研究文章
从高通量表观基因组学数据预测模型的基因调控
表3
区域考虑每记录轨迹计算的不同属性。我们定义了13个地区基于基因注释从Gencode version 7(运用62)。
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| 类型 |
地区 |
描述 |
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子2 kb |
地区开始2 kb上游的转录起始站点(TSS)和结束前1 bp TSS; |
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子5 kb |
上游地区开始5 kb TSS和结束前1 bp TSS; |
| 固定长度的区域 |
TSS±2 kb |
地区开始2 kb TSS的上游和下游结束2 kb |
| TSS±5 kb |
上游地区开始5 kb TSS和结束5 kb下游 |
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pA±2 kb |
地区开始2 kb上游下游的pA和结束2 kb |
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尾巴 |
地区开始1 bp pA和结束后下游2 kb |
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第一外显子 |
相应区域的第一外显子记录轨迹 |
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第一个内含子 |
区域对应于第一个内含子的轨迹记录 |
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GB |
基因体,地区之间的TSS和poly-adenylation站点(pA)的注释记录轨迹 |
| 变长区域 |
GB3′党卫军 |
地区前3′之间的剪切位点和注释记录轨迹的pA |
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GB±1 kb |
基因的身体额外的1 kb -和下游延伸 |
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GB±5 kb |
基因的身体额外5 kb -和下游延伸 |
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GB + 5 kb |
基因的身体额外的5 kb pA的下游延伸 |
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