ijmicro 国际微生物学杂志 1687 - 9198 1687 - 918 x Hindawi 10.1155 / 2021/6687148 6687148 研究文章 抗菌素耐药性的 Enterobacterales细菌从血液分离波兰医院的外科感染病人 https://orcid.org/0000 - 0002 - 2482 - 2944 Kłos M。 1 Pomorska-Wesołowska M。 2 https://orcid.org/0000 - 0002 - 6964 - 4264 Romaniszyn D。 3 https://orcid.org/0000 - 0003 - 0756 - 1639 Wojkowska-Mach J。 3 https://orcid.org/0000 - 0002 - 0814 - 8638 Chmielarczyk 一个。 3 吉诺维斯 卡洛 1 健康科学学院 安大学医学院 克拉科夫 波兰 cm-uj.krakow.pl 2 微生物学系 分析和微生物实验室 KORLAB Ruda Slaska 波兰 3 微生物学系 医学院 安大学医学院 克拉科夫 波兰 cm-uj.krakow.pl 2021年 16 1 2021年 2021年 5 10 2020年 12 12 2020年 5 1 2021年 16 1 2021年 2021年 版权©2021 m . Kłos et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

背景和目的。血流感染(bsi)是最常见的院内感染(hai)。我们试图描述流行病学和耐药性次要的 Enterobacteralesbsi和检查任何相关的外科病人病房的类型。 材料和方法。在波兰南部这个多中心医院(13)实验室回顾性研究评估成年人患有BSI二次手术部位感染(SSI)在2015 - 2018年住院;121年 Enterobacterales收集菌株。耐药性测试根据EUCAST建议。测试确认extended-spectrum的存在 β-lactamases (ESBLs)和 bla抗性基因。的发生可能的克隆中流行 k .肺炎压力是检查。 结果。的患病率 Enterobacterales在二级BSI是12.1%;最常见的菌株 大肠杆菌( n= 74,61.2%)和 克雷伯氏菌spp。( n= 33岁的27.2%)。高阻涉及氨苄青霉素和氨苄西林/ sulbactam(92、8 - 100%)、氟喹诺酮类原料药(48 - 73%),和大多数头孢菌素(29 - 50%)。碳青霉烯的抗菌素的敏感性为98%。ESBL菌株的患病率为37.2% ( n= 45)。所有的ESBL菌株 blaCTX-M基因,有26.7% blaSHV基因,24.4% blaTEM基因。的多样性 克雷伯氏菌压力是相对较高的。只有4株属于一个克隆。 结论。尤其令人担忧的是盛行的是什么 EnterobacteralesBSI,以及高阻抗菌药物常用的经验治疗。改善的有效性实证治疗外科部门,我们需要知道手术部位感染的流行病学和BSI,二级SSI。我们惊讶地注意高之间的异质性 k .肺炎菌株,这是不同于我们的经验。

安大学医学院 N41 / DBS / 000053
1。介绍

近年来,关于血液感染的流行病学数据(BSI)表示改变微生物病因的流行代理。革兰氏阴性致病菌主要为菌血症的主要原因,根据研究人员的比例 大肠杆菌增加了33%,达到¼的病原体和超过75岁的患者中,甚至30%以上( 1]。 Enterobacterales血流感染(BSI)是其中一个最经常观察院内感染(hai),特别是在外科病人。世界各地,也在波兰,更次要的BSI,有事实,呼吁立即采取措施,以防止和控制BSI的成年人。

1983年,与extended-spectrum菌株 β内酰胺酶(ESBL)机制被首次发现,这种表型迅速成为占主导地位的革兰氏阴性耐药菌株之一。主要是由质粒基因传播负责耐青霉素,头孢菌素,和aztreonam,它们的存在也与抵抗抗生素除了有关 β-lactams,即。,fluoroquinolones or aminoglycosides [ 2]。二十多年来,增加耐药菌株的数量和ESBL菌株感染已被观察到 2]。广泛使用的抗生素,如头孢菌素导致ESBL菌株的传播在欧洲和美国 3]。ESBL菌株, 大肠杆菌 肺炎克雷伯菌最常引起BSI ( 2, 4]。

萨凯拉里欧的等人的研究表明 大肠杆菌BSI是最常见的泌尿起源,而 k .肺炎BSI与手术部位感染(SSI)、呼吸道感染,感染或未知( 5]。增加此类感染的风险因素包括侵入性装置的存在,特别是血管或留置导管、年龄、ICU停留,感染性休克,呆在养老院,和以前的抗生素治疗或不适当的治疗 4, 6]。第三代头孢菌素抗生素治疗, β-lactams,氟喹诺酮类原料药发展的非常重要的ESBL表型( 4]。ESBL感染与死亡率,增加成本,长期住院治疗( 2]。对于ESBL-positive k .肺炎、手术部位感染的危险因素包括腹膜炎、广谱头孢菌素的使用,中性粒细胞减少,感染性休克,ICU停留 7]。

本研究的主要目的是确定耐药 Enterobacterales从二次分离血液感染手术病人。在这个手稿,只有实验室确诊病例血液感染(LC-BSIs)受到分析根据ECDC(欧洲疾病预防和控制中心)的定义,它是当病人诊断表明至少一个下列症状:发烧(> 38°C)、发冷、血压下降,血培养给至少一个阳性结果和病原微生物是孤立的,或两个独立的实验中,48小时,产生( 8]。此外,可能克隆流行病的发生 k .肺炎压力是检查。

2。材料和方法

这个多中心实验室回顾性研究包括997名成年手术患者(18≤)LC-BSIs在波兰南部住院医院(13)。手术患者住院15单位不同的类型:一般情况下,泌尿外科和血管手术病房、妇产科病房。合格的标准是诊断继发性血液感染,除了中央或外周静脉导管BSI。

总之,121年 Enterobacterales菌株被孤立。使用MALDI-TOF识别微生物进行生物型(力量公司、荷兰)根据标准方法。隔离是回顾性收集与KORLAB合作2015年1月1日和2018年12月31日之间的盖隆大学医学院微生物学。

抗菌药物敏感性测试的隔离是根据当前的指导方针进行药敏测试(EUCAST,欧洲委员会 http://www.eucast.org/clinical_breakpoints/;2017年12月)的访问光盘Mueller-Hinton平皿上扩散。抵抗决心六种抗菌药物:青霉素与克拉维酸和tazobactam(也),头孢菌素(第四代头孢呋辛、头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟和cefoperazone-sulbactam),碳青霉烯(厄他培南,imipenem meropenem),氨基甙类抗生素(阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素),氟喹诺酮类原料药(环丙沙星)、磺胺甲恶唑和甲氧苄氨嘧啶。

ESBL活动检测改性双盘协同测试使用头孢噻肟、头孢他啶,头孢吡肟,和aztreonam光盘,把20毫米盘周围含阿莫西林/克拉维酸( 9]。

所有隔离ESBL活动与多重PCR筛选的存在 blaTEM, blaSHV, blaOXA β内酰胺酶基因和变异的 blaCTX-M β内酰胺酶基因(包括组 blaCTX-M-1, blaCTX-M-3, blaCTX-M-15组2,包括 blaCTX-M-2和组9包括 blaCTX-M-9 blaCTX-M-14)使用以前公布的引物( 10]。由于ESBLs中最多的 克雷伯氏菌种虫害的 肺炎克雷伯菌压力( n= 27),pulsed-field凝胶电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现)进行检查克隆流行病。我们先前的实验表明, 克雷伯氏菌菌株隔离在波兰部门通常属于一个克隆。但是脉冲场凝胶电泳的出现是用于确定可能的水平转移 k .肺炎菌株在同一病房的病人中。基因组DNA与10 U消化 Xba我(EURx、Gdańsk、波兰)。由此产生的DNA指纹技术获得了使用第三厨师但是脉冲场凝胶电泳的出现系统(BioRad,华沙,波兰)0.5 Tris-borate-EDTA缓冲区在14°C 6 V 2-35 22 h增加脉冲时间的年代。GelCompar(应用数学)是用于聚类分析使用骰子系数和减重两组与算术平均方法。

3所示。结果

年龄中位数(四分位数Q1和Q3)(76年59岁),67年,63名(52.0%)患者是女性。大多数病人(47人,38.8%)是在普通外科病房住院。不到59年的范围,更多的情况下观察女性与男性相比(分别为39.6%和13.7%);虽然随着年龄的增长,男性病例数的增加(70多年的范围:男性51.7%,女性26.9%)。

的患病率 Enterobacterales在二级BSI是12.1%;最常见的压力 大肠杆菌( n= 74,61.2%)和 克雷伯氏菌spp。(33例,27.2%),不论性别或年龄(表 1)。在属 克雷伯氏菌,27岁 肺炎克雷伯菌,5 克雷伯氏菌oxytoca,1 克雷伯氏菌mobilis确定了菌株。其他物种的琐屑的百分比 Enterobacterales杆菌为11.5%。组中指定的“他人”,10株 变形杆菌3 肠杆菌属下水道,1 枸橼酸杆菌属freundii

普遍存在的 Enterobacterales杆菌在研究外科病房997例BSI数量。

研究隔离 Enterobacterales 所有 n =121年
大肠杆菌n= 74 克雷伯氏菌spp。 n= 33 其他人 n= 14
流行率(%) 7.4 3所示。3 1.4 12.1

外科病房
普通病房 51 (68.9%) 27 (81.8%) 9 (64.3%) 87 (71.9)
泌尿外科病房 19 (25.7%) 5 (15.1%) 3 (21.4%) 27日(22.3)
妇产科病房 2 (2.7%) 1 (3.0%) 1 (7.1%) 4 (3.3)
血管病房 2 (2.7%) 0 (0.0%) 1 (7.1%) 3 (2.5)

年龄范围
≤59 22 (29.7%) 6 (18.1%) 5 (35.7%) 33 (27.3)
60 - 69 22 (30%) 16 (48%) 3 (21%) 41 (33.9)
70年≤ 30 (40.5%) 11 (33.3%) 6 (42.8%) 47 (38.8)

74例(61.1%) 33 (27.2%) 14 (11.5%) 121 (100)

计算的菌株数量除以实验室确认的血液感染的数量乘以100。

据报道对氨苄青霉素耐药性最高与sulbactam协会,达到100%(表 2)。高阻也涉及氟喹诺酮类原料药(48 - 73%)和头孢菌素(29 - 50%)。只有1(0.8%)应变十分敏感,但37株(30.6%)耐抗菌素类研究(表5或更多 2)。研究菌株只演示了几乎完整的敏感性碳青霉烯敏感性(近100%),和两个菌株( 大肠杆菌 肺炎克雷伯菌)观察耐碳青霉烯。

耐药 Enterobacterales杆菌在外科病房进行了研究。

Enterobacterales n= 121 (100%)
Nr的类别 抗菌药物类别 抗微生物剂 大肠杆菌 n= 74 (61.1%) 克雷伯氏菌spp。 n= 33 (27.2%) 其他人 n= 14 (11.5% )
1 青霉素,青霉素抑制剂 氨苄青霉素 73例(98.6%) 33 (100%) 14 (100%)
Ampicillin-sulbactam 72例(97.2%) 33 (100%) 13 (92.8%)
Amoxicillin-clavulanic酸 34 (45.9%) 20 (60.6%) 5 (35.7%)
Piperacillin-tazobactam 10 (13.5%) 11 (33.3%) 3 (21.4%)

2 头孢菌素 头孢呋辛四世 29 (39.1%) 15 (45.4%) 7 (50.0%)
头孢他啶 29 (39.1%) 14 (42.4%) 5 (35.7%)
头孢噻肟 28 (37.1%) 13 (39.3%) 5 (35.7%)
头孢吡肟 22 (29.7%) 16 (48.4%) 5 (35.7%)
Cefoperazone-sulbactam 6 (8.1%) 6 (18.1%) 0

3 碳青霉烯 厄他培南 0 1 (3.0%) 0
Imipenem 1 (1.3%) 0 0
Meropenem 0 0 0

4 氟喹诺酮类原料药 环丙沙星 36 (48.6%) 24 (72.7%) 8 (57.1%)

5 氨基糖甙类 庆大霉素 19 (25.6%) 7 (21.2%) 5 (35.7%)
阿米卡星 11 (14.8%) 13 (39.3%) 2 (14.2%)
妥布霉素 24 (32.4%) 17 (51.5%) 5 (35.7%)

6 其他人 功效 37 (50.0%) 21 (63.6%) 9 (64.2%)

∗Nonsusceptible抗菌类别 0类别(完全敏感) 0 0 0
1类 25 (33.7%) 5 (15.1%) 2 (14.2%)
两类 15 (20.2%) 6 (18.1%) 3 (21.4%)
3类 4 (5.4%) 4 (12.1%) 4 (28.5%)
4个类别 11 (14.8%) 4 (12.1%) 1 (7.1%)
5类 18 (24.3%) 14 (42.4%) 4 (28.5%)
6类 1 (1.36%) 0 0

菌株分为六类基于他们的抵抗特定数量的抗菌剂的分类(青霉素,青霉素抑制剂、头孢菌素、碳青霉烯氟喹诺酮类原料药,氨基糖甙类、甲氧苄氨嘧啶和);完全从所有类别所有抗菌药物敏感性意味着“0”;“6”是指抵抗至少一个从每个6类抗菌剂。

ESBL菌株的患病率为37.2% ( n= 45)。大多数ESBL-positive菌株属于属 克雷伯氏菌( n= 22;66.7%),尤其出现在普通外科病房( n= 175;1.5%)。在 大肠杆菌,尽管他们构成的大多数 Enterobacterales菌株分离,ESBL菌株是¼(表 3)。

的ESBL菌株患病率 Enterobacterales杆菌在外科病房进行了研究。

研究了隔离 大肠杆菌 n= 74 (100%) 克雷伯氏菌spp。 n= 33 (100%) 其他人 n= 14 (100%) 所有的隔离 n= 121 (100%)
ESBL(是的,%) 19 (25.7%) 22 (66.7%) 4 (28.6%) 45 (37.2%)
普通病房 15 (20.3%) 17 (51.5%) 3 (21.4%) 35 (28.9%)
泌尿外科病房 3 (4.0%) 4 (12.1%) 1 (7.1%) 8 (6.6%)
妇产科病房 1 (1.4%) 1 (3.0%) 0 (0%) 2 (1.6%)
血管病房 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%)

ESBL ( n= 45)菌株12株(26.7%) blaSHV基因(10 克雷伯氏菌和2),11株(24.4%) blaTEM(6 克雷伯氏菌,3人,2 大肠杆菌),14株(31.1%) blaOXA(6 大肠杆菌6 克雷伯氏菌,2人),45株(100%) blaCTX-M(表 3)。

最常见的是 blaCTX-M属于组1(包括基因 blaCTX-M-1, blaCTX-M-3, blaCTX-M-15)34株(75.5%),然后变异 blaCTX-M组9(包括 blaCTX-M-9 blaCTX-M-14)在4株(8.9%),组2(包括 blaCTX-M-2)在一株(2.2%)。七个的 blaCTX-M基因属于组织以外的其他测试。

但是脉冲场凝胶电泳的出现的结果,在研究 肺炎克雷伯菌菌株,表明只有4株,源自相同的普通外科病房属于一个克隆。其他菌株差异很大(图 1)。

Pulsed-field凝胶电泳系统树图 肺炎克雷伯菌菌株。

4所示。讨论

Enterobacterales感染是常见的外科病房,但数据显示,其患病率明显取决于手术的类型。在分析人口,他们最常发现在普通外科和泌尿手术后,在其他人群,这种类型的病因是罕见的。

根据Kolpa et al .,的患病率 肠杆菌科在hai外科手术后病人的25.8%,但主要是BSI相关情况下,患病率高达29.8% ( 11]。也获得了类似的值(33%)在小儿心脏手术 12]。,正如预期的那样,完全不同的结果在研究感染泌尿手术后的病人,在哪里 肠杆菌科BSI是67.9%。LC-BSI显示显著耐药性的菌株。他们只对环丙沙星高度敏感,piperacillin-tazobactam (90%)、meropenem,庆大霉素(100%)( 13]。

根据丢掉了et al .,尿导管增加严重的菌血症的风险,应该只有当使用临床迹象 14]。研究结果由莉莉·等人证实,BSI的增加的主要原因之一是使用导尿管,通常是不必要的( 15]。可能最好的办法减少BSI泌尿患者的数量是减少留置导管利用率和缩短尿导管使用[ 16]。

改善的有效性实证治疗外科部门,我们需要知道手术部位感染的流行病学和BSI次要SSI,包括微生物病因代理人和抗生素耐药性的流行概况。我们的结果显示一个高得惊人的耐药水平 Enterobacterales菌株与二级bsi手术患者在波兰南部。这种情况可能影响治疗失败经验治疗的风险。基于人口数据的研究,提出有效的经验治疗是可能只有cefoperazone-sulbactam piperacillin-tazobactam结合氨基甙类抗生素或碳青霉烯的使用,这无疑是不利的,因为它具有很高的风险增加之间的耐碳青霉烯 Enterobacterales这已经是一个大问题在其他欧洲国家如罗马尼亚、希腊和意大利( 17]。在波兰, 大肠杆菌 k .肺炎压力,抵抗aminopenicillins、第三代头孢菌素和氟喹诺酮类原料药仍是一个更大的问题,这并不意味着我们不应该害怕的外观特菌株( 18]。幸运的是,耐碳青霉烯 Enterobacterales不是在我们的研究证实,只有一株抗imipenem。然而,应用抗生素的集团之一 β-lactams,碳青霉烯、氨基糖甙类或氟喹诺酮类原料药可能导致coselection抵抗抗生素的几组。这是一个需要执行的指示微生物测试并发与靶向治疗并进行精确的微生物监测。不幸的是,在波兰医院、微生物测试是充分利用和抗生素消费是欧洲最高的国家之一 19]。另一方面,措施必须采取适当的感染预防和控制程序。

尽管没有耐碳青霉烯的机制被发现在我们的研究中,我们还观察到一个高水平的ESBL-positive紧张,特别是在 k .肺炎。这个观察是一致的报告哨兵抗菌监测计划,这表明ESBL-positive连续和快速增加的份额 k .肺炎 大肠杆菌菌株在不同类型的感染在医院在美国( 20.]。在我们的2011 - 2013年的研究中,存在ESBL KP只略低57%和21.4% EC ( 21]。此外,ESBL菌株分离从新生儿耐氨基糖甙类和SXT这里。45 ESBL-producing分离株的分子鉴定表明,所有生产(100%)隔离 blaCTX-M类型ESBLs,最重要的是代表组织 blaCTX-M-1, blaCTX-M-3, blaCTX-M-15(75.5%),这是符合我们对ESBL菌株在波兰南部的其他研究 21, 22]。

分子的研究表明,这两种机制(克隆传播和质粒转移)是重要的因为ESBL-positive菌株比其他人有更大份额的爆发。ESBL-positive菌株的丰富材料(伤口,血液)手术病人也可能由于激进的广谱抗生素政策。我们不应该忽视当地流行的ESBL当药物传输算法。

基于以前的经验关于波兰研究医院,我们知道克隆传播更多的影响 肺炎克雷伯菌压力比 大肠杆菌;因此,我们现在检查是否这个物种之间的高ESBL份额与克隆爆发(没有联系 21, 23]。然而,的多样性 克雷伯氏菌但是脉冲场凝胶电泳的出现相对high-only 4株菌株属于一个克隆。这一点不同于我们之前的经验;可能是感染的病例在这项研究中没有与水平转移有关。

高的ESBLs患病率 Enterobacterales在医院不能明确地与高百分比的ESBLs在一般人群中,和纽约等人所做的研究志愿者在六个欧洲国家,包括波兰,显示8%的患病率 大肠杆菌ESBL和0% k .肺炎ESBL波兰航空公司在西里西亚Voivodeship [ 24]。

根据提供的数据,快速的实现有针对性的治疗,尤其是基于敏感和快速诊断测试,成功的感染治疗尤为重要。除了物种识别、越来越多的商用工具识别细菌从血液通过分子生物学方法能够检测出最受欢迎的耐药机制,例如,KPC, NDM, blaOXA-48等等。在波兰,目前没有明确的建议关于如何有效地实现这种类型的过程中,许多医院和实验室,现代测试的成本可能也是一个障碍( 25]。我们的研究有一些局限性。一般认为 大肠杆菌 k .肺炎BSI的行为类似,因为这样的组合是通常采用的文学。关于住院期间临床数据是可用的,我们只能分析住院的结果。以前的历史住院是未知的,我们不知道如果病人先前使用抗生素或有潜在疾病。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果可从部门盖隆大学医学院微生物学的要求(阿格涅斯卡Chmielarczyk, agnieszka.chmielarczyk@uj.edu.pl和工会领导人Wojkowska-Mach, jadwiga.wojkowska-mach@uj.edu.pl)。数据耐药性的菌株也可以(Monika Pomorska-Wesołowska KORLAB实验室 monikapw@op.pl)。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

空调采暖和JWM概念化设计研究;MP-W收集数据;博士和可执行的表型和基因型分析;疼或者JWM分析和解释数据;,可和JWM写手稿;疼或者JWM回顾和修订的最终批准,并出版的版本。

确认

这项工作是支持的资助盖隆大学医学院(N41 / DBS / 000053)。

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