IJMB 国际微生物学杂志 1687 - 9198 1687 - 918 x Hindawi出版公司 140105年 10.1155 / 2012/140105 140105年 研究文章 多态放大输入序列和Pulsed-Field凝胶电泳产生类似的结果的应变类型多样化的牛 大肠杆菌O157: H7隔离 ·库 英迪拉·T。 1 戴维斯 玛格丽特。 2、3 格里芬 罗伯特·W。 4 Garren Jeonifer 4 穆雷 梅根 4、5 约翰 马诺 4、6、7 Hovde 卡洛琳J。 8 Calderwood 斯蒂芬·B。 4、6、9 Comi 朱塞佩 1 食品安全及肠道病原体的研究单位 国家动物疾病中心 农业研究服务 美国农业部的 艾姆斯,IA 50010 美国 2 微生物学系 分子生物学和生物化学 爱达荷州大学 莫斯科,ID 83843 美国 uidaho.edu 3 兽医微生物学和病理学系 兽医学院 华盛顿州立大学 铂尔曼,佤邦99164 美国 wsu.edu 4 传染病部门的 马萨诸塞州综合医院 02114年波士顿 美国 5 部门的流行病学 哈佛大学公共卫生学院的 02115年波士顿 美国 6 医学系的 哈佛医学院 02115年波士顿 美国 7 Pathovacs Inc .,艾姆斯,IA 50010 美国 8 食品科学学院 爱达荷州大学 莫斯科,ID 83843 美国 uidaho.edu 9 微生物学与免疫生物学 哈佛医学院 02115年波士顿 美国 2012年 23 9 2012年 2012年 25 06 2012年 25 07年 2012年 2012年 版权©2012英迪拉·t··库等。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

多态放大输入序列(拍),pcr 大肠杆菌O157: H7 (O157)应变输入系统,目标insertions-deletions和单核苷酸多态性 Xba我和 Avr的第二限制性内切酶网站,分别和毒力基因( stx1, stx2, 运算单元, hlyA)O157基因组。在这项研究中,拍的歧视O157隔离与牛相关的评估。25牛O157隔离的深入比较,从不同的地理位置在美国西北部,显示,大约85%的这些隔离共享相同的dendogram进化枝拍和pulsed-field凝胶电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现),无论限制性内切酶的目标网站。皮尔森相关系数, r,估计大约0.4,0.3和0.4 Xba我, Avr的分别II-based和combined-enzymes拍,但是脉冲场凝胶电泳的出现相似,表明这些概要文件共享一个好但不是高度相关,预期推理的两种技术区分不同。隔离,不同分组使用拍更好地匹配他们的位置。总的来说,拍歧视牛O157隔离没有解释偏见或复杂的分析软件,和有效的补充而不是复制但是脉冲场凝胶电泳的出现。以其快速的周转时间,拍很有可能作为一个方便的工具,早期的流行病学或食品安全调查,使快速通知/实施检疫措施。

 1。介绍

大肠杆菌O157: H7 (O157)原因估计有63153国内获得食源性疾病,在美国每年2138人因病住院,20人死亡( 1- - - - - - 7]。虽然O157下降44%病例被报道的2010年,在过去的六年里至少有13个不同的多态O157疫情发生,其中有许多有直接联系牛肉或可能产生污染的肥料 6, 7]。实际上,牛是人类病原体的主要储层( 2- - - - - - 4),通过食物来源大多数人类感染发生,牛派生(未煮熟的汉堡)或被牲畜粪便污染,如沙拉蔬菜,水,苹果酒,未经高温消毒的牛奶。与当前机械化和全球化趋势在食品生产和分配,需要监控生产等食源性病原体O157继续保持广泛的预防暴发的关键,是快速流行病学监测识别和消除潜在来源的食物链。

Pulsed-field凝胶电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现)的菌株类型方法的选择,经常使用的诊断和流行病学实验室O157菌株类型。为了克服标准但是脉冲场凝胶电泳的出现方法的缺点,已经实现了一些修改,试图解决的问题,限制酶抑制作用,DNA降解,在凝胶电泳模式变化,不当解决消化DNA,主观的解释这些模式即使有复杂的模式识别计算机软件,最重要的是减少周转时间从3到4天的时间在24 h,所以及时提供数据( 8- - - - - - 12]。即使所有的修改,指出单项限制酶但是脉冲场凝胶电泳的出现给了一个可怜的遗传相似度的度量它不解决整个曲目限制消化后产生的DNA片段( 13]。

因此,这导致其他genome-sequence-based技术的整合,如茎茎序列类型(MLST)和/或可变数目串联重复序列分析(MLVA),结合但是脉冲场凝胶电泳的出现或者本身类型O157隔离。然而,即使这些方法不能加快这一进程,因为它们主要依靠一代的DNA测序质量,分析多个基因或串联重复序列之间的距离,这需要复杂的仪器,和解释软件( 14, 15]。因此,所有这些技术都是有用的在详细,全面的分析跟踪交叉引用,和银行的目的,而不是“第一反应”工具来快速解决连接和分离的情况下/在爆发的情况。

在先前的研究中,降落pcr O157菌株类型系统的多态性 Xba我和 Avr的II-restriction网站,放大四毒力基因O157基因组标准化对46 O157来自不同来源的隔离和爆发 16- - - - - - 18]。这个系统被称为多态放大输入序列(拍)不仅能够提供一个DNA指纹,也提供毒性资料检查O157隔离。拍不歧视只有限制性内切酶位点是目标之一,但在上面的组合表示中,块匹配相关隔离比但是脉冲场凝胶电泳的出现而区分隔离无关( 16- - - - - - 18]。

在这项研究中,我们决定对一组不同的评估拍牛O157隔离和比较生成的配置文件,但是脉冲场凝胶电泳的出现相同的模式,在长度。为此,我们针对相同的限制性内切酶组合网站。虽然直接拍各种限制性内切酶的多态性网站,但是脉冲场凝胶电泳的出现和分析这些多态性的DNA片段生成的结果,我们想确定两种技术之间的相似程度,并确定如果拍将继续保持联系的能力/歧视牛人力隔离隔离就像早期的研究( 18]。

 2。材料和方法 2.1。细菌

25 O157牛隔离各农场在美国西北地区(爱达荷州、华盛顿和俄勒冈州)从集合维持在这个领域获得疾病调查单位,兽医学院,华盛顿州立大学普尔曼,佤邦。识别代码用于每一个隔离是显示在表 1。

总结的牛 大肠杆菌O157: H7隔离用于这项研究。

隔离 源 位置 收集日期
5 奶牛 该产区,华盛顿 7/22/1991
168年 奶牛 爱达荷州西北部 6/7/1993
214年 奶牛 华盛顿西北部 6/30/1993
268年 奶牛 西俄勒冈州 8/3/1993
425年 奶牛 华盛顿西北部 10/26/1993
528年 乳制品小腿 华盛顿市中心 4/21/1994
757年 奶牛 华盛顿西北部 6/21/1994
806年 奶牛 爱达荷州南部 7/5/1994
817年 奶牛 西俄勒冈州 7/6/1994
807年 奶牛 爱达荷州中部 7/6/1994
827年 奶牛 西俄勒冈州 7/11/1994
908年 奶牛 爱达荷州南部 7/12/1994
928年 奶牛 俄勒冈州西北部 7/13/1994
935年 奶牛 俄勒冈州西北部 7/13/1994
961年 奶牛 俄勒冈州西北部 7/18/1994
977年 奶牛 爱达荷州中部 7/25/1994
1015年 奶牛 俄勒冈州西北部 7/25/1994
1016年 奶牛 南中央华盛顿 7/27/1994
1041年 奶牛 俄勒冈州西北部 8/1/1994
1273年 奶牛 俄勒冈州的西南部 8/30/1994
1286年 奶牛 华盛顿西部 9/2/1994
1328年 奶牛 华盛顿盆地 9/13/1994
1492年 饲养场 未知的 10/3/1994
5671年 磨机进料 威诺娜州立大学一个Feedmill 1/5/1999
5974年 奶牛 威诺娜州立大学乳品 9/1/1999

一个威诺娜州立大学:华盛顿州立大学普尔曼,佤邦。

 2.2。拍

使用条件和引物PCR是如前所述[ 16- - - - - - 18]。简而言之,殖民地的溶解产物O157菌株进行了测试与个别引物对,使用热启动PCR技术( 19)结合降落PCR概要文件( 20.]。创建这个概要文件,一个放大的20周期设置退火温度开始在73°C到着陆在53°C这些周期的结束。然后,另一个放大10段周期设置,使用最后的退火温度53°C。每个反应是一式三份完成确认配置文件生成的。引物对针对8多态 XbaI -和7个多态 Avr的II-restriction酶网站,和四个毒力基因编码志贺毒素1 ( 年代 t x 1 ),志贺毒素2 ( 年代 t x 2 ),Intimin - γ( 运算单元)和hemolysin-A ( hlyA),使用[ 16- - - - - - 18]。PCR反应是使用QIAquick纯化PCR净化设备(试剂盒,瓦伦西亚,Ca),和所有的反应,除了那些放大毒性基因,与合适的限制性内切酶消化(新英格兰生物学实验室,贝弗利,Ma)确认的存在限制网站内扩增子决议之前4%的琼脂糖凝胶。

之前存在与否的扩增子记录( 17, 18]。短暂,毒性基因扩增子的存在被记录为“1”(作为限制性内切酶的这些缺少的网站正在测试)和“0”的扩增子的缺席。PCR针对多态 Xba我限制网站,存在的扩增子被记录为“2”(所有的扩增子可以被消化成2酶裂解后的碎片 Xba我限制性内切酶)和“0”在缺乏一个扩增子。同样,对PCR瞄准 Avr的II限制网站存在的扩增子被记录为“1”,如果扩增子没有 Avr的二,如果扩增子有一个“2” Avr的二世的网站,导致它被消化成2酶裂解后的碎片 Avr的II限制性内切酶和“0”缺席的扩增子( 18]。

 2.3。但是脉冲场凝胶电泳的出现

标准但是脉冲场凝胶电泳的出现方法被用来分析25牛隔离(如前所述)( 13, 18]。短暂,每个孤立的基因组DNA嵌入在单独的琼脂糖插头和消化在37°C与30 U (2 h Xba我或 左右我( Avr的(二)(Gibco BRL、大岛,纽约)插头。插头被加载到1% agarose-tris缓冲凝胶(SeaKem黄金琼脂糖;缅因州BioWhittaker分子应用,罗克兰),但是脉冲场凝胶电泳的出现表现了一个厨师Mapper XA装置(Bio-Rad实验室、大力神、加州)。DNA电泳18 h的恒定电压200 V (6 V /厘米)、脉冲时间的2.2到54.2年代,电场120°角和温度14°C,之前与溴化乙锭染色。凝胶图像分析了使用Bionumerics(应用数学、Saint-Martens-Latem、比利时)。

 2.4。数据分析

(我)拍dendograms: dendograms由编码分子数据如前所述 16- - - - - - 18]。简单地说,每15个扩增子的存在与否(代表8多态 Xba我和7多态 Avr的II网站)是一个二分变量编码为。角色代表网站被限制的收益或损失 Avr的二是加权,以反映失去比得到一个网站的概率增加;然而,这样的权重结果dendogram没有影响。树构造使用未加权的pair-group与算术方法意味着(UPGMA)选项在系统发育分析使用吝啬(PAUP;Sinauer Associates Inc .,出版商,桑德兰,Ma)。(2)但是脉冲场凝胶电泳的出现dendograms: dendograms用UPGMA聚类分析建立了基于骰子系数Bionumerics进行, Xba我和 Avr的II-based但是脉冲场凝胶电泳的出现模式( 21]。结合骰子系数被用于生成 Xba我和 Avr的II-combined-PFGE dendogram。(3)相似之处:Bionumerics是用来确定骰子相似性系数但是脉冲场凝胶电泳的出现条带模式如前所述,使用公式, 2 n / 一个 + b ,在那里 n = 匹配的乐队和a + b =乐队(匹配和nonmatching)总数相比O157两两之间的隔离( 13, 21]。对拍,这个系数是手动为每一对分离提取使用修改后的公式, { 2 × 整合标记的数量 } ÷ { 标记的总数相比 } 。标记的总数相比O157两两之间的隔离是12 Xba我拍,11 Avr的II-based拍,包括毒性基因。骰子相似性系数但是脉冲场凝胶电泳的出现和拍被用来计算皮尔逊相关系数的散点图如图所示。

 3所示。结果 3.1。拍25牛O157分离株的筛选

所有O157隔离多态进行了分析 Xba我和 Avr的II-restriction网站以及毒力基因。相互独立的, Xba我拍了10个不同的配置文件,而 Avr的II-based拍6个不同的配置文件(表生成 2(一)和 2(b))。然而,随着四毒性基因组合,拍分析导致15个不同的概要文件证明歧视正如前面观察到的增加(表 3)[ 18]。这些不同的概要文件被聚集成更小的,相关的演化支在PAUP dendograms生成。如数据所示 1(一), 2(一个), 3(一个), Xba我, Avr的II-based,结合生成拍5 3和7演化支,分别。有趣的是,五拍资料,1、2、3、4、11(表 3),2,拍资料一样19日18日,16日和8日分别观察前面分析46无关O157隔离与人类疾病相关的 18),这可能是反光的单克隆O157隔离尽管其分化为多个应变类型( 22]。

XbaI的拍25牛O157隔离的概要文件。 AvrII的拍25牛O157隔离的概要文件。

拍类型一个 PCR扩增和限制消化模式使用8拍引物对扩增子了b 隔离c
IK8 IK19 IK25 IK114 IK118 IK123 IKB3 IKB5
1 2 2 0 2 2 2 2 2 168,908,928,
2 0 2 0 2 2 2 2 2 977年
3 2 2 0 2 2 2 0 2 5,757,806,817,1015,1492
4 0 2 0 2 2 2 0 2 807年
5 2 2 0 2 2 2 0 0 268、827、935
6 2 2 0 2 2 0 0 0 1041、5671、5974
7 2 2 0 0 2 2 2 0 1273年
8 2 2 0 0 2 2 0 0 214、528、1016、1286、1328
9 2 2 0 2 0 2 0 0 425年
10 0 2 0 0 2 0 0 0 961年

拍类型一个 PCR扩增和限制消化模式使用7拍引物对扩增子了d 隔离c
IKNR3 IKNR7 IKNR10 IKNR12 IKNR16 IKNR27 IKNR33
1 2 2 2 2 2 2 2 5,168,817,908,928,977,1015,1492
2 2 2 2 0 2 2 2 268,757,806,807
3 2 2 2 2 1 2 2 1041年
4 0 2 2 2 1 2 2 827、5671、5974
5 1 2 2 2 1 2 0 214,528,961,1016,1273,1286,1328
6 2 1 1 2 1 2 2 425年,935年

一个拍类型指定任意不同的数字。

b前缀的A / B表示每一对拍底漆。0:没有扩增子;2:与一个扩增子 Xba我的网站。

c牛 大肠杆菌O157: H7隔离从不同的位置,在一个给定的块类型。

d前缀的A / B表示每一对拍底漆。0:没有扩增子;1:扩增子不 Avr的2网站;2:与一个扩增子 Avr的二世的网站。

25牛O157隔离Combined-PATS概要文件。

PCR扩增和限制消化模式使用15 PATS-4毒性基因引物对扩增子了b
拍类型一个 多态 Xba我的网站 多态 Avr的二世的网站 毒力基因 隔离c
IK8 IK19 IK25 IK114 IK118 IK123 IKB3 IKB5 - - - - - - IKNR3 IKNR7 IKNR10 IKNR12 IKNR16 IKNR27 IKNR33 - - - - - - stx1 stx2 运算单元 hlyA
1(前19)d 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 168、908、928
2(前2) 0 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 977年
3(前18) 2 2 0 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 5,817,1015,1492
4(前16) 2 2 0 2 2 2 0 2 2 2 2 0 2 2 2 1 1 1 1 757年,806年
5 0 2 0 2 2 2 0 2 2 2 2 0 2 2 2 1 1 1 1 807年
6 2 2 0 2 2 2 0 0 2 2 2 0 2 2 2 1 1 1 1 268年
7 2 2 0 2 2 0 0 0 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1041年
8 2 2 0 2 2 0 0 0 0 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 5671年,5974年
9 2 2 0 0 2 2 2 0 1 2 2 2 1 2 0 1 0 1 1 1273年
10 2 2 0 2 2 2 0 0 0 2 2 2 1 2 2 0 1 1 1 827年
11(前8) 2 2 0 2 2 2 0 0 2 1 1 2 1 2 2 0 1 1 1 935年
12 2 2 0 0 2 2 0 0 1 2 2 2 1 2 0 0 1 1 1 214,528,1016,1328
13 2 2 0 2 0 2 0 0 2 1 1 2 1 2 2 0 1 1 1 425年
14 2 2 0 0 2 2 0 0 1 2 2 2 1 2 0 0 1 1 0 1286年
15 0 2 0 0 2 0 0 0 1 2 2 2 1 2 0 0 1 1 1 961年

一个拍类型指定任意不同的数字。

b前缀的每一对拍底漆/ B和毒力基因引物对F / R表示。0 :没有扩增子;1 :扩增子不 Avr的2网站;2 :扩增子与一个 Xba我或 Avr的二世的网站。

c牛 大肠杆菌O157: H7隔离从不同的位置,在一个给定的块类型。

d前面的研究中观察到的相同的概要文件( 18]。

分析25牛O157分离株之间的关联性。(一)Dendogram Xba我拍的概要文件构建使用UPGMA选项在系统发育分析使用吝啬(PAUP;Sinauer Associates Inc .,出版商,桑德兰,Ma)。(b) Dendogram Xba我但是脉冲场凝胶电泳的出现概要文件构建使用基于骰子系数UPGMA聚类分析在Bionumerics(应用数学、Saint-Martens-Laatem、比利时)。宽容dendogram所示使用百分比。

Xba我拍

Xba我但是脉冲场凝胶电泳的出现

分析之间的亲缘25牛O157隔离。(一)Dendogram Avr的II-based拍概要文件构建使用UPGMA选项在系统发育分析使用吝啬(PAUP;Sinauer Associates Inc .,出版商,桑德兰,Ma)。(b) Dendogram Avr的II-based但是脉冲场凝胶电泳的出现概要文件构建使用基于骰子系数UPGMA聚类分析在Bionumerics(应用数学、Saint-Martens-Laatem、比利时)。宽容dendogram所示使用百分比。

Avr的II-based拍

Avr的II-based但是脉冲场凝胶电泳的出现

分析之间的亲缘25牛O157隔离。(一)Dendogram combined-PATS ( Xba我,, Avr的II和毒性基于基因)概要文件构建使用UPGMA选项在系统发育分析使用吝啬(PAUP;Sinauer Associates Inc .,出版商,桑德兰,Ma)。(b) Dendogram combined-PFGE造成聚类分析结合的骰子系数从消化后但是脉冲场凝胶电泳的出现 Xba我和消化后但是脉冲场凝胶电泳的出现 Avr的二世。在每个dendogram红线划定隔离同样按combined-PATS和combined-PFGE分组。

结合拍

结合但是脉冲场凝胶电泳的出现

 3.2。但是脉冲场凝胶电泳的出现分析25牛O157隔离

如数据所示 1 (b), 2 (b), 3 (b),但是脉冲场凝胶电泳的出现分析25牛O157隔离产生了复杂的基因组DNA电泳模式。隔离是传统上基于分组的乐队是否差异(相同,与1 - 3波段差异密切相关,与4 - 6乐队更远亲差异)(数据未显示),或根据骰子分组相似系数,生成的dendograms Bionumerics表示相似度很高的隔离。使用后者配置, Xba我但是脉冲场凝胶电泳的出现产生6演化支来自23个不同的DNA条带模式, Avr的II-based但是脉冲场凝胶电泳的出现产生7演化支从22个不同的DNA条带模式,并结合但是脉冲场凝胶电泳的出现产生9演化支。

 3.3。拍有很好的相关性,但是脉冲场凝胶电泳的出现,同时保持其独特的识别功能

dendograms生成的比较显示,大约85%的牛O157隔离形成类似的组拍,但是脉冲场凝胶电泳的出现,而不管 Xba我(84%相似的组), Avr的II-based(84%相似的组),或基于酶的结合(88%相似的组)。然而,两种方法之间的内在差异反映当骰子相似性系数受到皮尔逊相关系数分析。皮尔森相关系数, r,估计大约0.4,0.3和0.4 Xba我, Avr的分别II-based和组合拍,但是脉冲场凝胶电泳的出现相似(图 4)。这显然表明这些概要文件共享一个好如果没有高度的相关性。这可能是反射的两种技术不同的方式评估同样的限制酶位点多态性;拍直接确定存在/没有/其他变化在这些网站,但是脉冲场凝胶电泳的出现时评估结果的数量和尺寸变化产生的基因组DNA片段post-digestion相同的限制性内切酶。

散点图比较拍,但是脉冲场凝胶电泳的出现概要文件生成25牛O157隔离。皮尔逊相关系数的推导过程显示在每个图中。

更积极的相关性的观察 Xba我, Xba我和 Avr的比的II-combined-PFGE和拍配置文件 Avr的II-based概要文件,表明后者也许是更多的歧视。事实上,多态性 Avr的II限制性位点和毒力基因的存在/没有拍的歧视性的能力增加。虽然我们不能排除无法解决模糊模式由于comigrating乐队或半消化状态的虚假的乐队,但是脉冲场凝胶电泳的出现,这个观察拍贷款支持的一些歧视看到与但是脉冲场凝胶电泳的出现( 17, 18]。因此,两种类型的技术似乎是相辅相成的同时保持自己的区别的特征。

 4所示。讨论

本研究的目的是比较的结果 Xba我, Avr的II-based和combined-PATS相似分析使用但是脉冲场凝胶电泳的出现,牛O157 25日收集来自不同地理位置来确定这两个菌株打字技术联系和区别牛隔离以类似的方式与之前报道人类隔离。 Xba我, Avr的II-based,结合生成拍5 3和7演化支,分别反映了单克隆O157(数字 1(一)和 2(一个))。观察一个类似的趋势 Xba我(6演化支), Avr的II-based(7演化支),结合(9演化支)但是脉冲场凝胶电泳的出现资料根据骰子的相似性系数(数字 1 (b)和 2 (b))。生成演化支与华盛顿州combined-PATS分组大部分分离单独的集群和爱达荷州穿插隔离来自俄勒冈州(图 3(一个))。虽然combined-PFGE-generated演化支没有确切的方式分发隔离combined-PATS,大约85%的隔离保持类似的分布(图 3 (b))。作为隔离的这是一个随机研究,我们无法确定是否有转移的动物,饲料或其他农场相关货物在俄勒冈州和其他2个,可能造成O157隔离是密切相关的 21]。然而,在一个流行病学情况,这将是一个合理的原因来验证这样的交换。

但是脉冲场凝胶电泳的出现是目前所使用的标准菌株打字技术不同的流行病学,诊断实验室估计爆发的亲缘或院内O157和其他细菌隔离( 12, 23]。与其他菌株相比打字方法被使用,但是脉冲场凝胶电泳的出现确实提供了相对独特的概要文件在多个血清型菌株成为一个受欢迎的应变输入工具。然而,挑战尤其是在使用但是脉冲场凝胶电泳的出现是众所周知的,不适当的消化和解决DNA乐队,comigration类似大小的DNA片段和nonhomologous DNA,电泳条件的变化或分析软件,导致“untypeable”或不正确的配置文件无法解释或[相比 8- - - - - - 11, 13, 24]。这些缺点导致了若干措施使但是脉冲场凝胶电泳的出现在实验室协议更加统一,建议使用附加的限制性内切酶,加速周转时间( 13, 23, 25- - - - - - 29日),和使用其他DNA序列并行输入系统确认的有效性观察但是脉冲场凝胶电泳的出现。然而,这些变化继续阻碍简化这个过程。及时评估遗传相似度是至关重要的任何流行病学调查。但是脉冲场凝胶电泳的出现和DNA-sequence-based打字系统依赖于昂贵的仪器和软件解释数据,这使他们更有用,在详细分析和银行业的病原体。,然而,一个快速和简单的技术有足够的权力来区分隔离没有技术和主观偏见将有助于追踪来源和加速的过程整理连接和分离的情况下/在爆发的情况。这种技术需要补充但是脉冲场凝胶电泳的出现,而不是重复或呈现过程变得更加繁琐。

在这项研究中,但是脉冲场凝胶电泳的出现和combined-PATS可比歧视性的能力,和两个限制性内切酶的使用可能增加了观察到的相似之处。O157隔离,共享同一块组也陷入了同样的进化枝,但是脉冲场凝胶电泳的出现。一些O157隔离,落入不同群体/演化支使用两种技术更好的与他们的位置拍支持可能过度歧视但是脉冲场凝胶电泳的出现。正如前面看到的( 18),拍是可靠、简单、用户友好的和容易执行和解释在这个实例中。因为拍pcr技术,直接地址在限制性内切酶多态性(Indels或单核苷酸多态性)网站,它消除了需要广泛的电泳、序列分析、解释结果和软件,从而使其成本效益。拍继续保持其作为观察typeability高、重现性好之前( 18]。基于这些观察,似乎拍将是一个理想的“第一反应”的流行病学工具。我们在评估的过程中拍的可靠性在“盲研究”的细节O157类型将被扣留,直到研究结束时,以确保一个典型领域的情况。我们也拍其他应用的不断深入,牛血统的人类病原体如志贺毒素的产生 大肠杆菌(stec),而寻求选项自动化过程,从而进一步减少周转时间小于6 - 8小时。

 确认

本研究支持部分由格兰特合作协议数量U60-CCU303019-15疾病控制协会中心的公共卫生实验室和i t·s . b . Calderwood这项工作的部分也支持由医学中心的集成和创新技术(得到),通过美国陆军医学研究和装备司令部合作协议号码damd17 - 02 - 2 - 0006,奖:s . b . Calderwood i t·库和m .约翰美国实用专利未决PATS-a菌株打字技术(11月1日,2001)。m·a·戴维斯和c . j . Hovde工作的支持,在一定程度上,由爱达荷州农业实验台,美国农业部授予04 - 04562,和公共卫生服务国家卫生研究院的基金P20-RR16454 (NCRR)和P20-GM103408(美国)。本文提到的贸易名称或商业产品是专为提供具体信息,并不意味着美国农业部推荐或认可。美国农业部是一个平等机会提供者和雇主。

 格里芬 p . M。 总裁 s M。 Tauxe r . V。 格林 k·D。 井 j·G。 刘易斯 j . H。 布莱克 p。 疾病相关的 大肠杆菌0157:H7感染。一个广泛的临床表现 内科医学年鉴 1988年 109年 9 705年 712年 2 - s2.0 - 0023820729 格里芬 p . M。 胃肠道感染 1995年 纽约,纽约,美国 乌鸦的新闻 燕麦饼干 j·B。 肠上皮细胞的轨迹抹杀致病性岛志贺产毒 大肠杆菌O157: H7和其他附加和消除 大肠杆菌 日本医学和生物学》杂志上 1998年 51 1 S101 来说 2 - s2.0 - 0032406752 佩顿 j . C。 佩顿 答:W。 志贺产毒的发病机制和诊断 大肠杆菌感染 临床微生物学检查 1998年 11 3 450年 479年 2 - s2.0 - 0031848112 格里芬 p . M。 米德 p S。 vanGilder T。 猎人 美国B。 Strockbine n。 Tauxe r . V。 志贺毒素的产生 大肠杆菌美国:感染现状和挑战 诉讼的第四届国际研讨会,研讨会志贺毒素(Verocytotoxin)第大肠杆菌感染(VTEC ' 00) 2000年 Scallan E。 霍克斯特拉 r·M。 Angulo f·J。 Tauxe r . V。 Widdowson m·A。 罗伊 s . L。 琼斯 j·L。 格里芬 p . M。 食源性疾病在美国收购States-Major病原体 新发传染病 2011年 17 1 7 15 2 - s2.0 - 78650979311 10.3201 / eid1701.P11101 吉利斯 D。 Cronquist 一个。 车 M。 Tobin-D天使 M。 布莱斯 D。 史密斯 K。 莱斯罗普 年代。 Cieslak P。 邓恩 J。 霍尔特 k·G。 Guzewich J·J。 Henao o . L。 马洪 B。 格里芬 P。 Tauxe r . V。 有罪的 s M。 伯克 G。 生命体征:发病率和趋势感染病原体的传播通常通过food-foodborne疾病积极监测网络,10个美国网站,1996 - 2010 发病率和死亡率每周报告 2011年 60 22 749年 755年 2 - s2.0 - 79959292831 Birren B。 赖 E。 Pulsed-Field凝胶Electrophoresis-A实用指南 1993年 圣地亚哥,加州,美国 学术出版社 Harsono k·D。 卡斯帕· c·W。 Luchansky j·B。 比较和基因组的大小 大肠杆菌O157: H7 pulsed-field凝胶电泳分离 应用与环境微生物学 1993年 59 9 3141年 3144年 2 - s2.0 - 0027284243 约翰逊 j . M。 Weagant s D。 Jinneman k . C。 科比 j·L。 使用pulsed-field凝胶电泳进行流行病学的研究 大肠杆菌O157: H7期间食源性疫情 应用与环境微生物学 1995年 61年 7 2806年 2808年 2 - s2.0 - 0029041849 Murase T。 Yamai 年代。 渡边 H。 pulsed-field凝胶电泳模式的变化在临床分离肠出血性 大肠杆菌O157: H7志贺毒素基因的相关损失 目前微生物学 1999年 38 1 48 50 2 - s2.0 - 0032930707 10.1007 / PL00006771 橄榄 d . M。 豆 P。 方法的原理和应用微生物有机体的dna打字 临床微生物学杂志 1999年 37 6 1661年 1669年 2 - s2.0 - 0032904916 戴维斯 m·A。 汉考克 D D。 贝瑟 t E。 调用 d·R。 评价pulsed-field凝胶电泳作为一种工具来确定菌株之间的遗传相似度的程度 大肠杆菌O157: H7 临床微生物学杂志 2003年 41 5 1843年 1849年 2 - s2.0 - 0037952995 10.1128 / jcm.41.5.1843 - 1849.2003 nol a . C。 McEllistrem m . C。 斯坦 o . C。 莫里斯 j·G。 Boxrud d . J。 迪克森 B。 哈里森 l . H。 茎序列类型之间缺乏多样性 大肠杆菌O157: H7隔离pulsed-field截然不同的凝胶电泳 临床微生物学杂志 2003年 41 2 675年 679年 2 - s2.0 - 0037311986 10.1128 / jcm.41.2.675 - 679.2003 nol a . C。 McEllistrem m . C。 帕切科 a·g·F。 Boxrud d . J。 哈里森 l . H。 茎可变数目串联重复序列分析区分爆发和零星的 大肠杆菌O157: H7隔离 临床微生物学杂志 2003年 41 12 5389年 5397年 2 - s2.0 - 0348110225 10.1128 / jcm.41.12.5389 - 5397.2003 ·库 i T。 埃文斯 p S。 进行 n . T。 巴雷特 t·J。 奥苏贝尔 f·M。 布拉特纳 f·R。 Calderwood 美国B。 菌株的 大肠杆菌O157: H7主要由插入或删除不同,不是单核苷酸多态性 细菌学期刊 2002年 184年 7 1873年 1879年 2 - s2.0 - 0036209592 10.1128 / jb.184.7.1873 - 1879.2002 ·库 i T。 埃文斯 p S。 进行 n . T。 巴雷特 t·J。 DeCastro g . J。 奥苏贝尔 f·M。 布拉特纳 f·R。 Calderwood 美国B。 多态放大输入序列提供了一种新方法 大肠杆菌O157: H7应变打字 临床微生物学杂志 2002年 40 4 1152年 1159年 2 - s2.0 - 0036206173 10.1128 / jcm.40.4.1152 - 1159.2002 ·库 i T。 格里芬 r·W。 穆雷 M。 约翰 M。 进行 n . T。 巴雷特 t·J。 Calderwood 美国B。 插入、删除和单核苷酸多态性在罕见的限制性内切酶多态放大输入序列的网站提高歧视性的能力,一种新型应变输入系统 大肠杆菌O157: H7 临床微生物学杂志 2004年 42 6 2388年 2397年 2 - s2.0 - 2942527347 10.1128 / jcm.42.6.2388 - 2397.2004 他 c·W。 Dveksler g S。 PCR引物实验室手册 1995年 纽约,纽约,美国 冷泉港的新闻 不 r·H。 考克斯 p . T。 温赖特 b . J。 贝克 K。 Mattick j·S。 “着陆”在基因扩增PCR规避假启动 核酸的研究 1991年 19 14 4008年 2 - s2.0 - 0025743732 戴维斯 m·A。 汉考克 D D。 贝瑟 t E。 大米 d . H。 Hovde c·J。 Digiacomo R。 Samadpour M。 调用 d·R。 地理距离之间的相关性和遗传相似性在国际牛的粪便的集合 大肠杆菌O157: H7隔离 流行病学和感染 2003年 131年 2 923年 930年 2 - s2.0 - 0142242128 10.1017 / S0950268803008884 吉姆 a . N。 勒 j . T。 克隆传播 大肠杆菌俄亥俄州东北部O157: H7亚型在奶牛场 应用与环境微生物学 2006年 72年 4 2621年 2626年 2 - s2.0 - 33646079175 10.1128 / aem.72.4.2621 - 2626.2006 Ribot e . M。 公平 m·A。 Gautom R。 卡梅隆 d . N。 猎人 美国B。 Swaminathan B。 巴雷特 t·J。 pulsed-field凝胶电泳的标准化协议的子类型化 大肠杆菌O157: H7, 沙门氏菌, 志贺氏杆菌对于PulseNet 食源性病原体和疾病 2006年 3 1 59 67年 2 - s2.0 - 33645707707 10.1089 / fpd.2006.3.59 玻姆 H。 Karch H。 DNA指纹图谱的 大肠杆菌通过pulsed-field凝胶电泳O157: H7的压力 临床微生物学杂志 1992年 30. 8 2169年 2172年 2 - s2.0 - 0026639202 Tenover f . C。 劳动 r D。 戈林 r . V。 Mickelsen p。 穆雷 b E。 珀鑫 d . H。 Swaminathan B。 解释染色体DNA限制模式所产生的脉冲场凝胶电泳:标准菌株打字 临床微生物学杂志 1995年 33 9 2233年 2239年 2 - s2.0 - 0029134774 Gautom r·K。 快速pulsed-field凝胶电泳的协议类型 大肠杆菌O157: H7和其他革兰氏阴性细菌在1天 临床微生物学杂志 1997年 35 11 2977年 2980年 2 - s2.0 - 0030856706 Koort j·m·K。 Lukinmaa 年代。 Rantala M。 Unkila E。 Siitonen 一个。 技术改进,以防止DNA降解pulsed-field凝胶电泳的肠道病原体 临床微生物学杂志 2002年 40 9 3497年 3498年 2 - s2.0 - 0036708355 10.1128 / jcm.40.9.3497 - 3498.2002 猎人 美国B。 Vauterin P。 Lambert-Fair m·A。 范达因 m . S。 日本久保田公司 K。 格雷夫斯 l 箭牌 D。 巴雷特 T。 Ribot E。 建立一个通用的尺寸标准菌株使用pulsenet标准化pulsed-field凝胶电泳协议:将全国数据库转换为新的尺寸标准 临床微生物学杂志 2005年 43 3 1045年 1050年 2 - s2.0 - 14944355089 10.1128 / jcm.43.3.1045 - 1050.2005 Rementeria 一个。 加利西亚语 l Quindos G。 Garaizar J。 比较三个商业软件包评价分析的DNA多态性模式 临床微生物学和传染病 2001年 7 6 331年 336年 2 - s2.0 - 0035382473 10.1046 / j.1469-0691.2001.00246.x