TI-JOUR A2-Xu,Yuzhen AU-Chen,Yue AU-Yu,Xiaofei AU-Kong,Jia PY-2021 DA-2021/09/11 TI-通过转录组学分析SP-7331821 VL-2021 AB发现神经肽作为唐氏综合征和牙周炎之间潜在的串扰-
出身背景. 这项生物信息学研究旨在调查牙周炎(PD)和唐氏综合征(DS)之间潜在串扰基因、相关神经肽和生物学过程的关系。
方法. PD(GSE23586、GSE10334和GSE16134)和DS(GSE35665)的数据从NCBI基因表达综合数据库(GEO)下载。在PD数据标准化和合并后,进行差异表达分析(
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)PD和DS之间常见的去调控基因被认为是串扰基因。利用显著差异表达的基因构建共表达网络并进一步鉴定共表达基因模块。为了获得显著模块,利用模块中基因的显著表达水平来分析每个模块中基因的富集程度。神经肽从神经肽数据库中评估。将神经肽基因和串扰基因合并并映射到PPI网络中,并确定串扰基因的相关系数(Spearman)。
后果. 预测了138个串扰基因。根据功能富集分析,这些基因显著调节不同的生物过程和途径。在富集分析中,DS的显著模块为粉红色模块,而绿松石模块为PD的显著模块。获得了四个常见的串扰基因,即CD19、FCRL5、FCRLA和HLA-DOB。在这个复杂的网络中,INS和IGF2与CASP3和TP53相互作用,后者通常调节MAPK信号通路。此外,结果表明TP53与IGF2和INS相互作用,导致PI3K-Akt信号通路失调。在这两种疾病中,UBL与串扰基因呈正相关。LEP是一种神经肽和串扰基因,与其他串扰基因呈正相关。
结论. 不同的串扰基因,相关的神经肽,以及PD和DS之间的生物学途径和过程被揭示,这可以作为未来研究的理论基础。SN-0278-0240 UR-https://doi.org/10.1155/2021/7331821 DO-10.1155/2021/7331821 JF-疾病标志物PB-印度群岛KW-ER-