苏维军AU - Liu Di AU - Xu Xinyan AU - Wen Junmiao AU - Xie Liyi AU - Zhang Junhua AU - Shen Yuxin AU - Jiang guo - liang AU - Chen jia - yan AU - FanMin PY - 2018 DA - 2018/08/30 TI - Integrated Genome-Wide Analysis of Gene Expression and DNA Copy Number Variations Highlights Stem Cell related Pathways in Small Cell食管癌SP - 3481783 VL - 2018 AB - 目的/ 目标．原发性小细胞食管癌(SCEC)是一种罕见的侵袭性恶性肿瘤，目前尚无任何前瞻性的临床试验或既定的治疗策略。尽管以往的研究表明SCEC和小细胞肺癌(SCLC)在临床表现、病理和形态学方面有相似之处，但关于这种高度恶性肿瘤的遗传信息很少。目前，SCEC患者是根据SCLC的指南进行分期和治疗的。然而，早期复发和远处转移是常见的，长期存活的很少。目前可用于复发性鳞状细胞癌患者的治疗方案相当不令人满意，其预后普遍较差。因此，迫切需要新的治疗方法来治疗SCEC，并需要对其潜在的遗传机制有更深入的了解。目前的研究旨在描述SCEC的基因表达谱和拷贝数变异(CNVs)，以明确可能具有临床意义的分子标记和途径。 材料/ 方法．使用Affymetrix HG U133 Plus 2.0阵列，对三组匹配的初级SCEC和从机构组织库获得的相邻正常组织样本进行从头表达阵列。在个体组织归一化后，使用统计软件genspring GX 12.5测定肿瘤中相对于其配对正常组织的差异表达基因(DEGs)。除功能注释和基因相互作用网络外，分别使用DAVID 6.8和STRING 10.0进行基因富集。如果在至少2个样本中观察到基因改变，则判定为复发。X染色体和Y染色体不包括在计算中，因为性别差异是一个已知的分析偏差来源。通过RefSeq Transcript ID基因表达谱分析，至少有一个SCEC样本的DEGs可以被定位到CNV区域(FC≥2,FDR < 0.01)。利用DAVID 6.8对这些重叠基因进行功能注释。为了阐明CNV对mRNA表达的影响，我们整合了3对样本的全基因组拷贝数和基因表达。利用先前发表的集成微阵列数据作为参考，计算复发性DEGs的cnv相关基因表达畸变(CNV-FC)。 Pearson’s correlation coefficient was employed to determine if there was a statistical correlation between the gene expression log₂使用SPSS 19.0软件。CNV-FC≥2和 r ≥ 0．6 （ p < 0．05 )被确定为与癌症潜在相关的基因。 结果．首先从SCEC和正常组织中提取高质量的DNA和总RNA。微阵列数据显示，SCEC中WNT基因显著上调，PTEN和notch基因显著下调。功能注释显示，与相应的非癌组织相比，SCEC中与DNA复制、有丝分裂、细胞周期、DNA修复、端粒维护、RB和p53通路相关的基因发生了显著改变(Benjamini) p < 0．05 ）．在所有SCEC标本中均发现13例复发性cnv。所有样本中，染色体增益区域位于14q11.2，缺失区域位于4q22.3-23.3、3q25.31-q29、5p15.31-15.2、8q21.11-24.3和9p23-13.1。在两个样本中，14q11.2-32.33区域被扩增，而3p26.3-25.3、4p16.3-11、4q11-22.3、4q23-25、8p23.3和16p13.3区域被缺失。我们进一步鉴定了所有三个样本中SCEC和非癌组织之间的306个拷贝数和表达一致的基因(194个上调，112个下调)。根据功能注释，这些基因与细胞周期、有丝分裂、DNA修复、P53通路和RB通路相关的基因显著富集。这306个deg还包括上述通路的网络基因，如NUF2、CCNE2、NFIB、ETV5、KLF5、ATAD2、NDC80、ZWINT等。此外，39个个体DEGs显示至少2倍拷贝数相关表达变化(中位数:5.35,95% CI: 4.53-16.98)， Pearson相关系数≥0.6 ( p < 0．05 )，其中PTP4A3的相关性最高(CNV-FC = 21362.13;Pearson相关系数= 0.9983; p ＝ 0.037 ）．在无监督的双向(基因和样本)层次聚类中，观察到属于每个SCEC和非恶性组织的两组不同的基因。 结论．目前的研究是第一次产生关于SCEC在转录水平和与cnv相关的基因组签名的数据。我们的初步数据表明WNT和notch信号可能在SCEC和过表达PTP4A3中发挥关键作用，这是一个潜在的治疗靶点。我们的发现需要进一步验证。SN - 1687-966X UR - https://doi.org/10.1155/2018/3481783 DO - 10.1155/2018/3481783 JF - Stem Cells International PB - Hindawi KW - ER -