例和对照组之间的关系也是检查使用<我nline-formula>
O
R
G
遗传模范自由,这是一个方法,提供了一个估计的总体风险效应,利用完整的基因型分布。<我nline-formula>
O
R
G
展示了许多情况下/对照组对研究中存在的情况下有较大的突变负荷相对于健康对照组的双数量有较大的突变负荷。另外,<我nline-formula>
O
R
G
表明变异的突变负荷是否与疾病易感性(
19,
21];然后,<我nline-formula>
O
R
G
表达一个主题的概率生病的概率相对于健康,鉴于病学科突变负荷高于健康者。
在健康对照组基因型分布的偏差哈迪温伯格平衡(HWE)和存在连锁不平衡(LD)多态性进行评估使用精确测试根据堰(
22,
23]。因此被认为是显著时<我nline-formula>
p
<
0.05
。口服补液盐被估计使用SPSS (SPSS Inc .)公布的2003年版13日,芝加哥)。HWE和LD测试使用的遗传数据分析(GDA)软件由刘易斯和Zaykin [
24]。单体型频率被SHEsis(估计和比较
25]。<我nline-formula>
O
R
G
计算使用ORGGASMA [
21]。
表
1显示了这两个基因型分布<我t一个lic>
MYD88单核苷酸多态性在病例和对照组和各自的组织。对照组均符合HWE变异(<我nline-formula>
p
≥
0.05
)。重大疾病和基因型分布之间的联系<我t一个lic>
MYD88-938 c > (<我nline-formula>
p
<
0.01
)。
的分布<我t一个lic>
MYD88患者和对照组之间基因型。
单核苷酸多态性
基因型
病人
n(%)
控制
n(%)
p值<我nline-formula>
H
W
E
∗
p价值为<我nline-formula>
一个
年代
年代
o
c
我
一个
t
我
o
n
#
O
R
G(95%置信区间)
-938 c >
CC
41 (44.1)
72 (82.8)
0.38
< 0.01
5.71 (2.89 - -11.28)
CA
50 (53.8)
15 (17.2)
AA
2 (2.2)
0 (0.0)
1944 c < G
CC
83 (81.4)
67 (75.3)
0.18
0.38
0.70 (0.36 - -1.39)
CG
19日(18.6)
22日(24.7)
GG
0 (0.0)
0 (0.0)
p
∗值HWE控制;<我nline-formula>
p
#
价值和<我nline-formula>
O
R
G
测试每个SNP基因型分布和疾病之间的关系。
随后,<我nline-formula>
O
R
G
产生显著结果的变异<我t一个lic>
MYD88-938 c > ORG = 5.71(2.89 - -11.28),表明疾病的风险变异的突变负荷有关。特别是,对于任意两个对象(结核病和健康),患病的概率几乎是六倍的概率(相对于nondiseased)鉴于病变突变负荷高于健康的一个主题。或者,一个主题几乎高出六倍患病的风险相对于健康的风险考虑到主体与疾病的突变负荷高于健康话题。
因为重要的协会展示了<我t一个lic>
MYD88-938 c > SNP,添加剂和共显性的模型(表进行测试
2)。一个不重要的添加剂协会模型(<我nline-formula>
p
=
0.14
观察),而一个重要协会(<我nline-formula>
p
<
0.01
)所示为共显性的相加模型(<我nline-formula>
O
R
=
5.58
(2.80 - -11.12)]。然后我们突变等位基因的遗传模式的测试,发现突变等位基因-938的风险表现的显性等位基因疾病(<我nline-formula>
h
=
0.79
),这表明-938年纯合子aa从结核病更容易生病比纯合-938 cc,和杂合的-938 ca患病的风险接近-938 aa纯合子比两个该(表之间的中点
3)。两个单核苷酸多态性被发现在连锁不平衡(LD) (<我nline-formula>
p
<
0.05
)。D质数LD测试-938 c > A和1944 c > G之间分别为0.80和0.59的情况下和控制,分别。
协会的<我t一个lic>
MYD88-938 c >与结核病。
单核苷酸多态性
遗传模型
或(CIs) 95%
h -指数
继承方式
p价值
MYD88-938 c >
添加剂
8.74 (0.41 - -186.4)
0.79
优势的突变等位基因疾病的风险
0.14
共显性的
5.58 (2.80 - -11.12)
< 0.01
比值比(或)和相应的95%置信区间(CIs)测试之间的关系<我t一个lic>
MYD88-938 c >和结核病的添加剂和共显性的模型<我t一个lic>
h指数和相应的模式显示显著的等位基因的遗传。
估计单体型频率为两个<我t一个lic>
MYD88单核苷酸多态性(SNP1: -938 c >, SNP2: 1944 c < G)。
单体型SNP1-SNP2 MyD88 -938 c >
估计频率
p价值
p全球价值
病人
控制
得了
0.199
0.029
< 0.01
< 0.01
g
0.086
0.059
0.33
碳碳
0.699
0.841
< 0.01
c g
0.011
0.065
0.01
p值比较每个用例和健康对照组和全球之间的单体型<我t一个lic>
p单值比较的总体差异。
表
3介绍了分布的估计单体型频率为两个单核苷酸多态性(SNP1:<我t一个lic>
MYD88-938 c >, SNP2:<我t一个lic>
MYD881944 c > G)患者和对照组,与整体差异显著(<我nline-formula>
p
<
0.01
)。调查个人单(SNP1-SNP2),得了,碳碳,c g也派生重要结果(<我nline-formula>
p
<
0.01
)。单体型得了有助于疾病的风险而进行单CC和CG可能提供保护。
4所示。讨论
本研究调查是否遗传多态性<我t一个lic>
MYD88与结核病有关。根据我们的研究结果,<我t一个lic>
MYD88-938等位基因与一个近似结核病的风险增加5.5倍,而没有发现协会的<我t一个lic>
MYD881944 c > G SNP。单核苷酸多态性基因型分布的研究都在HW在对照组,表明没有人口分层。单体型分析也显示,<我t一个lic>
MYD88-938 a - 1944 c单体型赋予疾病的风险增加。
在任何情况下,统计的局限性时应考虑解释目前的发现。目前的研究是一个初步研究,样本过小导致相对较大的口服补液盐。候选基因关联研究的倾向没有显著关联能力检测,主要是因为很大人口所需的足够的统计能力。在这种背景下,实现电力的80%确定适度的遗传效应(即。,odds ratio of 1.2) of a polymorphism present in 10% of individuals, a sample size of 10,000 subjects or more may be required [
21]。这个尺寸很难实现即使在大型参考中心,根据不同的疾病。未来合作研究可能允许的数据池,提供更多的权力来检测显著关联。此外,全基因组关联研究也许能够复制当前结果的有效性。
尽管如此,研究协会<我t一个lic>
MYD88基因多态性与结核病是有限的,事实上,这是第一个研究调查的影响<我t一个lic>
MYD88-938 c >对结核病的易感性。桑切斯和同事检查协会<我t一个lic>
MYD881944 c > G (rs4988457)与结核病,同意我们的结果,没有发现与疾病的联系(
26]。各种其他单核苷酸多态性<我t一个lic>
MYD88研究了关于结核病易感性。单核苷酸多态性rs6767684和rs7744不与疾病相关
26,
27),而苏格兰民族党rs6853被发现与耐药性肺结核(
8]。
确切的机制<我t一个lic>
MYD88遗传变异可能与结核病易感性有关还有待阐明。迄今为止公布的数据显示,<我t一个lic>
MYD88-938 c > (rs4988453)驻留在基因的启动子区域,已经被证明可以减少子活动(
28]。这提供了一个可能的解释,因为MyD88表达水平下降可能带来减少NF-kB激活,因此,容易感染结核病的病原体和发展。