2.案例报告
一个7岁的沙特男孩用双边拇指畸形呈现给手诊所。拇指宽阔且径向角度(图
1(一种))。脚也显示出宽阔的效果(图
1(b))。智力残疾有轻微的智力。也观察到温和的面部缺血性,包括轻度眉毛的拱形,一种宽鼻子,鼻子鼻尖,玉米菌悬挂在Alae NASI下方,噘嘴下唇,在唇部的两个护理朱砂升降,以及舌头的双层尖端(数字
1(c)和
1(d))。他的历史包括温和的右肾盂鼻,左鼻瓣梗阻通过探测和支架成功处理,以及用于修复总异常肺静脉排水(TapVD)的心脏手术。临床诊断是一种经典的RSTS1综合征表型。
(a)宽且呈放射状成角的拇指。(b)广泛的大拇趾。(c)球状鼻尖,鼻翼下悬垂的小柱和噘起的下唇。下唇两个旁正中圆形区域为朱红色隆起,没有瘘管。舌尖分叉。
获得知情同意后,基因组DNA从父母和患者的外周血中提取,谁是他们唯一的孩子。用SNP微阵列引发遗传检测,所述SNP微阵列在染色体区域16p13.3中揭示了398.43kb的致病性缺失,其中包含三个OMIM病态地图基因包括
SLX4那
dnase1., 和
CREBBP..使用的基因组微阵列平台是Cytoscan HD SNP阵列(Affymetrix),具有基因组构建:NCBI 37 / HG19(2009)。该平台包含大约190万份拷贝数探头和743,000个SNP探头。该测定将在基因组上检测约50kb的基因组增益/损失,并且在临床显着的靶向基因中的20kb。通过使用MLPA进行拷贝数分析的进一步确认以及测序,并确认患者是杂合的杂合,用于抑制CREBBP基因。发现这涉及外显子22至31,从而培养CREBBP基因的5'末端。父母都没有删除。在使用的SNP阵列平台允许的分辨率下,删除似乎是均匀的(不是镶嵌)。
3.讨论
我们患者最重要的发现是存在大缺失,包括
CREBBP.RSTS1表型相对较轻。表格
1显示患者中缺失的基因的基因组坐标。纯合的突变
SLX4基因导致FANCONI贫血,互补组P(OMIM:613951)[
6.那
7.].这并不奇怪,因为SLX4是结构特异性内切核酸酶的协调器,并且参与DNA修复[
7.那
8.].我们的病人没有FANCONI贫血因为
SLX4基因缺失是杂合的。我们病人缺失的第二个基因是
dnase1.基因编码一种称为脱氧核酸酶1的内切核酸酶[
9.].杂合酶突变
dnase1.在人类和动物模型中引起全身性红斑狼疮[
10那
11].系统性红斑狼疮是一种自身免疫性疾病,与感染风险增加有关。此外,Bartsch等人[
5.]提出,核蛋白质复合物的清除降低(由于DNASE1缺乏)可能解释与染色体16P13.3连续基因缺失综合征相关的严重新生儿抽搐。尽管缺失,我们的患者没有严重感染或癫痫历史
dnase1..我们病人缺失的第三个基因是
TRAP1基因编码肿瘤坏死因子受体相关蛋白1. Trap1蛋白是线粒体ATP结合蛋白,参与维持线粒体功能[
12].Trap1也是热休克蛋白90相关蛋白质,因此它用作分子伴侣。此外,Trap1与视网膜母细胞瘤蛋白相互作用[
13].然而
TRAP1基因没有与人类疾病有关。
我们患者患者缺失基因的基因组坐标。
| 基因 |
基因组坐标 |
我们的患者的状态删除了3,358,012至3,796,442的位置 |
|
SLX4 |
CHR16:3,631,184-3,661,585 |
完全删除 |
|
dnase1. |
CHR16:3,702,940-3,708,096 |
完全删除 |
|
TRAP1 |
Chr16: 3708038 - 3767598 |
完全删除 |
|
CREBBP. |
Chr16: 3775056 - 3930121 |
部分删除(5'区域)
CREBBP.基因没有被删除) |
尽管删除了患者,所产生的主要问题是我们患者中相对轻微的表型
CREBBP.基因和3'相邻基因。一个可能的解释可能与保存5'区域的保存有关
CREBBP.我们患者的基因(表
1)。所有患者均由Bartsch等人报告。[
5.]的严重表型的完全缺失
CREBBP.基因。孤立的5'地区的删除
CREBBP.已知基因导致经典的RSTS1表型(案例#5,Bartsch等人[
5.])。因此,保存了5'区域的
CREBBP.尽管完全删除了相邻的3'基因,但基因可能会修饰表型(表
1)。为了支持我们的假设,我们审查了破译数据库(
https://decipher.sanger.ac.uk)用于部分致病性缺失
CREBBP.基因。我们鉴定了两名患有16p13.3连续基因缺失综合征的染色体患者,包括
SLX4那
dnase1.那
TRAP1, 和
CREBBP.基因,但保留了5 '区
CREBBP.基因(类似于我们的案例)。第一患者(患者ID:283606)缺失16:2,828,88-3,817,850,第二患者(患者ID:355716)缺失16:3,363,349-3,879,467。两位患者似乎都有相对温和的RSTS1表型,没有任何明显的染色体的严重特征16p13.3连续的基因缺失综合征。
OMIM目录将Rubinstein-Taybi 1型综合征(180849)与16p13.3缺失综合征(610543)区分开来。第一种是由基因突变引起的
CREBBP.基因,而第二种含有染色体16的短臂的特征,第二次被认为是一种连续的基因综合征。
CREBBP.(600140),
dnase1.(125505)和
TRAP1(
HSP75;606219)基因。然而,最近的文献质疑这种区别。虽然Bartsch等人。[
5.]建议,严重的RST和大缺失患者具有明显的连续基因综合征,其他几位作者没有确认这些发现。stef等人。[
14]没有发现缺失的大小与患者表型严重程度之间的相关性。Gervasini等人。[
15]报告了几个患有16p13.3邻近基因缺失综合征的患者,尽管该基因完全缺失,但没有严重症状或致命感染
dnase1.基因。根据Rusconi等人。[
16[基因型/表型相关性表明,缺失较大的患者并不总是具有比缺失更小的更严重的表型,表明在该等患者中的连续基因缺失综合征综合征,如Bartsch等人所提出的那样。[
5.],可能不是准确的。
OMIM目录还描述了称为16P13.3连续基因复制综合征(OMIM 613458)的第三类。除了重复的
CREBBP.基因,几个其他相邻基因(如
dnase1.那
SLX4那
mefv., 和
THOC6.基因也复制了。这些患者拥有Rubinstein-Taybi型综合征的所有经典面部特征。大多数患者也有轻度至中度智力残疾。然而,拇指近端移位而不是宽阔和成功[
17那
18].
最后,患者患有孤立的马赛克缺失
CREBBP.已知基因具有温和的毒品脂蛋白-Taybi表型[
15].表格
2总结了有关的所有表型
CREBBP.基因。
与...相关的表型
CREBBP.基因。
| 给定的名称 |
omim |
删除/突变/复制CREBBP基因 |
表型 |
| 典型的Rubinstein-Taybi I型综合征 |
180849 |
通常删除或截断突变 |
特征面部缺陷,可变智力残疾,广泛/有成角度的拇指,且壮大。其他全身异常(如心脏缺陷)频繁。 |
| 不完全(温和的)rubinstein-taybi型I综合症 |
- |
通常是畸形或马赛克突变 |
面部和拇指/大脚趾特征类似于经典类型。但是,通常存在轻度或没有智力残疾。通常不存在其他全身缺陷。 |
| 16p13.3连续缺失综合征 |
610543 |
大缺失包括
CREBBP.基因和3'相邻基因 |
有争议的文学问题。有些人认为表型更严重,与严重/致命感染有关,而其他表型则无法在缺失的大小和表型严重程度之间找到相关性。由于表型相对轻微,我们的案例是独一无二的。 |
| 16p13.3连续重复综合征 |
613458 |
重复的
CREBBP.以及其他邻近的基因 |
经典的面部缺陷和轻度到中度智力残疾。然而,拇指近侧移位而不是宽阔和成功。 |
总之,我们描述了一例16p13.3染色体相邻基因缺失综合征,包括
SLX4那
dnase1.那
TRAP1, 和
CREBBP.基因,但呈现相对轻度的RSTS1综合征表型。与先前报道的严重表型病例相比,我们的患者有部分缺失
CREBBP.基因(保留基因的5 '区),这可能解释他相对温和的表现型。