越来越多的证据表明,肿瘤的行为不仅是由肿瘤细胞的内在活动,而且肿瘤浸润肿瘤微环境中免疫细胞(TIICs)。然而,它仍然缺乏一个结构良好的综合分析TIICs和食道癌(EC)的治疗价值。22 TIICs的比例是评估在150年到141年间正常组织和肿瘤组织的EC CIBERSORT算法。此外,TIICs比例之间的相关性分析和临床病理的字符,包括年龄、性别、组织学分级、肿瘤位置、组织学类型、LRP1B突变,TP53突变,肿瘤,淋巴结阶段,和TNM阶段进行。我们建造了一个风险评分模型来提高预后能力由至少5 TIICs绝对收缩和选择算子(套索)回归分析。的
食道癌(EC)是最常见的消化道肿瘤之一;的发病率和死亡率排名9日和6日在所有恶性肿瘤。据估计,2018年,全球508585人将死于欧共体(
越来越多的证据表明,癌症的行为不仅是由肿瘤细胞的内在活动也是肿瘤浸润肿瘤微环境中免疫细胞(TIICs)。TIICs异构免疫人群现有的肿瘤组织和肿瘤宿主抗原的免疫反应中起着关键的作用。细胞包括T细胞、B细胞、自然杀伤(NK)细胞,巨噬细胞、树突细胞(DC)和多形核白细胞属于TIICs [
在结直肠癌,最近的类型,建立了密度和位置的TIICs肿瘤样本内预测病人的生存更强大比目前使用的组织病理学方法对其肿瘤阶段(
癌症基因组图谱(TCGA RRID: SCR_003193)正常和肿瘤组织的表达数据的电子商务从UCSC的齐娜下载(
CIBERSORT (RRID: SCR_016955)算法应用于评估TIICs比例的组织。CIBERSORT强劲是一个方法,设计并验证识别22人类免疫细胞表型,优于其他方法的噪声和未知的混合内容(
提出(
对于每个免疫细胞表型,我们计算了四分位数,中位数,和第三个四分位数的正常和肿瘤组织。的Wilcoxon TIICs符号秩检验是用来比较不同。相关分析是由包“corrplot”r之间的相关性临床病理的人物和比例的TIICs被Wilcoxon实现符号秩检验和可视化GraphPad棱镜8.0.1 (RRID: SCR_002798)。套索回归模型是由包“glmnet”和“生存”r单变量和多变量cox分析和forestplot完成“生存”和“forestplot”r .去分析之间的高收入和低风险组是由“clusterProfiler,”“
我们评估的比例22 TIICs 141年150正常组织和肿瘤组织的EC CIBERSORT算法。从数据的结果
渗透的相对分布之间的免疫细胞正常和肿瘤组织和相关的TIICs EC。(a) 22渗透免疫细胞分布在141年150正常组织和肿瘤组织的电子商务。每个酒吧的相对比例表示渗透一个组织的免疫细胞。(b)小提琴的渗透免疫细胞在正常和肿瘤组织之间。蓝色代表正常组织,红色代表肿瘤组织。内心的小提琴情节显示,四分位数、中位数和第三个四分位数。(c)每个TIIC食道癌之间的相关分析。蓝色代表负相关,和红色代表正相关。
不同比例的免疫细胞浸润在正常和食道癌的肿瘤组织。
| 元素 | 正常的意思 | 肿瘤的意思 | |日志2FC | |
|
|---|---|---|---|---|
| 天真的B细胞 | 0.150328828 | 0.099252886 | -0.59894074 | 2.69 |
| 记忆B细胞 | 0.004501406 | 0.000624709 | -2.849119332 | 0.003169 |
| 浆细胞 | 0.045761521 | 0.065299383 | 0.512934359 | 3.22 |
| T细胞CD8 | 0.076262723 | 0.072047936 | -0.082020934 | 0.177424 |
| 幼稚T细胞CD4 | 0.000169422 | 0 | NA | 0.092744 |
| CD4记忆T细胞 | 0.129593083 | 0.188880046 | 0.54348158 | 7.24 |
| 激活T细胞CD4记忆 | 0.00149565 | 0.032217892 | 4.429017635 | 1.74 |
| T细胞卵泡助手 | 0.04635218 | 0.038316743 | -0.274662245 | 0.014469 |
| 调节性T细胞(Treg) | 0.005591945 | 0.038123896 | 2.769273551 | 1.38 |
| T细胞γδ | 0 | 0.00076106 | NA | 0.038445 |
| 休息NK细胞 | 0.019864511 | 0.011368435 | -0.805159562 | 0.000221 |
| 激活NK细胞 | 0.034988158 | 0.027034051 | -0.372088999 | 0.000235 |
| 单核细胞 | 0.065933699 | 0.013084405 | -2.333167736 | 5.27 |
| 巨噬细胞M0 | 0.00158835 | 0.08482624 | 5.738909999 | 3.37 |
| 巨噬细胞M1 | 0.011738194 | 0.059927909 | 2.35201761 | 3.74 |
| 巨噬细胞平方米 | 0.220429513 | 0.102609075 | -1.10315907 | 2.46 |
| 休息的树突细胞 | 0.008666269 | 0.048631755 | 2.48841577 | 1.73 |
| 激活树突状细胞 | 0.006626912 | 0.048122149 | 2.860292337 | 3.26 |
| 休息的肥大细胞 | 0.154389795 | 0.038572188 | -2.00094452 | 8.25 |
| 激活肥大细胞 | 0.004146638 | 0.01388375 | 1.74338341 | 0.001248 |
| 嗜伊红的 | 0.002143682 | 0.00235641 | 0.136499567 | 0.210273 |
| 嗜中性粒细胞 | 0.009427524 | 0.014059083 | 0.576551742 | 1.02 |
照亮TIICs的潜在关系,我们进行了相关分析。从图
EC患者的基本信息,天真的B细胞的比例和调节性T细胞亚群)在老年患者(
临床病理特征之间的相关性和EC TIICs的比例。比较明显不同百分比的TIICs不同年龄(a)、性别(b),组织学分级(c),肿瘤位置(d),组织学类型(e), LRP1B突变状态(f), TP53突变(g),肿瘤阶段(h),淋巴结阶段(i),和TNM阶段(j)。
为了研究TIICs的预后价值,我们进行了单变量cox回归分析。补充图的结果
与TIICs风险评分模型的建立。(a, b)的过程构建套索回归模型大小和多变量cox回归系数。(c)系数TIICs风险模型。(d)的生存曲线由TIICs风险模型分层。(e)分布风险模型的五个免疫细胞浸润,生存状态和生存时间的低收入和高危人群。
单变量(a)和多变量cox回归分析(b)的临床病理特征和风险模型。
分析进行去照亮之间的微分浓缩信号低收入和高危人群分层EC的免疫细胞浸润。十大丰富信号被显示在生物过程(BP),细胞组件(CC)和分子功能(MF)。和条款”mRNA加工”、“染色体区域,”和“染色质绑定”是最丰富的信号BP CC和MF(图
之间的基因本体和基因集富集分析低收入和高危人群分层的风险模型。(一)十大基因ontology-enriched低收入和高危人群之间的注释。(b)三大高危人群的基因集富集。(c)的三大基因集富集低风险组。英国石油(BP):生物过程;答:细胞组件;MF:分子功能。
识别两个候选化合物治疗EC基于提出的分析。(一)识别的核心基因三大高危人群的基因集富集。(b)识别的核心基因的三大基因集富集低风险组。
到目前为止,恶性肿瘤仍然是人类健康的主要杀手(
在EC,也报道,肿瘤微环境与肿瘤的生长有密切关系。细胞,包括NK细胞、T细胞、B细胞、浆细胞、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞,都被报道与EC处理方面表现出显著的协会(
CD4 + T淋巴细胞亚群是一个群。它可以抑制抗肿瘤免疫和协助通过分泌肿瘤免疫逃逸免疫抑制因素,直接杀死或抑制效应细胞增殖,以及影响T细胞激活(
此外,从图中的结果
考虑到EC患者存活率低,随后,单变量cox回归分析进行探索这些免疫细胞浸润的预后价值。发现一个比例的免疫细胞浸润无法预测结果。根据套索回归模型,结果表明,等离子体的联合检测,毛囊辅助T细胞,单核细胞,激活树突状细胞,肥大细胞浸润休息表现出伟大的诊断性能。在EC,如上所示,例如,Svensson等人猜测antitumoral影响时间复发(竞技场队伍)和操作系统在很大程度上依赖于T和B淋巴细胞和浆细胞功能之间的相互作用(
此外,研究发现,信使rna绑定,信使rna代谢过程,和有丝分裂细胞周期的M阶段富集在高危人群,而受体介导内吞作用,细胞基质粘附,整合素结合丰富的低风险组。通过评估这些微分浓缩信号11 upregulation核心基因(LSM3、LSM5 PABPC1, PABPC3, PABPC4, EIF4A3, SMC3, ESPL1, CDC25B, CCNA2,和AURKA)核心差别和1对这些基因(THBS3)被确定。LSM3被发现在宫颈癌表达下调,关联和无进展生存(
为了找到候选药物,可能为肿瘤发生的治疗进展提供新的见解EC基于免疫细胞渗透,我们提出进行分析。结果,我们发现两种化合物Semustine和西罗莫司有前途的候选人EC的治疗。Semustine亚硝基脲抗肿瘤药物,属于细胞周期非特异性药物。总结了迹象,Semustine恶性黑色素瘤有很好的疗效,淋巴瘤、脑瘤、肺癌。然而,到目前为止,很少有患者Semustine EC的临床研究。发现因此预计将扩大Semustine的应用范围。除了化疗、免疫抑制剂的使用是一个重要的癌症治疗方式的改变。对于电子商务,目前,大多数免疫抑制剂仍在临床研究阶段。例如,pembrolizumab目前阶段Ib研究PD-L1-positive食道癌患者,表现出的毒性和有效的抗肿瘤效应(
最后,我们不得不承认这项研究的一些局限性。由于不足的临床资料和独立验证队列,我们不能进一步证明我们的发现。我们试图从公共数据库收集尽可能多的样本。遗憾的是,我们发现了一个验证初步验证风险评分的价值。此外,我们开始收集样本的电子商务在我们的研究所。我们的研究结果将进一步与基础生物学实验验证。
在EC, 20 TIICs被确定为一个统计正常和肿瘤组织的区别。这些TIICs伟大与临床病理的字符。five-TIIC风险评分模型是建立欧共体的指导预后。基于分层的风险评分的富集分析,发现了两个候选化合物Semustine和西罗莫司作为欧共体的治疗策略。一般来说,比例TIICs可能重要的进展,EC的预后和治疗。
使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。
作者宣称没有利益冲突。
Guangrong Lu,力平陈、吴Shengjie同样这项工作。
我们非常感激TCGA的项目团队。
补充图1显示了流程的流程图。补充图2显示单变量Cox回归分析22渗透在EC的免疫细胞。补充图3显示的验证以一种间接的方式风险评分。