水库的细菌外毒素基因在环境中

文摘

许多细菌产生分泌毒性因素称为外毒素。外毒素通常由移动遗传编码元素,包括噬菌体(噬菌体)。噬菌体遗传信息转移到细菌感染。当一个噬菌体将毒性基因转移到一个无毒细菌,这种细菌可以获得引起疾病的能力。重要的是要理解所扮演的角色携带这些基因的噬菌体进化的病原体。这是第一次报告的水库环境细菌外毒素基因在一个典型的主机。筛选细菌隔离从环境中通过PCR鉴定一个孤立的DNA序列> 95%相同金黄色葡萄球菌肠毒素基因(海)。16 s DNA序列比较和增长的研究确定了环境隔离好寒性的假单胞菌spp。结果表明海基因存在于另一种细菌宿主,为环境提供第一个证据池外毒素基因的细菌。

1。介绍

外毒素分泌多肽是由某些细菌病原体。许多外毒素基因进行移动遗传元素,包括细菌病毒(噬菌体或噬菌体)。这些毒性基因负责许多与人类疾病相关的症状(1- - - - - -3]。作为高度移动的遗传成分,噬菌体可以随时不同环境之间移动,通常比细菌同行更耐环境压力(4- - - - - -11]。因此,噬菌体可能生存在环境中水库没有特点。住在这些环境水库、噬菌体可以影响进化的细菌在这些环境在几个不同的礼仪。水平基因转移在噬菌体和细菌会导致新的病原体的快速进化,可能严重影响公共卫生12]。

当一个噬菌体感染细菌,两种可能性也许结果。一种可能性是,噬菌体可以复制本身使用噬菌体与宿主因素,导致溶解细菌的宿主和发布新的噬菌体(溶解性的生活方式)。或者,噬菌体可以整合到细菌基因组和细菌宿主可以利用某些基因的噬菌体在其基因组携带自己的利益(溶原性的生活方式)13]。如果一个噬菌体编码毒力基因,如外毒素基因,噬菌体可以促进这些基因的转移艾细菌主机,从而增加外毒素基因池。

的毒素霍乱弧菌(霍乱毒素),大肠杆菌(志贺毒素),棒状杆菌属白喉(白喉毒素),金黄色葡萄球菌(肠毒素)是由噬菌体编码(14- - - - - -17]。的葡萄球菌肠毒素(海)携带的基因毒性菌株金黄色葡萄球菌是由多个噬菌体编码,包括ϕ11日,ϕ12日,ϕ13日,80年α和42 d [18- - - - - -21]。其他毒素是由噬菌体隔绝金黄色葡萄球菌病毒从动物、食物、和环境(20.,22- - - - - -31日]。考虑到多个金黄色葡萄球菌毒素是由噬菌体编码的,有可能是多个转导事件随时间导致了电流的一代强金黄色葡萄球菌菌株。环境毒素基因的水库将提供新颖的毒力基因,以及小说噬菌体和细菌之间的基因交换主机,可以提供新颖的人类病原体的进化机制。

探索这一假设,我们培养环境细菌和筛选他们phage-encoded外毒素基因。在这项研究中,我们描述了孤立的细菌从环境环境空气和phage-encoded分离株的筛选海基因PCR试验使用exotoxin-specific殖民地。一个隔离被确认为阳性海基因的序列海基因决定。使用16 s rDNA PCR测序和比较nonredundant基因库核苷酸数据库,我们确定环境隔离是小说主机海外毒素。这是第一次报告的另一种细菌宿主环境,带有phage-encoded外毒素基因通常与不同的细菌宿主。

2。结果

2.1。培养和Exotoxin-Specific(海)PCR筛选环境隔离

细菌分离培养从周围的环境暴露Luria Bertani(磅)板空气,然后在室温下孵化48 - 72小时。八十九隔离亚文化到无菌96 -孔板包含磅与15%的甘油,和增加曝气48 - 72小时。使用特定的菌落PCR葡萄球菌肠毒素(海)基因,每个培养环境隔离的筛查海基因。89年分离筛选,一个假定的海积极的隔离被确认。孤立的单菌落纯化,海PCR是重复这个纯化分离确认隔离(SEAB3C070426 lab-designated识别)是积极的海基因。由此产生的海特殊技能PCR产品是gel-purified和测序。

2.2。描述环境隔离

培养和纯化环境隔离(“SEAB3C070426”)是微生物革兰氏染色法和微观评价的特征。环境隔离被认定为革兰氏阴性杆。此外,对分离纯化的生长特性评估金黄色葡萄球菌已知的海外毒素基因(金黄色葡萄球菌食品研究院913株)。环境隔离不生长金黄色葡萄球菌浓缩媒体35°C (32在室温下),但长在磅后48 - 72小时。相比之下,金黄色葡萄球菌FRI913控制了富媒体和磅在温度。

分子识别培养环境隔离着海执行序列,16 s rDNA菌落PCR和由此产生的PCR产物测序。结果16 s rDNA序列导入到ARB细菌16 s rDNA数据库来识别其最近的亲戚下游系统发育分析(33]。16 s rDNA PCR产物序列分组假单胞菌种虫害使用ARB对齐。最近的亲戚被ARB出口,用于生成一个系统发育树。的系统发育分析环境空气隔离,其最近的亲戚,并选择外围集团(包括金黄色葡萄球菌)进行利用PAUP *程序(图1)[33]。共识树生成的最大似然(ML),最大的吝啬(MP),和邻居加入(NJ)分析分组的环境空气隔离假单胞菌spp。,而不是金黄色葡萄球菌。毫升、议员和NJ bootsrap值一致的主要分支树分离的环境空气隔离金黄色葡萄球菌并分组假单胞菌种虫害≥94。加入基因库的环境隔离FJ979636“SEAB3C070426”。

2.3。大海PCR产品的特征

测序的海PCR产物从环境获得隔离产生了280个基点的DNA序列。放大序列的核苷酸组成进行了分析使用BioEdit [34]。放大的序列PCR产品含有超过92 G + C含量30%预测氨基酸。ClustalW [35)翻译的部分序列的一致性海相关基因与已知的海如图S1基因呈现在网上补充材料:http://dx.doi.org/10.1155/2010/754368。对nonredundant BLASTN对齐序列的基因库数据库确认放大PCR产品共享95 - 96%核苷酸序列与已知的身份海基因。最明显的是,放大PCR产品是类似于一个已知的96%金黄色葡萄球菌噬菌体,ϕNM3。的部分序列的多个对齐海有关的基因和指导树顶部BLASTN达到生产使用ClustalX2 [36)(图2和3)。BLASTN对齐的海相关基因与注释金黄色葡萄球菌从种子基因组数据库也执行(37]。该联合表示,海相关基因与其他金黄色葡萄球菌(补充图S2) phage-associated肠毒素基因。的海有关的基因被上传到基因库加入数据库和数字是HQ698309。

3所示。讨论

外毒素基因转移到新的,还无特征,细菌宿主可能促进小说人类病原体的进化。许多phage-encoded产生的外毒素基因的目标蛋白质合成等关键真核细胞过程(38- - - - - -43]。这些噬菌体编码的基因与人类疾病相关的症状。直到最近,大多数传染病流行病学和生态学研究主要集中在细菌的存在和活动本身,忽视了潜在的重要作用的噬菌体的外毒素基因和他们的角色在传输这些毒性特征(44- - - - - -47]。

的几个环境基因组序列分析表明,噬菌体携带外毒素基因在环境中是很常见的,但是16 s rDNA相同基因组的分析环境样品没有确定同源细菌噬菌体宿主(48]。这一发现的一个潜在的解释是噬菌体在交替环境可能传播细菌宿主而不是通常与人类疾病相关。的经典教科书描述phage-bacteria交互意味着噬菌体感染只限于特定主机。然而,随着生态和生理的噬菌体被进一步研究,很明显,一些噬菌体可以感染多种细菌宿主(23,49- - - - - -73年]。噬菌体的例子,外毒素基因,可以感染替代主机包括ctxϕ(感染霍乱弧菌和弧菌mimicus(74年]),stx2噬菌体感染大肠杆菌和肠杆菌属下水道(75年]),和肉毒杆菌毒素E噬菌体感染肉毒梭状芽胞杆菌和butyricum梭状芽胞杆菌(76年])。

噬菌体发展的机制,允许感染宿主范围的变化。噬菌体T2和噬菌体μ改变他们的尾巴纤维允许替代宿主感染(77年,78年]。博代氏杆菌属噬菌体进行多样性产生retroelements允许噬菌体感染细菌具有不同的细胞表面受体和生理学79年]。一些噬菌体可以与内生溶原性细菌灭活或重组,改变其宿主范围(45,80年,81年]。国米,种内的噬菌体的例子显示一个大的感染范围比以前认为已经演示了通过实验室实验菌株(52,62年,65年,67年,71年,72年,82年- - - - - -87年]。

感染的主机在自然界中也得到了证实。噬菌体分离自然海洋环境已被证明巧妙地影响细菌群落的组成相同的环境(88年]。相反,噬菌体种群从土壤等自然环境,湖水,和海洋沉积物已被证明复制孵化时从不同的海洋环境微生物(6]。噬菌体的分布类型的比较在特定环境中相同类型的细菌中发现的环境表明,噬菌体与宿主范围很宽必须存在于自然界(89年]。此外,分析无教养的环境噬菌体库显示大量的移动元素和基因参与DNA的动员90年- - - - - -92年]。所有这些结果表明,噬菌体能够感染不同的主机环境,提供一个基因之间的传播细菌的主要机制。因此,噬菌体可以促进滥交的水平基因转移。

这份报告提供了第一个直接证据,替代微生物宿主可以携带外毒素基因。环境隔离种植从室外环境空气被证实携带海外毒素基因的重复exotoxin-specific PCR和测序和对齐的海特殊技能PCR产物。的海特殊PCR产品是相同的95 - 96%在核苷酸水平海基因在基因库nonredundant数据库。

当病原学上确定的特征,培养环境隔离不共享相同的特性的控制金黄色葡萄球菌FRI913应变携带海基因。它没有生长葡萄球菌浓缩的媒体,也没有共享相同的革兰氏染色法的属性金黄色葡萄球菌FRI913应变(环境隔离是一种革兰氏阴性杆与葡萄球菌这是革兰氏阳性球菌)。这些结果暗示海基因存在于另一种环境。

进一步支持这一结论提供了测序的16 s rDNA栽培环境隔离。对齐的16 s rDNA序列从这个隔离与ARB数据库隔离是表示假单胞菌种虫害,不组金黄色葡萄球菌。此外,系统发育分析利用PAUP *表明,隔离有关假单胞菌spp,而不是金黄色葡萄球菌。毫升,议员和新泽西的引导价值共识的主要分支树的隔离假单胞菌种虫害≥94,表明高概率,这些分支是健壮。这提供了健壮的统计证据表明,隔离是一个假单胞菌spp。进一步的证据支持这个环境空气隔离的识别是其相对G + C含量高(52.36%)和许多假单胞菌spp。,而低G + C含量金黄色葡萄球菌(32.8%)。

我们无法产生海阳性噬菌体的治疗环境隔离通过丝裂霉素C治疗(81年]。至少有两种可能的解释为什么环境隔离着海有关的基因,但没有产生噬菌体。第一,普遍性转导可能转移到一个地区的细菌染色体DNA包含海基因的假单胞菌种虫害没有集成的噬菌体本身93年]。第二,它是可能的,外毒素通过噬菌体转移,但随后噬菌体基因突变由于选择与有害噬菌体溶原性细菌中的基因(94年- - - - - -102年]。

基于生成的例子从文献和数据从这个研究中,我们提出以下模型转移phage-encoded给小说细菌外毒素基因导致创建一个新的人类病原体。一个“自由噬菌体池”(图4)可能会导致新的疾病暴发在三个方面:(i)外毒素基因的转导随后环境细菌感染人类;(2)的外毒素基因转导水库环境的细菌正常的人类微生物群;(3)转导与非人类动物相关的细菌,与随后的感染人类。在这三个场景中,一旦噬菌体在替代细菌传播主机可以溶解主机和重新进入“free-phage池”准备转换到其他细菌外毒素的基因。在这种方式中,基因是在环境中保持独立于细菌宿主通常参与人类疾病。

的证据表明,有一个环境宿主细菌外毒素基因不是通常与人类疾病相关,表明新型疾病的可能性可能演变通过毒力基因的水平转移通过转导新的微生物宿主(图4)。

4所示。材料和方法

4.1。取样的室内和室外空气

收集细菌空气隔离,仅有Bertani(磅)琼脂板含有50毫克cyclohexamide防止真菌生长,被暴露于环境空气。这些板被孵化在室温下48 - 72小时。磅板上的所有增长隔离条件然后亚文化进入无菌96 -孔板包含磅和15%的甘油。这些亚文化隔离种植,曝气,在室温下48 - 72小时然后储存在4°C,直到通过PCR筛选。

4.2。PCR检测和排序

最初一个菌落PCR试验被用来屏幕葡萄球菌肠毒素A (海)基因。的海特殊技能PCR引物扩增498个基点部分序列的编码区海基因。的海引物(向前底漆)5′-GCAGGGAACAGCTTTAGGC-3′和(反向引物)5′-GTTCTGTAGAAGTATGAAACACG-3′。确定细菌隔离着海基因,用16 s rDNA PCR鉴定和PCR产物测序。PCR引物用于16 s rDNA是(向前)5′-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3′(反向)5′-TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3′。5毫升的亚文化隔离悬挂被用作模板中海特殊技能PCR16S rDNA PCR。PCR热循环条件海特殊技能PCR和16 s rDNA PCR是如前所述103年]。控制可能PCR污染环境样本的dna, PCR都执行一个完全独立的房间,不同的建筑有不同的空气处理系统。PCR产品运行在1%琼脂糖凝胶在150 V。测序的海特殊技能进行PCR和16 s rDNA PCR产品在圣地亚哥大学微量化学核心设施。确认海PCR产品目标基因,BLASTN对齐的PCR产物进行反对nonredundant基因库数据库(104年]。12支安打顶部对齐,使用ClustalX2生成树(36]。

4.3。微生物鉴定的环境隔离

空气隔离着海——基因的特征是镀上金黄色葡萄球菌110媒体105年),丰富的媒体金黄色葡萄球菌和LB培养基。板块在室温和孵化在35°C。革兰氏染色剂也表现在隔离标识海通过菌落PCR阳性。

4.4。的分子表征环境隔离

系统发育分析16 s rDNA PCR产物序列的分子识别环境空气隔离。ARB的对齐16 s rDNA数据库被用来确定最近的亲戚到环境空气隔离用于创建一个系统发育树PAUP * (33]。最大似然(ML)中实现PAUP *建立最高的树下一个可能性HKY85序列进化的模型和估计核苷酸频率,形状参数,数量不变的网站。找到最好的ML树的启发式搜索方法包括100名随机添加序列搜索使用为分支交换。100毫升引导参与复制10随机序列搜索/复制。最好的最大的吝啬(MP)树被发现通过随机启发式搜索策略与100年复制序列。树一直在每个搜索的最大数量限制在1000人以内。议员引导分析使用搜索100引导程序复制数据集使用相同的启发式搜索策略除了10,而不是100年,搜索复制。Neighbor-joining (NJ)引导分析与1000年进行复制。

确认

诉卡萨斯得到了NIH /美国国家奖学金(5 r25-gm8907)少数生物医学研究的支持。这项工作是支持由美国国家癌症研究所资助U54CA132384一部分。作者感谢陈冲博士和圣地亚哥大学微量化学核心设施进行DNA测序。

补充材料

引用

1. d·p·法尔考,“细菌enteropathogens:一般特征,”航空杂志上Ciencias Farmaceuticas,17卷,25-55,1996页。视图:谷歌学术搜索
2. s . Leppla“炭疽毒素复杂,”原始资料的细菌蛋白毒素,j . Alouf和j .自由。,pp. 277–298, Academic Press, New York, NY, USA, 1991.视图:谷歌学术搜索
3. m·皮特曼“百日咳toxin-mediated疾病,”的概念儿科传染病,3卷,不。5,467 - 486年,1984页。视图:谷歌学术搜索
4. m . Muniesa f·卢塞纳,胜选,j . Jofre比较自由志贺毒素2-encoding噬菌体和生存大肠杆菌株肠道外,“应用与环境微生物学,卷65,不。12日,第5618 - 5615页,1999年。视图:谷歌学术搜索
5. r . Dumke美国Schroter-Bobsin、e·雅各布斯和Roske,“检测噬菌体携带志贺毒素基因1和2在废水和河流水样,”在应用微生物学字母,42卷,不。1,48-53,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. e .佐野美国卡尔森,l . Wegley和f . Rohwer说道,“运动生物群落之间的病毒,”应用与环境微生物学,卷70,不。10日,5842 - 5846年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. g . s . Johannessen c·e·詹姆斯·h·e·艾莉森,d·l·史密斯,j·r·桑德斯和a·j·麦卡锡“生存的志贺toxin-encoding噬菌体在堆肥模型中,“《微生物学字母,卷245,不。2、369 - 375年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. a . Aertsen d更快,c·w·米歇尔•“感应志贺toxin-converting前噬菌体大肠杆菌通过静水压力高,“应用与环境微生物学,卷71,不。3、1155 - 1162年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. l . Moce-Llivina m . Muniesa h . Pimenta-Vale f·卢塞纳,胜选,j . Jofre”生存的细菌指标物种和噬菌体热处理污泥和污水后,“应用与环境微生物学,卷69,不。3、1452 - 1456年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. 江s . c和j·h·保罗,“转导基因转移的海洋环境。”应用与环境微生物学,卷64,不。8,2780 - 2787年,1998页。视图:谷歌学术搜索
11. t . Hidaka和t .》”的耐热和chloroform-resistance海洋噬菌体,”回忆录的教员渔业、鹿儿岛大学,20卷,第158 - 155页,1971年。视图:谷歌学术搜索
12. h . Brussow、c . Canchaya和w·d·哈特“噬菌体和细菌病原体的进化:从基因组重组溶原性转换,“微生物学和分子生物学的评论,卷68,不。3、560 - 602年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. H.-W。阿克曼和m . s . DuBow原核生物的病毒;体积我:噬菌体的一般属性美国佛罗里达州,CRC出版社,波卡拉顿,1987。
14. 诉j·弗里曼,”研究bacteriophage-infected菌株的毒力白喉杆菌”,细菌学期刊,卷61,不。6,675 - 688年,1951页。视图:谷歌学术搜索
15. n . b . Groman噬菌体的关系的变化白喉杆菌从非病原性毒性。”科学,卷117,不。3038年,第299 - 297页,1953年。视图:谷歌学术搜索
16. 和j·j·m·沃德Mekalanos表示“由丝状噬菌体溶原性转换编码霍乱毒素,”科学,卷272,不。5270年,第1913 - 1910页,1996年。视图:谷歌学术搜索
17. d . w·k·艾奇逊,j . Reidl x张g . t . Keusch j。j Mekalanos表示和m·沃德”与志贺毒素1编码噬菌体体内转导,”感染和免疫,卷66,不。9日,第4498 - 4496页,1998年。视图:谷歌学术搜索
18. r·诺维克”属性的神秘的高频转导噬菌体金黄色葡萄球菌”,病毒学,33卷,不。1,第166 - 155页,1967。视图:谷歌学术搜索
19. m . j . Betley和j。j Mekalanos表示”葡萄球菌肠毒素一个是由噬菌体编码的,”科学,卷229,不。4709年,第187 - 185页,1985年。视图:谷歌学术搜索
20. d . c .科尔曼·d·j·沙利文,r . j . Russell j . p . Arbuthnott b·f·凯里,h . m .幽灵。”金黄色葡萄球菌噬菌体调停的simulataneous溶原性转换的β细胞溶解酶葡萄球菌激酶和肠毒素:三重转换的分子机制普通微生物学杂志,卷135,不。6,1679 - 1697年,1989页。视图:谷歌学术搜索
21. m . j . Betley s Lofdahl, b . n . Kreiswirth。”葡萄球菌肠毒素基因是遗传与变量相关联的元素,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷81,不。16我,5179 - 5183年,1984页。视图:谷歌学术搜索
22. p . Holochova诉Růžičkova r . Pantůček p . Petrašr . Janisch基因组的多样性和j . Doškař”两种血统的表皮剥脱的毒素A-converting噬菌体心态占据主导地位金黄色葡萄球菌菌株在捷克共和国,”微生物学研究,卷161,不。4、260 - 267年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
23. h . Hoshiba j .中山教授加藤s . i . et al .,”小说的隔离和表征金黄色葡萄球菌噬菌体,$\varphi$MR25,其治疗的潜力。”档案病毒学,卷155,不。4、545 - 552年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. j·d·卡罗尔·m·t·Cafferkey d·c·科尔曼,“F ', triple-converting噬菌体插入灭活血清型葡萄球菌aureusβ毒素行列式的一个共同的分子机制”,《微生物学字母,卷106,不。2、147 - 155年,1993页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. t .山口,t . Hayashi h . Takami et al .,“噬菌体转换的表皮剥脱的毒素生产金黄色葡萄球菌”,分子微生物学,38卷,不。4、694 - 705年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. y Endo, t·山田,k . Matsunaga y, sessue Hayakawa t . Kaidoh和竹内美国”,噬菌体转换的表皮剥脱的毒素金黄色葡萄球菌孤立的从奶牛乳房炎。”兽医微生物学,卷96,不。1,第90 - 81页,2003。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. r·m·邓普西d·卡罗尔·h·香港,l·希金斯c·t·基恩,d . c .科尔曼。”分421年,一个波士顿咨询公司我喜欢restriction-modification系统编码的金黄色葡萄球菌quandruple-converting噬菌体$\pi$42岁的”微生物学,卷151,不。4、1301 - 1311年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. c . Goerke j·科勒,c . Wolz“环丙沙星和甲氧苄氨嘧啶引起噬菌体感应和毒性调制金黄色葡萄球菌”,抗菌药物和化疗,50卷,不。1,第177 - 171页,2006。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. w·j·b·范Wamel s h . m . Rooijakkers m . Ruyken k·p·m·范·凯塞尔和j·a·g·范Strijp先天免疫调节器葡萄球菌补体抑制剂和趋化性抑制蛋白质的金黄色葡萄球菌是位于β-hemolysin-converting噬菌体。”细菌学期刊,卷188,不。4、1310 - 1315年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. r . Kumagai k Nakatani:池谷薰y陈宏伟,t . Kaidoh和竹内,“四或五倍的转换hlb、sak海(或9月),视交叉上核,和chp基因在非噬菌体β-hemolysin-producing牛隔离的金黄色葡萄球菌”,兽医微生物学,卷122,不。1 - 2、190 - 195年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
31. a·j·布兰登,旷y、m . Kurimoto k . Yamamichi h . Iwano y痰迹,隔绝污水入渗以及小说的表征金黄色葡萄球菌噬菌体与宿主范围广和强有力的溶解能力,”应用与环境微生物学,卷75,不。13日,4483 - 4490年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. Difco,Difco手册、Difco实验室、底特律,密歇根州,美国第十版,1984年。
33. d·沃福德,使用吝啬PAUP *:系统发育分析(*和其他方法)4.0 Beta美国,Sinauer Associates,桑德兰,质量,4.0 Beta版,2002年。
34. t·a·霍尔,“BioEdit:一个用户友好的生物序列比对编辑和分析程序为Windows 95/98 / NT,”核酸系列研讨会41卷,第98 - 95页,1999年。视图:谷歌学术搜索
35. j·d·汤普森·d·g·希金斯,t·j·吉布森“CLUSTAL W:改善进步的敏感性,通过序列加权多重序列比对,position-specific差距处罚和权重矩阵的选择,”核酸的研究,22卷,不。22日,第4680 - 4673页,1994年。视图:谷歌学术搜索
36. j·d·汤普森·t·j·吉布森,f . Plewniak f . Jeanmougin d·g·希金斯,“CLUSTAL X windows界面:灵活的策略多序列比对质量分析工具的帮助下,“核酸的研究,25卷,不。24日,第4882 - 4876页,1997年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
37. r . Overbeek t·贝格利r·m·巴特勒et al .,“基因组注释的子系统的方法及其在项目中使用注释1000基因组,”核酸的研究,33卷,不。17日,第5702 - 5691页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
38. k . Sandvig阿雀鳝,b . van Deurs“胞内运输和处理的蛋白质毒素产生的肠道细菌,”实验医学和生物学的发展卷,412年,第232 - 225页,1997年。视图:谷歌学术搜索
39. 通用汽车的科,c·a·埃尔哈特j . v . Rago et al .,“超级抗原的结构表皮剥脱的毒素表明小说监管作为一种丝氨酸蛋白酶,”生物化学,36卷,不。7,1564 - 1566年,1997页。视图:谷歌学术搜索
40. b·m·戴维斯和m·沃德”移动和细菌致病基因元素,”移动的DNA二世:l .克雷格·r·Gragie m·盖特纳和a . m . Lambowitz Eds。ASM出版社,页1040 - 1055年,华盛顿特区,2002年。视图:谷歌学术搜索
41. c . a . mim项目Mims传染病的发病机理、学术出版社,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国第四版,1995年版。
42. w·Ziebuhr k . Ohlsen h . Karch t . Korhonen和j .黑客“进化的细菌致病”,细胞和分子生命科学卷,56号9 - 10,719 - 728年,1999页。视图:谷歌学术搜索
43. 答:a . Salyers和d d ?威特细菌的发病机理:分子生物学方法,ASM出版社,华盛顿,美国,2002年。
44. s . m . Faruque i b . nas m . j .伊斯兰教et al .,“季节性流感流行的霍乱反向与环境霍乱的流行噬菌体,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷102,不。5,1702 - 1707年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
45. r·k·阿齐兹·r·a·爱德华兹,w·w·泰勒·d·e·低,a·麦基和m . Kotb“马赛克噬菌体原水平获得基因占了全球的出现和多元化传播M1t1克隆的酿脓链球菌”,细菌学期刊,卷187,不。10日,3311 - 3318年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
46. r·l·夏皮罗,c .夏德威,d . l . Swerdlow“肉毒中毒在美国:临床和流行病学检查,”内科医学年鉴,卷129,不。3、221 - 228年,1998页。视图:谷歌学术搜索
47. s . m . Faruque k·罗伊,a·r·m·a·阿利姆和m·j·阿尔伯特·a . k . Siddique”产毒素的分子流行病学霍乱弧菌在孟加拉国的数值分析研究核糖体rna基因限制模式,”临床微生物学杂志,33卷,不。11日,第2838 - 2833页,1995年。视图:谷歌学术搜索
48. 卡萨斯和f . Rohwer说道,“噬菌体宏基因组”,方法酶学卷,421年,第268 - 259页,2007年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
49. j . a . Baross j·斯通,r . y .盛田昭夫“生态之间的关系弧菌parahaemolyticus和agar-digesting弧菌属就是明证噬菌体敏感性模式,”应用与环境微生物学,36卷,不。3、500 - 505年,1978页。视图:谷歌学术搜索
50. j.p. Bollback和j.p. Huelsenbeck发展史、基因组进化和宿主特异性单链RNA噬菌体(家庭Leviviridae)”杂志的分子进化,52卷,不。2、117 - 128年,2001页。视图:谷歌学术搜索
51. c . Dini和p . j . De Urraza“隔离和选择肠出血性大肠杆菌噬菌体作为潜在生物防治剂和志贺产毒大肠杆菌(肠出血性大肠杆菌和STEC)牛。”应用微生物学杂志,卷109,不。3、873 - 887年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
52. t四郎、美国Toyoshima和t . Kawata”形态的品种和宿主范围弧菌parahaemolyticus噬菌体分离出海水。”应用与环境微生物学,44卷,不。2、466 - 470年,1982页。视图:谷歌学术搜索
53. m . l . Saxelin e . l . Nurmiaho m . p . Korhola诉Sundman”部分描述的新C3-type capsule-dissolving噬菌体链球菌cremoris”,加拿大《微生物学,25卷,不。10日,1182 - 1187年,1979页。视图:谷歌学术搜索
54. r·h·奥尔森,j·s·Siak和r·h·格雷”PRD1特点,质粒DNA噬菌体宿主范围广泛的依赖,”病毒学杂志,14卷,不。3、689 - 699年,1974页。视图:谷歌学术搜索
55. j·t·道格拉斯和s . s . Elberg”隔离布鲁氏菌melitensis噬菌体的广泛生物型和物种特异性。”感染和免疫,14卷,不。1,第308 - 306页,1976。视图:谷歌学术搜索
56. d·e·布拉德利j . n . Coetzee t . Bothma和r·w·赫奇斯“噬菌体X: plasmid-dependent,广泛的宿主范围,丝状细菌病毒,”普通微生物学杂志,卷126,不。2、389 - 396年,1981页。视图:谷歌学术搜索
57. j .安妮·w·Wohlleben和h . j . Burkardt”形态和分子特性的几个从土壤放线菌噬菌体分离溶解链霉菌属洋兰或美国Venezuelae”,普通微生物学杂志,卷130,不。10日,2639 - 2649年,1984页。视图:谷歌学术搜索
58. j . Hantula a库凯山、p . Vuoriranta和d·h·Bamford“生态噬菌体感染活性污泥细菌,”应用与环境微生物学卷,57号8,2147 - 2151年,1991页。视图:谷歌学术搜索
59. 松崎,s .田中t四郎,t . Kawata”一个broad-host-range vibriophage, KVP40,海水隔绝,“微生物学和免疫学,36卷,不。1,第97 - 93页,1992。视图:谷歌学术搜索
60. j . nol a . Groffen和w·m·德·沃斯·“ΦF1ΦF3,两个新颖的毒性,不同嗜热古细菌噬菌体感染菌株属的甲烷细菌属、”普通微生物学杂志,卷139,不。10日,2511 - 2516年,1993页。视图:谷歌学术搜索
61. d·h·Bamford j . Caldentey, j . k . Bamford“噬菌体PRD1:广泛的宿主范围dsDNA tectivirus内部膜,“病毒研究进展,45卷,第319 - 281页,1995年。视图:谷歌学术搜索
62. e·c·詹森·h·施克拉德,b . Rieland et al .,“流行broad-host-range裂解性噬菌体球衣细胞属•,大肠杆菌,铜绿假单胞菌”,应用与环境微生物学,卷64,不。2、575 - 580年,1998页。视图:谷歌学术搜索
63. a·o·科里奇美国奶油蛋白甜饼,s . Alpay s . s .科里奇和l .道,“比较研究阴道乳酸菌噬菌体分离出女性在美国和土耳其:患病率,形态、宿主范围,和DNA同源性,”临床免疫学和诊断实验室,8卷,不。1 - 39,2001页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
64. 片山h .佐藤晴m·a·汗·h·f . Kurisu t·米诺,“噬菌体活性污泥过程及其polyvalency隔绝,“水的研究,36卷,不。13日,3364 - 3370年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
65. 答:他和j·b·罗宾逊,“broad-host-range,广义转导噬菌体(SN-T)获得16 s rRNA基因不同属的细菌,”应用与环境微生物学,卷71,不。12日,第8304 - 8301页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
66. h . y y, d . r . Peng Xiong et al .,“核酸的研究大肠杆菌噬菌体与宿主范围广泛,其杀菌效果的污水样本环境,”中华刘兴宾雪,26卷,不。5,356 - 360年,2005页。视图:谷歌学术搜索
67. t . m . Ruokoranta a . m . Grahn j . j . Ravantti m . m . Poranen和d·h·Bamford”的完整基因组序列广泛的宿主范围单链RNA噬菌体PRR1地方levivirus属的特征与alloleviviruses共享,“病毒学杂志,卷80,不。18日,第9330 - 9326页,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
68. l·邓p·k·海斯,“证据对bloom-forming淡水蓝藻噬藻体活跃。”淡水生物,53卷,不。6,1240 - 1252年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
69. d . Schwudke a·埃尔k . Michael et al .,“Broad-host-range鼠疫噬菌体PY100:基因组序列,蛋白质组分析病毒粒子,和DNA包装策略,”细菌学期刊,卷190,不。1,第342 - 332页,2008。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
70. j .中山教授m . Rashel y Maeda et al .,”小说的隔离和表征粪肠球菌噬菌体φEF24C治疗候选人。”《微生物学字母,卷278,不。2、200 - 206年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
71. j . Dorscht j . Klumpp r . Bielmann et al .,“李斯特菌噬菌体的比较基因组分析揭示广泛的镶嵌性,编程平移移码,和小说前噬菌体插入网站,“细菌学期刊,卷191,不。23日,第7215 - 7206页,2009年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
72. s·m·雷曼,a . m . Kropinski a . j .城堡和a . m . Svircev broad-host-range的完整基因组欧文氏菌amylovora噬菌体$\mathrm{\Phi }$Ea21-4及其关系沙门氏菌噬菌体Felix O1群。”应用与环境微生物学,卷75,不。7,2139 - 2147年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
73. 俏x, y的太阳,j .乔f . Di Sanzo和l . Mindich”Φ2954表征,包含三个dsRNA新孤立的噬菌体基因组片段,”BMC微生物学第五十五条,卷。10日,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
74. s . m . Faruque m·m·拉赫曼。Asadulghani、k . m . n .伊斯兰教和j。j Mekalanos表示“溶原性转换的环境弧菌mimicus菌株CTXΦ。”感染和免疫,卷67,不。11日,第5729 - 5723页,1999年。视图:谷歌学术搜索
75. m . Mehrotra g . Wang和w·m·约翰逊,“多重PCR检测的基因金黄色葡萄球菌肠毒素,表皮剥脱的毒素,毒素中毒性休克综合征1,甲氧西林耐药性。”临床微生物学杂志,38卷,不。3、1032 - 1035年,2000页。视图:谷歌学术搜索
76. y周、h . Sugiyama和e·a·约翰逊”的neurotoxigenicity转移butyricum梭状芽胞杆菌一个艾肉毒梭状芽胞杆菌e型应变。”应用与环境微生物学卷,59号11日,第3831 - 3825页,1993年。视图:谷歌学术搜索
77. m . Yoichi m·安倍k . Miyanaga h .班次、y痰迹,“改变尾巴纤维蛋白gp38使T2噬菌体感染大肠杆菌O157: H7。”生物技术杂志,卷115,不。1,第107 - 101页,2005。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
78. c·科赫G·莫顿f . Rudt et al .,“可逆的G段”噬菌体μ:西蒙兹,a·杜桑万•普特p,和m .豪,Eds。,pp. 75–91, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 1987.视图:谷歌学术搜索
79. s . Doulatov a·赫德l . Dal et al .,”取向转换博代氏杆菌属噬菌体定义了一个家庭的diversity-generating retroelements。”自然,卷431,不。7007年,第481 - 476页,2004年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
80. 沿m . m ., a·赖特和d Botstein”重复感染排除在第22位前噬菌体溶原性细菌鼠伤寒沙门氏菌。二世。为两个排除系统遗传学证据。”病毒学,45卷,不。3、638 - 652年,1971页。视图:谷歌学术搜索
81. s . Maloy诉斯图尔特,r·泰勒病原菌的遗传分析:一个实验室手册,冷泉港实验室出版社,冷泉港,纽约,美国,1996年。
82. m . l . Saxelin e . l . Nurmiaholassila v . t . Merilainen和r . i Forsen超微结构和噬菌体的宿主特异性streptococcus-cremoris, streptococcus-lactis无性系种群diacetylactis,leuconostoc-cremoris从芬兰发酵牛奶Viili。”应用与环境微生物学52卷,第777 - 771页,1986年。视图:谷歌学术搜索
83. c·m·卡瓦略b•w•甘农d . e . Halfhide et al .,“两管理路线的体内疗效噬菌体鸡尾酒减少的数量弯曲杆菌杆菌和空肠弯曲杆菌在鸡。”BMC微生物学第232条,卷。10日,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
84. t . Kenzaka、k·塔尼语和m . Nasu“高频phage-mediated基因转移在淡水环境中在单细胞水平决定的,”ISME杂志,4卷,不。5,648 - 659年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
85. 埃文斯,m . a .乌鸦n r·威廉姆森et al .,”表征的broad-host-range flagellum-dependent协调高效的普遍性转导噬菌体,之间,沙雷氏菌属和Pantoea”,微生物学,卷156,不。1,第247 - 240页,2010。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
86. k .分s . k . Gupta分,s . c . Mandal和t . c . Ghosh”同义密码子和氨基酸的研究使用broad-host范围噬菌体KVP40偏见,”微生物学杂志,45卷,不。1,58 - 63、2007页。视图:谷歌学术搜索
87. m . Namura t . Hijikata k . Miyanaga检测和y痰迹。大肠杆菌用荧光标记的噬菌体宿主范围广泛大肠杆菌在污水。”生物技术进展,24卷,不。2、481 - 486年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
88. j . a . Fuhrman和m . Schwalbach“病毒影响水生细菌社区”生物公告,卷204,不。2、192 - 195年,2003页。视图:谷歌学术搜索
89. m·布莱巴特j . h .宅一生,f . Rohwer说道,“全球分销phage-encoded几乎一样的DNA序列,”《微生物学字母,卷236,不。2、249 - 256年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
90. m·布莱巴特·萨拉蒙在b·安德森et al。“无教养的海洋病毒基因组分析社区”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷99,不。22日,第14255 - 14250页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
91. m·布莱巴特休森,b .毡合et al .,“宏基因组分析的无教养的病毒社区从人类粪便,”细菌学期刊,卷185,不。20日,第6223 - 6220页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
92. m·布莱巴特l . Wegley利兹,t . Schoenfeld和f . Rohwer说道,“噬菌体在温泉社区动态,”应用与环境微生物学,卷70,不。3、1633 - 1640年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
93. a . Thierauf g·佩雷斯,a . s . Maloy“普遍性转导。”分子生物学方法卷,501年,第286 - 267页,2009年。视图:谷歌学术搜索
94. r . e . Lenski认为b·r·莱文,“限制细菌和烈性噬菌体的共同进化:一个模型,一些实验,和预测自然社区,”美国博物学家,卷125,不。4、585 - 602年,1985页。视图:谷歌学术搜索
95. m·t·霍恩,”共同进化的大肠杆菌,噬菌体在恒化器文化。”科学,卷168,不。3934年,第993 - 992页,1970年。视图:谷歌学术搜索
96. y Husimi”cellstat选择和噬菌体的进化,”生物物理学的进步,25卷,不。C, 1, 1989页。视图:谷歌学术搜索
97. e·a·苗和s·米勒”,进化的噬菌体宿植病原体相互作用,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷96,不。17日,第9454 - 9452页,1999年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
98. h . Neve k . i Zenz f . Desiere a .科赫k . j .海勒和h . Brussow溶原性模块的比较温和乳酸链球菌噬菌体TP-J34 Sfi21:对噬菌体的模块化理论进化。”病毒学,卷241,不。1,第72 - 61页,1998。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
99. r·w·亨德里克斯·m·c·m·史密斯,r·n·伯恩斯·m·e·福特和g . f . Hatfull”之间的进化关系不同的噬菌体和噬菌体原:世界上所有的噬菌体,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷96,不。5,2192 - 2197年,1999页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
100. m·a·Tormo-Mas米尔,a Shrestha et al .,“兼职噬菌体蛋白质去抑制葡萄球菌致病性岛”自然,卷465,不。7299年,第782 - 779页,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
101. 洛杉矶Marraffini和e . j . Sontheimer CRISPR干扰:RNA-directed适应性免疫的细菌和古菌”自然遗传学评论,11卷,不。3、181 - 190年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
102. r·格雷戈里·v . a·桑德斯和j·r·桑德斯”温和噬菌体感染的基于规则的模拟:restriction-modification作为感染细菌数量,限幅器”生物系统,卷100,不。3、166 - 177年,2010页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
103. 诉卡萨斯,j .宅一生h . Balsley et al .,“普遍发生phage-encoded外毒素基因在南加州陆生、水生环境中,“《微生物学字母,卷261,不。1,第149 - 141页,2006。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
104. s . f . Altschul w·吉斯•米勒(george w . bush), e·w·迈尔斯和d . j . Lipman“基本的局部比对搜索工具,”分子生物学杂志,卷215,不。3、403 - 410年,1990页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
105. Difco手册、Difco实验室、底特律,密歇根州,美国第十版,1984年。

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