DM 疾病标记 1875 - 8630 0278 - 0240 Hindawi 10.1155 / 2021/9940274 9940274 研究文章 系统分析在人类肿瘤WDR62的致癌作用 部 玉兰 1 2 张 利华国际 2 马 少林 3 王 鲁伊 1 3 https://orcid.org/0000 - 0002 - 9840 - 9204 张 Xuecheng 2 https://orcid.org/0000 - 0002 - 2292 - 6651 李 Jiaqiu 1 3 周 恒 1 Jinming Yu院士工作站的肿瘤 临床研究中心 潍坊医科大学的附属医院 潍坊261031 中国 wfmc.edu.cn 2 放射治疗部门 潍坊医科大学的附属医院 潍坊261031 中国 wfmc.edu.cn 3 肿瘤学系 潍坊医科大学的附属医院 潍坊261031 中国 wfmc.edu.cn 2021年 2 7 2021年 2021年 13 3 2021年 2 6 2021年 8 6 2021年 2 7 2021年 2021年 版权©2021玉兰布鲁里溃疡等。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

背景。新兴研究支持WD重复的致癌作用域62 (WDR62)在一些肿瘤,虽然没有pan-cancer分析是可用的。在这项研究中,我们分析了系统WDR62的致癌作用在人类肿瘤的一系列基于生物信息学数据挖掘。 方法。通过GEPIA2 WDR62的表达水平进行了分析,计时器,UALCAN,母星数据库。通过GEPIA2预后的作用进行了分析,计时器,UALCAN,母星,TISIDB, TCGA门户,kaplan meier绘图仪,PrognoScan数据库。然后,我们探讨了原因WDR62 TCGA异常表达式通过门户和UALCAN数据库。随后,字符串和GeneMANIA数据库被用来寻找WDR62互动网络。此外,我们分析了相关性WDR62表达和免疫功能通过定时器和TISIDB数据库。 结果。我们发现WDR62显著调节在大多数肿瘤和与不良预后相关主要在6候选人tumors-BLCA BRCA, KIRC, KIRP LIHC, LUAD。WDR62异常表达可能可能归因于TP53突变和启动子DNA甲基化。相对网络分析表明WDR62主要是参与MAPK和toll样受体信号通路。WDR62表达式与各种免疫细胞的渗透,特别是癌症相关的成纤维细胞(CAF)和T细胞监管(Treg)细胞,并与不良预后显著相关。此外,WDR62表达密切相关的表达一些免疫调制剂如PD-L1和一个重要的预后价值。 结论。我们的研究显示,WDR62可以作为一些癌症诊断和预后的生物标志物。重要的是,WDR62与各种免疫细胞浸润密切相关,在一定程度上,它可以预测的效果免疫治疗尤其是PD1 / PD-L1抑制剂。我们pan-cancer研究提供有用的信息在WDR62的致癌作用,有助于进一步探索底层机制。

 山东省医学科技发展计划项目 2017年ws403 山东省自然科学基金 ZR2019BH009 中国国家自然科学基金 81902404 1。介绍

根据最新发布的统计报告由国际癌症研究机构(IARC),估计大约是1930万新癌症病例和1000万例癌症死亡在2020年在全球范围内( 1]。其中,乳腺癌的发病率已经超过了肺癌是最首次诊断肿瘤。尽管在癌症诊断和治疗巨大的进步,它仍然是不令人满意的考虑主要威胁人的生命。因此,努力探索新型生物标志物的诊断癌症和癌症治疗效果的预测癌症控制的关键。

随着高通量测序技术的发展,很多的数据库特别是基于TCGA(癌症基因组图谱)和地理(基因表达综合)数据集出现 2, 3]。因此,它方便我们进行pan-cancer感兴趣的基因的分析,促进新生物标志物的发现。针对免疫检查点,特别是PD1 / PD-L1抑制剂,表明临床活动广泛的肿瘤,如肺癌 4]。然而,作为一个不断发展的治疗,PD1 / PD-L1抑制剂只有数量有限的患者受益,证明肿瘤发生的复杂性。至关重要的是建立新的生物标志物识别患者适合免疫疗法。与此同时,一些生物标记可能预测的临床反应和占底层抗性机制,为免疫治疗提供指导在诊所( 5]。WDR62,一种新的生物标志物,负责一些肿瘤的致癌作用卵巢癌、胃癌等( 6, 7]。这些发现表明,WDR62超表达与中心体扩增并被确认为一种新的预后生物标志物。然而,在其他癌症WDR62的致癌作用仍然是未知的。本研究旨在分析系统WDR62的致癌作用在人类肿瘤的一系列基于生物信息学数据挖掘。此外,WDR62表达和免疫功能之间的关系是第一次在我们的研究调查。

 2。材料和方法 2.1。GEPIA2数据库分析

我们使用的“箱线图”模块GEPIA2数据库( 8]搜索WDR62的表达水平在所有癌症数据集。在ILog2FCI截止是1。 P 截止值是0.05。抖动的大小是0.4。与正常数据包含TCGA正常和GTEx数据。此外,我们获得了WDR62表达数据在不同阶段通过”阶段阴谋”模块。我们使用了“生存地图”模块获得的总生存期(OS)和无病生存期(DFS)地图数据WDR62所有肿瘤。通过切断高压组截止值(50%)和截止低(50%)。显著性水平为0.05。然后,“生存分析”模块被用来分析单的详细的操作系统和DFS数据癌症。我们获得了风险比(人力资源) P 价值的生存率较。我们使用“相关分析”模块来分析WDR62表达之间的相关性和CD274(也称为PD-L1)表达在肿瘤组织中斯皮尔曼相关系数。 P 截止值是0.05。

 2.2。计时器数据库分析

我们使用定时器的“Diff Exp”模块数据库( 9, 10)解剖WDR62在不同肿瘤的表达水平。统计学意义不同的表达式是使用Wilcoxon测试评估。 P 截止值是0.05。“生存”模块允许我们比较高和低WDR62表达水平组之间总体存活率,切断高压的环境下(50%)和截止低(50%)。“相关性”模块是用于分析WDR62表达之间的相关性和CD274表达在肿瘤组织中斯皮尔曼相关系数。 P 截止值是0.05。我们使用了“基因”模块来分析之间的联系WDR62表达和免疫细胞的渗透。免疫细胞含有B细胞、CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞,中性粒细胞,树突细胞。 P 截止值是0.05。随后,我们继续分析WDR62表达之间的相关性和癌症相关的成纤维细胞(CAF)和T细胞调节性(Treg)细胞的“基因”模块TIMER2(肿瘤免疫评价资源,版本2)。我们探讨了整体生存在多变量Cox风险模型。则反是WDR62表达式和CAF或Treg渗透水平。设置为风险增加 P 值< 0.05和 Z 分数 > 0 。数据可视化为热点图和散点图。此外,我们使用了“Gene-Corr”模块画在不同的肿瘤相关基因的热图。 P 截止值是0.05。

 2.3。UALCAN数据库分析

WDR62 mRNA表达的肿瘤和正常组织中确定UALCAN数据库( 11]。WDR62表达在乳腺癌相比,我们在不同的阶段,种族,年龄,子类,组织学亚型,淋巴结的转移状态和TP53突变状态。此外,整体的生存数据和启动子甲基化状态WDR62候选肿瘤进行了分析。 P 截止值是0.05。

 2.4。母星数据库分析

WDR62的表达在肿瘤和正常组织决定在母星V3.0数据库( 12]。和整体生存WDR62在不同癌症的数据进行了分析。此外,WDR62表达之间的相关性和CD274表达在肿瘤组织中探索。 P 截止值是0.05。

 2.5。TISIDB数据库分析

TISIDB数据库是用于分析WDR62表达式之间的关系和整体生存和在候选肿瘤阶段数据( 13]。此外,我们比较了WDR62表达和immunoinhibitors之间的相关性。WDR62表达之间的相关性和CD274或CTLA4表达式在肿瘤组织中被斯皮尔曼相关系数分析。 P < 0.05 被认为是具有统计学意义。最后,我们比较了WDR62表达之间的差异反应者和nonresponders接收PD1 / PD-L1抑制剂。 P < 0.05 被认为是具有统计学意义。

 2.6。TCGA门户数据库分析

WDR62表达式和预后意义之间的关系是由专门的预后分析database-TCGA门户( 14]。获得的总生存期(OS)数据是基于TCGA数据集。 P 值< 0.05被认为是具有统计学意义。

 2.7。kaplan meier绘图仪数据库分析

kaplan meier绘图仪能够评估生存数据基于地理,EGA, TCGA数据集,促进生存生物标志物的发现和验证 15]。WDR62表达式的预后价值包括总生存期(OS),无病生存期(DFS),第一次进展生存(FP)和复发的生存(PPS)评估。此外,WDR62预后价值以及免疫细胞渗透包括CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞、自然杀伤(NK) T细胞和调节性T细胞(Treg)比较。 P 值< 0.05被认为是具有统计学意义。

 2.8。PrognoScan数据库分析

WDR62表达式和预后意义之间的关系是由专门的预后分析database-PrognoScan [ 16]。总生存期(OS),针对疾病的生存(DSS)和无病生存期(DFS)数据是基于获得的地理数据集。 P 值< 0.05被认为是具有统计学意义。

 2.9。字符串分析

蛋白质相互作用(PPI) WDR62网络分析在线工具STRING [ 17]。我们设置参数如下:网络类型(全字符串网络),网络边缘的意义(证据),积极互动来源(实验),最低要求交互分数(低信心(0.150)),和最大数量的扶少团团员(不超过50扶少团团员)。

 2.10。GeneMANIA数据库分析

GeneMANIA数据库被用于探索互动网络WDR62 [ 18, 19]。涉及基因的生物信息学方法物理交互、coexpression预测,主机托管,通路、基因交互和共享蛋白质域。我们通过GeneMANIA可视化基因网络前20名。

 2.11。大卫分析

互动WDR62基因,由字符串和GeneMANIA数据库,都为注释输入数据库,可视化和综合发现基因本体论(大卫)在线工具(去)及相关通路分析( 20.]。去分析包含生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组件(CC)。基因和基因组的相关通路包含京都百科全书(KEGG)通路和Reactome通路。 P 值< 0.05被认为是具有统计学意义。

 2.12。统计数据

学生的 t 以及统计显著性进行了分析。 P 值< 0.05被认为是具有统计学意义; ∗ P < 0.05 , ∗ ∗ P < 0.01 , ∗ ∗ ∗ P < 0.001 , ∗ ∗ ∗ ∗ P < 0.0001 。

 3所示。结果 3.1。基因表达数据分析

TCGA的异质性肿瘤,单一数据集不能准确反映真实的基因表达水平。我们首先分析了WDR62的表达水平在4种不同databases-GEPIA2,计时器,UALCAN和母星。我们发现WDR62在20多个肿瘤类型(图中 1(一)和S-Figure 1)。8种不同的预后价值分析databases-GEPIA2,计时器,UALCAN,母星,TISIDB, TCGA门户,kaplan meier绘图仪,PrognoScan。我们选择6个候选人tumors-bladder移行细胞癌(BLCA),乳腺浸润性癌(BRCA),肾肾透明细胞癌(KIRC),肾肾乳头状细胞癌(KIRP),肝脏肝细胞癌(LIHC)和肺腺癌(LUAD),因为WDR62在至少3个不同的数据库中,也有潜在的预后价值至少在这些肿瘤2数据库(数据 1 (b)和 1 (c))。此外,我们观察到一个相关性WDR62表达和肿瘤的病理阶段,导致肿瘤的诊断阶段(数字 2(一个)和 2 (b))。值得注意的是,在不同亚型的BRCA WDR62表达水平的三阴乳腺癌(TNBC)高于其他类型包括Her2,亮度,LumB类型(数据 2 (c)- - - - - - 2 (e)),这意味着WDR62参与TNBC的肿瘤发生的可能性。此外,WDR62表达水平与肿瘤阶段,子类,组织学亚型、病人的年龄和种族BRCA (S-Figure 2)。总之,WDR62可以作为诊断的生物标志物在大多数肿瘤。

WDR62的表达水平在不同的肿瘤。(a) WDR62在不同肿瘤的表达水平或特定肿瘤亚型进行了分析通过定时器数据库。(b)的表达水平的主要组织和正常组织之间WDR62 BLCA, BRCA, KIRC, KIRP, LIHC, LUAD UALCAN数据库。(c)的表达水平的主要组织和正常组织之间WDR62 BLCA, BRCA, KIRC, KIRP LIHC, LUAD在母星数据库。

表达水平WDR62的不同病理阶段和亚型。(a, b)基于TCGA GEPIA2和TISIDB数据库中的数据,分析了WDR62的表达水平的主要病理阶段BLCA, KIRC KIRP, LIHC。(汉英)的表达水平在不同亚型的BRCA WDR62 UALCAN, TCGA TISIDB,门户数据库。

 3.2。生存分析数据

随后,我们调查WDR62在不同肿瘤的预后价值。通过GEPIA2数据库,我们执行的生存地图WDR62所有肿瘤和详细分析了操作系统和DFS肿瘤(图6候选人 3(一个))。有趣的是,high-expressed WDR62表示预后不良包括操作系统和DFS KIRC, KIRP LIHC, LUAD数据库基于TCGA数据集(图 3 (b),S-Figure 3a - c)。但是没有预后价值BLCA甚至BRCA WDR62较高的表达在这些数据库。然而,值得注意的是,high-expressed WDR62 basal-type BRCA隐含贫穷操作系统的定时器数据库,显示不同的角色的WDR62 BRCA亚型(S-Figure 3B)。我们继续分析的生存数据WDR62使用kaplan meier绘图仪和PrognoScan数据库基于地理数据集。出乎意料地,我们发现了一个在BLCA WDR62表达和不良预后之间的相关性和BRCA(图 3 (c)和S-Figure 3D)。因此,上述数据表明WDR62可作为预后生物标志物在特定的肿瘤类型。

WDR62表达之间的相关性和生存预后的肿瘤。(a)的生存地图WDR62被GEPIA2分析。(b)的预后value-OS KIRC、KIRP LIHC, LUAD TISIDB数据库。(c)使用kaplan meier WDR62绘图仪的生存价值。

 3.3。司机基因和启动子甲基化分析数据

现在WDR62过表达在大多数的肿瘤,我们好奇的原因。TCGA门户数据库,我们之间的关系相比WDR62 BRCA基因表达和重要驱动力,KIRC, LIHC, LUAD,包括PIK3CA, TP53 PTEN、BRCA1, MTOR, CTNNB1,喀斯特,表皮生长因子受体,BRAF。如图 4(一)TP53显示,所有这四个肿瘤,最高的相关性提供WDR62进行靶向治疗的原因。和我们确认WDR62表达明显与TP53突变在UALCAN数据库中,进一步验证结果(图 4 (b))。同时,我们观察到一个明显的负相关性WDR62表达式及其启动子DNA甲基化(图 4 (c)),建议另一种可能性。

WDR62表达式和司机之间的相关性基因和启动子甲基化。(a)毗邻高度值突变基因排列测试 P 价值驱动程序之间的基因表达变异(红色),而不是突变(灰色)样本。(b) WDR62表达之间的相关性和TP53突变UALCAN数据库。(c)相关性WDR62表达和启动子DNA甲基化在UALCAN数据库中。

 3.4。浓缩WDR62-Related基因的分析

进一步探索WDR62在致癌作用的分子机制,我们筛选蛋白质WDR62-binding字符串的在线工具。我们一共获得了由实验证据支持(图27个基因 5(一个))。随后,我们调查了交互网络WDR62 GeneMANIA数据库。图 5 (b)显示了前20名与WDR62基因和它们的关系。我们比较了两组基因,发现4共同members-CEP170 MAPK8 MAPK9, MAPK10(图 5 (c))。然后,我们使用了GEPIA2数据库获取相关热地图数据在所有肿瘤类型(图 5 (d))。如图 5 (e),WDR62表达呈正相关,CEP170, MAPK8, MAPK9在大多数肿瘤。相比之下,WDR62表达式是负相关与MAPK10在大多数肿瘤。最后,我们结合基因的两组,进行浓缩和KEGG通过大卫在线工具(S-Figure途径分析 4模拟)。结果表明,WDR62相对基因可能主要参与MAPK信号通路(S-Figure 4E)。

WDR62-related基因富集分析。(一)可用的实验确定WDR62-binding蛋白质使用字符串工具。(b)使用GeneMANIA方法,前20名WDR62-correlated基因进行了分析。(c)一个十字路口WDR62-binding及相关基因进行了分析。(d)中相应的热量地图数据显示详细的癌症类型。(e) GEPIA2被用来分析WDR62之间的相关性,选择目标基因,包括CEP170 MAPK8 MAPK9, MAPK10。

 3.5。免疫渗滤分析数据

除了MAPK通路,WDR62也与toll样受体信号通路密切相关,参与免疫反应。因此,我们热衷于探索WDR62表达和免疫功能之间的关系。首先,我们分析了一系列的免疫细胞通过定时器数据库6候选肿瘤。结果表明,WDR62表达与浸润密切相关的一些免疫细胞,包括B细胞、CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞、中性粒细胞和树突细胞(S-Figure 5)。更重要的是,WDR62表达式与CAF的丰度和Treg细胞利用TIMER2平台分析(数据 6和 7)。此外,我们观察到患者的预后WDR62表达式加上CAF高或Treg KIRP KIRC,最严重的(图 8)。地理数据集还表示,高WDR62表达预测预后差Treg细胞渗透高或低CD4 + T细胞等免疫细胞浸润,CD8 + T细胞,巨噬细胞、NK细胞(S-Figure 6)。

WDR62表达之间的相关性分析和免疫CAF的渗透。(一)热图WDR62表达之间的相关性和癌症相关的成纤维细胞(CAF)。(b)之间的相关性WDR62表达和癌症相关的成纤维细胞(CAF)在BLCA KIRC, KIRP LIHC, LUAD。

WDR62表达之间的相关性分析和免疫Treg细胞的渗透。(a)的热图WDR62表达之间的相关性和Treg细胞。(b) WDR62表达之间的相关性和BRCA Treg细胞,KIRC KIRP, LIHC。

生存预后WDR62之间表达和CAF或Treg细胞渗透。(a)的热图OS WDR62之间表达和癌症相关的成纤维细胞(CAF)。(b)操作系统之间WDR62表达和癌症相关的成纤维细胞在KIRP (CAF)。(c)的热图OS WDR62表达式和T细胞之间的监管(Treg)细胞。(d)之间的OS WDR62表达和T细胞监管KIRC (Treg)细胞。

 3.6。协会分析免疫调制剂

随着免疫治疗的普及,特别是PD1 / PD-L1抑制剂,我们怀疑WDR62与免疫调制剂有关。巧合的是,在3数据库,WDR62的表达呈正相关,PD-L1 (CD274)表达5候选人肿瘤除了KIRP(数字 9(一个)- - - - - - 9 (c))。值得注意的是,WDR62表达三阴乳腺癌(TNBC)更与PD-L1表达Her2和腔的亚型(图 9 (d)),按照上述数据WDR62 TNBC的作用。为了进一步调查WDR62和免疫调制剂之间的关系,我们进行了斯皮尔曼通过TISIDB数据库的相关分析。我们发现WDR62表达主要是与大量的immunoinhibitors呈正相关如PD-L1和CTLA4(数字 10 ()和 10 (b))。最后,我们发现WDR62有显著差异的表达反应者与nonresponders接收atezolizumab (anti-PD-L1)在移行细胞癌(图 10 (c))。总的来说,这些结果表明,WDR62的确可能参与肿瘤免疫调节。

WDR62表达式和PD-L1表达之间的相关性分析。(两者之间的相关性WDR62表达和PD-L1 GEPIA2 (CD274)分析了表达式,母星,计时器数据库。(d)之间的相关性WDR62表达和PD-L1 (CD274)在不同亚型的BRCA表达进行了分析。

协会与免疫调制剂分析。(a) WDR62之间的关系,分析了immunoinhibitors通过TISIDB斯皮尔曼相关分析的数据库。(b)之间的相关性在BLCA WDR62表达式和PD-L1或CTLA4表达式,BRCA LUAD, LIHC。(c) WDR62表达之间的差异反应者和nonresponders接收PD1 / PD-L1抑制剂。

 4所示。讨论

尽管大肿瘤的诊断和治疗的进步,它仍然是威胁人类的生存。因此,迫切需要确定新的肿瘤标记物有利于肿瘤的早期诊断和预测癌症的治疗效果。据报道,WDR62扮演着重要的角色在许多细胞过程中,如主轴维修、细胞周期进展,细胞增殖 21- - - - - - 23]。最近,越来越多的证据表明,WDR62是一种新的识别肿瘤生物标志物在一些肿瘤如肺癌、膀胱癌( 24, 25]。Shinmura等人暗示WDR62在LUAD和与不良预后相关。为了找出WDR62的致癌作用,我们进行了pan-cancer分析从整体的角度肿瘤根据科学数据。

在这项研究中,我们发现,WDR62可以作为诊断的生物标志物在大多数肿瘤自WDR62中同时在至少3种不同的数据库。在乳腺癌发病率最高的现在,我们进一步分析了数据集,发现WDR62表达和临床特征的相关性。更重要的是,我们观察到WDR62表达三阴乳腺癌(TNBC)高于其他亚型,这表明可能存在不同的机制对WDR62 BRCA亚型。随后,我们的研究表明,WDR62也可以作为预测生物标志物主要在6肿瘤类型。其中,KIRC、KIRP LIHC显示最好的预后价值由于其意义在大多数数据库。虽然BLCA和BRCA没有通过TCGA-based预后价值数据库,我们发现生存的地区差异数据库,表明有一个关于预后差异值在不同的数据库基于TCGA或地理数据集。异常,我们的研究表明,high-expressed WDR62隐含穷人生存在TNBC TNBC进一步强调的潜在生物标志物。

研究的分子机制和功能富集分析WDR62肿瘤很少。例如,杉等的研究报道,微rna - 223负责WDR62在膀胱癌的异常表现 25]。因此,我们第一次TCGA应用数据集探索WDR62高表达的分子机制。我们的研究结果表明high-expressed WDR62是受多个司机尤其是基因TP53显示在所有候选肿瘤相关性最高。这是进一步探索感兴趣的WDR62和TP53未来研究之间的机制。此外,我们发现了一个相关性WDR62表达式及其启动子DNA甲基化,提供另一个原因WDR62高表达。随后,我们综合信息WDR62-binding蛋白质和WDR62-relevant基因富集分析和识别潜在影响MAPK和toll样受体信号通路,与先前的发现物一致,WDR62 MAPK级联,被激活的肿瘤细胞( 26]。更重要的是,我们是第一个研究提出证据的相关性WDR62表达和免疫细胞浸润在6候选肿瘤。异常,WDR62之间显著正相关是表达和丰富的CAF和Treg细胞。患者和高WDR62表达式加上CAF或Treg细胞渗透最差总体存活率。肿瘤微环境的重要组成部分是免疫细胞与肿瘤发生、进展、转移( 27, 28]。因此,我们认为WDR62可能调节肿瘤微环境在肿瘤发生中起到至关重要的作用(TM)。巧合的是,我们发现一个重要的表达exosomal WDR62在结肠直肠癌、肝癌、胰腺癌的exoRBase数据库(S-Figure 4F)。鉴于液表现出他们的财产在细胞间肿瘤细胞和肿瘤微环境之间的通信 29日),我们推断,监管影响CAF或Treg细胞可能通过exosomal WDR62。

免疫治疗特别是PD1 / PD-L1抑制剂在最近几年引起了极大的兴趣。通过免疫组织化学方法检测PD1 / PD-L1表达水平被视为标准试验申请PD1 / PD-L1抑制剂( 30.]。然而,在响应性和有效性有显著差异的候选人患者甚至同一肿瘤亚型。肿瘤突变负担(三甲),另一个生物标志物预测免疫治疗反应,也不满意这是归因于其费用高,耗时 31日]。因此,新的预测生物标记免疫疗法是不可或缺的选择合适的病人和研究先天或获得性耐药。最恶性乳腺癌亚型,三阴乳腺癌(TNBC)收到只有轻微反应单一疗法与PD1 / PD-L1抑制剂( 32]。然而,由于其高渗透水平的免疫细胞,TNBC应该受益于免疫疗法。我们对WDR62表达之间的相关性的研究证据和PD-L1表达5候选人肿瘤。更重要的是,我们发现WDR62表达有显著相关性PD-L1 TNBC的表达式。因此,我们想知道它是否适用于预测的效果PD1 / PD-L1抑制剂的检测WDR62表达式。基于TISIDB数据库,我们观察到WDR62急救员之间有显著差异表达和接收atezolizumab nonresponders (anti-PD-L1)移行细胞癌。集体,WDR62确实可以反映出一些免疫状态和可能是一个预测生物标志物PD1 / PD-L1抑制剂在某些肿瘤类型。

然而,我们的研究仍然有几个限制。首先,在线数据库都有局限性,因为不同的数据库产生截然不同的结果由于各种样本类型和大小。此外,我们的研究表明生物信息学分析发现,需要进一步的实验验证。此外,还有许多问题需要解决。例如,潜在的分子机制之间WDR62表达和TP53突变需要作进一步的探讨。如何影响CAF的功能或Treg细胞exosomal WDR62吗?关于WDR62表达对预测的影响在其他类型的肿瘤免疫治疗?简而言之,我们的第一个pan-cancer WDR62分析表明WDR62是过表达在多种肿瘤与预后不良和免疫调控密切相关,有助于理解在人类肿瘤WDR62的致癌作用。

 5。结论

我们的研究显示,WDR62可以作为一些癌症诊断和预后的生物标志物。重要的是,WDR62与各种免疫细胞浸润密切相关,在一定程度上,它可以预测的效果免疫治疗尤其是PD1 / PD-L1抑制剂。我们pan-cancer研究提供有用的信息在WDR62的致癌作用,有助于进一步探索底层机制。

 缩写 BLCA:

膀胱移行细胞癌

 英国石油公司:

生物过程

 BRCA:

乳腺浸润性癌

 CAF:

癌症相关成纤维细胞

 答:

蜂窝组件

 大卫:

数据库的注释、可视化和综合发现

 DFS:

无病生存

 决策支持系统:

针对疾病的生存

 外交政策:

第一个发展生存

 地理:

基因表达综合

 GEPIA:

基因表达分析交互式分析

 走:

基因本体论

 人力资源:

风险比

 研究:

国际癌症研究机构

 物:

c-Jun n端激酶

 KEGG:

京都基因和基因组的百科全书

 KIRC:

肾脏肾透明细胞癌

 KIRP:

肾脏肾乳头状细胞癌

 LIHC:

肝脏肝细胞癌

 LUAD:

肺腺癌

 MAPK:

增殖蛋白激酶

 MF:

分子功能

 NK:

自然杀伤T细胞

 操作系统:

总生存期

 PD1:

程序性细胞死亡1

 PD-L1:

细胞程序性死亡配体1

 PPI:

蛋白质相互作用

 pp:

复发的生存

 TCGA:

癌症基因组图谱

 定时器:

肿瘤免疫评价资源

 TM:

肿瘤微环境

 三甲:

肿瘤基因突变的负担

 TNBC:

三阴性乳腺癌

 Treg:

T细胞的监管

 WDR62:

WD 62年重复域。

 数据可用性

所有数据库包括GEPIA2、计时器、UALCAN母星,TISIDB, TCGA门户,kaplan meier绘图仪,PrognoScan是免费的公共资源。

 伦理批准

TCGA和地理属于公共数据库。病人参与数据库获得伦理批准。用户可以免费下载相关数据研究和发表相关的文章。我们的研究是基于开源的数据,所以不存在道德问题。

 的利益冲突

作者宣称没有利益冲突,关于这篇文章的出版。

 作者的贡献

(我)Jiaqiu李贡献在概念和设计;(2)Xuecheng张了行政支持;(3)少林马和瑞王提供研究材料或患者;张(IV)利华国际贡献在收集和汇编的数据;布鲁里溃疡(V)玉兰贡献在数据分析和解释;在手稿写(VI)所有作者的贡献;(七)所有作者负责手稿的最终批准。玉兰布鲁里溃疡和利华国际张了同样的工作。

 确认

我们承认,TCGA和GEO数据库提供平台和贡献者上传他们的有意义的数据集。这项工作得到了国家自然科学基金(81902404)、山东(ZR2019BH009),自然科学基金和山东省医学科学技术发展计划项目(2017 ws403)。

 补充材料

S-Figure 1: WDR62的表达水平在不同的肿瘤。WDR62在不同肿瘤的表达水平进行了分析通过GEPIA2数据库。

S-Figure 2:相关性WDR62 BRCA表达水平和临床因素。WDR62 BRCA肿瘤中表达水平进行了分析阶段(A)、(B)的子类,组织学亚型(C),患者的年龄(D),病人的种族(E)和淋巴结的转移状况UALCAN (F)的数据库。

S-Figure 3: WDR62表达之间的相关性和生存预后的肿瘤。(A)预后的value-OS KIRC、KIRP LIHC, LUAD UALCAN数据库。(B)预后value-OS KIRC, LIHC, BRCA-basal计时器数据库。(C)预后value-OS KIRC, TCGA KIRP, LIHC在门户数据库。(D)的生存价值WDR62使用PrognoScan数据库。

S-Figure 4:去KEGG分析。(模拟)基于WDR62-binding和相互作用的基因,analysis-biological过程(BP),分子功能(MF)和细胞组件(CC)——KEGG途径进行分析。(E)的分子功能GeneMANIA显示的数据。(F) WDR62 exoRBase外来体的基因表达谱数据库。

S-Figure 5:相关分析之间WDR62表达和免疫细胞浸润在6候选人tumors-BLCA BRCA, KIRC, KIRP LIHC, LUAD。

S-Figure 6:生存预后WDR62之间表达和免疫细胞的渗透。WDR62之间生存数据表达和免疫细胞渗透,包括CD4 + T细胞、CD8 + T细胞,巨噬细胞、自然杀伤(NK) T细胞和调节性T细胞(Treg),在BLCA BRCA, KIRC LIHC, LUAD使用kaplan meier绘图仪。

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