gemifloxacin(C)的非线性光学性质18H20FN5O4)已用密度泛函理论(DFT)加以检验。分子的HOMO, LUMO组成,它们各自的能隙,MESP轮廓/表面也被绘制来解释gemiflo沙星的活性。利用6-31G(d,p)基集在DFT/B3LYP水平上测定和分析了标题分子的平衡几何和谐波频率。这两种优化后的分子的骨架都是非平面的。通常,已经观察到实验和计算的正常振动模式之间的良好一致性。
gemiflo沙星(7-[(4E)-3-(氨甲基)-4-甲氧基亚胺吡咯烷醇-1-yl]-1-环丙基-6-氟-4-氧-1,8-萘吡啶-3-羧酸)是一种口服广谱喹诺酮类抗菌剂,广泛用于治疗慢性支气管炎的急性细菌性加重和轻至中度肺炎[
目前通信的目的是研究由于标题分子的生物学和药物的生物阶段,在气相中的分子结构,振动光谱和能量数据分析。采用B3LYP方法采用密度泛函理论,分析了在研究中的结构和地 - 状态能量。为了获得更完整的分子振动描述,已经进行了振动频率计算。振动分析还提供有关指纹区域中的分子内振动的详细信息。报道的优化几何形状,诸如平衡能量,同源 - 叶片间隙,偶极矩,极化性以及第一静态超极化成分以及静电势轮廓和表面的分子性质也被用来了解分子的活性。
傅立叶变换红外光谱由FT-IR Perkin Elmer光谱仪记录,在KBr色散范围为400 ~ 4000 cm−1.采用紫外-可见分光光度计在室温条件下测定了gemif沙星的光学性质。用Perkin Elmer-Lambda 950紫外可见光谱仪记录光谱在190-800 nm范围内。将gemiflo沙星颗粒分散在蒸馏水中,测定其紫外-可见吸收度。图中给出了gemiflo沙星的模型分子结构
GEMIFLOXACIN的分子结构和编号方案。
归一化红外光谱的比较:(a)实验红外光谱(FTIR)和(b)用DFT(比例因子× 0.96)谐波计算得到的gemiflo沙星的比例模拟光谱。
gemiflo沙星的紫外-可见光谱。
在目前的通信密度泛函理论(DFT) [
使用纯洛伦兹带形状绘制的实验和计算的傅立叶变换红外光谱对比如图所示
使用B3LYP/6-31G(d,p)方法对gemifloxacin的构象进行了理论计算。该分子的势能面(PES)扫描图如图所示
PES扫描二面角N9- o3.- c28- h46在B3LYP /我感觉(d, p)。
PES扫描二面角C18- c23- c27- o5在B3LYP /我感觉(d, p)。
通过能量最小化,实现了最低能量共形体的平衡几何优化。由于计算得到的振动谱不包含虚波数,因此确定了所研究分子的优化几何位置在聚醚上的全局最小位置。给定的分子有三个环。这两个中有6个元素和1个5元素。环R1和R2在一个平面上,而环R3由于两个庞大的基团而偏离给定平面,一个在环R1的6N处,另一个在19C处。六元吡啶环R1中C-C的键长优化范围为1.367 Å ~ 1.475 Å,另一个吡啶环R2中C-C的键长优化范围为1.366 Å ~ 1.401 Å。对于五元吡咯环R3, C-C键长度相当高,在1.510 Å到1.536 Å之间。吡啶环R1附近的C23-C27键长优化值为1.496 Å,也高于R1的C-C键长。吡咯环R3附近的C15-C22键长优化值为1.546 Å,也高于R3中的C-C键长。吡啶环R1上的环丙烷另一个重要的C-C键长度是1.501 Å-1.508 Å。 The optimized C–N bond lengths in pyridine ring R1 are found to be 1.367 Å and 1.401 Å, while, in pyridine ring R2, the optimized C–N bond lengths are found to be 1.337 Å and 1.341 Å. On the other hand the optimized C–N bond lengths in pyrrole ring R3 are calculated as 1.473 Å and 1.469 Å, which is quite high in comparison to C–N bond length in both pyridine ring R1 and R2 because C–N bond in R2 is double bond while C–N bond in ring R1 has just double bond character due to delocalization of lone pair electrons of nitrogen in R1. C11–N6 bond length adjacent to ring R1 is found to be 1.451 Å, while C20–N7 bond length between ring R2 and R3 is calculated as 1.365 Å, which is quite small in comparison to C11–N6 bond length. The length of C19=N9 bond adjacent to ring R3 is found to be 1.276 Å, while C22–N10 bond length is found to be 1.465 Å. The length of C28–O3 bond adjacent to pyrrole ring R3 is found to be 1.425 Å. Values of all the bond angles are given in Table
优化了gemiflo沙星的几何参数、键长(Å)和键角(°)。
| 美国没有。 | 优化的参数 | 键长 | 优化的参数 | 键角 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | F1–C25 | 1.3568 | N9-O3-C28 | 108.7776 |
| 2 | O2=C24 | 1.2292 | C27-O4-H45 | 108.8845. |
| 3. | O3-N9 | 1.4063 | C11-N6-C14 | 119.7248 |
| 4 | O3-C28 | 1.425 | C11-N6-C18 | 120.7158 |
| 5 | O4-C27 | 1.3734 | C14-N6-C18 | 119.1417 |
| 6 | O4-H45 | 0.9675 | C16-N7-C17 | 112.2795 |
| 7 | O5 = C27 | 1.2025 | C16-N7-C20 | 120.2429 |
| 8 | N6-C11 | 1.4508 | C17-N7-C20 | 125.3726 |
| 9 | N6-C14 | 1.4014 | C14-N8-C20 | 119.5509 |
| 10 | N6-C18 | 1.3673 | O3–N9–C19 | 111.185 |
| 11 | N7–C16 | 1.4734 | C22–N10–H43 | 109.9774 |
| 12 | N7–C17 | 1.4695 | C22–N10–H44 | 109.7683 |
| 13 | N7–C20 | 1.3647 | H43-N10-H44 | 106.2508 |
| 14 | N8-C14 | 1.3369 | N6-C11-C12 | 119.8908 |
| 15 | N8-C20 | 1.3412 | N6-C11-C13 | 119.6133 |
| 16 | N9–C19 | 1.2761 | N6-C11-H29 | 113.1169 |
| 17 | N10-C22 | 1.4655 | C12–C11–H29 | 116.832 |
| 18 | N10–H43 | 1.0166 | C13-C11-H29 | 117.5714 |
| 19 | N10–H44 | 1.018 | C11-C12-H30 | 117.0507 |
| 20 | C11-C12 | 1.5012 | C11-C12-H31 | 117.4329 |
| 21 | C11-C13 | 1.5077 | C13-C12-H30 | 117.2739 |
| 22 | C11-H29 | 1.0867 | C13-C12-H31 | 119.4588 |
| 23 | C12-C13 | 1.5081. | H30-C12-H31 | 114.7379. |
| 24 | C12-H30 | 1.0845 | C11-C13-H32 | 118.7106 |
| 25 | C12-H31 | 1.0847 | C11-C13-H33 | 117.2653 |
| 26 | C13-H32 | 1.0853 | C12–C13–H32 | 117.1928 |
| 27 | C13-H33. | 1.0851 | C12–C13–H33 | 119.3677 |
| 28 | C14-C21 | 1.4051 | H32-C13-H33 | 114.1386 |
| 29 | C15–C16 | 1.5356 | N6-C14-N8 | 116.6219 |
| 30 | C15–C19 | 1.5101 | N6–C14–C21 | 119.0267 |
| 31 | C15-C22 | 1.546 | N8-C14-C21 | 124.3514 |
| 32 | C15-H34 | 1.095 | C16-C15-C19 | 103.1176 |
| 33 | C16-H35 | 1.0901 | C16-C15-C22 | 112.5205 |
| 34 | C16-H36 | 1.0988 | C16–C15–H34 | 111.7457 |
| 35 | C17-C19. | 1.5139 | C19-C15-C22 | 111.514 |
| 36 | C17-H37 | 1.093 | C19-C15-H34 | 109.6012 |
| 37 | C17-H38 | 1.0974 | C22-C15-H34 | 108.2916 |
| 38 | C18-C23 | 1.3673 | N7–C16–C15 | 104.2976 |
| 39 | C18-H39 | 1.084 | N7-C16-H35 | 110.6862 |
| 40 | C20-C25 | 1.428 | N7-C16-H36 | 110.474 |
| 41 | C21-C24 | 1.4753 | C15-C16-H35 | 111.9643 |
| 42 | C21-C26 | 1.4077 | C15-C16-H36 | 111.7943 |
| 43 | C22-H40 | 1.0995 | H35-C16-H36 | 107.6519 |
| 44 | C22-H41 | 1.0964 | N7-C17-C19 | 102.8584 |
| 45 | C23-C24 | 1.4728 | N7-C17-H37 | 111.4483 |
| 46 | C23-C27 | 1.4958 | N7-C17-H38 | 112.38 |
| 47 | C25-C26 | 1.3663 | C19-C17-H37 | 111.6618 |
| 48 | C26-H42 | 1.0846 | C19-C17-H38 | 111.1651 |
| 49 | C28-H46 | 1.0921 | H37-C17-H38 | 107.3873 |
| 50 | C28-H47 | 1.0954 | N6-C18-C23 | 124.8211 |
| 51 | C28-H48 | 1.0953 | N6–C18–H39 | 114.179 |
在五元环中,扭转应变也是由以下事实引起的:当两个相邻碳原子上的键之间的横向距离减小时,键的电子之间的排斥作用增大,从而导致键角减小2杂化并形成键角约为120°的键。在这种情况下,不饱和双键有两个电子对,一个是键,另一个是键。这两个电子对的斥力,另一个键对的斥力大于两个单键对之间的斥力。这导致了精确三角几何的偏差。这也是R1和R2的原因,它们的键角比真三角几何更低。
在完全优化的地面结构的基础上,用于确定Gemifloxacin的低洼激发态的TDDFT / B3LYP / 6-31G(D,P)计算。计算结果涉及垂直励磁能量,振荡器强度
使用TDDFT/B3LYP/6-31G(d,p)计算gemif沙星的参数。
| 激 | CI膨胀系数 | 波长(nm) | 振荡器强度 |
能源(eV) | |
| 计算 | 实验 | ||||
|
|
|||||
| 兴奋状态1 | 325.93 | 342 | 0.3149 | 3.8040 | |
| 102→103 | 0.63798 | ||||
| 102→104 | 0.14530 | ||||
|
|
|||||
| 兴奋状态2. | 309.18 | 0.0090 | 4.0101 | ||
| 99→103 | 0.65753 | ||||
| 100→103 | -0.12556. | ||||
|
|
|||||
| 兴奋状态3. | 295.49 | 270 | 0.0394 | 4.1959 | |
| 100→103 | −0.29490 | ||||
| 101→103 | 0.31447 | ||||
| 102→104 | 0.50647 | ||||
根据白金汉宫的定义[
的
表格
使用Gemifloxacin的DFT / 6-31G(D,P)计算极化性和超极化性的值。
| 美国没有 | 极化率参数 | 值(e.s.u) | 超极化参数 | 值(e.s.u) |
|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
155.517 |
|
588.2079 |
| 2 |
|
7.2473627, |
|
157.9636 |
| 3. |
|
239.2203429 |
|
38.9723 |
| 4 |
|
−13.711457 |
|
26.2387 |
| 5 |
|
140.0071631 |
|
0.8472 |
| 6 |
|
−4.3056718 |
|
−1.4496 |
| 7 |
|
122.9957 |
|
24.0212 |
| 8 |
|
7.9028 | ||
| 9 |
|
9.3606 | ||
| 10 |
|
8.7427 | ||
| 11 |
|
94.3118 |
HOMOs和LUMOs决定了分子与其他物种相互作用的方式。前线轨道间隙有助于表征分子的化学反应性。轨道间隙越大的分子极化越小,化学反应性越低[
最高占据分子轨道的三维和二维图。
最低未占分子轨道的三维和二维图。
分子静电势的三维和二维图。
MESP的重要性在于它能同时显示尺寸和形状,并借助于颜色分级(如图所示)
分子Gemifloxacin含有48个原子,它具有138种正常的振动模式。所有138个基本振动都是IR活跃的。在表中比较了针对Gemifloxacin和实验频率(FTIR)计算的谐波振动频率
gemiflo沙星的振动赋值。
| 模式没有。 | 实验频率 | 计算频率和强度 | 振动赋值一个 | |||
| 和强度 | 使用DFT / 6-31G(D,P) | |||||
| 红外光谱(厘米)−1) | 强度分布图(%透过率) | 们(cm−1) | 缩放(cm.−1) | 强度(公里/摩尔) | ||
|
|
||||||
| 1 | 3439 | 48.64 | 3804 | 3652 | 16.9813 |
|
| 2 | 3055 | 56.63 | 3578 | 3435 | 0.1998 |
|
| 3. | 3491 | 3351 | 0.4316 |
|
||
| 4 | 3249 | 3119 | 10.0403 |
|
||
| 5 | 3233 | 3104 | 2.438 |
|
||
| 6 | 3229 | 3100 | 6.3866 |
|
||
| 7 | 3219 | 3090 | 1.1449 |
|
||
| 8 | 3165 | 3038 | 10.6528 |
|
||
| 9 | 3158 | 3032 | 4.3852 |
|
||
| 10 | 3151 | 3025 | 8.6429 |
|
||
| 11 | 3005 | 55.67 | 3147 | 3021 | 19.6229 |
|
| 12 | 2936 | 54.31 | 3144 | 3018 | 3.2433 |
|
| 13 | 3106 | 2982 | 38.7297 |
|
||
| 14 | 3101 | 2977 | 8.7738 |
|
||
| 15 | 3086 | 2963 | 33.0247 |
|
||
| 16 | 3069 | 2946 | 6.182 |
|
||
| 17 | 3039 | 2917 | 37.6489 |
|
||
| 18 | 3035 | 2914 | 92.4957 |
|
||
| 19 | 3022 | 2901 | 31.5689 |
|
||
| 20 | 3012 | 2892 | 42.9044 |
|
||
| 21 | 1875 | 1800 | 398.7119 |
|
||
| 22 | 1747 | 1677 | 10.4167 |
|
||
| 23 | 1716 | 47.92 | 1732 | 1663 | 266.1866 |
|
| 24 | 1632 | 24.84 | 1674 | 1607 | 474.1293 |
|
| 25 | 1667 | 1600 | 29.3607 |
|
||
| 26 | 1648 | 1582. | 6.6382 |
|
||
| 27 | 1565. | 54.16 | 1592年 | 1528 | 96.152 |
|
| 28 | 1548. | 53.99. | 1538. | 1476 | 29.2542 |
|
| 29 | 1505. | 45.15 | 1532. | 1471 | 221.661 |
|
| 30 | 1463 | 22.92 | 1523. | 1462 | 24.2871 |
|
| 31 | 1521. | 1460 | 20.5083 |
|
||
| 32 | 1519. | 1458 | 14.6334 |
|
||
| 33 | 1514. | 1453 | 28.8567 |
|
||
| 34 | 1492 | 1432 | 1026.975 |
|
||
| 35 | 1489 | 1429 | 5.1036 |
|
||
| 36 | 1476 | 1417 | 5.8399 |
|
||
| 37 | 1401 | 53.42 | 1473 | 1414 | 38.2325 |
|
| 38 | 1380 | 56.21 | 1425 | 1368 | 155.047 |
|
| 39 | 1365 | 53.98 | 1422 | 1365 | 10.7429 |
|
| 40 | 1411 | 1355 | 84.1162 |
|
||
| 41 | 1399 | 1343 | 32.1298 |
|
||
| 42 | 1333 | 55.02 | 1387 | 1332 | 113.0278 |
|
| 43 | 1378 | 1323 | 37.0029 |
|
||
| 44 | 1360 | 1306 | 160.7416 |
|
||
| 45 | 1356 | 1302 | 5.7122 |
|
||
| 46 | 1348 | 1294 | 177.0604 |
|
||
| 47 | 1345 | 1291 | 20.6199 |
|
||
| 48 | 1277 | 64.25 | 1328 | 1275 | 7.0325 |
|
| 49 | 1251 | 57.98 | 1286 | 1235 | 322.3537 |
|
| 50 | 1200 | 32.68 | 1282 | 1231 | 5.9684 |
|
| 51 | 1264 | 1213 | 72.3611 |
|
||
| 52 | 1259 | 1209 | 24.5975 |
|
||
| 53 | 1242 | 1192 | 39.123 |
|
||
| 54 | 1230 | 1181 | 53.4191 |
|
||
| 55 | 1214 | 1165. | 30.0027 |
|
||
| 56 | 1211 | 1163. | 31.2091. |
|
||
| 57 | 1208 | 1160. | 33.2809 |
|
||
| 58 | 1199 | 1151. | 1.5623 |
|
||
| 59 | 1190 | 1142. | 7.6781 |
|
||
| 60 | 1179 | 1132. | 0.683 |
|
||
| 61 | 1173 | 1126. | 5.1076 |
|
||
| 62 | 1167 | 1120. | 5.5937 |
|
||
| 63 | 1154. | 1108. | 1.5315 |
|
||
| 64 | 1075 | 55.26 | 1126. | 1081 | 1.49 |
|
| 65 | 1048 | 35.07 | 1101. | 1057 | 193.4065. |
|
| 66 | 1093 | 1049 | 91.3698 |
|
||
| 67 | 1090 | 1046 | 5.5213 |
|
||
| 68 | 1087 | 1044 | 53.7568 |
|
||
| 69 | 1084 | 1041 | 73.8575 |
|
||
| 70 | 1070 | 1027 | 15.8765 |
|
||
| 71 | 1045 | 1003 | 41.2686 |
|
||
| 72 | 1044 | 1002 | 7.029 |
|
||
| 73 | 1005 | 965 | 14.8417. |
|
||
| 74 | 995 | 62.23 | 996 | 956 | 7.3192 |
|
| 75 | 966 | 65.78 | 975 | 936 | 3.9291 |
|
| 76 | 949 | 911 | 16.5036 |
|
||
| 77 | 948 | 910 | 1.6637 |
|
||
| 78 | 944 | 906 | 18.9177 |
|
||
| 79 | 936 | 899 | 79.4214 |
|
||
| 80 | 914 | 877 | 21.479 |
|
||
| 81 | 899 | 63.39 | 899 | 863 | 9.4454 |
|
| 82 | 846 | 69.37 | 883 | 848 | 18.0586 |
|
| 83 | 808 | 61.76 | 851 | 817 | 45.6951 |
|
| 84 | 790 | 67.54 | 837 | 804 | 5.8479 |
|
| 85 | 780 | 67.77 | 826 | 793 | 37.0415 |
|
| 86 | 819 | 786 | 74.1025 |
|
||
| 87 | 805 | 773 | 29.7494 |
|
||
| 88 | 744 | 71.20 | 784 | 753 | 5.5338 |
|
| 89 | 730 | 69.94 | 774 | 743 | 2.3155 |
|
| 90 | 649 | 70.04 | 770 | 739 | 11.5353 |
|
| 91 | 633 | 69.26 | 733 | 704. | 4.0076 |
|
| 92 | 565 | 65.32 | 724. | 695 | 7.5578 |
|
| 93 | 709. | 681 | 15.554 |
|
||
| 94 | 687 | 660 | 8.2598 |
|
||
| 95 | 678 | 651 | 1.8987 |
|
||
| 96 | 644 | 618 | 11.4498 |
|
||
| 97 | 632 | 607 | 47.2942 |
|
||
| 98 | 556 | 64.01 | 583 | 560 | 0.9083 |
|
| 99 | 537 | 65.90 | 563 | 540 | 8.1788 |
|
| One hundred. | 546 | 524 | 2.0577 |
|
||
| 101 | 532 | 511 | 10.7569 |
|
||
| 102 | 524 | 503 | 38.0854 |
|
||
| 103 | 491 | 70.38 | 510 | 490 | 36.598 |
|
| 104 | 488 | 468 | 18.4656 |
|
||
| 105 | 462 | 444 | 0.6491 |
|
||
| 106 | 456 | 438 | 0.4181 |
|
||
| 107 | 411 | 75.35 | 442 | 424 | 9.799 |
|
| 108 | 378 | 363 | 3.8598 |
|
||
| 109 | 374 | 359 | 2.5382 |
|
||
| 110 | 364 | 349 | 3.7118 |
|
||
| 111 | 357 | 343 | 10.0529 |
|
||
| 112 | 332 | 319 | 4.4483 |
|
||
| 113 | 318 | 305 | 2.6928 |
|
||
| 114 | 307 | 295 | 4.629 |
|
||
| 115 | 282 | 271 | 6.6786 |
|
||
| 116 | 270 | 259 | 5.1601 |
|
||
| 117 | 266 | 255 | 4.2444 |
|
||
| 118 | 257 | 247 | 36.9303 |
|
||
| 119 | 212 | 204 | 3.3546 |
|
||
| 120 | 206 | 198 | 1.8688 |
|
||
| 121 | 199 | 191 | 0.1723 |
|
||
| 122 | 178 | 171 | 4.4266 |
|
||
| 123 | 170 | 163 | 4.0924 |
|
||
| 124 | 160 | 154 | 1.2498 |
|
||
| 125 | 147 | 141 | 14.9009 |
|
||
| 126 | 136 | 131 | 5.0938 |
|
||
| 127 | 129 | 124 | 1.5802 |
|
||
| 128 | 111 | 107 | 3.1136 |
|
||
| 129 | 87 | 84 | 2.5982 |
|
||
| 130 | 85 | 82 | 2.211 |
|
||
| 131 | 69 | 66 | 0.8606 |
|
||
| 132 | 63 | 60 | 2.5986 |
|
||
| 133 | 61 | 59 | 0.327 |
|
||
| 134 | 56 | 54 | 1.5885 |
|
||
| 135 | 50 | 48 | 0.9022 |
|
||
| 136 | 44 | 42 | 0.4721 |
|
||
| 137 | 25 | 24 | 0.8119 |
|
||
| 138 | 15 | 14 | 0.0919 |
|
||
一个缩写:
在gemif沙星中,C-H官能团存在于许多位置。伸缩振动,
在北半球2,及–CH2,官能团是gemiflo沙星的重要成分,与这些官能团相对应的振动以多种模式存在。这些群的伸缩振动表现为若干模态。摇摆振动
gemifloxacin中的另一个重要功能基团是–CH3.组。甲基有9种振动模式,其分布如下:一种对称拉伸
在gemiflo沙星中,一个非常重要的振动对应于涉及环原子振动的模态。为了便于分析,我们将gemiflo沙星的结构分为三个环R1, R2, R3,如图所示
在本作工作中,我们已经计算了Gemifloxacin的几何参数,振动频率,前沿分子轨道,分子静电势轮廓和表面的非线性光学性能,使用DFT / B3Lyp方法。优化的几何形状清楚地表明标题分子的骨架是非平面的。4.30eV的较高前沿轨道间隙表明,Gemifloxacin具有高的动力学稳定性,可称为硬分子。然而,偶极力矩的较高值表明Gemifloxacin分子高度极性。通过使用密度函数B3LYP方法测定偶极力矩,极化性和第一静态超极化来研究标题分子的非线性光学行为。通常,已经观察到实验和计算的正常振动模式之间的良好一致性。也已经抽出了分子静电潜在的轮廓和表面以解释Gemifloxacin分子的活性。本量子化学研究可以进一步发挥分子结构,活动和动态的理解中的重要作用。
其中一名作者(Shamoon Ahmad Siddiqui)感谢科学研究主任的第1号拨款。: NU 16/11, Najran University, Najran, Kingdom of Saudi Arabia, for financial support。