结核病（TB）是一种古老的传播疾病，过去几千年仍然存在，迄今为止仍然是全球主要的公共卫生问题。它是由称为密切相关的酸 - 快速细菌引起的 结核分枝杆菌复合体(MTBC)，包括七个人类采用的MTBC谱系(指定谱系1至谱系7)和两个适应于各种野生和家养动物但能够导致人类感染的谱系[ 1- 4.］.流行病学研究表明，这种生物具有很强的系统地理结构[ 5.- 7.]并适应对称人类人群[ 8.那 9.］.这使得这些血统在特定地理位置的特定人群中更占优势[ 1那 7.那 10.］.例如，谱系2（L2）在东亚最主要占主导地位，与毒力和耐药性比其他谱系更有关[ 11.那 12.］.L1（适度毒毒）和L3主要发生在印度洋周围的地区，而L5和L6则受到西非的受高额限制[ 13.那 14.］.L4通常在非洲，中美洲，欧洲和南美洲发现[ 15.]，而L7在埃塞俄比亚受到高度和专门的限制[ 16.］.这种采用可能是参与的结果[ 17.那 18.］.研究还表明，人类迁移极大地促进了结核病的传播，并导致MTBC遗传多样性的增加[ 9.那 19.- 23.］.

乌干达在世界22个国家之一，TB负担国家的最高国家[ 24.是继土耳其和巴基斯坦之后世界第三大接纳难民的国家，有超过136万难民[ 25.- 27.］.难民来自刚果民主共和国（DRC），布隆迪，埃塞俄比亚，厄立特里亚，卢旺达，索马里和南苏丹等国家。在过去的五年中，有一个大规模难民从DRC和南苏丹进入该国，该国拥有全国西南地区，该国适用于这些难民的大部分难民。这些难民九十二（92％）与当地社区一起生活，其中包括住宿和农业土地[ 27.］.在乌干达中部进行的早期研究表明，大多数结核病病例是由于MTBC系4分支乌干达家族(L4-U) [ 28.- 30.),欧美血统。该亚系的定义是724区差异(RD)和(SNP)分型33 - 36,40和43 spoligotype指纹间隔缺失，以及多个单核苷酸多态性(SNPs)。类似地，2010年Bazira及其同事在乌干达西南部利用spoligotyping进行的一项研究表明，该地区的大多数结核菌株属于乌干达基因型[ 31.］.然而，在一致的区域中始终寄存高TB发生率的地区涌入的事实要求更加了解该区域MTBC的分子流行病学和遗传变异，以便能够更好地控制TB的这种致病剂。

共有283份样本进行基因分型。大部分样本(246份，86.9%)来自乌干达患者。患者平均年龄34岁，男性居多(73.1%)。129例(45.6%)患者在研究时血清状态不明，不同意进行检测，26.9%的患者HIV血清呈阳性。在分析的283个样本中，59.7%(169)属于乌干达谱系(L4-U)， 14.5%(41)属于其他非乌干达谱系(L4-NU)， 15.2%(43)谱系3 (L3)， 4.2%(12)谱系4和谱系3均有扩增。剩余的18株(6.4%)菌株无法根据所使用的基因分型技术与任何谱系相匹配(图) 1)．在来自难民的37个样品中，8.1％属于L4-U系列，而分别为1.1％，3.2％和0.4％，分别为L4-Nu，L3和未分类的菌株。在来自乌干达患者的那些样品中，51.6％属于L4-U系列，分别为13.4％，12％和6％，分别为L4-Nu，L3和未分类的菌株（表 1)．

作为结果的血清分析表明，随着年龄，性别，艾滋病毒状况，收入水平，收入水平或TB历史，对每种MTBC血统的患者的比例没有差异。尽管存在乌干达基因型以较高比例的通过Genexpert或显微镜证实的那些，但该比例在统计学上没有统计学意义（ P. = 0.074 )(表 1)．进一步执行多项逻辑回归分析，以确定独立变量“患者国籍”与乌干达西南部循环的MTB谱系之间的关系（表 2)．据透露，乌干达患者的患者显着患有L4-U株（或：0.501; 95％CI：0.143-1.758; P. 值：0.281）当其他因素保持恒定时比难民患者。此外，该模型投射了那些乌干达患者不太可能有谱系3的菌株（ 或者 = 0.298 ），两个谱系3和4（ 或者 = 0.868 ）与非乌干达患者相比，与具有血统4非乌干达家族（参考分类）;但是，这并不统计学意义（ P. > ０．０５ )．相反，研究表明，在其他因素保持不变的情况下，乌干达患者患未分类菌株的可能性(95% CI: 0.130-13.54)是难民患者的1.342倍，但这在统计学上不显著( P. > ０．０５ )．

要深入了解MTBC人口结构，导致乌干达西南部的PTB，TB感染是广泛的，我们利用SNP打字分析来自乌干达和诊断PTB的非乌干达患者的283例痰样品。选择SNP打字，因为它被优化并被发现由WAMPANDE和同事歧视[ 37.］.我们的研究结果揭示了MTBC的异质性，导致该地区的PTB，L4是最主要的谱系，其中L4-U家族和L4-NU分别占所有病例的59.7％和14.5％。L4-U家族占乌干达51.6％，占8.1％的非乌干达患者，而L4-NU分别代表13.4％和1.1％。我们L4是本研究中最普遍的结果的结果是与表明非洲TB流行病的报道主要由L4菌株引起[ 15.］.L4是系统源性复合物，具有至少十个不同的额外升级，在地理分布方面不同，局部基因型占某些地区中循环菌株的比例较大[ 15.］.例如，l4 -喀麦隆家族几乎只在西非发现[ 14.]，而拉丁美洲-地中海(LAM)家庭则主要分布在赞比亚[ 38.那 39.］.同样，L4-U家族在乌干达中更占主导地位，而不是其他地方[ 4.那 28.那 31.那 40.］.我们的研究结果支持，表明L4-U在乌干达患者中最常见，而不是难民，与乌干达中部记录的63％相比[ 28.59.2％在乌干达西南部Mbarara进行的早期研究中报告[ 31.］.研究表明，在邻国，L4-U家庭不太常见。例如，坦桑尼亚报告了21.8％[ 40.] L4-U，而肯尼亚报告11％[ 41.］.因此，推测局部菌株更容易在给定的局部设置中传输，与他人相比。

在该研究中观察到的另一种谱系以相对高的比例为L3，患病率为15.2％。乌干达患者占该百分比的12％，而非乌干达人占3.2％。这种发现与乌干达中部进行的研究结果相当，发现L3为11％[ 28.］.乌干达的邻国各国如坦桑尼亚，苏丹，肯尼亚和卢旺达的研究还透露，L3（特别是中亚（CAS）家族）是PTB中的广泛含义[ 40.］.众所周知，即使在旧金山或伦敦这样的大都市地区，MTBC也会保持稳定，因为当地人和移民之间可能会有某种程度的混杂[ 42.］.这是几个研究的支持，这些研究表明MTBC优选地在SympaTric主机群体中传输[ 7.那 9.那 11.那 43.］.因此，由于这些观察，因此容易推测不同的MTBC谱系可能适应不同的人口，可能是由于MTBC的长心共存史及其人体宿主的结果[ 6.那 8.那 17.那 18.[与他人相比，局部菌株更容易在给定的局部设置中传输。我们观察到L4-U在该区域中主要是与该假设一致的。然而，需要进一步的工作来验证这种理论，包括探索MTBC遗传变异变异和人类之间的相互作用的研究。在我们的研究中，6.4％的样品没有放置在筛选的三个谱系中的任何一个，并且可能需要其进一步的表征，以更好地理解它们并将我们的知识添加到乌干达的这一领域的TB的分子流行病学。

本研究中使用的三个独特的SNP标记可能限制了我们检测该区域其他引起PTB的MTBC谱系的能力。尽管如此，我们的研究使用了一项当地研究验证的SNP标记，并考虑了患者群体来自非洲东部和中部地区的共同血统。

MTBC的异质性导致乌干达西南部的PTB与血统4乌干达家族菌株是最主要的。然而，这种多样性需要进一步确定更辨别的技术，例如分枝杆菌间隙的重复单位 - 可变数量的串联重复（Miru-VNTR）键入或全基因组测序。