TY - JOUR A2 - Caetano-Anollés, Gustavo AU - Peterson, Joseph R. AU - Labhsetwar, Piyush AU - Ellermeier, Jeremy R. AU - Kohler, Petra R. A. AU - Jain, Ankur AU - Ha, Taekjip AU - Metcalf, William W. AU - Luthey-Schulten, Zaida PY - 2014 DA - 2014/03/04 TI - Towards a Computational Model of a Methane Producing Archaeum SP - 898453 VL - 2014 AB - Progress towards a complete model of the methanogenic archaeum Methanosarcina acetivorans.据报道。我们使用差分干扰对比显微镜表征细胞尺寸分布，发现它们具有椭圆形，平均长度和宽度为2.9  μ.M和2.3  μ.米在甲醇上生长时分别在甲醇上生长30％时，在乙酸盐上生长。我们使用单分子拉下（辛皮壳）技术来测量MCR复合物和核糖体的平均拷贝数。介绍了基于生物化学研究的甲基发生途径的动力学模型及几种相关甲烷的最近代谢重建。在该模型中，甲烷化途径中的26个反应与更新酶浓度的细胞批量生产反应偶联。用于在乙酸盐和甲醇上生长的细胞培养物测量的RNA表达数据（RNA-SEQ）用于估计每摩尔ATP的相对蛋白质产生。该模型捕获了实验观察到的甲烷的生产率，用于甲醇上生长的细胞，对甲基 - 辅酶-M还原酶（MCR）和甲基 - 四氢甲醇转移素（MTR）蛋白质最敏感。提出了一种基于已知互动的转录规则网络，我们打算与动力学模型进行整合，以允许动态调节。SN - 1472-3646 UR - https://doi.org/10.1155/2014/898453 Do - 10.1155/2014 / 898453 JF - Archaea PB - Hindwi Publishing Corporation KW - ER -