遗传变异的基本前提是任何作物育种程序开发优良品种。大约有350
微软(
64微软代表九人口登记入册(北Shewa贡德尔北部,南罗,西Gojjam提格雷区中部,提格雷区西部,Kembata Tembaro,东Wellega和Illubabor)被用于这项研究如(表所示
护照登记入册测试数据和地理起源。
| 加入 | 本地名称 | 区 | 斯吉尔特区(区) | 高度(m.a.s.l)。 |
|---|---|---|---|---|
| 15309年 | 微软目前 | 北Shewa | Ataye (Efeson) | 1443.00 |
| 236957年 | 麦格纳 | 北Shewa | Minjarna Shenkora | 1700.00 |
| 236959年 | 麦格纳 | 北Shewa | Minjarna Shenkora | 1750.00 |
| 236960年 | Tekur微软 | 北Shewa | Minjarna Shenkora | 1780.00 |
| 236961年 | Tikur微软 | 北Shewa | Minjarna Shenkora | 2020.00 |
| 243493年 | Tikur微软 | 南罗 | Tenta | 2060.00 |
| 243502年 | Ayiro微软 | 南Wello | Ambasel | 1750.00 |
| 243507年 | Sergenga微软 | 北Wello | Habru | 2020.00 |
| 243508年 | 漫画微软 | 北Wello | Guba Lafto | 1835.00 |
| 243509年 | Fenkilew | 北Wello | Guba Lafto | 1835.00 |
| 243529年 | 关键的微软 | 北贡德尔 | 另外Arkay公司 | 1310.00 |
| 243535年 | Nech微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 1920.00 |
| 243536年 | Sergegna | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 1920.00 |
| 243537年 | 关键Fesho微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 1920.00 |
| 243538年 | Nech微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 1920.00 |
| 243539年 | 关键的微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 2050.00 |
| 243540年 | Nechtef | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 2050.00 |
| 243544年 | 关键的微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 2050.00 |
| 243545年 | Deyabo微软 | 北贡德尔 | 贡德尔zuria | 2050.00 |
| 243547年 | Nech微软 | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 1870.00 |
| 243548年 | Nech微软 | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 1870.00 |
| 243549年 | 关键微软/ Ansharo | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 1870.00 |
| 243550年 | 关键的腊八微软 | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 1870.00 |
| 243551年 | Sergegna | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 2070.00 |
| 243553年 | 关键的微软 | 西方Gojam | Bahirdar zuria | 1815.00 |
| 243512年 | Tseada微软 | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 1990.00 |
| 243517年 | Keyih微软 | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 1990.00 |
| 243518年 | Gofgafe微软 | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 1990.00 |
| 243519年 | Tseads有关Dalga | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 1990.00 |
| 243520年 | Murenayi | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 1990.00 |
| 243521年 | Keyih微软 | 提格雷区中部 | 可乐Temben | 2010.00 |
| 243524年 | Tseas微软 | 提格雷区中部 | Adwa | 2030.00 |
| 243525年 | Sergen微软 | 西方提格雷区 | Tselemti | 1260.00 |
| 243526年 | Tseads微软 | 西方提格雷区 | Tselemti | 1260.00 |
| 243527年 | Tseada微软 | 西方提格雷区 | Tselemti | 1230.00 |
| 243528年 | Sergen微软 | 西方提格雷区 | Tselemti | 1230.00 |
| 244789年 | Dalesha | Kembata Tembaro | Alaba | 1773.00 |
| 244790年 | Dorta | Kembata Tembaro | Tembaro | 1764.00 |
| 244791年 | Mitazu和Dorta | Kembata Tembaro | Tembaro | 1808.00 |
| 244792年 | Metazo | Kembata Tembaro | Kachabira | 1717.00 |
| 244793年 | Sergegna | Kembata Tembaro | Kachabira | 1714.00 |
| 244794年 | Yemushe | Kembata Tembaro | Kachabira | 1714.00 |
| 244796年 | Dalesha | Kembata Tembaro | Alaba | 1773.00 |
| 244814年 | Xafi | 东Wellega | Bilaseyo | 1520.00 |
| 244815年 | Taffee | 东Wellega | Bilaseyo | 1976.00 |
| 244816年 | Taffee | 东Wellega | Bilaseyo | 1946.00 |
| 244817年 | Tafii迪玛和阿迪 | 东Wellega | Bilaseyo | 1946.00 |
| 244818年 | Tafii Adi | 东Wellega | Bilaseyo | 1973.00 |
| 244821年 | Taffee Adi | 东Wellega | Bilaseyo | 1952.00 |
| 244822年 | Taffee迪玛 | 东Wellega | Bilaseyo | 1910.00 |
| 244850年 | Taffee Adi | 东Wellega | Amurujarte | 1916.00 |
| 244851年 | Taffee迪玛 | 东Wellega | Amurujarte | 1919.00 |
| 244852年 | Taffee Adi | 东Wellega | Amurujarte | 1876.00 |
| 244853年 | Taffee Adi | 东Wellega | Amurujarte | 2063.00 |
| 244854年 | Taffee迪玛 | 东Wellega | Gidakiremu | 2042.00 |
| 244856年 | Taffee Adi | 东Wellega | Gidakiremu | 2057.00 |
| 244876年 | Taffee Adi | Illubabor | Bedele | 1984.00 |
| 244877年 | Taffee Adi | Illubabor | Bedele | 1985.00 |
| 244878年 | Taffee迪玛 | Illubabor | Bedele | 1925.00 |
| 244879年 | Taffee Adi | Illubabor | Bedele | 1915.00 |
| 244880年 | Taffee Adi | Illubabor | Bedele | 1887.00 |
| 244881年 | Taffee Adi | Illubabor | Bedele | 1899.00 |
| 244882年 | Taffee Gomejen | Illubabor | Gechi | 1903.00 |
| 244883年 | Taffee Adi | Illubabor | Gechi | 1900.00 |
(来源:埃塞俄比亚生物多样性研究所(EBI))。
Twenty-day-old植物生长在温室和新鲜的叶子从每个幼苗收集。DNA提取使用修改后的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)方法(
总共有15 SSRs标记用于初步筛选由·查德et al。
地点名称、预计大小、退火温度和10所选微卫星引物的序列。
| 底漆 | 预期的大小(英国石油公司) | 退火T [°C] | 正向引物 | 反向引物 |
|---|---|---|---|---|
| CNLTs2 | 160 - 260 | 58.2 | CAGCAGGGAGAGAGAGGAGA | GGGGTCAAGTTATTGCTTAGAGAA |
| CNLTs5 | 190 - 310 | 57.2 | CCCAAAGTGATGCAAAAACA | TAGATAGAGACACAGACACACACA |
| CNLTs6 | 90 - 260 | 58.2 | AATTCGCAGCTGATCTACGC | CTCGTCGATATACGTGCAAAA |
| CNLTs19 | 180 - 300 | 58.2 | CATTTCTTGCTGCTGGATCA | AGTATGGTGGCCTTGGTGAG |
| CNLTs22 | 100 - 260 | 55.7 | CATGCTCGTTCAGAGTCCAA | GGGGGATCTAGGAGAGAGAGA |
| CNLTs24 | 135 - 180 | 55.7 | GAGAGCGGTTTTGTCCTACG | GGAATAGGGAGGCGAGGTAG |
| CNLTs25 | 150 - 315 | 57.2 | TTGGAATGAGATGGCATTTG | GAAGCGGGGTAAGATTTGAA |
| CNLTs458 | 130 - 250 | 59.1 | AACAAGAACCACACAACA | AAAGGAACCCACAGGGGTAA |
| CNLTs461 | 220 - 320 | 63.9 | GTCTTGATGGTGGCGGAATAG | TCATCATCCTGCTCGAATCA |
| CNLTs463 | 190 - 260 | 59.1 | TGCTAGGATGGTCCTGTTGAG | AGCACCAAATCCCTATGCAC |
基于聚合酶链反应(PCR)的SSR标记系统是应用于调查六十四登记入册的微软的基因之间的关系。进行了PCR扩增96 -孔板(埃普多夫主周期计专业)按Williams建议的协议等。
明确的和可再生的每个SSR等位基因放大的得分根据他们的片段大小(bp)使用PyElph 1.4版本软件包[
目前研究中调查显示高geneticvariation微软目前登记入册。这些到达收集来自不同农业生态学微软目前日益增长的地区。遗传多样性的研究在任何研究工作是至关重要的,因为它是为改善基线信息,保护方法和育种程序。应用不同的现代技术可以帮助开发潜在的真理,是合适的和灵活的气候变化和新兴问题受到全球关注
分子方差分析(AMOVA)显示之间的显著差异,在化验下的人群。比例最高的56%的变异归因于个体之间的遗传变异,而39%的个体差异是由于在相同的人口。相反,一个更小的部分变化是人口总数的5%(表
分子方差分析(AMOVA)基于标准排列在微软的全部数据集到达收集来自不同地理起源。
| 的变异来源 | Df | 党卫军 | 女士 | 估计遗传方差% |
|
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 在人群中 | 8 | 68.36 | 8.539 | 0.210 - 5 | 0.001 |
|
| 个体之间的 | 55 | 308.380 | 5.607 | 1.632 39 | 0.001 |
|
| 在人口 | 64年 | 150.000 | 2.344 | 2.344 56 | 0.001 |
|
| 总 | 127年 | 526.695 | 100 - 4.185 |
|
Df:自由度;SS:平方和;迈克尔-舒马赫:意味着广场。
成对人口Nei的无偏人口之间的遗传距离范围从最高0.540北贡德尔和北Shewa到达0.478种群之间Kembata Tembaro和北Shewa。下一个最高种群之间的遗传距离观察提格雷区西部和Kembata Tembaro(0.372)和西方之间的人口Gojjam和南罗(0.341),其次是Illubabor和西Gojjam(0.325)和东部Wellega和北Shewa (0.316)。成对的遗传分化低置值(0.031)之间的摩擦Kembata Tembaro和东部东Wellega之间Wellega,紧随其后的是0.051和北贡德尔人群。解释细分人群的性质,区分的大小和数量可以量化的使用
成对Nei的无偏遗传距离(对角线)和成对置(较低的对角线)。
| NS | 西南 | NG | 工作组 | TCZ | TWZ | KT | 电子战 | 伊尔 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NS | 1 | 0.198 | 0.272 | 0.540 | 0.208 | 0.074 | 0.478 | 0.316 | 0.108 |
| 西南 | 0.085 | 1 | 0.373 | 0.341 | 0.290 | 0.086 | 0.117 | 0.180 | 0.120 |
| NG | 0.059 | 0.090 | 1 | 0.160 | 0.102 | 0.270 | 0.240 | 0.286 | 0.126 |
| 工作组 | 0.088 | 0.081 | 0.072 | 1 | 0.308 | 0.315 | 0.219 | 0.270 | 0.325 |
| CZ | 0.091 | 0.079 | 0.088 | 0.084 | 1 | 0.093 | 0.281 | 0.241 | 0.168 |
| TWZ | 0.095 | 0.148 | 0.086 | 0.108 | 0.131 | 1 | 0.372 | 0.199 | 0.090 |
| KT | 0.101 | 0.082 | 0.078 | 0.082 | 0.102 | 0.129 | 1 | 0.157 | 0.113 |
| 电子战 | 0.083 | 0.062 | 0.051 | 0.067 | 0.088 | 0.107 | 0.031 | 1 | 0.400 |
| 伊尔 | 0.076 | 0.085 | 0.063 | 0.099 | 0.128 | 0.135 | 0.091 | 0.061 | 1 |
NS:北Shewa;西南:南罗;吴:北贡德尔;WG:西Gojjam;TCZ:提格雷区中部;TWZ:西方提格雷区;KT: Kembata Tembaro;艾玛:东Wollega;IL: Illubabor。
主坐标分析(PCoA)显示,前三个主坐标约占30.72%的遗传变异存在于SSR分子研究中使用的数据来源于64年登记入册。第一、第二、第三主坐标解释约为13.13%,9.20%,和8.39%的总变异,分别。PCoA分析二维图(图中显示
主坐标分析(PCoA) biplot显示64微软集群模式的九个人口。
三大集群提取的六十四登记入册含56.25%,25%,和18.75%的总到达集群I, II, III,分别。所有的集群进一步分为两个subclusters(图
未加权的neighbor-joining (NJ)系统树图显示遗传关系64年微软使用10个SSR标记登记入册。
长期关注的群体遗传学是识别基因同质群体的个体。在这方面,最近的一次贝叶斯算法实现在软件结构允许识别这些团体(
推断64年人口结构微软目前登记入册(a)三角洲
观察高遗传多样性检测登记入册。当前的研究强调了存在高水平的多样性在64年微软目前登记入册,这是适合的改善潜力品种。SSR标记提供无偏和足够的信息的识别和确认微软目前登记入册,因此,到达之间的多态性检测可用于育种程序利用遗传资源的使用。大部分的研究数量值的多态信息含量高,基因多样性,和香农多样性指数可能是重要的获取足够的信息多样性种质基因库中登记入册。它还表明需要给予同等重视所有微软目前埃塞俄比亚种植区在种质资源收集和实验调查。构建系统树图识别的遗传相似性在这些到达显示到达相同的地区被发现一起集群主要是暗示的分子组合之间的相关性及其来源集合。层次聚类和人口结构分析组装微软目前在三组登记入册。因此,父母的选择必须基于更广泛的intercluster距离和优越性能。因此,到达之间的多态性检测可用于微软为开发优越的微软目前品种育种项目。
这项研究是由Holetta国家农业生物技术研究中心分子实验室。
本文作者确认内容没有利益冲突。
研究的作者要感谢埃塞俄比亚农业研究所(EIAR)的金融支持进行这项研究。埃塞俄比亚生物多样性研究所(EBI)加入微软提供和博士Zerihun Tadele伯尔尼大学的瑞士,他的技术支持。