尿路感染(UTI)代表各种各样的临床实体包括微生物入侵的泌尿系统任何组织的肾皮质尿道口( 1]。每年,数以百万计的人们从所有年龄组影响泌尿道感染的风险高的发病率,死亡率,和重大医疗费用( 2]。此外,它是最常见的一种感染患者承认之间的社区医院和革兰氏阴性菌血症的主要原因之一( 3, 4]。女性比男性更有影响,大约20%的女性至少经历一集泌尿道感染在他们生活的时间和复发是很常见的 5, 6]。因此,准确的诊断和适当的使用抗菌素治疗和预防尿路感染(尿)是必要的,以减少负担以及长期后果( 7]。

病因代理人参与尿路感染更多样化,最常见的微生物革兰氏阴性肠杆菌科包括 大肠杆菌( 8]。与这些生物相关的感染经验与常规抗生素治疗是基于频率的病原体,本地趋势的抗生素药物敏感性,和疾病严重程度( 9]。然而,抗生素耐药性的增加率和高复发率大大减少泌尿道感染的治疗选项近年来( 10]。的特别关注,家族成员肠杆菌科引起尿路,包括 大肠杆菌和 k .肺炎,窝藏了质粒编码extended-spectrum β-lactamases (ESBLs)全球正在上升 11, 12]。这些质粒迅速扩散阻力对第三代头孢菌素等抗生素( 13, 14]。于1983年首次发现,超过300个变异的ESBLs各家族成员已确定肠杆菌科和其他nonenteric生物( 13]。在不同的基因型, CTX-M, SHV, 和透射电镜描述了主要是肠杆菌科的临床菌株中赋予更广泛的抗菌素耐药性包括 β-lactams、氟喹诺酮类原料药和氨基糖甙类( 15]。

早期识别ESBL-producing细菌隔离导致临床疾病是非常重要的适当的治疗以及有效的感染控制在医院( 11]。耐多药uropathogenic率增加 大肠杆菌在尿路感染已经从尼泊尔,先前报道的这些研究仅限于表型耐药细菌的描述( 16, 17]。然而,报告描述分子类型的ESBL-producing 大肠杆菌引起尿路感染的病人和他们的流行病学在很大程度上是未知的。因此,对我们来说是非常重要的知道当地流行病学ESBL-producing引起的尿路感染 大肠杆菌在我们的设置和调查有用的治疗方式。在这个角度看,我们旨在确定发病率,细菌性尿路感染的病因、ESBL-producing耐多药和基因型 大肠杆菌三级护理健康中心的加德满都,尼泊尔。

本研究进行的曼莫汉•纪念教学医院的临床实验室服务,加德满都,尼泊尔,六个月(从2017年2月至2017年7月)。在研究期间,总共1626尿路标本收集病人出现尿路感染的临床怀疑他们调查潜在的细菌尿路病原体。

标本代表之间的尿路感染门诊病人和住院病人参加印度纪念教学医院(MMTH)包括在这项研究。泌尿道感染的临床诊断是由各自的单位医生的发烧和/或任何这样的痛苦的排尿症状,频率增加,燃烧排尿,耻骨弓上的痛苦/腰痛。所有的尿标本(中游尿液和catheter-aspirated尿)、无菌起始之前收集的抗菌素治疗,包括在这项研究中。然而,重复样本相同的病人和那些不满足标准的美国微生物学会被排除在外。

中游尿液和catheter-aspirated尿液标本处理标准的微生物方法及时MMTH细菌学实验室。他们被接种处理半定量的0.001毫升的标本(使用校准线圈)到胱氨酸乳糖电解液不足(cl)琼脂和接种盘子孵化24小时37°C的有氧气氛。增长的单一生物数≥10⁵菌落(CFU) / mL被认为代表了感染,和生物识别使用适当的常规鉴定方法包括菌落形态、革兰氏染色剂,和一组内部的生化测试( 18]。在所有隔离中,最主要的尿路病原体, 大肠杆菌,进一步选择抗菌药物敏感性的测定以及耐多药的检测(MDR)和extended-spectrum beta-lactamase——(ESBL)生产菌株。

的抗菌药物敏感性 大肠杆菌是由磁盘在Mueller-Hinton琼脂扩散法改性Kirby-Bauer (HiMedia实验室、印度)推荐的标准程序后临床和实验室标准协会(CLSI),美国韦恩[ 19]。抗生素包括在测试面板是阿莫西林(AMX 10 µ10 g)、庆大霉素(GEN µ30 g)、复方磺胺甲恶唑(床 µ头孢克肟g), (CFM 5 µ300 g)、呋喃妥英(NIT µg)、环丙沙星(CIP 5 µg),头孢噻肟头孢曲松(CTX / CTR 30 µg)、头孢他啶(CAZ 30 µ100 g)、哌拉西林(π µ100/10 g), Piperacillin-tazobactam(坑 µ30 g)、四环素(TE µimipenem (IMP 30 g) µg)和meropenem (MEM 30 µg) (HiMedia实验室、印度)。对抗生素敏感性的结果根据CLSI[区大小的标准 19]。 大肠杆菌写明ATCC 25922被用作控制菌株对抗生素的敏感性。

在这项研究中, 大肠杆菌隔离对至少一个代理三种不同类型的常用抗菌药物被认为是耐多药耐药(MDR) [ 20.]。如果欧元区抑制(ZOI)≤25毫米头孢曲松钠,≤22毫米对头孢他啶、头孢噻肟和/或≤27毫米,隔离被认为是一个潜在的ESBL CLSI生产商推荐的测试,进一步验证方法( 19]。

假定ESBL-producing隔离通过初步筛选乳化4 - 6毫升的蛋白胨水调整剂密度等于0.5麦克法兰的浊度标准。组合盘测试(CDT),推荐的CLSI,上执行 大肠杆菌隔离假定ESBL生产商。在该测试中,头孢噻肟(30 µg)单独磁盘,结合克拉维酸(头孢噻肟+克拉维酸,30/10 µg)磁盘被应用到一盘Mueller-Hinton琼脂(尼古拉斯)测试菌株接种,然后孵化环境空气16小时35±2°C。≥5毫米的隔离显示增加的抑制区相比,组合盘的头孢噻肟磁盘仅被认为是一个ESBL生产商 19]。

所有的表型ESBL 大肠杆菌隔离受到分子分析ESBL的确认生产。分子检测 大肠杆菌窝藏ESBL基因( bla-CTX-M, bla-TEM, bla-SHV)是由传统的聚合酶链反应(PCR)在加德满都基因组学和研究中心实验室(KCGRL),加德满都,尼泊尔。ESBL-producing分离株的分子检测方法 大肠杆菌类似,在我们以前的工作( 21]。

质粒提取,每个潜在ESBL-producing的一个殖民地 大肠杆菌被接种到Luria-Bertani肉汤和孵化到对数状态。质粒DNA的提取和纯化的细菌进行了使用商业套装(SureSpin质粒从Genetix迷你工具生物技术、亚洲)制造商的指示。纯化细菌分离株的DNA被用作模板来检测ESBL基因型: CTX-M, TEM, SHVβ内酰胺酶基因。引物扩增的ESBL基因型( bla-CTX-M, bla-TEM, 和bla-SHV)设计和购买从GeNei™,印度,和它们的序列表中列出 1。

基于聚合酶链反应(PCR)扩增的ESBL基因进行了以前描述的方法( 22]。例如,进行多重PCR检测质粒基因 SHV和 CTX-M,而传统的线性PCR用于 TEM型ESBL基因。放大反应进行了DNA热循环(CG)与下面的热循环条件:初始变性在94°C 3分钟,变性在94°C的45秒35周期,退火60°C的35周期(30秒 bla-SHV和 bla-CTX-M)和55°C的35周期(30秒 bla-TEM在72°C),扩展3分钟35周期,和最终在72°C扩展2分钟。之前确认 肺炎克雷伯菌临床分离株具有 bla-TEM, bla-SHV, bla-CTX-M基因作为一个积极的控制和nuclease-free水用作PCR的负面控制在每个运行。

PCR扩增后,2.5 μL的反应是在1%琼脂糖凝胶电泳分离的30分钟在100 V (V / 10厘米)1×此种缓冲区。DNA和溴化乙锭染色(1 μg / ml),放大DNA乐队是可视化使用UV-transilluminator(劈刀科学有限公司)。

有关病人的信息概要,结果进入了一个计算机程序。数据分析是使用社会科学统计软件包(SPSS™)版本20.0(美国、IBM、纽约Armonk)和基地分布比例。数据与 p 值小于0.05 (95% CI)被认为是重要的。

尿路感染(UTI)仍然是常见的临床实体在门诊的患者,也代表了一种常见的院内感染在尼泊尔医院( 6, 16]。然而,报告发病率和流行病学在尼泊尔不够一致,揭示了实际场景中关于病因频谱和抗菌药物敏感性 5, 23- - - - - - 25]。在实验室研究中,我们调查了生物体造成尿路感染及其抗菌谱的生产extended-spectrum beta-lactamase酶表型和基因型的方法。我们所知,这份报告代表的第一个基因型鉴定ESBL-producing尿路病原体从尼泊尔从尿路感染的病例。

整体的泌尿道感染发生率在我们的研究中很低(15.2%)相比,之前的类似研究报道在尼泊尔( 6, 16, 25]。较低的发病率在这项研究中,也许是因为之前使用抗生素和感染由于生长缓慢的生物或由于那些无法生长的生物在我们常规培养基。此外,比住院病人门诊病人被发现有泌尿道感染。与此同时,更多的女性(66.9%)被发现有泌尿道感染,其他地方如前所述[ 5, 6, 25]。更高的泌尿道感染发生在生育年龄的女性组在这项研究中已经被其他研究也支持( 5, 26]。此外,老年男性被发现更影响泌尿道感染在这项研究中,他们可能有膀胱出口梗阻和其他慢性并存状况。

我们观察到革兰氏阴性细菌是最主要的(81.4%)生物与我们的泌尿道感染的情况下,和 大肠杆菌(62.0%)是主要的病原体。肠杆菌科的成员也被描述为泌尿道感染的主要代理在几个研究比其他生物。较高的发病率 大肠杆菌看到在我们的研究也与以前的研究结果从尼泊尔 16, 17, 25]。尽管很低的革兰氏阳性细菌和酵母数量孤立在这项研究中,他们还负责各研究泌尿道感染( 6, 27]。

抗菌素耐药性uropathogenic细菌物种中是本研究的主要发现之一。 大肠杆菌主要的尿路病原体,高度耐常用治疗药物(beta-lactams、磺胺类、喹诺酮类和氨基糖甙类)。154 大肠杆菌隔离、89.3%抗氨苄青霉素,68.9%对哌拉西林耐药,头孢克肟50.4%,49.1%复方磺胺甲恶唑,氧氟沙星41.6%。这一发现类似于此前的报告Baral et al。 17),纽帕妮et al。 28],Rijal et al。 26从尼泊尔]。氨苄青霉素和其他口服头孢菌素是无效的在我们的研究中,因此使用前应该评估经验性治疗。此外,分离株对头孢菌素和喹诺酮类药物敏感性研究结果显示阻力大幅增加,据其他[ 16, 29日]。然而,呋喃妥英(92.2%)和庆大霉素(76.6%)对uropathogenic有效 大肠杆菌菌株。如上所述的,这些可以被认为是一线治疗方案对泌尿道感染病例(在我们的设置 24, 26]。碳青霉烯包括imipenem和meropenem将是有用的辅助治疗耐多药和复杂的尿路( 30.]。然而,近年来,尿隔离与碳青霉烯耐药性的出现进一步复杂化的治疗尿路( 31日]。

在这项研究中,我们发现了一个高的比例 大肠杆菌(64.9%)分离株耐多药耐药(MDR)。我们的发现在MDR细菌在泌尿道感染情况下兼容报告来自世界的不同部分,包括尼泊尔( 17, 28, 32, 33]。这些耐多药 大肠杆菌压力在我们之前报道的研究医院常见类似的发现在小儿泌尿道感染情况下( 34]。此外,最常见的MDR模式中 大肠杆菌隔离是电阻对beta-lactams +喹诺酮+磺胺类(21%),这可能是由于生产水解酶( β-lactamases)的细菌 30.]。我们的发现表明,抗生素治疗选择尿所致 大肠杆菌受到严重挑战由于对常用抗生素产生抗药性,导致这种情况仅仅依靠某些储备抗生素。

时间,发病率和流行病学的耐多药和ESBL-producing uropathogenic 大肠杆菌不断变化和更高的利率报告来自发展中国家( 30.]。在这项研究中,40.3%的 大肠杆菌隔离被发现ESBL生产商,病人年龄超过50年ESBL发病率较高的被发现 大肠杆菌。ESBL的速度相比,在这项研究中非常高的利率从先前的研究报道 17, 29日]。然而,ESBL-producing uropathogenic 大肠杆菌在尼泊尔不断上升,最近,纽帕妮et al(33.2%)和班达里et al(38.6%)有记录的增加率ESBL生产商从泌尿道感染病例 28, 35]。从国际角度,类似ESBL-producing 大肠杆菌也报道了耶拿et al(41.07%)来自印度( 32),马苏德•et al(40.9%)从孟加拉国 36),摩尔et al(44%)从柬埔寨( 37],Kizilca et al(41.4%)来自土耳其( 38]。然而,利率ESBL-producing uropathogenic 大肠杆菌从其他发达国家报道非常低 30., 39]。ESBL-producing菌株之间的变化研究背后的原因可能是由于当地的抗生素处方实践,大量使用广谱抗生素,尤其是第三代头孢菌素,风土性耐药病原体的位置。

同时,我们观察不同基因型ESBL的 大肠杆菌隔离。在这项研究中, bla-TEM(83.8%)是最主要的基因型ESBL的 大肠杆菌隔离,这是由印度最近的一项研究[ 32]。然而, bla-CTX-M基因被描述为最常见的基因型ESBL肠杆菌科中几个文献[ 40- - - - - - 42]。在我们以前的报告,我们发现的主导地位 bla-CTX-M从各种临床标本中基因ESBL-producing肠杆菌科 22]。此外,多次出现相同的有机体的基因也指出,在哪里 bla-TEM+ bla-CTX-M(54.8%)是常见的。这些基因通常出现在大质粒伴随着产生抗性的遗传决定因素对各种抗菌素( 43]。在这项研究中,ESBL-producing隔离更耐头孢菌素和氟喹诺酮类原料药。然而,呋喃妥英、氨基甙类抗生素被证明是最优情况下的一线药物ESBL引起的泌尿道感染 大肠杆菌在我们的研究中。这可能是由于限制使用这些药物在我们医院的设置,和呋喃妥英通常保留规定只有在尿路的情况下,因为它是和集中在尿液中排出 29、30]。碳青霉烯可用于严重的泌尿道感染,主要治疗是无效的 30.]。

ESBL-producing微生物引起的感染是一个全球性的问题。移动遗传元素中包含的细菌很容易转移到其他生物在附近 36]。及时发现耐药菌株以及它们的抗菌药物敏感性的有效管理是非常重要的在流行地区泌尿道感染。然而,有限的检测设施和贫穷的理解这样的错误在发展中国家负责全球传播的病原体( 13, 15]。

虽然这是一个横断面研究,我们无法评估患者的危险因素和结果泌尿道感染。ESBL-producing的分子特征 大肠杆菌压力与系统发育轮廓的详细分析将更有用的理解ESBL的流行病学 大肠杆菌在我们的设置。此外,最低抑制浓度(MIC)的测定抗生素治疗会有帮助耐药感染的治疗和监测。

高负担的抗菌素耐药性和ESBL-producing患病率增加 大肠杆菌与泌尿道感染是本研究的主要发现。不同基因型的ESBL 大肠杆菌随着对观察常用抗生素产生耐药性。呋喃妥英、氨基甙类抗生素被发现最有用的一线药物用于泌尿道感染的情况下在我们的设置。在这个角度看,常规可考虑细菌病原体的流行病学监测造成尿路和他们的抗菌素耐药性是有用的在发展中我国治疗指南。