一个或两个受体蛋白目前工作可能不会有效地阻止病毒进入和防止病毒蔓延的细胞。快速变化的动态模块和散度基因组血巨细胞病毒(3)使它具有挑战性的发展一个有效的策略来阻止病毒进入,但这里的调节网络标识,我们已经开发出的方法应该躺一个框架进一步解剖分子病毒入口和促进有效的药物开发的复杂性。

4所示。方法和材料

4.1。病毒和细胞

原代人包皮成纤维细胞实验都使用(高频电炉)(cc - 2509)从Clonetics(圣地亚哥,CA)如前所述13]。短暂高频电炉培养在湿润孵化器在37°C的5%二氧化碳和维护在杜尔贝科的修改鹰介质(DMEM)补充(卷/卷)为10%胎牛血清(GIBCO / BRL), 1%(卷/期)penicillin-streptomycin (GIBCO / BRL)和0.2%(卷/期)二性霉素B两性霉素B (GIBCO / BRL)。汤血巨细胞病毒株从美国获得类型文化集合(写明ATCC,罗克维尔市,MD)在医疗公平基金传播。是血巨细胞病毒的收获和离心纯化,其次是蔗糖梯度离心如前所述[37]。病毒股票整除存储在液氮中。病毒进入实验,细胞生长汇合,在正常培养基的边后卫血巨细胞病毒感染的莫伊10确保每个细胞的感染。在感染后在指定的时间点(5分钟到25分钟),PBS的细胞被洗一次,使胰蛋白酶化并通过离心收集。样品处理没有病毒被用作控制和处理在相同的条件下,样品处理。血巨细胞病毒

4.2。RNA提取和微阵列杂交

使用RNeasy RNA RNA是提纯净化设备(试剂盒Inc .瓦伦西亚,CA)其次是DNase治疗消除所有的DNA的痕迹,根据制造商的建议。GeneChip一个周期目标标签和控制试剂(Affymetrix,圣克拉拉,CA)是用于过程RNA和杂交后,制造商的协议。Affymetrix人类基因组U133 + 2.0数组,其中包含超过47000个记录,完全覆盖整个人类基因组,在本研究中使用。实时存在被用来验证11个基因的微阵列数据,结果显示高相关性(皮尔森他们之间)(图S2)。

4.3。网络大会

我们建造了一个分子相互作用网络通过结合现有的网络数据库方法后,通过我们的以前的报告14和其他出版物38,39]。暂时我们搜查了来源,目标,和从数据库交互类型,然后合并在一起(补充表S1,例如)。我们当前的网络包括数据库后,蛋白质,和交互从绑定(http://bond.unleashedinformatics.com/Action),下降(http://dip.doe-mbi.ucla.edu/),HPRD (http://hprd.org/),加固装订http://www.blueprint.org/products/prebind/index.html),策划炎性疾病数据库,EMBL的人体数据库(38- - - - - -41),biocarta (http://www.biocarta.com/pathfiles/h_inflamPathway.asp,http://www.biocarta.com/pathfiles/h_LairPathway.asp)KEGG (http://www.genome.jp/kegg/pathway.html),细胞因子数据库(http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp/),NF -κB (http://people.bu.edu/gilmore/nf-kb/)和NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)。从上面的数据库中提取的交互图所示1。例如,共存与文学互动EMBL的人类从数据库提取和文献挖掘,分别为(38- - - - - -41]。

4.4。网络分析

微阵列数据分析使用我们之前的方法(14]。简而言之,Bioconductor R项目(42)是用于质量评估、背景调整和标准化,基因表达值估计。感染后评估了基因的微分表达式/模拟控制在两个时间点的双尾t以及在limma包中实现。基因与P值<。05和fold change >2 between infection and control were considered as significance altered by infection (Supplementary Tables S1–S3).

基因显著改变基因表达在protein-interaction用于重叠组件网络如前所述。这些重叠网络成为了网络激活在进入血巨细胞病毒(——和表达下调)。激活网络分解为功能模块基于拓扑连接强度(学位截止> 2,节点评分截止> 0.2,k-score > 2, max.depth > 100)和基因功能浓缩()(http://www.geneontology.org/)[43- - - - - -46]。基因分类根据基因本体数据库()(http://www.geneontology.org/)[47]。

承认

作者感谢荣海提供技术支持和刘Fenyong支持。

补充材料