IJMICRO 国际微生物学杂志 1687 - 9198 1687 - 918 x Hindawi 10.1155 / 2018/8945142 8945142 研究文章 合并感染的病因在尼泊尔2015/16冬季流感的儿童 http://orcid.org/0000 - 0001 - 7398 - 4176 阿帕德海耶 学者普拉萨德 1 2 http://orcid.org/0000 - 0002 - 5024 - 6127 Banjara 此举使拉吉 1 Shrestha Ram克利须那神 2 田代 Masato 3 Ghimire 普拉卡什 1 高田 Ayato 1 中央部门的微生物学 布汶大学 Kirtipur 尼泊尔 tribhuvan-university.edu.np 2 国家公共卫生实验室 卫生服务部门 加德满都 尼泊尔 nphl.gov.np 3 国家传染病研究所 东京 日本 nih.go.jp 2018年 28 10 2018年 2018年 10 07年 2018年 05年 09年 2018年 09年 10 2018年 28 10 2018年 2018年 版权©2018年学者普拉萨德阿帕德海耶等。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

急性呼吸道感染(ARIs)的一个主要公共卫生问题在尼泊尔这样的发展中国家。除了流感,其他病原体负责儿童急性呼吸道感染。感染的病因是差的特点在临床管理的过程中,因此经验使用抗菌药物。本研究的目的是描述的流感和其他呼吸道病原体实时PCR分析。175咽喉拭子标本influenza-positive病例收集在国家流感中心,尼泊尔,在2015/16冬季选择其他呼吸道copathogens检测。总核酸提取使用纯链接病毒RNA / DNA迷你包(表达载体),并进行了多重rt - pcr检测。甲型和乙型流感病毒被发现在120年(68.6%)和55例(31.4%)标本,分别,其中合并感染106年(60.6%)标本中被发现。流感的一种积极的情况下,25 (20.8%)A / H1N1 pdm09和95年(79.2%)/ H3亚型。病毒合并感染流感病毒经常与孩子们鼻病毒(26;14.8%)、呼吸道合胞体病毒A / B (19; 10.8%), adenovirus (14; 8.0%), coronavirus (CoV)-HKU1 (14; 8.0%), CoV-OC43 (5; 2.9%), CoV-229E (2; 1.1%), metapneumovirus A/B (5; 2.9%), bocavirus (6; 3.4%), enterovirus (5; 2.9%), parainfluenza virus-1 (3; 1.7%), and parainfluenza virus-3 (2; 1.1%). Coinfection of 肺炎支原体与流感病毒被发现在儿童(5;2.8%)。大多数的病毒感染发生在年轻5岁以下的儿童使用。除了流感病毒,发现了九种不同的呼吸道病原体,其中合并感染鼻病毒和呼吸道合胞病毒A / B主要在儿童身上发现。这项研究给了我们更好的呼吸道病原体的信息概要和合并感染的组合为急性呼吸道感染的诊断和治疗是很重要的。

 1。介绍

急性呼吸道感染的一个主要原因是儿童死亡率和发病率的特别是在发展中国家( 1]。世界卫生组织(世卫组织)估计,每年有190万儿童死于由于呼吸道感染(rti),在非洲和东南亚国家(主要是肺炎 2]。流感样疾病的发病率(伊犁)几乎类似的发达国家和发展中国家之间像尼泊尔;发展中国家的死亡率更高。的频率noninfluenza ARI病毒与流感病毒混合感染的变化从10至30%,并研究表明混合病毒感染之间的联系可能会增加疾病进展或临床严重程度( 3]。

ARI世界范围内最常见的病因包括流感病毒(InfV)、呼吸道合胞体病毒(RSV),鼻病毒(RV)、metapneumovirus (MPV) bocavirus (BV)、腺病毒(AV),肠道病毒(EV), 支原体肺炎e,副流感病毒病毒(PIV),冠状病毒(x) OC43 NL63, 229 e, HKU1 [ 4]。流感病毒类型A和B是阿里和严重的全球暴发的主要原因在冬季( 5]。年度流行的流感病毒也会导致全球阿里5 - 15%。根据世卫组织,3 - 5 250000 - 500000几百万严重病例和死亡发生在全球范围内由于年度流感 6]。

在东南亚热带和亚热带国家,如泰国、新加坡、马来西亚和中国,与伊犁相关的病因已经研究的很透彻了。然而,流行病学和病因学伊犁在尼泊尔了解甚少。实验室伊犁监测系统是建立在尼泊尔和极大地导致了疫情调查、监测和及时响应自2009年流感大流行的出现。流行的流感病毒在尼泊尔有很多相似之处与我们的周边国家和地区。我们报道全年传播流感的高峰活动在雨季和冬季类似于泰国、越南北部,老挝人民民主共和国( 7]。一种有效的检测方法是实验室诊断具有十分重要的意义。快速抗原检测、病毒文化,和分子方法,如PCR检测,目前用作病毒检测方法( 8]。在临床的设置,快速和可靠的PCR检测尤其有助于早期决策对管理和治疗的病人。在这项研究中,我们试图描述流感和其他ARI复合PCR鉴定病原体的儿童流感样疾病病例。

 2。材料和方法 2.1。标本采集和处理

这是一个实验室的描述性横断面研究从2015年10月到2016年2月。总共有394咽喉拭子标本收集从两个月到12岁儿童流感样疾病症状(伊犁)在冬季访问国家流感中心(NIC),国家公共卫生实验室,加德满都,尼泊尔。175年总咽喉拭子标本阳性流感病毒检测其他呼吸道copathogens进一步测试。流感样疾病被定义为个体的急性呼吸道感染发烧(≥38°C)的历史,咳嗽,和/或喉咙痛发作(过去10天内 9]。咽喉拭子标本收集病毒运输介质(科潘、意大利)和运输triple-package容器在合适的温度(2 - 6°C)。标本处理在生物安全柜类II类型A2(能源管理公司、新加坡)流感和其他呼吸道病原体核酸提取的网卡。实时PCR进行化验检测呼吸道病毒和其他病原体。

收集的数据包括病人的人口学特征(年龄、性别);地理位置、类型和亚型流感病毒经实时聚合酶链反应(rrt - pcr)检测。

 2.2。核酸提取和PCR扩增

总核酸(RNA / DNA)从咽喉拭子中提取使用PureLink™病毒RNA / DNA迷你包(美国热费希尔科学英杰公司)按照制造商的指示。一个内部控制(IC)被添加到每个萃取管为了访问提取的放大的质量。最后,核酸被筛选了50 µl−洗脱缓冲和存储的80°C到使用。实时rrt - PCR分析7500年呼吸道病原体进行快速实时PCR系统(美国热费希尔科学)。提取的核酸被rrt - PCR筛选与快速诊断(FTD)呼吸道病原体21工具包(Biomerieux,卢森堡)后,制造商的协议使用五多重PCR病毒:流感(InfV) A - b型流感A / H1N1,鼻病毒(RV)、冠状病毒(x) OC43 NL63, 229 e, HKU1,副流感病毒病毒(PIV)类型1 - 4,metapneumovirus (MPV) A - b, bocavirus (BV)、呼吸道合胞体病毒(RSV) A - b,腺病毒(AV),肠道病毒(EV), parechovirus (PeV),和一个细菌病原体: 肺炎支原体。两个积极控制的病毒和细菌复合PCR分析,内部控制(IC)和消极的控制(数控)管提供的工具包。简单地说,10 µl(提取的核酸被用作模板在每个反应FTD呼吸道病原体21多重PCR遵循制造商的指示。热循环放大条件包括逆转录15分钟42°C,变性3分钟在94°C紧随其后40周期为8秒94°C, 34秒60°C。标本被确定病原体基于制造商的积极或消极的解释标准,和PCR运行重复如果一个积极的和消极的控制结果不符合解释标准。

 2.3。统计分析

使用SPSS 11.5版执行统计分析。描述性统计、频率和百分比是生成的。Age-wise合并感染的分布情况下,单一感染流感,合并感染与其他病原体。

 2.4。伦理批准

本研究通过尼泊尔健康研究委员会(reg。不。180/2015)。

 3所示。结果

一百七十五年咽喉拭子标本阳性任何流感病毒进行测试来确定合并感染与其他阿里的可能病因。甲型流感病毒中检测出120例(68.6%)标本,其中25(20.8%)流感A / H1N1 pdm09和95年(79.2%)流感A / H3亚型。同样,B型流感病毒被确认在55例(31.4%)标本。其中,175名儿童积极的对任何流感A或B病毒;metapneumovirus a - b RSV a - b,鼻病毒,腺病毒,副流感病毒病毒1和3,bocavirus, 肺炎支原体、肠病毒、冠状病毒OC43、229 e和HKU1被证明与甲型和乙型流感病毒双重感染。同样,孩子们合并感染 肺炎支原体(表 1)。

的细节在influenza-positive情况下呼吸道病原体合并感染。

病原体 甲型流感(%) n= 83 B型流感(%) n= 23 总积极(%)
鼻病毒 22日(12.6) 4 (2.3) 26日(14.8)
RSV A / B 15 (8.6) 4 (2.3) 19日(10.8)
腺病毒 13 (7.4) 1 (0.6) 14 (8.0)
Metapneumovirus A / B 4 (2.3) 1 (0.6) 5 (2.9)
Bocavirus 2 (1.1) 4 (2.3) 6 (3.4)
m .肺炎 4 (2.3) 1 (0.6) 5 (2.9)
肠病毒 5 (2.8) 0 (0.0) 5 (2.9)
Parechovirus 0 (0.0) 0 (0.0) 0 (0)
副流感病毒virus-1 2 (1.1) 1 (0.6) 3 (1.7)
副流感病毒病毒2 0 (0.0) 0 (0.0) 0 (0)
副流感病毒virus-3 1 (0.6) 1 (0.6) 2 (1.1)
副流感病毒virus-4 0 (0.0) 0 (0.0) 0 (0)
冠状病毒(OC43) 3 (1.7) 2 (1.1) 5 (2.9)
冠状病毒(NL63) 0 (0.0) 0 (0.0) 0 (0)
冠状病毒(229 e) 2 (1.1) 0 (0.0) 2 (1.1)
冠状病毒(HKU1) 10 (5.7) 4 (2.3) 14 (8.0)

在这项研究中,儿童influenza-positive例( n= 175)分为三个子组的年龄和呼吸道病原体的阳性检出率,和结果对应不到5年,6到10年,10到12年年龄段如表所示 2和 3。合并感染与多种呼吸道病原体influenza-positive情况下主要的五岁以下的6 - 10和10 - 12年紧随其后,分别为(表 2和 3)。

儿童呼吸道病原体的分布模式合并感染流感的情况下( n= 120)。

病原体 年龄(年) 总额(%)
< 5 (%) 6 - 10 (%) 10 - 12 (%)
房车 10 (5.7) 6 (3.4) 6 (3.4) 22日(12.6)
RSV A / B 8 (4.6) 4 (2.3) 3 (1.7) 15 (8.6)
AV 9 (5.1) 3 (1.7) 1 (0.6) 13 (7.4)
电动汽车 3 (1.7) 1 (0.6) 1 (0.6) 5 (2.8)
MPV A / B 3 (1.7) 1 (0.6) 0 (0.0) 4 (2.3)
m .肺炎 2 (1.1) 1 (0.6) 1 (0.6) 4 (2.3)
BV 1 (0.6) 1 (0.6) 0 (0.0) 2 (1.1)
PIV-1 1 (0.6) 1 (0.6) 0 (0.0) 2 (1.1)
PIV-3 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
CoV-OC43 2 (1.1) 1 (0.6) 0 (0.0) 3 (1.7)
x - 229 e 1 (0.6) 1 (0.6) 0 (0.0) 2 (1.1)
CoV-HKU1 7 (4.0) 2 (1.1) 1 (0.6) 10 (5.7)

房车,鼻病毒;RSV A / B、呼吸道合胞体病毒A - B;AV,腺病毒;电动汽车,肠病毒;MPV A / B, metapneumovirus A - B; m .肺炎, 支原体肺炎;BV bocavirus;PIV-1,副流感病毒virus-1;PIV-3,副流感病毒virus-3;CoV-OC43 coronovirus-OC43;x - 229 e,冠状病毒- 229 e;CoV-HKU1 coronavirus-HKU1。

儿童呼吸道病原体的分布模式合并感染流感B-positive例( n= 55)。

病原体 年龄(年) 总额(%)
< 5 (%) 6 - 10 (%) 10 - 12 (%)
房车 3 (1.7) 1 (0.6) 0 (0.0) 4 (2.3)
BV 2 (1.1) 1 (0.6) 1 (0.6) 4 (2.3)
RSV A / B 2 (1.1) 1 (0.6) 1 (0.6) 4 (2.3)
AV 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
MPV A / B 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
m .肺炎 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
PIV-1 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
PIV-3 1 (0.6) 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (0.6)
CoV-OC43 2 (1.1) 0 (0.0) 0 (0.0) 2 (1.1)
CoV-HKU1 2 (1.1) 1 (0.6) 1 (0.6) 4 (2.3)

房车,鼻病毒;BV bocavirus;RSV A / B、呼吸道合胞体病毒A - B;AV,腺病毒;MPV A / B, metapneumovirus A - B; m .肺炎, 肺炎支原体;PIV-1,副流感病毒virus-1;PIV-3,副流感病毒virus-3;CoV-OC43 coronovirus-OC43;CoV-HKU1 coronavirus-HKU。

合并感染鼻病毒10的比例(5.7%)、呼吸道合胞体病毒A / B 8(4.6%)、腺病毒9(5.1%),和CoV-HKU1 7(4.0%)病毒是更常见的在不到五岁的儿童甲型流感相比B-positive病例。同样,与鼻病毒合并感染的速度6(3.4%)、呼吸道合胞体病毒A / B 4(2.3%)、腺病毒3(1.7%),和CoV-HKU1 2病毒(1.1%)比较发现低6 - 10岁儿童甲型和乙型流感,分别(表 2和 3)。

同样,38 (21.7%)influenza-positive标本已经合并感染两呼吸道病原体;21例(12.0%)标本中三种呼吸道病毒和9例(5.2%)标本中合并感染呼吸道病原体(表四 4)。甲型流感阳性检出率的主要发现于2015年10月到2016年1月。同样,乙型流感传染性高峰在2016年2月被发现之后,2015年10月,分别。除了流感病毒、鼻病毒、腺病毒、冠状病毒(HKU1)被发现在2015年10月到2016年2月的月。呼吸道合胞体病毒a - b检测从2015年11月到2016年2月,而MPV a - b感染被发现在2015年11月到2016年1月。

在单个和多个呼吸道感染病原体的细节influenza-positive病例。

病毒 正数(%)
流感A / H1N1 pdm09 18 (10.3)
流感A / H3 51 (29.1)
乙型流感 38 (21.7)
总monoinfection 107例(61.1%)
pdm09 + HPIV1 2 (1.1)
pdm09 + RSV A / B 3 (1.7)
pdm09 + MPV A / B 1 (0.6)
/ H3 + MPV A / B 1 (0.6)
一个/ H3 + m .肺炎 1 (0.6)
/ H3 + RSV A / B 7 (4)
/ H3 + AV 4 (2.3)
/ H3 + EV 1 (0.6)
/ H3 +房车 3 (1.7)
/ H3 + HKU1 4 (2.3)
B + BoV 3 (1.7)
B + HKU1 1 (0.6)
B +房车 1 (0.6)
B + m .肺炎 1 (0.6)
B + MPV A / B 2 (1.1)
B + RSV A / B 3 (1.7)
总2合并感染的病原体 38 (21.7%)
pdm09 +房车+ EV 1 (0.6)
A / H3 +房车+ AV 6 (3.4)
A / H3 +房车+ COR43 3 (1.7)
A / H3 +房车+ BV 1 (0.6)
A / H3 +房车+ RSV A / B 2 (1.1)
A / H3 + HKU1 + PIV-3 1 (0.6)
A / H3 +房车+ EV 1 (0.6)
B + BoV + AV 1 (0.6)
B + HKU1 + PIV1 1 (0.6)
B + HKU1 + RSV A / B 1 (0.6)
B +房车+ COR43 2 (1.1)
B + HKU1 + PIV-3 1 (0.6)
和3合并感染的病原体 21 (12.0%)
pdm09 + HKU1 + m .肺炎+ RSV A / B 1 (0.6)
/ H3 + HKU1 + m .肺炎+ AV 1 (0.6)
一个/ H3 + HKU1 + COR229 + PIV1 1 (0.6)
/ H3 + HKU1 + m .肺炎+ RSV A / B 2 (1.1)
A / H3 +房车+ MPV A / B + EV 1 (0.6)
一个/ H3 +房车+ COR229E + RSV 1 (0.6)
H3 +房车+ BV + AV 1 (0.6)
H3 +房车+商务+ EV 1 (0.6)
总合并感染4病原体 9 (5.2%)

Monoinfection流感A / H1N1 pdm09,流感A / H3和乙型流感为10.3,29.1和21.7%,分别。合并感染的流感A和B与其他单一病原体被发现在21.7%的情况下,双病原体被发现在12%的情况下,和三个或三个以上病原体被发现在17.2%的情况下(表 4)。

 4所示。讨论

呼吸道病毒的一个主要原因是急性呼吸道感染,流感是其中一个主要的发达国家和发展中国家的公共卫生负担像尼泊尔。在这项研究中,共计175 influenza-positive标本进行了检测潜在的呼吸道病原体从2015年10月到2016年2月。我们确定了9 noninfluenza呼吸道病原体的合并感染了流感病毒。其中,与鼻病毒合并感染,RSV A / B,腺病毒,CoV-HKU1病毒是高。一点信息关于这些病毒的患病率和季节性,主要在尼泊尔这样的发展中国家,那里的可能性定期执行这种类型的研究是不寻常的。

2015/16的冬季期间,增加流感病毒病例数(44.4%)被发现,所有influenza-positive病例进一步筛查其他呼吸道病原体通过rrt - pcr使用FTD呼吸道病原体21工具包。病原体及其积极的光谱率可能会在国家之间和在时间 8]。流感病毒是一种人类呼吸道感染的主要原因和后果更严重的形式比普通感冒引起的各种类型的病毒在冬天 10]。在我们之前的研究中,增加数量的流感病例报道在尼泊尔的雨季和冬季( 7]。类似的研究结果报道在山东,中国( 11不丹],[ 12)、印度尼西亚( 13)和泰国( 14]。

RSV a - b鼻病毒,腺病毒,CoV-HKU1病毒最常发现在influenza-positive coinfecting病原体标本。类似于我们的发现,Koul等人进行的一项研究表明,流感和鼻病毒是最常见的呼吸道标本中发现( 15]。然而,RSV已被视为主要病原体(儿童上呼吸道感染和肺炎的 16尽管鼻病毒是最常见的发现。在我们的研究中,CoV-OC43, x - 229 e, MPV a - b, bocavirus,肠病毒,副流感病毒病毒1和3合并感染儿童被发现感染了流感,这是低估了在尼泊尔。

我们的研究发现bocavirus、冠状病毒和肠道病毒合并感染influenza-positive情况下。大多数死于肺炎小于5岁的儿童发生在发展中国家,在信息的临床影响和严重性病毒性呼吸道感染是有限的( 17]。有一个小的信息严重肺炎的病毒病因在低收入国家,在疾病负担(特别高 18]。无一例外,都有一个有限的知识bocavirus、冠状病毒、肠道病毒感染风险因素还缺乏数据( 19在尼泊尔]。

流感病毒合并感染 肺炎支原体influenza-positive儿童(2.9%)被发现,这是一个重要的病原体的阿里和儿童社区获得性肺炎 20.]。在我们的研究中,大多数的病毒感染被发现在年轻小于5岁的儿童(类似于以前的报告 21]。此外,急性呼吸道感染发病率特别高婴儿,儿童,老年人和更明显在低收入和中等收入国家 22]。呼吸道病原体的流行在这个研究低于报道伊斯兰教和他的同事在印度ARI的患病率是26.2% ( 23]。

在这项研究中,呼吸道病原体可以分为四组:单一感染甲型流感(39.4%),B型流感(21.7%)、流感和多个同时感染两种病原体(21.7),三种病原体(12.0%),和四个病原体(5.2%)。在越南研究[ 24),老挝人民民主共和国( 25),日本( 26)、荷兰( 27),印度( 28)报告了一个或多个呼吸道感染经常被发现在幼儿(< 5年)。类似的发现的单个和多个病原体共感染流感已报告来自巴西、土耳其、日本和中国( 29日- - - - - - 34]。

我们所知,这可能是第一个研究进行多重rt - pcr设备21日呼吸道病原体检测甲型流感,A / H1N1流感B,房车,RSV A - B, PIV 1 - 4,冠状病毒OC43, NL63, 229 e,和HKU1 MPV A - B, BV, 肺炎支原体AV,电动车,PeV。最近,Rutvisuttinunt等人报道病毒病原体的检出率(71.3%),急性呼吸道感染病例标本收集来自东南亚国家包括尼泊尔。然而,研究走过了九个病毒病原体标本由尼泊尔( 35]。另一项研究在尼泊尔西部地区进行报道RSV,流感a - b, PIV-3, 肺炎链球菌,和 流感嗜血杆菌通过评估医院数据库系统;然而,作者没有提到的确认方法检测( 36]。

增加多个病原体的水平与各种呼吸道病毒合并感染中检测出influenza-positive病例。我们最好的知识,发现新的,这是出乎意料的。这项研究表明,广泛的呼吸道病原体负责合并感染influenza-positive情况下在尼泊尔。然而,没有什么可说的比例或其他病毒感染的发生率比流感作为本研究的选择组influenza-positive孩子。这些研究结果的含义应该仔细考虑在临床诊断和管理。此外,mono和多个合并感染的呼吸道病原体的影响与疾病严重程度要求一个完整的研究。

有几本研究的局限性如很短的研究期间,有限数量的样本和诊断试剂。因为金融限制,我们不能继续我们的研究。因此,本研究的发现并不能反映整个场景。此外,我们的研究不能探索临床图片细节,例如,疾病的严重程度,住院期间,单个和多个合并感染及其结果,要求未来的全面研究。

我们的发现给了基线信息的呼吸道病毒和分布模式在不同年龄段的孩子这将有助于更好的治疗方法和有效的预防策略。此外,细致的要注意病毒感染在年幼的儿童。

 5。结论

流感是一种急性呼吸道感染的主要原因在尼泊尔儿童在冬季。除了流感,9个不同的呼吸道病毒被确认。这些发现将给予更好的理解呼吸道病毒,以及策略的适宜病例管理和最小化在尼泊尔抗菌药物的使用。

 数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。

 的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

 确认

作者非常感谢全体员工工作在国家流感中心,国家公共卫生实验室,Teku,加德满都,在研究期间的技术援助。

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