JITC 介入性心脏病学杂志》 1540 - 8183 0896 - 4327 Hindawi 10.1155 / 2019/3591314 3591314 研究文章 使自动化设备大小选择经导管主动脉瓣植入术 https://orcid.org/0000 - 0002 - 5503 - 6217 Astudillo 会长Patricio 1 2 这部 彼得 1 按照博斯曼法案 约翰 3 德的支持者 奥立 4 de Jaegere 彼得 5 De Beule 马修 1 Dambre 乔妮 2 戈夫 阿米特 1 FEops Technologiepark-Zwijnaarde 122 根特 比利时 feops.com 2 电子与信息系统 UGent-imec Technologiepark-Zwijnaarde 126 根特 比利时 ugent.be 3 安特卫普大学医院(UZA) 安特卫普 比利时 uza.be 4 心内科 Rigshospitalet大学医院 哥本哈根 丹麦 rigshospitalet.dk 5 心内科 伊拉斯谟MC 鹿特丹 荷兰 erasmusmc.nl 2019年 3 11 2019年 2019年 29日 04 2019年 05年 08年 2019年 16 08年 2019年 3 11 2019年 2019年 版权©2019会长Patricio Astudillo et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

经导管主动脉瓣植入术的数量(泰薇)过程预计将在未来几年大幅增长。提高效率将成为必不可少的有经验的操作员执行大量泰薇,而新运营商需要培训和可能受益于准确的支持。在这项工作中,我们提出一个快速深度学习方法可以预测主动脉环周边和区域自动从主动脉环平面图像。我们提出一个方法结合两个深卷积神经网络后处理步骤紧随其后。模型训练的355名患者使用现代深度学习技术,和方法评估于118年另一个病人。验证该方法对一个interoperator变异性研究相同的118名患者。之间的差异主动脉环测量获得的手动和自动预测是类似于两个独立的观察者之间的差异(成对diff. 3.3±16.8毫米2和1.3±21.1毫米2区域和成对diff. 0.6±1.7毫米和0.2±2.5毫米周长)。面积和周长被用来检索建议假体大小爱德华兹3和智慧的美敦力公司Evolut设备回顾。自动获取设备大小选择给予与设备尺寸选择运营商1。总分析时间从主动脉环面假体大小低于1秒。这个研究表明,自动泰薇设备大小选择使用该方法快速、准确、重现性好。interobserver变异性的比较表明可靠性的策略,和嵌入这个工具基于深度学习在术前规划程序有可能增加效率,同时确保准确性。

欧洲委员会 642458年
1。介绍

经导管主动脉瓣植入术(泰薇)已成为主动脉瓣狭窄患者首选的治疗方法为手术高危主动脉瓣置换术(SAVR) [ 1]。最近,得出结论,为中度风险患者,泰薇是类似于SAVR对中风死亡或致残的主要终点( 2, 3]。甚至最近的临床数据表明,泰薇至少一样好SAVR在低风险的患者 4, 5]。

泰薇程序的数量每年增长迅速( 6),考虑到最近对低风险病人临床资料将导致未来几年的加速膨胀。结果,可伸缩性的完整过程,包括术前规划,成为一个重要方面。有经验的操作人员可以扩大泰薇量情况下,例如,通过提高程序效率。另一方面,许多新运营商需要训练,这逻辑会导致风险增加由于经验有限。当专注于术前规划、准确的自动检测主动脉环尺寸直接从经由电脑断层(MDCT)图像不仅可以提高效率,但也同时减少运营商可变性,从而最小化经验泰薇分级的影响。

在这项工作中,我们提出一个深度学习方法,可以自动预测主动脉环周长,面积。验证了方法针对一个interoperator可变性研究来评估其准确性。作为最后一步,该方法对假体大小的影响选择的,美敦力公司经导管主动脉bioprostheses爱德华生命科学公司评估。

2。材料和方法 2.1。多层螺旋ct成像

这项回顾性研究使用匿名数据从多个中心收集的473例患者。这个人群的平均年龄为80.82±7.18岁,55%的病人是女性。有36僧帽病人在这个队列。病人数据包括体积多层螺旋ct图像获得计划泰薇过程。因此,所有多层螺旋ct图像增强对比度,包含一定程度的主动脉瓣狭窄。平均行、列和多层螺旋ct图像的切片厚度是512.05毫米,511.85毫米和0.83毫米。主动脉环的飞机(AAP)从体积多层螺旋ct图像手动确认使用标准方法[ 7),并作为输入用于这项研究。回顾性研究,正式同意不是必需的。

2.2。人工检测

主动脉环的边界被观察者从主动脉环手动确认飞机1。观察者1的数据被认为是地面真理在这个研究。观察者2重复这对随机选取的118名病人为了评估interoperator可变性。观察者应用相同的手动方法,它由视觉检测主动脉环在AAP和注释使用模仿创新套件18(出现,鲁汶,比利时)。

2.3。自动检测

本研究旨在自动化手动分割和获取临床患者信息作为后处理步骤。地面实况图像的预处理和主动脉环注释是必要的为了准备培训深度学习的数据模型。

主动脉环的飞机是剪和重新取样,以适合神经网络的输入。主动脉环的飞机是一个各向同性1毫米决议重新取样。深入学习网络预计128×128像素平面作为输入,重新取样主动脉环平面被夹在主动脉环的中心。第二个各向同性的0.5毫米决议生成和剪以同样的方式以分割的细节水平的两倍。三次样条插值是为了留住原Hounsfield单位重新取样主动脉环飞机(图 1)。生成二进制面具是为了教神经网络如何使用地面段主动脉环平面真理主动脉环(图的注释 1)。

主动脉环平面的例子和相应的二进制面具。重新取样、剪主动脉环的飞机(a)和二进制面具(b)与不同的决议,1.0毫米(c)和0.5毫米(d)。

深度学习模型需要一个架构,以过程重新取样、剪主动脉环的飞机和比较模型的输出二进制面具。使用架构的灵感来源于U-Net [ 8)和深度剩余网( 9),包括两条路径:降尺度和升级路径。降尺度路径从主动脉环平面提取信息,和升级路径将这些信息翻译成一个分段主动脉环。最后乙状结肠激活函数确保模型的输出包含概率值。深度学习的细节架构、培训和data-augmentation技术附录A中补充材料(可用 在这里)。

深度学习架构是用在训练阶段教深学习模型从主动脉段主动脉环的环状平面。

2.3.1。培训

两个模型被训练使用训练数据集和验证的验证数据集。一个模型训练的两项决议(1毫米和0.5毫米)主动脉瓣环的飞机。验证数据集是由相同的118名患者被用于interobserver变异性研究和训练数据集由剩下的355名患者。36僧帽患者平均分配在训练和验证数据集。

2.4。检测

训练一个模型为每个决议后,检测策略被用来结合两种模型的输出和获得特定的解剖信息:主动脉环的面积和周长。

面积和周长的检测主动脉环的一个病人在两个步骤进行:深度学习步骤和后处理步骤。深度学习步骤期间,主动脉环的飞机由两个模型进行分析,并输出相结合和规范化输出概率识别感兴趣的地区。在后处理步骤,感兴趣的区域的轮廓是位于与精明的边缘检测 10从概率的输出。面积和周长都来自这个轮廓,作为最终的预测(图的输出检测阶段 2)。

概述的方法:概率模型预测飞机从原始主动脉环平面。轮廓检测和预测面积和周长与地面真理(GT)。

作为最后一步,派生主动脉环尺寸被用来评估正确的假体的大小。周长是用来选择合适的美敦力公司Evolut TAVR假肢大小( https://www.medtronic.com/content/dam/medtronic-com/products/cardiovascular/heart-valves-transcatheter/corevalve-evolut-r/documents/201709637EN-Evolut-PRO-TAV-in-SAV-Interactive-Sizing-Guide-FINAL.pdf),该地区被用来识别假爱德华兹的智力测试3大小( https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf14/P140031c.pdf)类似于制造商的分级矩阵用于临床实践。

2.5。统计分析

Shapiro-Wilk测试为正态分布进行测试,和所有的预测分布是正态分布。皮尔森相关系数是计算评价之间的关系模型和两个观察者(有良好的相关性 R2> 0.9)。手动和自动地标位置之间的协议进行评估使用Wilcoxon签署的非参数测试(意义重大 p 值< 0.001)。Bland-Altman分析模型和观察者之间的面积和周长1和两个观察者之间进行。

2.6。实现

所有的计算与泰坦在多核计算机上执行工作 X和P6000 gpu (NVIDIA公司,洛杉矶类似CA)。的开发模型和深度学习管道PyTorch v0.4.1 [ 11]。

3所示。结果与讨论 3.1。结果

该方法训练的两个模型,检测阶段验证使用interoperator变异性研究中使用的118名患者。通过使用相同的病人进行验证和观察者变异评估,可以比较两个观察者的方法。

检测阶段包括深度学习阶段和后处理阶段。深度学习阶段验证通过比较预测分割(模型)的分割两个观察者使用骰子系数。意味着骰子评分模型和观察者之间1是96%,而平均骰子分数模型和观察者2和观察者之间1和2是89%。得分越高意味着骰子预计模型和观察者之间1,因为从观察者模型训练数据1。

后处理阶段派生的面积和周长预测分割和验证通过比较预测面积和周长与面积和周长的观察员。当比较模型的预测解剖测量与数据的观察员,之间没有显著差异的模型和两个观察者测量领域。平均成对差异对所有测量约为零,这意味着预测解剖测量可用于相同的方式作为观察者1或2(表的输出 1)。

比较之间的解剖测量模型和两个观察员。

模型与观察者1 模型与观察者2 观察者1与观察者2
diff配对。 p 价值 diff配对。 p 价值 diff配对。 p 价值
区(毫米2) 3.3±16.8 0.008 2.0±22.4 0.046 1.3±21.1 0.752
周长(厘米) 0.6±1.7 0.0001 0.5±2.6 0.0016 0.2±2.5 0.513

配对差异报告为平均值±标准偏差。

优秀的校正模型和观察者之间的价值观得到1(0.98)和周边(0.97)。观察者之间的相关性值1和2的面积(0.97)和周长(0.94)表明,手工方法是准确的(图 3)。

散点图比较的interobserver相关区域周长(a)和(b)。

Bland-Altman情节的预测和度量(观察者1)面积和周长是描绘在图 4 5。值得注意的是,当解释Bland-Altman情节,模型是可重复的,因为连续预测每个病人产生相同的输出。

Bland-Altman情节比较主动脉环区域模型与观察者1 (a)和两个观察员(b)。

Bland-Altman情节比较模型与观察者的主动脉环周长1 (a)和两个观察员(b)。

验证的分割能力和所需的面积和周长的评估是验证方法的预测能力正确的假体大小(两个观察者相比)。预测的面积和周长被用来检索爱德华兹3和智慧美敦力公司Evolut TAVR假体大小。自动选择阀的大小比较阀大小造成的环形测量观察者。协议爱德华兹的智力测试3的比例模型和两个观察者之间几乎相同:0.86模型和观察者之间1和0.88之间的观察员。美敦力公司的协议比Evolut TAVR义肢模型和两个观察者之间的尺寸是相似的:0.89模型和观察者之间1和0.86之间的观察员(图 6)。

假体尺寸之间的协议的爱德华兹3 (a)和智慧美敦力公司Evolut TAVR分级表(b)。情节代表有多少大小选择为每个可用的设备尺寸模型的基础上,观察1,观察者2。情节表明分歧与观察者之间的箭头1(不足或过高)。权重表示的病人数量大小的不同,相对于观察者1所示。

最后,相关报告的处理时间手动和自动的方法。自动处理时间从主动脉环平面分割,解剖测量,和假体大小低于1秒。

3.2。讨论

在这项工作中,一个自动化的方法,提出了促进和优化术前泰薇规划。它会自动预测主动脉环的周长、面积及基于多层螺旋ct图像。118名患者的方法验证评估其准确性,和结果表明,面积和周长可以预测在一个自动的,可再生的,快速、准确的方法通过结合两个网络的结果后处理步骤紧随其后。之间的差异主动脉环测量获得的手动和自动预测类似于两个独立的观察者之间的差异,这表明提出的方法的一个令人满意的精度。面积和周长也被用于检索建议假体大小爱德华兹3和智慧的美敦力公司渐屈线设备。自动确定测量导致设备大小选择协议和设备尺寸选择运营商1根据他的测量,这再次证实了足够的模型精度。总分析时间从主动脉环平面圣餐台大小低于1秒。

在文献中,已经进行了类似的研究。奎罗斯等人提出了一种检测方法正确的泰薇假肢大小使用主动脉从主动脉瓣环区域分割和统计形状模型( 12]。他们的全自动方法检测到92%的假体大小和他们的半自动方法100%。这单中心研究包括104例严重程度的钙化,二尖瓣修复术、心脏起搏器。作者介绍了35毫米的重叠区域2和40毫米23可用假体尺寸之间的爱德华兹3和XT智慧。不幸的是,这种重叠区域很难评估方法的真正的预测能力,并与我们的结果进行比较。此外,最终的处理时间没有在这项研究报道。

我们的方法是基于一种不同的技术,在我们看来,比[描述的工作更进一步 12]。我们的研究包括主动脉瓣环周边地区;因此,假体的大小选择也可以扩展到周边地区相关的设备。接下来,多中心数据用于模型训练和验证,这可能表明鲁棒性未知的中心。没有重叠的地区使用为了遵循制造商的指导原则和离开的最终解释方法的输出医生。最后,处理时间大约是每个病人一秒钟,这使得快速的方法。

该方法可以检测主动脉环平面的面积和周长在几秒内,这可能影响减少运营商分析时间和错误在一个指数级增长的市场。如果这个方法是结合自动主动脉环平面检测方法,总时间减少会相当可观。除了减少时间的分析,因此,手术规划、医生节省时间是他/她从这个计划/分析中解放出来。同时,分析问题一个独立的自动化过程,提高输出质量。泰薇总成本降低的嵌入方法可以获得在软件允许手动修正(例如,纠正异常值)。这个嵌入也可以产生持续的学习平台的数据一个新病人,由专家验证,可以添加到训练数据集,从而提高未来的检测。

虽然方法已经被证明是可靠的,有一些限制有关电流的方法。在少数情况下,相对较大的分歧之间的区域从我们的模型和预测个体人类观察者。观察者1相比,最大的高估我们的模型相当于10%,最大的低估9%。然而,在这些情况下,观察者2倾向于同意预测值(1%观察者2和模型)之间的区别。这可能表明,模型具有广义超出地面真理;换句话说,它学会了超越老师的一些错误。预测周边和观察者的最大区别1相同的病人地区最大的区别(高估了7%)。建立区域和观察者之间的最小差异1低估了5%(3毫米的差别)。

应该注意的是,该方法不是泰薇规划工具,也不打算更换介入心脏病学家。还有其他测量所需的规划泰薇不包括在这项研究中。这些测量包括主动脉环平面的距离门口的冠状动脉,并发主动脉窦的面积,sinotubular结等,将在后续工作。这也将是有趣的测量方法前瞻性的影响。

4所示。结论

总之,这项研究表明,自动泰薇设备大小选择使用该方法快速、准确、重现性好。interobserver变异性的比较表明可靠性的策略,和嵌入这个工具基于深度学习在术前规划程序有可能增加效率,同时确保准确性。

数据可用性

所使用的统计数据来支持本研究的发现可以从相应的作者。匿名的图像数据用于支持本研究的发现是由FEops喷嘴速度下许可,所以不能免费提供。

的利益冲突

彼得德Jaegere是美敦力公司的顾问。约翰离开是美敦力公司的顾问。Ole德支持者的顾问阿伯特。马修·德·Beule和彼得这部是FEops的股东。乔妮Dambre和会长Patricio Astudillo没有利益冲突声明。

确认

我们要感谢这两个运营商的所有工作。所有计算工作进行Nvidia GPU的Nvidia GPU补助计划。这项工作是支持的欧洲委员会在地平线2020框架(项目没有通过MSCA-ITN-ETN欧洲培训网络。642458)。

补充材料

图1:深度学习体系结构的概述。图2:残块的概述:过滤器的输入是扩展到所需的数量与卷积2 d层与内核大小1。后的序列卷积层与内核大小3批正常化( 3],ReLU激活函数( 4),输出总结第一次卷积的输出层之后,最后一个ReLU激活函数。表1:培训的细节。hyperparameters都得到执行k-fold训练集(交叉验证 k= 5)和一个固定的随机种子。表2:Data-augmentation细节。所有参数都同样获得培训的细节。

史密斯 c·R。 利昂 m B。 麦克 m·J。 介入与主动脉瓣置换手术高危患者 新英格兰医学杂志》上 2011年 364年 23 2187年 2198年 10.1056 / NEJMoa1103510 2 - s2.0 - 79958204372 利昂 m B。 史密斯 c·R。 麦克 m·J。 介入或手术主动脉瓣替换中间危险的病人 新英格兰医学杂志》上 2016年 374年 17 1609年 1620年 10.1056 / NEJMoa1514616 2 - s2.0 - 84964932839 里尔登 m·J。 范Mieghem n·M。 Popma J·J。 中度风险患者的手术或经导管主动脉瓣替换 新英格兰医学杂志》上 2017年 376年 14 1321年 1331年 10.1056 / nejmoa1700456 2 - s2.0 - 85017306295 Popma J·J。 g . M。 阿里身上 美国J。 经导管主动脉瓣替换self-expanding阀在低风险的患者 新英格兰医学杂志》上 2019年 380年 18 1706年 1715年 10.1056 / nejmoa1816885 麦克 m·J。 利昂 m B。 Thourani v . H。 经导管主动脉瓣替换balloon-expandable阀在低风险的患者 新英格兰医学杂志》上 2019年 380年 18 1695年 1705年 10.1056 / nejmoa1814052 Durko 答:P。 Osnabrugge r . L。 范Mieghem n·M。 每年每个国家的候选人经导管主动脉瓣植入术数量:目前的估计和未来的预测 欧洲心脏杂志》上 2018年 39 28 2635年 2642年 10.1093 / eurheartj / ehy107 Kasel a . M。 Cassese 年代。 Bleiziffer 年代。 标准化的成像主动脉环的大小 JACC:心血管成像 2013年 6 2 249年 262年 10.1016 / j.jcmg.2012.12.005 2 - s2.0 - 84881330796 Ronneberger O。 费舍尔 P。 Brox T。 U-net:卷积网络生物医学图像分割 在计算机科学的课堂讲稿 2015年 9351年 234年 241年 10.1007 / 978 - 3 - 319 - 24574 - 4 - _28 2 - s2.0 - 84951834022 K。 X。 年代。 太阳 J。 深层残留图像识别的学习 《IEEE计算机学会学报计算机视觉与模式识别会议 2016年12月 路透印度巴特那 770年 778年 精明的 J。 计算边缘检测方法 IEEE模式分析与机器智能 1986年 PAMI-8 6 679年 698年 10.1109 / tpami.1986.4767851 2 - s2.0 - 0022808786 Paszke 一个。 总值 年代。 Chintala 年代。 自动分化PyTorch 31日会议上的神经信息处理系统的程序 2017年12月 美国加利福尼亚州长滩 奎罗斯 年代。 杜波依斯 C。 莫莱斯 P。 自动三维计算机断层扫描的主动脉环大小规划经导管主动脉瓣植入术 心血管ct杂志》上 2017年 11 1 25 32 10.1016 / j.jcct.2016.12.004 2 - s2.0 - 85008452757