1。介绍
属
不动杆菌 由革兰氏阴性、严格好氧、不动的、non-lactose-fermenting oxidase-negative, catalase-positive coccobacilli [
1 ]。的成员
不动杆菌calcoaceticus-baumannii 复杂复杂(ACB) (
2 ,
3 )是主要的
不动杆菌 在临床的设置。罹患卫生保健相关感染病引起的
鲍曼不动杆菌 越来越多地出现在免疫力低下的人群,经常引起暴发(
1 - - - - - -
3 ]。
不动杆菌 种虫害是最常见的隔离从重症监护病房(icu)在大多数马来西亚医院(
4 ]。引起的感染管理的挑战
鲍曼不动杆菌 复杂的多药耐药性的出现和传播(MDR)、地方病和流行病事件(
1 ,
2 ]。医院获得性肺炎的相关
不动杆菌 种虫害在亚洲国家显示出非常高的抗imipenem率为67.3%,在马来西亚率特别高(86.7%)、泰国(81.4%)、印度(85.7%)和中国(58.9%)(
5 ]。
除了广泛的抗生素使用情况,施加选择压力增加MDR的传播
鲍曼不动杆菌 可能导致耐药菌株的传播通过受污染的表面,对象和殖民医务工作者(
1 - - - - - -
3 ,
6 - - - - - -
8 ]。相信感染只反映了冰山的一角,与殖民反映水下部分(
3 ,
9 ]。从流行病学的角度来看,它有助于确定这些生物体的羁绊(单克隆),特别是在情况和疫情暴发流行。如果这些菌株主要是无性生殖相关,提高遵守感染控制措施将是必要的
6 ,
8 ,
10 ]。
基因分型的医院
答:baumannii 是有用的评估相互传染病例或确定的来源和传播模式生物。这些基因型的方法包括脉冲场凝胶电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现)
11 ),pcr指纹,扩增片段长度多态性,茎序列输入(MLST) [
12 ),和全基因组测序
13 ]。其中,但是脉冲场凝胶电泳的出现应变类型是应用最广泛的方法来确定院内菌株的遗传相似度
11 ]。
本研究试图理解的流行病学ACB复杂隔绝在ICU患者通过确定这些分离株的遗传相似度和药敏模式。
2。方法
2.1。研究人群
这是一个回顾性研究的分子流行病学和临床抗生素的易感性ACB复杂进行在柔佛的一个989个床位的三级保健医院,马来西亚,它涉及ICU的患者。病人ACB复杂是隔绝的血液和盲目支气管吸入物(bba)从2011年12月到2012年6月后进入其中一个成人icu(西部和南部)包括在这项研究。西方ICU位于一楼的医院,有22床:14床,1:1 nurse-to-patient比率和8床1:2的比例。南ICU位于二楼的医院和7张床,1:1 nurse-to-patient比率。感染控制实践的共识声明感染控制措施在ICU重症监护的马来西亚社会这(2009)。
总共有44个临床分离株ACB复杂的隔绝ICU在研究期间。此外,6 non-ICU隔离(血,
n
=
4
BBA,
n
=
2
)但是脉冲场凝胶电泳的出现,包括在可用输入来确定他们是否无性生殖与ICU菌株。
2.2。临床数据
临床数据提取的情况下报表ICU患者从血液和BBA ACB复杂讲究的。以下数据是来自这些病人:人口统计学特征、可能的诱发因素,和经常使用抗生素之前,ICU停留时间(图
3 )、临床结果和孤立的有机体是否被认为是导致感染或殖民。临床数据没有检索到6 non-ICU病人。
ACB复杂菌株被视为殖民者根据临床判断(临床症状、实验室参数,和胸部放射学结果)的主治医生。侵入性装置作为风险因素被定义为拥有一个设备或侵入性程序至少48小时前的日期在2周内积极的文化。前抗生素暴露被定义为使用系统性抗生素剂至少72小时前的日期在2周内积极的文化。耐多药(MDR) ACB复杂被定义为一个隔离不敏感(在中间耐药或抗)三个或更多抗菌素类(
14 ]。
2.3。细菌鉴定和药敏试验
血培养都是处理的临床微生物实验室使用BACTEC 9240系统(和公司正欲,富兰克林湖,新泽西,美国)。ACB情结是由标准的微生物技术(不动的,严格的有氧,革兰氏阴性coccobacilli catalase-positive oxidase-negative,和无法发酵葡萄糖)和API 20 NE (bioMerieux, Marcy-l 'Etoile,法国)。
抗生素敏感性进行了使用一组11个不同抗菌药物和决心通过Kirby-Bauer磁盘扩散法使用临床实验室提供的指南标准研究所(CLSI, 2012)
15 ]。ACB复杂隔离测试对氨苄西林/ sulbactam (10/10
μ imipenem (10 g)
μ meropenem (10 g)
μ g)、庆大霉素(10
μ g)、阿米卡星(30
μ g)、头孢他啶(30
μ g)、头孢吡肟(30
μ g)、哌拉西林/ tazobactam (100/10
μ g),头孢哌酮/ sulbactam (30/75
μ g)、环丙沙星(5
μ g)和粘菌素(10
μ 贝辛斯托克,g) (Oxoid汉普郡,英格兰)。
电性能测试是用来确定的最低抑制浓度(MIC)氨苄西林/ sulbactam doripenem, meropenem,阿米卡星,头孢哌酮/ sulbactam和粘菌素(AB BIODISK、桑纳、瑞典)对ACB复杂的基于CLSI指南(
15 ]。因为没有CLSI标准解释相关为头孢哌酮/ sulbactam ACB复杂,这些抗生素的敏感性断点是基于麦克风解释为肠杆菌科(CLSI标准
15 ]。
大肠杆菌 写明ATCC 35218和
铜绿假单胞菌 写明ATCC 27853人作为质量控制压力。
2.4。分子类型使用但是脉冲场凝胶电泳的出现
50 ACB复杂的分子亚型分离株进行了使用脉冲场凝胶电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现),如前所述[
16 ]。简而言之,这些ACB复杂的染色体DNA分离制备在琼脂糖凝胶块,其次是消化利用
美国心理学协会 我限制性内切酶(WI Promega,麦迪逊,美国)。然后,限制DNA片段分离使用厨师映射器(Bio-Rad、大力神、钙、美国)。凝胶是运行在0.5 x 14°C此种缓冲24小时,脉冲时间厅2秒。的
Xba 我领悟了
沙门氏菌血清 爵士。Braenderup H9812作为分子标记在这些运行。聚类分析但是脉冲场凝胶电泳的出现的概要文件是基于骰子相似系数分析了BioNumerics 6.0软件(应用数学、yves gijarth,创立比利时)使用未加权的两组与算术平均法(UPGMA)算法在1.5%乐队位置公差。只有在分子标记DNA带(20.5 kb - 1135 kb)得分。
2.5。伦理批准
这项研究是通过马来西亚卫生部医学研究伦理委员会抑制nmrr - 13 - 288 - 14809)。从患者获得知情同意不,因为这是一个回顾性研究和数据收集后,病人已经出院。
3所示。结果
3.1。临床特点
后期间的研究中,1023名患者承认两个成人icu和共有44 ACB复杂的积极的文化(血,
n
=
21
BBA,
n
=
23
)从38 ICU患者确认。从35岁患者的临床资料(表可供分析
1 )。病人平均年龄为46岁(范围:14 - 73年)和65.7%的男性患者。所有患者通风,中央静脉导管。侵入性装置的平均次数是3(从2到5)。几乎所有的患者(94.3%)在2周内收到了抗生素的积极ACB复杂的文化,最常见的是广谱青霉素(65.7%),碳青霉烯(45.7%),和广谱头孢菌素(37.1%)。22例(63%)病人收到≤2抗生素和11(31.4%)已收到≥3抗生素。然而,抗生素之前文化积极的数量没有明显高于耐多药患者ACB复杂(
P
=
0.565
)。最常见的诊断住进加护病房时是机动车事故多发伤(
n
=
8
病人)。均值(±SD)急性生理和慢性健康评估(APACHE) II评分是23.2(±7.0),与耐多药和non-MDR组之间无显著差异(
P
=
0.781
)。在这项研究中最常见的并发症是糖尿病(25.7%)和高血压(22.9%)。中值时间过去承认和隔离ACB复杂之间5天(范围:0到38天);4例,ACB复杂在入院后的第一个48小时内恢复。中等长度的ICU停留13天(范围:3 - 46天)。尽管所有bacteraemic文化被视为临床意义重大,BBA隔离被认为是殖民者。整体死亡率为57%(20 35例);17在ICU的患者死亡,和3被转移出ICU后死亡。在16个病人死亡率与基础疾病有关,4例,它被认为是直接关系到ACB复杂的脓毒症。这四个病人接受多粘菌素B和严重受损,因为基础条件; first patient had severe burns, 2 patients had multiple injuries sustained in a motor vehicle accident, and the fourth patient had cancer of ovary. Despite the administration of appropriate antibiotic therapy, these patients succumbed to their illness.
表1
患者临床特点35 ACB复杂。
特征
N
(%)/中值(范围)
年龄(年)
∗
46 (14 - 73)
ICU停留长度(天)
∗
13 (3-46)
性别(男性)
23日(65.7)
菌血症
17 (48.6)
APACHE评分
∗
22 (14-44)
糖尿病
9 (25.7)
高血压
8 (22.9)
恶性肿瘤
3 (8.6)
肾脏疾病
5 (14.3)
心脏疾病
3 (8.6)
呼吸障碍
3 (8.6)
嗜中性白血球减少症
2 (5.7)
多发伤
8 (22.9)
呼吸障碍
3 (8.6)
抗生素治疗之前
33 (94.3)
ES头孢菌素
13 (37.1)
广谱青霉素
23日(65.7)
喹诺酮类
1 (2.9)
碳青霉烯
16 (45.7)
氨基糖甙类
3 (8.6)
灭滴灵
4 (11.4)
大环内酯物
4 (11.4)
复方磺胺甲恶唑
2 (5.7)
数量的抗生素
∗
2 (6)
侵入性程序/设备的数量
∗
3 (2 - 5)
中央静脉导管
35 (100)
气管内管
35 (100)
尿导管
28 (80)
透析导管
15 (42.9)
排水
3 (8.6)
手术前
3 (8.6)
结果ICU(死)
17 (48.6)
所有特征表示为(%),除了
∗
这是表示为中值(范围)。
总的来说,多粘菌素B用于治疗ACB复杂感染11例和头孢哌酮/ sulbactam是用于2例。在18例,抗生素没有管理这些临床BBA文化被认为是无足轻重的,而在4患者抗生素没有开始在实验室结果只有在病人已经死亡。
3.2。抗菌药物敏感性
抗生素敏感性模式(磁盘扩散)的44个ACB复杂隔离如表所示
2 显示,大多数(> 80%)的隔离nonsusceptible(碳青霉烯耐药和在中间易感)、环丙沙星、哌拉西林/ tazobactam、头孢他啶、头孢吡肟、头孢哌酮/ sulbactam和氨苄西林/ sulbactam。与氨基糖甙类略好结果证明(nonsusceptibility庆大霉素和阿米卡星为72.7%的利率为79.5%)。的44个ICU分离,88.6%表现出耐多药模式。所有菌株对粘菌素敏感。麦克风的结果选择抗生素如表所示
3 。麦克风50 和麦克风90年 doripenem和meropenem 32
μ g / mL或更高,表明高度耐碳青霉烯在这个集合。大多数隔离是高度耐药与麦克风阿米卡星50 和麦克风90年 > 256
μ 克/毫升。22(50%)分离株对头孢哌酮/ sulbactam 14(31.8%)显示中间的易感性。氨苄西林/ sulbactam,另一个常用的抗生素,证明高电阻相比,头孢哌酮/ sulbactam: 72.7%(抗)和13.6%(中间敏感性)。极高的MIC值为256
μ g / mL被要求抑制ACB复杂与氨苄西林/ sulbactam的90%,头孢哌酮/ sulbactam和阿米卡星。英国银行家协会隔离有更高的麦克风90年 对氨苄西林/ sulbactam和头孢哌酮/ sulbactam血液分离相比,虽然不是明显不同。粘菌素的麦克风分布如下:0.125
μ 克/毫升(
n
=
1
),0.190
μ 克/毫升(
n
=
3
),0.250
μ 克/毫升(
n
=
23
),0.380
μ 克/毫升(
n
=
7
),0.5
μ 克/毫升(
n
=
9
),1
μ 克/毫升(
n
=
1
)。粘菌素的截止MIC值如下:敏感,≤2
μ g / mL,中间4
μ g / mL,耐≥8
μ 克/毫升。
表2
抗菌素的敏感性(阀瓣扩散)的44 ACB复杂隔离从38 ICU患者中恢复过来。
抗生素
Nonsusceptible
(中间和耐药)(%)
创
35 (79.5)
AKN
32 (72.7)
IMI
39 (88.6)
海洋博物馆
39 (88.6)
CIP
37 (84.1)
PZ
39 (88.6)
CAZ
38 (86.4)
聚全氟乙丙烯
39 (88.6)
自动对盘及成交系统
37 (84.1)
CPS
37 (84.1)
上校
0
创,庆大霉素;AKN,阿米卡星;IMI imipenem;MER, meropenem;CIP,环丙沙星;PZ、哌拉西林/ tazobactam;CAZ、头孢他啶;聚全氟乙丙烯头孢吡肟;AMS,氨苄西林/ sulbactam;CPS,头孢哌酮/ sulbactam; COL, colistin.
抗菌类 :氨基糖甙类(庆大霉素和阿米卡星);antipseudomonal碳青霉烯(imipenem和meropenem);antipseudomonal氟喹诺酮类原料药(环丙沙星);antipseudomonal青霉素+
β 内酰胺酶抑制剂(哌拉西林/ tazobactam);extended-spectrum头孢菌素(头孢他啶和头孢吡肟);青霉素+
β 内酰胺酶抑制剂(氨苄西林/ sulbactam),头孢菌素+
β 内酰胺酶抑制剂(头孢哌酮/ sulbactam);多粘菌素(粘菌素)。
耐多药 ≥3:nonsusceptible≥1剂抗菌类。
表3
麦克风(
μ g / mL) 44 ACB复杂隔离从38 ICU患者中恢复过来。
抗生素
年代
(%)
我
(%)
R
(%)
麦克风50
麦克风90年
所有
B
BBA
所有
B
BBA
自动对盘及成交系统
6 (13.6)
6 (13.6)
32 (72.7)
64年
64年
64年
256年
128年
> 256
金龟子
6 (13.6)
0 (0)
38 (86.4)
> 32
> 32
> 32
> 32
> 32
> 32
海洋博物馆
6 (13.6)
0 (0)
38 (86.4)
> 32
> 32
> 32
> 32
> 32
> 32
AKN
14 (31.8)
0 (0)
30 (68.2)
> 256
> 256
> 256
> 256
> 256
> 256
CPS
8 (18.2)
14 (31.8)
22 (50)
48
48
64年
256年
128年
256年
上校
44 (100)
0 (0)
0 (0)
0.25
0.38
0.25
0.5
0.5
0.5
B,血;BBA,支气管镜的送气音;AMS,氨苄西林/ sulbactam;金龟子,doripenem;MER, meropenem;AKN,阿米卡星;CPS,头孢哌酮/ sulbactam;上校,粘菌素。
3.3。遗传多样性
但是脉冲场凝胶电泳的出现的分离
美国心理学协会 我领悟了染色体的DNA 50隔离(ICU = 44和non-ICU = 6)生成的25个不同的,可复制的模式(pulsotypes)(图
1 )。基于所有的系统树图pulsotypes生成(图
2 )。85%相似度的基础上,四个集群,G1 G4,观察(图
2 )。主要的集群,G1,由35隔离与pulsotypes密切相关(小于滤波器设计的区别)。主要流行pulsotype 18 ICU和三个non-ICU隔离之间共享。二十隔离(血液和BBA样本)从ICU分离出整个研究期间和non-ICU病房都无法区分,来显示他们的地方的特性。G1集群由隔离ICU(西部和南部)和包括4例的文化(血= 2和BBA = 2) ICU住院48小时内。这个隔离也从3患者不承认2 icu。除了5隔离,集群G1包含隔离是高度耐碳青霉烯(MIC≥32
μ g / mL)和阿米卡星(麦克风≥256
μ g / mL)(图
2 )。同样,大多数隔离耐氨苄西林/ sulbactam和头孢哌酮/ sulbactam虽然中等收入国家更多的变量。
图1
Pulsotypes 50临床ACB复杂隔离从三级医院在马来西亚。莱恩M代表
沙门氏菌 爵士。Braenderup H9812标记。车道1-50代表临床分离株JBAC01-JBAC50。
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图2
系统树图的但是脉冲场凝胶电泳的出现的
美国心理学协会 我领悟了50 ACB复杂隔离使用未加权的两组与算术平均法(UPGMA)。垂直虚线表明85%相似的分界点。不同的集群在85%相似性是任意指定G1-G4,即G1是最大的集团代表最普遍pulsotypes及其变体之间的隔离。
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图3
ICU停留时间患者感染/殖民ACB复杂,12月,2011年6月,2012年。
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与集群G1隔离,已从西部和南部ICU non-ICU病房,集群内6隔离G2是专门从西ICU中恢复过来。与集群G1,这些隔离大多是容易阿米卡星(应变JBAC30除外)。在这个集群,两个隔离(JBAC11和JBAC13)隔绝同一个病人身体从不同的网站有相同的独特的pulsotype。
集群G3由两个分离株具有独特pulsotype从西ICU中恢复过来。这些血液隔离已15天除了相同的病人都是相同的但是截然不同
答:baumannii (超过5-6-band差异),表明持续感染在同一个人。
集群G4由non-ICU隔离从血液中恢复过来,他们更多的变量,指示的歧视性的力量但是脉冲场凝胶电泳的出现。除了JBAC02,其他隔离(JBAC23)集群G4抗生素敏感测试。
总的来说,绝大多数(70%)的MDR隔离属于G1集群,其中14.3%属于G2集群。没有发现MDR隔离G3、G4集群。
4所示。讨论
在这项研究中,但是脉冲场凝胶电泳的出现被证明是一个歧视的基因工具。我们发现的证据主要基因型(MDR ACB复杂的集群G1)在绝大多数(74%)的隔离。这些隔离从照顾病人在icu中恢复过来(西部和南部)研究的整个后时期,提高严重担忧这种流行病毒株的坚持和韧性。这些分离株的遗传相似度高表明cross-transmission ICU内设置。四个隔离属于集群G1在48小时内被确定从non-ICU入住ICU病房,支持从non-ICU病房的可能传播率。然而,ICU的48小时标准收购的解释应该谨慎一些,因为流行病毒株已经收购了ICU住院48小时内(
17 ]。
也有证据传播的主要基因型non-ICU病房,3 6随机收集non-ICU血液分离显示类似的基因型。在此基础上,我们可以假设这种特殊基因型的ACB复杂可能不是仅局限在ICU病房但实际上可能是发现在其他病房住院了。然而,尽管从non-ICU病房转移是一个可能因素,水库ICU本身是一个可能的促进传播耐药克隆似乎流行和持久的ICU。在另一个研究三级教学医院在马来西亚,香港等。
16 )表明,这种生物在那个医院建立了风土性隔离的环境和卫生保健工作者和患者的手中。分离株之间的惊人的相似性表明cross-transmission可能发生的由感染或殖民的人直接接触或间接通过环境污染、医疗设备、卫生保健工作者(
1 - - - - - -
3 ,
6 - - - - - -
8 ]。在目前的研究中,环境源的作用不能充分调查部分是因为我们没有一个完整的集合的隔离
。 然而,
答:baumannii 可以生存很长一段时间在干燥表面这耐受性干燥导致其在医院环境中持久性和传输通过污染物(
1 ,
10 ]。威尔et al。
8 最近爆发的MDR)报道
不动杆菌 感染环境污染上发现窗帘、喉镜叶片,病人起重设备、门把手、拖把、和键盘。
爆发引起的MDR ACB复杂已报告在全球几个icu (
6 - - - - - -
8 ]。阻力因素和遗传相似度分析表明,广泛传播的一个高度耐药主要G1集群造成的高患病率MDR ACB复杂在ICU (88.6%)。第二个最普遍的集群(集群G2)由12%的隔离,主要盛行于西方ICU。隔离在这个集群也高度耐药,除了与隔离在集群G1对阿米卡星他们仍然敏感。另外两个小集群(G3、G4)组成的主要敏感隔离也在研究期间共存。这个同意的另一项研究通过精益et al。
11 ),即多个亚型(pulsotypes <滤波器设计的区别)
答:baumannii 被证明存在于另一个三级医院在马来西亚。
总的来说,但是脉冲场凝胶电泳的出现表明,隔离相关的基因,这是典型的爆发事件。然而,但是脉冲场凝胶电泳的出现歧视足以区分隔离无关见3的6 non-ICU隔离了独特的概要文件(集群G4)和2其他隔离来自同一个病人分开15天内G3集群。然而,由于风土性的主要ACB复杂的集群,更有识别力的方法,除了但是脉冲场凝胶电泳的出现,如全基因组测序(WGS)可能需要确定传播途径的来源的ICU压力密切相关。WGS提供极限应变微分和已经成功地应用于研究院内爆发所致
答:baumannii (
13 ),耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(
18 ,
19 ),而
肺炎克雷伯菌 (
20. ]。
合作与其他研究[
9 ,
21 ),高度自然免疫功能不全的病人预先决定了他们的严重ACB复杂的菌血症感染21集就是明证。虽然23 BBA文化被认为是殖民者临床,殖民者的识别变得同样重要的殖民可能作为外源性感染源和殖民其他病人和随后的内源性感染的可能是一个风险因素(
2 ,
22 ]。因为大多数隔离无性生殖有关,应当将重点放在预防采集和传播的感染(
6 ,
10 ]。一旦流行在医疗环境中,
答:baumannii 消除或ACB复杂可能会非常困难。无数的MDR的爆发
答:baumannii 已经记录在亚洲国家。盎ydF4y2Ba
答:baumannii 爆发在ICU在台湾被打断的机构群体护理的病人,改善手部卫生,和有效的环境和设备去污
22 ]。积极监测和环境清洁导致MDR的持续减少
答:baumannii 殖民和感染率,减少抗生素的使用成本和住院治疗ICU患者在泰国
9 ]。另一个在新加坡这样的爆发才停止ICU关闭完成后清洁,虽然最初的控制措施包括对所有患者进行筛查和立即隔离和群体接触患者的预防措施有助于遏制疫情的(
23 ]。